Doublet Group distance statistics: 53609

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 6, 2, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N2	A	0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.013
O6	A	0, 0.024, 0.038, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.021, 0.037, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.016
P	B	0, 0.385, 0.652, 0.919, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.652 std_dev=0.267
OP2	B	0, 0.317, 0.746, 1.175, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.746 std_dev=0.429
OP1	B	0, 0.547, 1.097, 1.646, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.097 std_dev=0.550
O4'	A	0, -0.107, 0.479, 1.066, 2.647 max_d=2.647 avg_d=0.479 std_dev=0.587
C2'	A	0, -0.120, 0.479, 1.078, 2.696 max_d=2.696 avg_d=0.479 std_dev=0.599
O5'	B	0, 0.968, 1.613, 2.259, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.613 std_dev=0.645
C3'	A	0, -0.048, 0.738, 1.523, 3.567 max_d=3.567 avg_d=0.738 std_dev=0.786
C4'	A	0, -0.041, 0.747, 1.535, 3.609 max_d=3.609 avg_d=0.747 std_dev=0.788
O3'	A	0, 0.139, 0.945, 1.751, 3.746 max_d=3.746 avg_d=0.945 std_dev=0.806
O2'	A	0, -0.271, 0.561, 1.394, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.561 std_dev=0.833
C5'	B	0, 1.044, 2.321, 3.597, 4.438 max_d=4.438 avg_d=2.321 std_dev=1.276
C5'	A	0, -0.096, 1.331, 2.758, 6.462 max_d=6.462 avg_d=1.331 std_dev=1.427
C4'	B	0, 1.688, 3.151, 4.614, 5.168 max_d=5.168 avg_d=3.151 std_dev=1.463
O4'	B	0, 1.827, 3.423, 5.018, 5.648 max_d=5.648 avg_d=3.423 std_dev=1.596
C8	B	0, 2.437, 4.042, 5.647, 6.029 max_d=6.029 avg_d=4.042 std_dev=1.605
C3'	B	0, 2.195, 3.854, 5.513, 5.994 max_d=5.994 avg_d=3.854 std_dev=1.659
O3'	B	0, 2.460, 4.143, 5.827, 6.430 max_d=6.430 avg_d=4.143 std_dev=1.684
N7	B	0, 2.656, 4.370, 6.085, 6.240 max_d=6.240 avg_d=4.370 std_dev=1.714
O5'	A	0, -0.173, 1.623, 3.418, 7.886 max_d=7.886 avg_d=1.623 std_dev=1.796
N9	B	0, 2.606, 4.446, 6.286, 6.814 max_d=6.814 avg_d=4.446 std_dev=1.840
C1'	B	0, 2.474, 4.351, 6.228, 6.759 max_d=6.759 avg_d=4.351 std_dev=1.877
C5	B	0, 3.011, 5.026, 7.041, 7.306 max_d=7.306 avg_d=5.026 std_dev=2.015
C2'	B	0, 2.700, 4.742, 6.783, 7.121 max_d=7.121 avg_d=4.742 std_dev=2.042
C4	B	0, 2.973, 5.084, 7.194, 7.699 max_d=7.699 avg_d=5.084 std_dev=2.111
OP2	A	0, -0.032, 2.201, 4.435, 10.307 max_d=10.307 avg_d=2.201 std_dev=2.233
C6	B	0, 3.393, 5.681, 7.970, 8.050 max_d=8.050 avg_d=5.681 std_dev=2.288
O6	B	0, 3.498, 5.817, 8.136, 8.662 max_d=8.662 avg_d=5.817 std_dev=2.319
P	A	0, -0.216, 2.132, 4.480, 10.606 max_d=10.606 avg_d=2.132 std_dev=2.348
O2'	B	0, 3.007, 5.448, 7.888, 8.781 max_d=8.781 avg_d=5.448 std_dev=2.441
N3	B	0, 3.251, 5.712, 8.173, 8.765 max_d=8.765 avg_d=5.712 std_dev=2.461
N1	B	0, 3.673, 6.289, 8.905, 9.179 max_d=9.179 avg_d=6.289 std_dev=2.616
C2	B	0, 3.591, 6.292, 8.993, 9.571 max_d=9.571 avg_d=6.292 std_dev=2.701
OP1	A	0, -0.170, 2.627, 5.424, 12.810 max_d=12.810 avg_d=2.627 std_dev=2.797
N2	B	0, 3.909, 7.000, 10.090, 11.075 max_d=11.075 avg_d=7.000 std_dev=3.091

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.06	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.10	0.00	0.08	0.02	0.07	0.15	0.09
C2	0.03	0.00	0.19	0.24	0.01	0.37	0.00	0.71	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.22	0.30	0.36	0.72	0.01	0.92	1.13	0.96
C2'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.11	0.03	0.06	0.11	0.09	0.08	0.15	0.23	0.19	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01	0.10	0.08	0.07	0.15	0.04
C3'	0.02	0.24	0.00	0.00	0.17	0.00	0.22	0.02	0.22	0.31	0.21	0.30	0.23	0.30	0.16	0.01	0.00	0.01	0.20	0.25	0.17	0.09	0.15
C4	0.02	0.01	0.11	0.17	0.00	0.14	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.20	0.17	0.17	0.01	0.25	0.40	0.28
C4'	0.01	0.37	0.03	0.00	0.14	0.00	0.07	0.01	0.11	0.29	0.25	0.50	0.36	0.23	0.07	0.17	0.03	0.00	0.01	0.09	0.08	0.12	0.03
C5	0.02	0.00	0.06	0.22	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.21	0.07	0.20	0.01	0.22	0.29	0.23
C5'	0.06	0.71	0.11	0.02	0.30	0.01	0.14	0.00	0.26	0.39	0.52	0.94	0.67	0.30	0.07	0.08	0.11	0.01	0.01	0.20	0.09	0.19	0.02
C6	0.02	0.01	0.09	0.22	0.01	0.11	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.26	0.14	0.16	0.00	0.26	0.38	0.28
C8	0.01	0.00	0.08	0.31	0.00	0.29	0.00	0.39	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.30	0.16	0.20	0.70	0.01	0.71	0.70	0.73
N1	0.03	0.00	0.15	0.21	0.01	0.25	0.00	0.52	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.29	0.26	0.45	0.01	0.63	0.80	0.66
N2	0.03	0.00	0.23	0.30	0.00	0.50	0.00	0.94	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.33	0.36	0.43	1.04	0.02	1.36	1.59	1.40
N3	0.03	0.00	0.19	0.23	0.00	0.36	0.00	0.67	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.27	0.36	0.64	0.01	0.77	0.96	0.82
N7	0.01	0.01	0.05	0.30	0.00	0.23	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.25	0.21	0.12	0.61	0.01	0.65	0.69	0.67
N9	0.01	0.01	0.02	0.16	0.00	0.07	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.09	0.02	0.22	0.01	0.20	0.21	0.22
O2'	0.02	0.22	0.00	0.01	0.05	0.17	0.10	0.08	0.06	0.30	0.12	0.33	0.22	0.25	0.11	0.00	0.05	0.11	0.17	0.10	0.16	0.10	0.12
O3'	0.10	0.30	0.01	0.00	0.20	0.03	0.21	0.11	0.26	0.16	0.29	0.36	0.27	0.21	0.09	0.05	0.00	0.06	0.25	0.28	0.32	0.19	0.25
O4'	0.00	0.36	0.01	0.01	0.17	0.00	0.07	0.01	0.14	0.20	0.26	0.43	0.36	0.12	0.02	0.11	0.06	0.00	0.07	0.09	0.09	0.17	0.10
O5'	0.08	0.72	0.10	0.20	0.17	0.01	0.20	0.01	0.16	0.70	0.45	1.04	0.64	0.61	0.22	0.17	0.25	0.07	0.00	0.20	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.08	0.25	0.01	0.09	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.10	0.28	0.09	0.20	0.00	0.28	0.35	0.27
OP1	0.07	0.92	0.07	0.17	0.25	0.08	0.22	0.09	0.26	0.71	0.63	1.36	0.77	0.65	0.20	0.16	0.32	0.09	0.01	0.28	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	1.13	0.15	0.09	0.40	0.12	0.29	0.19	0.38	0.70	0.80	1.59	0.96	0.69	0.21	0.10	0.19	0.17	0.02	0.35	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.96	0.04	0.15	0.28	0.03	0.23	0.02	0.28	0.73	0.66	1.40	0.82	0.67	0.22	0.12	0.25	0.10	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.98	1.71	1.55	1.52	1.19	0.78	1.07	0.48	1.40	0.60	1.71	1.89	1.48	0.61	0.91	1.59	1.79	0.56	0.39	1.38	0.40	0.23	0.21
C2	0.48	0.82	0.78	0.91	0.67	0.50	0.82	0.51	0.98	0.50	0.95	0.81	0.69	0.72	0.51	0.73	1.06	0.53	0.37	1.09	0.37	0.26	0.21
C2'	1.24	2.56	1.80	1.63	1.78	0.77	1.71	0.34	2.21	0.91	2.63	2.79	2.17	1.09	1.29	1.89	1.87	0.58	0.26	2.18	0.30	0.39	0.30
C3'	1.32	2.67	1.91	1.75	1.78	0.96	1.70	0.61	2.26	0.90	2.76	3.01	2.23	1.05	1.31	2.06	2.06	0.71	0.46	2.30	0.55	0.40	0.44
C4	0.74	1.40	1.09	1.12	1.06	0.59	1.14	0.51	1.45	0.62	1.54	1.47	1.19	0.79	0.79	1.07	1.29	0.54	0.39	1.56	0.36	0.22	0.20
C4'	1.45	2.07	2.09	2.04	1.44	1.36	1.19	1.08	1.55	0.87	2.02	2.40	1.83	0.71	1.24	2.24	2.39	1.08	0.89	1.51	0.89	0.44	0.69
C5	0.68	1.46	0.88	0.87	1.09	0.57	1.25	0.60	1.62	0.68	1.65	1.52	1.20	0.95	0.79	0.87	0.99	0.58	0.41	1.84	0.30	0.19	0.19
C5'	1.67	2.06	2.27	2.33	1.46	1.77	1.18	1.56	1.52	1.04	2.00	2.41	1.84	0.77	1.37	2.43	2.74	1.44	1.35	1.50	1.39	0.81	1.14
C6	0.58	1.21	0.68	0.65	0.94	0.58	1.17	0.71	1.48	0.66	1.43	1.23	0.98	0.99	0.68	0.67	0.72	0.61	0.43	1.71	0.26	0.18	0.19
C8	0.85	1.81	1.16	1.11	1.26	0.63	1.31	0.53	1.76	0.69	1.97	1.97	1.50	0.84	0.91	1.17	1.29	0.58	0.40	1.94	0.33	0.19	0.20
N1	0.48	0.90	0.60	0.62	0.73	0.55	0.95	0.68	1.16	0.56	1.09	0.89	0.73	0.87	0.53	0.58	0.70	0.61	0.42	1.34	0.29	0.21	0.19
N2	0.31	0.46	0.66	0.90	0.39	0.43	0.57	0.44	0.67	0.39	0.59	0.43	0.35	0.60	0.30	0.60	1.06	0.52	0.34	0.78	0.44	0.33	0.23
N3	0.65	1.09	1.12	1.21	0.86	0.59	0.93	0.46	1.13	0.54	1.17	1.12	0.95	0.69	0.67	1.07	1.40	0.49	0.37	1.19	0.40	0.26	0.22
N7	0.76	1.71	0.96	0.91	1.22	0.59	1.35	0.61	1.81	0.72	1.92	1.82	1.40	0.96	0.87	0.96	1.04	0.59	0.41	2.06	0.29	0.18	0.19
N9	0.86	1.67	1.28	1.27	1.19	0.66	1.19	0.49	1.57	0.64	1.77	1.80	1.41	0.73	0.88	1.29	1.48	0.56	0.39	1.65	0.37	0.21	0.21
O2'	1.43	2.58	2.07	1.86	1.84	0.97	1.64	0.48	1.99	0.98	2.48	2.86	2.28	1.07	1.42	2.19	2.10	0.77	0.39	1.88	0.26	0.47	0.37
O3'	1.50	3.06	2.10	1.83	2.03	0.98	1.89	0.53	2.47	1.04	3.09	3.52	2.57	1.19	1.51	2.31	2.13	0.77	0.39	2.44	0.56	0.56	0.53
O4'	1.29	1.57	1.85	1.84	1.16	1.23	0.89	0.98	1.10	0.82	1.48	1.81	1.45	0.58	1.09	1.92	2.14	1.03	0.84	1.04	0.83	0.43	0.62
O5'	1.90	2.18	2.46	2.52	1.62	2.05	1.37	1.84	1.75	1.20	2.18	2.50	1.97	0.92	1.56	2.64	2.93	1.72	1.56	1.81	1.53	0.91	1.30
O6	0.58	1.22	0.66	0.58	0.94	0.66	1.20	0.83	1.53	0.68	1.48	1.24	0.97	1.05	0.67	0.68	0.60	0.65	0.46	1.82	0.23	0.18	0.21
OP1	2.13	2.29	2.67	2.86	1.70	2.53	1.40	2.40	1.76	1.32	2.25	2.66	2.08	0.97	1.69	2.95	3.46	2.08	2.02	1.82	2.11	1.29	1.79
OP2	1.97	2.14	2.39	2.67	1.63	2.36	1.45	2.32	1.85	1.35	2.21	2.41	1.91	1.07	1.62	2.52	3.09	1.97	2.06	2.02	2.17	1.35	1.83
P	2.10	2.09	2.60	2.83	1.62	2.48	1.32	2.35	1.64	1.34	2.06	2.40	1.93	0.96	1.67	2.79	3.36	2.07	2.02	1.70	2.04	1.28	1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.21	0.01	0.11	0.01	0.05	0.27	0.14
C2	0.02	0.00	0.20	0.16	0.01	0.06	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.35	0.33	0.15	0.27	0.01	0.17	0.70	0.36
C2'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.11	0.02	0.08	0.15	0.12	0.09	0.18	0.23	0.19	0.05	0.02	0.00	0.03	0.02	0.22	0.11	0.08	0.30	0.19
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.18	0.00	0.27	0.01	0.28	0.31	0.22	0.16	0.13	0.33	0.18	0.01	0.01	0.01	0.37	0.32	0.11	0.35	0.28
C4	0.01	0.01	0.11	0.18	0.00	0.04	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.27	0.17	0.08	0.35	0.01	0.29	0.73	0.46
C4'	0.02	0.06	0.02	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.09	0.18	0.04	0.10	0.06	0.17	0.07	0.22	0.02	0.00	0.02	0.12	0.20	0.07	0.06
C5	0.01	0.01	0.08	0.27	0.00	0.10	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.30	0.15	0.05	0.51	0.01	0.55	1.01	0.71
C5'	0.06	0.13	0.15	0.01	0.14	0.01	0.21	0.00	0.21	0.26	0.16	0.13	0.11	0.28	0.14	0.12	0.14	0.02	0.01	0.25	0.08	0.22	0.03
C6	0.01	0.00	0.12	0.28	0.01	0.09	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.32	0.19	0.07	0.51	0.00	0.57	1.09	0.73
C8	0.01	0.01	0.09	0.31	0.00	0.18	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.26	0.21	0.08	0.62	0.01	0.64	0.96	0.80
N1	0.01	0.00	0.18	0.22	0.01	0.04	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.34	0.24	0.12	0.39	0.01	0.37	0.92	0.55
N2	0.03	0.01	0.23	0.16	0.01	0.10	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.37	0.44	0.18	0.22	0.01	0.13	0.60	0.26
N3	0.02	0.00	0.19	0.13	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.32	0.34	0.14	0.22	0.01	0.11	0.58	0.28
N7	0.01	0.01	0.05	0.33	0.00	0.17	0.00	0.28	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.29	0.23	0.04	0.66	0.01	0.77	1.18	0.92
N9	0.00	0.01	0.02	0.18	0.00	0.07	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.19	0.09	0.01	0.36	0.01	0.29	0.64	0.46
O2'	0.02	0.35	0.00	0.01	0.27	0.22	0.30	0.12	0.32	0.26	0.34	0.37	0.32	0.29	0.19	0.00	0.07	0.15	0.25	0.33	0.10	0.28	0.20
O3'	0.21	0.33	0.03	0.01	0.17	0.02	0.15	0.14	0.19	0.21	0.24	0.44	0.34	0.23	0.09	0.07	0.00	0.14	0.35	0.22	0.19	0.37	0.27
O4'	0.01	0.15	0.02	0.01	0.08	0.00	0.05	0.02	0.07	0.08	0.12	0.18	0.14	0.04	0.01	0.15	0.14	0.00	0.08	0.06	0.14	0.11	0.06
O5'	0.11	0.27	0.22	0.37	0.35	0.02	0.51	0.01	0.51	0.62	0.39	0.22	0.22	0.66	0.36	0.25	0.35	0.08	0.00	0.59	0.01	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.11	0.32	0.01	0.12	0.01	0.25	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.33	0.22	0.06	0.59	0.00	0.74	1.25	0.87
OP1	0.05	0.17	0.08	0.11	0.29	0.20	0.55	0.08	0.57	0.64	0.37	0.13	0.11	0.77	0.29	0.10	0.19	0.14	0.01	0.74	0.00	0.01	0.00
OP2	0.27	0.70	0.30	0.35	0.73	0.07	1.01	0.22	1.09	0.96	0.92	0.60	0.58	1.18	0.64	0.28	0.37	0.11	0.01	1.25	0.01	0.00	0.00
P	0.14	0.36	0.19	0.28	0.46	0.06	0.71	0.03	0.73	0.80	0.55	0.26	0.28	0.92	0.46	0.20	0.27	0.06	0.01	0.87	0.00	0.00	0.00