ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53610

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.007, 0.034, 0.062, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.068, 0.194, 0.319, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.194 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.056, 0.199, 0.343, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.199 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.046, 0.233, 0.420, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.233 std_dev=0.187
C4' A 0, 0.095, 0.309, 0.523, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.309 std_dev=0.214
C3' A 0, 0.102, 0.316, 0.531, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.316 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.368, 0.614, 0.861, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.614 std_dev=0.246
P B 0, 0.306, 0.579, 0.851, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.579 std_dev=0.272
O5' A 0, 0.181, 0.461, 0.741, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.461 std_dev=0.280
OP2 A 0, 0.121, 0.432, 0.743, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.432 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.153, 0.464, 0.776, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.464 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.167, 0.493, 0.819, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.493 std_dev=0.326
P A 0, 0.165, 0.498, 0.830, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.498 std_dev=0.333
OP1 A 0, 0.178, 0.602, 1.026, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.602 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.435, 0.904, 1.373, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.904 std_dev=0.469
OP1 B 0, 0.570, 1.048, 1.525, 1.749 max_d=1.749 avg_d=1.048 std_dev=0.477
C5' B 0, 0.230, 1.442, 2.654, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.442 std_dev=1.212
O3' B 0, 0.088, 1.675, 3.262, 6.487 max_d=6.487 avg_d=1.675 std_dev=1.587
C3' B 0, 0.183, 1.783, 3.384, 5.346 max_d=5.346 avg_d=1.783 std_dev=1.600
C4' B 0, 0.018, 1.953, 3.889, 5.994 max_d=5.994 avg_d=1.953 std_dev=1.935
C2' B 0, -0.148, 2.557, 5.262, 7.161 max_d=7.161 avg_d=2.557 std_dev=2.705
O4' B 0, -0.326, 2.672, 5.670, 8.056 max_d=8.056 avg_d=2.672 std_dev=2.998
O2' B 0, -0.196, 2.848, 5.892, 8.484 max_d=8.484 avg_d=2.848 std_dev=3.044
C1' B 0, -0.439, 3.013, 6.466, 9.036 max_d=9.036 avg_d=3.013 std_dev=3.452
N9 B 0, -0.649, 3.445, 7.540, 10.420 max_d=10.420 avg_d=3.445 std_dev=4.094
C8 B 0, -0.705, 3.637, 7.979, 10.997 max_d=10.997 avg_d=3.637 std_dev=4.342
N3 B 0, -0.893, 3.775, 8.443, 11.676 max_d=11.676 avg_d=3.775 std_dev=4.668
C4 B 0, -0.863, 3.813, 8.490, 11.732 max_d=11.732 avg_d=3.813 std_dev=4.676
N7 B 0, -0.942, 4.134, 9.211, 12.684 max_d=12.684 avg_d=4.134 std_dev=5.077
C5 B 0, -1.042, 4.259, 9.560, 13.211 max_d=13.211 avg_d=4.259 std_dev=5.301
C2 B 0, -1.120, 4.235, 9.590, 13.290 max_d=13.290 avg_d=4.235 std_dev=5.355
N2 B 0, -1.173, 4.276, 9.725, 13.477 max_d=13.477 avg_d=4.276 std_dev=5.449
N1 B 0, -1.314, 4.720, 10.755, 14.946 max_d=14.946 avg_d=4.720 std_dev=6.034
C6 B 0, -1.295, 4.775, 10.846, 15.059 max_d=15.059 avg_d=4.775 std_dev=6.071
O6 B 0, -1.485, 5.257, 11.998, 16.715 max_d=16.715 avg_d=5.257 std_dev=6.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.24 0.05 0.10 0.03 0.10 0.08 0.07
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.13 0.18 0.15 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.11 0.16 0.10
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.03 0.12 0.08 0.16 0.21 0.17 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.08 0.01 0.07 0.07 0.05
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.10 0.01 0.09 0.06 0.07
C5' 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.11 0.01 0.10 0.07 0.07
C8 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.11 0.02 0.09 0.08 0.06
N1 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.04 0.10 0.03 0.10 0.07 0.07
N2 0.04 0.01 0.18 0.21 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.28 0.07 0.10 0.04 0.11 0.09 0.08
N3 0.02 0.01 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.21 0.05 0.09 0.02 0.08 0.08 0.06
N7 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.10 0.08 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.04
O2' 0.03 0.13 0.01 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.04 0.12 0.16 0.11 0.04 0.02 0.00 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.13 0.06
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.03 0.16 0.09 0.22 0.28 0.21 0.08 0.05 0.05 0.00 0.02 0.10 0.16 0.13 0.12 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
O5' 0.05 0.10 0.09 0.10 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.07 0.06 0.10 0.05 0.00 0.11 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02 0.11 0.00 0.10 0.08 0.08
OP1 0.05 0.10 0.11 0.12 0.07 0.03 0.09 0.05 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.10 0.06 0.07 0.13 0.05 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.08 0.16 0.13 0.07 0.04 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.13 0.12 0.08 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.10 0.10 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.06 0.10 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.89 3.92 1.84 1.23 3.63 1.63 3.94 0.98 4.23 3.50 4.23 3.87 3.57 3.83 3.33 2.06 1.20 2.73 0.46 4.41 0.29 0.15 0.14
C2 2.38 2.95 1.46 0.92 3.18 1.23 3.64 0.75 3.79 3.33 3.45 2.39 2.77 3.68 2.98 1.55 0.78 2.25 0.37 3.98 0.27 0.14 0.11
C2' 2.78 3.31 1.74 1.29 3.25 1.77 3.49 1.14 3.65 3.25 3.56 3.15 3.13 3.47 3.08 1.94 1.37 2.77 0.59 3.79 0.40 0.27 0.28
C3' 2.78 3.38 1.74 1.30 3.28 1.77 3.55 1.15 3.75 3.28 3.67 3.25 3.15 3.53 3.10 1.95 1.38 2.76 0.61 3.93 0.42 0.32 0.31
C4 2.66 3.76 1.69 1.07 3.58 1.37 4.03 0.81 4.39 3.53 4.26 3.44 3.36 3.95 3.24 1.84 0.96 2.44 0.39 4.63 0.28 0.14 0.11
C4' 2.90 3.85 1.84 1.27 3.56 1.71 3.86 1.06 4.17 3.46 4.16 3.83 3.51 3.77 3.29 2.08 1.30 2.78 0.51 4.37 0.32 0.18 0.19
C5 2.52 3.73 1.64 0.99 3.56 1.18 4.16 0.66 4.62 3.56 4.42 3.36 3.26 4.09 3.19 1.77 0.83 2.21 0.34 5.01 0.26 0.14 0.08
C5' 2.92 4.00 1.87 1.26 3.66 1.66 4.02 1.02 4.39 3.54 4.38 3.99 3.60 3.91 3.35 2.10 1.26 2.75 0.49 4.65 0.32 0.18 0.17
C6 2.26 3.31 1.48 0.87 3.32 0.97 4.02 0.51 4.47 3.46 4.09 2.81 2.90 4.03 2.99 1.57 0.67 1.93 0.28 4.93 0.25 0.14 0.07
C8 2.75 4.10 1.80 1.13 3.75 1.37 4.25 0.78 4.74 3.65 4.68 3.94 3.58 4.13 3.36 1.99 1.02 2.46 0.38 5.09 0.27 0.14 0.09
N1 2.18 2.92 1.39 0.82 3.14 0.98 3.78 0.55 4.06 3.35 3.61 2.34 2.65 3.85 2.89 1.46 0.63 1.93 0.29 4.40 0.26 0.14 0.08
N2 2.21 2.26 1.31 0.85 2.77 1.23 3.16 0.81 3.12 3.09 2.70 1.65 2.25 3.32 2.73 1.35 0.71 2.21 0.39 3.27 0.28 0.14 0.14
N3 2.62 3.38 1.62 1.06 3.39 1.43 3.76 0.87 3.95 3.40 3.77 2.97 3.14 3.72 3.14 1.75 0.96 2.50 0.41 4.11 0.28 0.14 0.13
N7 2.60 3.96 1.72 1.04 3.67 1.21 4.27 0.66 4.81 3.62 4.66 3.69 3.42 4.18 3.26 1.88 0.89 2.25 0.34 5.25 0.26 0.14 0.08
N9 2.80 3.99 1.80 1.15 3.68 1.48 4.10 0.87 4.48 3.58 4.44 3.83 3.55 3.99 3.33 1.98 1.07 2.57 0.42 4.72 0.28 0.15 0.11
O2' 2.78 3.08 1.72 1.32 3.09 1.85 3.24 1.21 3.32 3.10 3.23 2.94 2.99 3.25 2.98 1.94 1.46 2.83 0.60 3.40 0.40 0.25 0.30
O3' 2.71 3.01 1.68 1.35 3.02 1.87 3.24 1.26 3.36 3.10 3.24 2.86 2.89 3.27 2.93 1.87 1.50 2.79 0.68 3.50 0.49 0.42 0.41
O4' 2.95 4.17 1.90 1.22 3.77 1.61 4.10 0.96 4.48 3.59 4.52 4.20 3.74 3.97 3.42 2.14 1.18 2.74 0.43 4.70 0.28 0.17 0.14
O5' 2.86 4.02 1.85 1.22 3.69 1.57 4.11 0.95 4.53 3.59 4.49 3.97 3.58 4.01 3.35 2.06 1.19 2.65 0.46 4.86 0.33 0.19 0.16
O6 2.07 3.12 1.39 0.79 3.17 0.78 3.96 0.37 4.46 3.38 3.99 2.62 2.70 4.02 2.84 1.47 0.56 1.67 0.23 5.07 0.25 0.14 0.08
OP1 2.82 3.97 1.82 1.21 3.64 1.54 4.08 0.93 4.51 3.56 4.46 3.91 3.53 3.99 3.31 2.05 1.18 2.60 0.44 4.88 0.33 0.21 0.16
OP2 2.71 4.03 1.78 1.12 3.68 1.35 4.22 0.76 4.74 3.61 4.65 3.93 3.52 4.13 3.30 1.99 1.03 2.40 0.38 5.20 0.31 0.19 0.12
P 2.84 4.13 1.86 1.20 3.75 1.49 4.23 0.87 4.71 3.64 4.67 4.09 3.64 4.12 3.38 2.08 1.13 2.57 0.42 5.11 0.30 0.18 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.20 0.00 0.40 0.02 0.50 0.94 0.52
C2 0.03 0.00 0.61 0.56 0.01 0.39 0.01 0.82 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.51 0.51 0.09 0.38 0.02 0.51 0.67 0.18
C2' 0.01 0.61 0.00 0.00 0.28 0.02 0.10 0.17 0.24 0.34 0.46 0.74 0.60 0.20 0.04 0.01 0.02 0.02 0.28 0.16 0.42 0.40 0.31
C3' 0.02 0.56 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.03 0.14 0.64 0.35 0.79 0.55 0.53 0.21 0.02 0.01 0.01 0.22 0.19 0.19 0.12 0.15
C4 0.02 0.01 0.28 0.16 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.06 0.43 0.01 1.07 1.30 0.77
C4' 0.01 0.39 0.02 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.10 0.38 0.24 0.53 0.38 0.32 0.11 0.23 0.02 0.01 0.01 0.13 0.38 0.38 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.19 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.06 0.05 0.87 0.01 1.77 1.83 1.34
C5' 0.08 0.82 0.17 0.03 0.30 0.00 0.14 0.00 0.22 0.55 0.55 1.10 0.78 0.47 0.10 0.05 0.13 0.01 0.01 0.18 0.30 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.24 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.43 0.10 0.07 0.68 0.01 1.72 1.73 1.19
C8 0.02 0.02 0.34 0.64 0.01 0.38 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.39 0.05 1.47 0.02 2.04 2.11 1.78
N1 0.02 0.01 0.46 0.35 0.02 0.24 0.02 0.55 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.50 0.33 0.08 0.23 0.01 1.09 1.16 0.60
N2 0.03 0.01 0.74 0.79 0.02 0.53 0.02 1.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.55 0.70 0.11 0.81 0.03 0.18 0.33 0.50
N3 0.03 0.01 0.60 0.55 0.01 0.38 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.50 0.10 0.34 0.02 0.40 0.64 0.14
N7 0.02 0.01 0.20 0.53 0.01 0.32 0.00 0.47 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.33 0.05 1.44 0.01 2.37 2.29 1.91
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.05 0.02 0.78 0.02 1.18 1.47 1.03
O2' 0.02 0.51 0.01 0.02 0.34 0.23 0.34 0.05 0.43 0.14 0.50 0.55 0.45 0.23 0.16 0.00 0.05 0.20 0.28 0.43 0.41 0.38 0.31
O3' 0.20 0.51 0.02 0.01 0.19 0.02 0.06 0.13 0.10 0.39 0.33 0.70 0.50 0.33 0.05 0.05 0.00 0.16 0.26 0.08 0.35 0.10 0.19
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.08 0.11 0.10 0.05 0.02 0.20 0.16 0.00 0.36 0.07 0.24 0.98 0.40
O5' 0.40 0.38 0.28 0.22 0.43 0.01 0.87 0.01 0.68 1.47 0.23 0.81 0.34 1.44 0.78 0.28 0.26 0.36 0.00 0.90 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.16 0.19 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.43 0.08 0.07 0.90 0.00 2.11 2.00 1.49
OP1 0.50 0.51 0.42 0.19 1.07 0.38 1.77 0.30 1.72 2.04 1.09 0.18 0.40 2.37 1.18 0.41 0.35 0.24 0.01 2.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.94 0.67 0.40 0.12 1.30 0.38 1.83 0.39 1.73 2.11 1.16 0.33 0.64 2.29 1.47 0.38 0.10 0.98 0.03 2.00 0.02 0.00 0.01
P 0.52 0.18 0.31 0.15 0.77 0.05 1.34 0.01 1.19 1.78 0.60 0.50 0.14 1.91 1.03 0.31 0.19 0.40 0.01 1.49 0.01 0.01 0.00