ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53608

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 7, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.055, 0.176, 0.298, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.176 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.061, 0.200, 0.340, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.200 std_dev=0.140
C4' A 0, 0.162, 0.323, 0.484, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.323 std_dev=0.161
O2' A 0, 0.145, 0.316, 0.487, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.316 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.107, 0.298, 0.488, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.298 std_dev=0.190
P B 0, 0.192, 0.432, 0.672, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.432 std_dev=0.240
O3' A 0, 0.167, 0.410, 0.652, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.410 std_dev=0.243
OP2 B 0, 0.364, 0.654, 0.943, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.654 std_dev=0.289
C5' A 0, 0.311, 0.614, 0.918, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.614 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.497, 0.917, 1.337, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.917 std_dev=0.420
O5' A 0, 0.275, 0.955, 1.636, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.955 std_dev=0.681
P A 0, 0.452, 1.204, 1.955, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.204 std_dev=0.751
OP2 A 0, 0.509, 1.350, 2.192, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.350 std_dev=0.842
OP1 A 0, 0.366, 1.252, 2.137, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.252 std_dev=0.886
O5' B 0, 0.955, 2.122, 3.290, 3.360 max_d=3.360 avg_d=2.122 std_dev=1.167
C5' B 0, 1.367, 2.731, 4.096, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.731 std_dev=1.364
O3' B 0, 1.715, 3.569, 5.422, 5.106 max_d=5.106 avg_d=3.569 std_dev=1.853
C4' B 0, 1.949, 4.036, 6.122, 5.713 max_d=5.713 avg_d=4.036 std_dev=2.087
C3' B 0, 1.917, 4.243, 6.569, 6.025 max_d=6.025 avg_d=4.243 std_dev=2.326
O4' B 0, 2.704, 5.694, 8.684, 7.875 max_d=7.875 avg_d=5.694 std_dev=2.990
C2' B 0, 2.935, 6.480, 10.024, 8.964 max_d=8.964 avg_d=6.480 std_dev=3.545
C1' B 0, 3.282, 7.034, 10.786, 9.654 max_d=9.654 avg_d=7.034 std_dev=3.752
O2' B 0, 3.522, 7.576, 11.631, 10.288 max_d=10.288 avg_d=7.576 std_dev=4.055
C8 B 0, 3.525, 7.649, 11.772, 10.443 max_d=10.443 avg_d=7.649 std_dev=4.124
N9 B 0, 3.603, 7.753, 11.903, 10.578 max_d=10.578 avg_d=7.753 std_dev=4.150
N7 B 0, 4.043, 8.594, 13.146, 11.617 max_d=11.617 avg_d=8.594 std_dev=4.551
C4 B 0, 4.205, 8.846, 13.488, 11.930 max_d=11.930 avg_d=8.846 std_dev=4.641
C5 B 0, 4.416, 9.270, 14.125, 12.474 max_d=12.474 avg_d=9.270 std_dev=4.855
N3 B 0, 4.581, 9.486, 14.391, 12.682 max_d=12.682 avg_d=9.486 std_dev=4.905
C6 B 0, 5.028, 10.392, 15.755, 13.866 max_d=13.866 avg_d=10.392 std_dev=5.363
C2 B 0, 5.130, 10.515, 15.901, 13.962 max_d=13.962 avg_d=10.515 std_dev=5.385
N1 B 0, 5.322, 10.910, 16.499, 14.489 max_d=14.489 avg_d=10.910 std_dev=5.588
O6 B 0, 5.351, 11.004, 16.656, 14.624 max_d=14.624 avg_d=11.004 std_dev=5.652
N2 B 0, 5.597, 11.339, 17.082, 14.973 max_d=14.973 avg_d=11.339 std_dev=5.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.02 0.13 0.43 0.17
C2 0.04 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.04 0.39 0.01 0.29 0.54 0.34
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.05 0.24 0.34 0.17
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.34 0.09 0.36 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.39 0.01 0.28 0.51 0.33
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.10 0.15 0.39 0.09
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.48 0.01 0.39 0.58 0.42
C5' 0.04 0.14 0.02 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.22 0.20 0.18 0.13 0.12 0.23 0.14 0.05 0.04 0.02 0.01 0.25 0.19 0.40 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.50 0.00 0.42 0.62 0.46
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.47 0.02 0.34 0.52 0.38
N1 0.04 0.00 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.10 0.03 0.46 0.01 0.37 0.59 0.41
N2 0.05 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.13 0.06 0.35 0.02 0.25 0.52 0.31
N3 0.04 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.34 0.01 0.23 0.49 0.29
N7 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.52 0.02 0.44 0.60 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.35 0.01 0.23 0.47 0.28
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.04 0.11 0.12 0.10 0.06 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.09 0.21 0.35 0.11
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.08 0.04 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09 0.05 0.06 0.00 0.03 0.25 0.10 0.41 0.21 0.21
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.03 0.15 0.48 0.21
O5' 0.16 0.39 0.24 0.34 0.39 0.02 0.48 0.01 0.50 0.47 0.46 0.35 0.34 0.52 0.35 0.06 0.25 0.09 0.00 0.54 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.03 0.54 0.00 0.48 0.65 0.50
OP1 0.13 0.29 0.24 0.36 0.28 0.15 0.39 0.19 0.42 0.34 0.37 0.25 0.23 0.44 0.23 0.21 0.41 0.15 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.54 0.34 0.27 0.51 0.39 0.58 0.40 0.62 0.52 0.59 0.52 0.49 0.60 0.47 0.35 0.21 0.48 0.02 0.65 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.34 0.17 0.24 0.33 0.09 0.42 0.02 0.46 0.38 0.41 0.31 0.29 0.47 0.28 0.11 0.21 0.21 0.01 0.50 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.58 1.87 1.65 1.21 2.11 0.78 2.73 0.63 2.93 2.60 2.36 1.66 1.75 3.07 2.06 1.75 0.84 1.01 0.44 3.55 0.27 0.25 0.27
C2 1.03 0.96 1.01 0.79 1.28 0.52 1.75 0.41 1.65 2.00 1.11 1.04 1.02 2.32 1.39 1.04 0.50 0.75 0.27 2.03 0.25 0.23 0.25
C2' 1.88 2.25 1.88 1.38 2.47 0.97 3.09 0.77 3.36 2.86 2.81 1.92 2.10 3.34 2.37 2.03 1.03 1.27 0.49 3.99 0.31 0.24 0.25
C3' 1.84 2.21 1.85 1.36 2.40 0.96 2.98 0.77 3.25 2.76 2.76 1.91 2.06 3.22 2.30 2.01 1.03 1.26 0.45 3.85 0.39 0.27 0.28
C4 1.13 1.23 1.15 0.87 1.45 0.57 1.95 0.45 1.97 2.06 1.44 1.28 1.20 2.43 1.49 1.21 0.57 0.77 0.28 2.45 0.26 0.24 0.25
C4' 1.74 2.14 1.81 1.31 2.32 0.88 2.92 0.71 3.19 2.71 2.70 1.87 1.97 3.17 2.22 1.95 0.95 1.14 0.44 3.82 0.32 0.25 0.26
C5 0.83 1.12 0.83 0.64 1.02 0.50 1.38 0.34 1.34 1.59 1.03 1.49 1.04 1.88 1.06 0.89 0.39 0.67 0.24 1.73 0.27 0.24 0.25
C5' 1.64 1.95 1.71 1.25 2.15 0.84 2.72 0.70 2.96 2.57 2.47 1.71 1.80 3.01 2.08 1.84 0.91 1.08 0.43 3.55 0.38 0.30 0.31
C6 0.68 1.26 0.58 0.45 0.80 0.50 0.94 0.31 0.88 1.21 0.94 1.76 1.12 1.42 0.77 0.66 0.27 0.69 0.29 1.11 0.28 0.24 0.24
C8 1.04 1.21 1.09 0.82 1.32 0.55 1.80 0.42 1.84 1.90 1.38 1.40 1.15 2.24 1.36 1.17 0.53 0.72 0.25 2.34 0.27 0.24 0.25
N1 0.70 1.07 0.63 0.50 0.83 0.46 1.09 0.30 0.98 1.40 0.82 1.50 1.00 1.62 0.88 0.69 0.30 0.66 0.26 1.26 0.27 0.24 0.24
N2 1.15 0.85 1.11 0.88 1.39 0.56 1.88 0.46 1.72 2.20 1.12 0.76 0.96 2.50 1.55 1.12 0.58 0.84 0.34 2.05 0.23 0.23 0.25
N3 1.30 1.31 1.31 0.99 1.68 0.64 2.23 0.52 2.23 2.32 1.62 1.15 1.34 2.73 1.72 1.36 0.66 0.88 0.34 2.71 0.25 0.23 0.25
N7 0.83 1.14 0.83 0.64 1.00 0.51 1.34 0.35 1.33 1.54 1.05 1.55 1.05 1.82 1.03 0.91 0.39 0.67 0.24 1.73 0.27 0.24 0.24
N9 1.26 1.42 1.32 0.98 1.65 0.63 2.20 0.51 2.29 2.22 1.74 1.40 1.36 2.62 1.66 1.39 0.65 0.83 0.32 2.83 0.26 0.24 0.26
O2' 2.17 2.78 2.18 1.58 2.90 1.12 3.55 0.89 3.93 3.16 3.43 2.42 2.55 3.69 2.71 2.35 1.19 1.47 0.63 4.60 0.29 0.27 0.27
O3' 2.09 2.64 2.06 1.50 2.72 1.11 3.28 0.87 3.62 2.96 3.22 2.35 2.42 3.42 2.56 2.26 1.19 1.46 0.51 4.20 0.44 0.28 0.27
O4' 1.55 1.86 1.65 1.20 2.08 0.77 2.69 0.63 2.91 2.55 2.37 1.67 1.72 3.01 2.02 1.75 0.83 0.98 0.43 3.53 0.27 0.25 0.28
O5' 1.50 1.66 1.60 1.22 1.93 0.77 2.50 0.68 2.66 2.46 2.13 1.47 1.56 2.86 1.92 1.72 0.86 0.96 0.59 3.24 0.48 0.49 0.53
O6 0.70 1.66 0.49 0.31 0.87 0.59 0.66 0.35 0.76 0.77 1.30 2.23 1.43 0.89 0.62 0.60 0.24 0.82 0.40 0.68 0.30 0.24 0.23
OP1 1.55 1.79 1.63 1.23 1.99 0.79 2.52 0.67 2.69 2.45 2.23 1.64 1.66 2.84 1.96 1.75 0.88 1.01 0.50 3.22 0.38 0.37 0.44
OP2 1.49 1.57 1.57 1.29 1.74 0.95 2.15 0.85 2.20 2.25 1.79 1.63 1.52 2.54 1.78 1.68 1.00 1.10 0.63 2.64 0.55 0.56 0.63
P 1.52 1.67 1.62 1.26 1.88 0.84 2.39 0.73 2.51 2.39 2.04 1.60 1.58 2.75 1.89 1.73 0.92 1.02 0.53 3.03 0.38 0.39 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.02 0.12 0.42 0.21
C2 0.05 0.00 0.23 0.09 0.01 0.33 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.41 0.55 0.01 0.42 0.51 0.35
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.03 0.10 0.19 0.14 0.11 0.20 0.27 0.22 0.07 0.04 0.00 0.03 0.02 0.14 0.13 0.09 0.40 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.15 0.00 0.26 0.03 0.25 0.36 0.15 0.12 0.08 0.37 0.19 0.02 0.01 0.02 0.36 0.31 0.18 0.43 0.22
C4 0.02 0.01 0.13 0.15 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.22 0.20 0.01 0.12 0.39 0.18
C4' 0.01 0.33 0.03 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.28 0.23 0.44 0.31 0.21 0.06 0.24 0.03 0.00 0.02 0.08 0.11 0.25 0.13
C5 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.11 0.22 0.02 0.29 0.69 0.48
C5' 0.10 0.46 0.19 0.03 0.25 0.00 0.18 0.00 0.25 0.27 0.38 0.57 0.42 0.22 0.11 0.07 0.18 0.01 0.01 0.22 0.18 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.25 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.14 0.19 0.23 0.01 0.19 0.51 0.33
C8 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.28 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.37 0.26 0.21 0.66 0.04 0.70 1.24 0.97
N1 0.04 0.00 0.20 0.15 0.01 0.23 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.15 0.32 0.40 0.01 0.26 0.28 0.13
N2 0.06 0.00 0.27 0.12 0.01 0.44 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.36 0.49 0.74 0.01 0.65 0.84 0.63
N3 0.05 0.01 0.22 0.08 0.00 0.31 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.28 0.41 0.48 0.01 0.35 0.47 0.30
N7 0.01 0.01 0.07 0.37 0.01 0.21 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.28 0.11 0.56 0.04 0.67 1.27 0.96
N9 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.03 0.22 0.02 0.27 0.63 0.43
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.04 0.24 0.15 0.07 0.08 0.37 0.10 0.34 0.22 0.33 0.15 0.00 0.07 0.16 0.25 0.14 0.16 0.43 0.22
O3' 0.23 0.26 0.03 0.01 0.13 0.03 0.15 0.18 0.14 0.26 0.15 0.36 0.28 0.28 0.11 0.07 0.00 0.18 0.44 0.20 0.31 0.38 0.22
O4' 0.01 0.41 0.02 0.02 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.21 0.32 0.49 0.41 0.11 0.03 0.16 0.18 0.00 0.08 0.14 0.10 0.40 0.16
O5' 0.09 0.55 0.14 0.36 0.20 0.02 0.22 0.01 0.23 0.66 0.40 0.74 0.48 0.56 0.22 0.25 0.44 0.08 0.00 0.25 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.08 0.02 0.22 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.14 0.20 0.14 0.25 0.00 0.30 0.71 0.50
OP1 0.12 0.42 0.09 0.18 0.12 0.11 0.29 0.18 0.19 0.70 0.26 0.65 0.35 0.67 0.27 0.16 0.31 0.10 0.02 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.51 0.40 0.43 0.39 0.25 0.69 0.14 0.51 1.24 0.28 0.84 0.47 1.27 0.63 0.43 0.38 0.40 0.03 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.35 0.15 0.22 0.18 0.13 0.48 0.02 0.33 0.97 0.13 0.63 0.30 0.96 0.43 0.22 0.22 0.16 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00