ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53611

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 1, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.018, 0.038, 0.059, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.023, 0.050, 0.076, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.050 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.043 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.045 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.030, 0.060, 0.090, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.060 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.024, 0.057, 0.089, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.057 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.021, 0.056, 0.090, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.056 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.034, 0.070, 0.107, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.070 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.040, 0.083, 0.126, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.083 std_dev=0.043
P B 0, 0.247, 0.488, 0.729, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.488 std_dev=0.241
OP2 B 0, 0.097, 0.515, 0.932, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.515 std_dev=0.418
O5' B 0, 0.191, 0.699, 1.208, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.699 std_dev=0.509
O4' A 0, 0.508, 1.080, 1.651, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.080 std_dev=0.571
OP1 B 0, 0.298, 0.889, 1.480, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.889 std_dev=0.591
C2' A 0, 0.623, 1.215, 1.807, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.215 std_dev=0.592
C4' B 0, 0.109, 0.901, 1.693, 2.743 max_d=2.743 avg_d=0.901 std_dev=0.792
C5' B 0, 0.118, 0.929, 1.741, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.929 std_dev=0.812
C3' A 0, 0.497, 1.333, 2.170, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.333 std_dev=0.837
O4' B 0, -0.020, 0.860, 1.741, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.860 std_dev=0.880
C3' B 0, 0.164, 1.055, 1.946, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.055 std_dev=0.891
C4' A 0, 0.520, 1.450, 2.380, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.450 std_dev=0.930
O2' A 0, 1.155, 2.111, 3.066, 3.229 max_d=3.229 avg_d=2.111 std_dev=0.956
O2' B 0, -0.017, 0.987, 1.992, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.987 std_dev=1.004
C2' B 0, 0.015, 1.025, 2.035, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.025 std_dev=1.010
O3' A 0, 0.444, 1.463, 2.483, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.463 std_dev=1.019
C1' B 0, -0.176, 0.884, 1.944, 3.237 max_d=3.237 avg_d=0.884 std_dev=1.060
O5' A 0, 0.658, 1.720, 2.782, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.720 std_dev=1.062
O3' B 0, 0.255, 1.341, 2.427, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.341 std_dev=1.086
C8 B 0, -0.286, 0.861, 2.007, 3.493 max_d=3.493 avg_d=0.861 std_dev=1.147
N9 B 0, -0.319, 0.943, 2.205, 3.865 max_d=3.865 avg_d=0.943 std_dev=1.262
OP2 A 0, 0.329, 1.601, 2.873, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.601 std_dev=1.272
P A 0, 0.375, 1.731, 3.087, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.731 std_dev=1.356
N7 B 0, -0.388, 0.990, 2.369, 4.211 max_d=4.211 avg_d=0.990 std_dev=1.378
C5' A 0, 0.814, 2.196, 3.578, 4.382 max_d=4.382 avg_d=2.196 std_dev=1.382
C4 B 0, -0.353, 1.252, 2.858, 4.966 max_d=4.966 avg_d=1.252 std_dev=1.606
OP1 A 0, 0.313, 1.975, 3.638, 4.697 max_d=4.697 avg_d=1.975 std_dev=1.662
C5 B 0, -0.364, 1.302, 2.968, 5.151 max_d=5.151 avg_d=1.302 std_dev=1.666
N3 B 0, -0.294, 1.540, 3.374, 5.735 max_d=5.735 avg_d=1.540 std_dev=1.834
C6 B 0, -0.288, 1.723, 3.734, 6.269 max_d=6.269 avg_d=1.723 std_dev=2.011
O6 B 0, -0.262, 1.849, 3.960, 6.581 max_d=6.581 avg_d=1.849 std_dev=2.111
C2 B 0, -0.243, 1.930, 4.103, 6.817 max_d=6.817 avg_d=1.930 std_dev=2.173
N1 B 0, -0.232, 2.031, 4.295, 7.081 max_d=7.081 avg_d=2.031 std_dev=2.264
N2 B 0, -0.193, 2.269, 4.730, 7.737 max_d=7.737 avg_d=2.269 std_dev=2.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.13 0.10 0.03 0.01 0.01 0.20 0.01 0.13 0.05 0.14 0.47 0.24
C2 0.10 0.00 0.33 0.28 0.01 0.18 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.45 0.33 0.25 0.33 0.03 0.28 0.35 0.30
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.16 0.03 0.09 0.12 0.16 0.15 0.26 0.39 0.32 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.36 0.13 0.39 0.63 0.45
C3' 0.03 0.28 0.01 0.00 0.26 0.01 0.36 0.02 0.37 0.39 0.32 0.30 0.25 0.42 0.24 0.02 0.01 0.02 0.29 0.42 0.26 0.30 0.25
C4 0.04 0.01 0.16 0.26 0.00 0.07 0.01 0.19 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.23 0.11 0.39 0.03 0.26 0.31 0.25
C4' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.14 0.34 0.11 0.29 0.19 0.31 0.13 0.24 0.03 0.01 0.03 0.20 0.13 0.32 0.14
C5 0.03 0.01 0.09 0.36 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.31 0.04 0.59 0.02 0.39 0.32 0.38
C5' 0.04 0.19 0.12 0.02 0.19 0.01 0.35 0.00 0.33 0.49 0.22 0.27 0.18 0.52 0.22 0.16 0.11 0.03 0.01 0.43 0.21 0.26 0.04
C6 0.05 0.02 0.16 0.37 0.03 0.14 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.30 0.33 0.09 0.61 0.01 0.44 0.39 0.44
C8 0.04 0.01 0.15 0.39 0.01 0.34 0.01 0.49 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.38 0.17 0.64 0.03 0.37 0.23 0.33
N1 0.08 0.01 0.26 0.32 0.02 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.38 0.31 0.18 0.47 0.02 0.35 0.35 0.35
N2 0.13 0.00 0.39 0.30 0.02 0.29 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.57 0.43 0.32 0.26 0.03 0.29 0.38 0.33
N3 0.10 0.01 0.32 0.25 0.01 0.19 0.02 0.18 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.42 0.31 0.24 0.26 0.03 0.24 0.38 0.28
N7 0.03 0.02 0.08 0.42 0.02 0.31 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.32 0.42 0.11 0.74 0.03 0.50 0.37 0.50
N9 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.13 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.16 0.20 0.02 0.36 0.04 0.21 0.34 0.18
O2' 0.01 0.45 0.00 0.02 0.24 0.24 0.26 0.16 0.30 0.34 0.38 0.57 0.42 0.32 0.16 0.00 0.06 0.22 0.24 0.31 0.37 0.62 0.34
O3' 0.20 0.33 0.03 0.01 0.23 0.03 0.31 0.11 0.33 0.38 0.31 0.43 0.31 0.42 0.20 0.06 0.00 0.13 0.20 0.39 0.36 0.26 0.19
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.03 0.09 0.17 0.18 0.32 0.24 0.11 0.02 0.22 0.13 0.00 0.17 0.06 0.20 0.54 0.33
O5' 0.13 0.33 0.36 0.29 0.39 0.03 0.59 0.01 0.61 0.64 0.47 0.26 0.26 0.74 0.36 0.24 0.20 0.17 0.00 0.72 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.03 0.13 0.42 0.03 0.20 0.02 0.43 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.31 0.39 0.06 0.72 0.00 0.56 0.53 0.57
OP1 0.14 0.28 0.39 0.26 0.26 0.13 0.39 0.21 0.44 0.37 0.35 0.29 0.24 0.50 0.21 0.37 0.36 0.20 0.01 0.56 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.35 0.63 0.30 0.31 0.32 0.32 0.26 0.39 0.23 0.35 0.38 0.38 0.37 0.34 0.62 0.26 0.54 0.02 0.53 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.30 0.45 0.25 0.25 0.14 0.38 0.04 0.44 0.33 0.35 0.33 0.28 0.50 0.18 0.34 0.19 0.33 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.75 0.55 0.53 0.43 0.22 0.37 0.21 0.58 0.08 0.76 0.87 0.60 0.12 0.26 0.53 0.66 0.10 0.18 0.60 0.28 0.21 0.24
C2 0.39 0.58 0.60 0.62 0.49 0.35 0.46 0.27 0.50 0.29 0.56 0.61 0.55 0.33 0.40 0.56 0.69 0.25 0.32 0.47 0.28 0.15 0.19
C2' 0.61 1.26 0.84 0.78 0.87 0.45 0.85 0.27 1.12 0.48 1.32 1.39 1.06 0.56 0.65 0.82 0.88 0.41 0.50 1.17 0.32 0.35 0.36
C3' 0.41 0.90 0.61 0.58 0.60 0.32 0.57 0.23 0.78 0.30 0.95 1.01 0.75 0.35 0.43 0.59 0.67 0.28 0.32 0.81 0.29 0.28 0.31
C4 0.42 0.80 0.65 0.63 0.60 0.35 0.59 0.27 0.74 0.32 0.82 0.86 0.70 0.39 0.45 0.61 0.71 0.26 0.31 0.76 0.29 0.15 0.19
C4' 0.24 0.45 0.35 0.34 0.27 0.27 0.25 0.38 0.31 0.28 0.45 0.56 0.36 0.28 0.24 0.35 0.43 0.29 0.14 0.31 0.42 0.42 0.42
C5 0.50 0.85 0.67 0.65 0.69 0.41 0.71 0.34 0.84 0.46 0.89 0.90 0.76 0.55 0.55 0.63 0.70 0.36 0.36 0.88 0.35 0.23 0.23
C5' 0.29 0.42 0.40 0.40 0.32 0.33 0.30 0.40 0.34 0.29 0.41 0.48 0.37 0.30 0.29 0.40 0.48 0.30 0.21 0.34 0.44 0.42 0.41
C6 0.52 0.79 0.65 0.63 0.67 0.43 0.70 0.37 0.79 0.52 0.82 0.81 0.72 0.61 0.57 0.60 0.66 0.40 0.38 0.82 0.41 0.29 0.26
C8 0.47 0.94 0.68 0.65 0.68 0.38 0.69 0.30 0.88 0.39 0.99 1.02 0.80 0.47 0.51 0.64 0.72 0.31 0.34 0.94 0.32 0.18 0.21
N1 0.47 0.65 0.62 0.62 0.58 0.41 0.58 0.35 0.63 0.45 0.66 0.67 0.62 0.50 0.50 0.57 0.66 0.35 0.37 0.62 0.37 0.27 0.24
N2 0.31 0.40 0.55 0.59 0.35 0.30 0.30 0.22 0.30 0.22 0.35 0.43 0.40 0.27 0.30 0.51 0.69 0.19 0.28 0.29 0.23 0.12 0.16
N3 0.36 0.66 0.62 0.62 0.50 0.32 0.46 0.23 0.56 0.22 0.65 0.71 0.60 0.26 0.37 0.58 0.72 0.20 0.29 0.54 0.25 0.13 0.17
N7 0.52 0.94 0.69 0.65 0.73 0.42 0.76 0.35 0.92 0.48 0.99 1.00 0.82 0.58 0.58 0.64 0.70 0.37 0.37 0.99 0.36 0.23 0.24
N9 0.40 0.85 0.64 0.62 0.60 0.33 0.58 0.25 0.76 0.27 0.89 0.94 0.73 0.33 0.43 0.61 0.72 0.23 0.29 0.80 0.27 0.14 0.18
O2' 0.66 1.31 0.80 0.72 0.89 0.54 0.89 0.55 1.16 0.69 1.39 1.49 1.08 0.74 0.71 0.78 0.80 0.61 0.61 1.24 0.54 0.62 0.64
O3' 0.43 0.82 0.51 0.46 0.54 0.40 0.50 0.44 0.67 0.37 0.86 0.94 0.67 0.37 0.43 0.51 0.52 0.43 0.28 0.69 0.45 0.45 0.50
O4' 0.29 0.49 0.46 0.45 0.30 0.34 0.26 0.43 0.32 0.30 0.46 0.60 0.40 0.30 0.28 0.46 0.56 0.32 0.24 0.31 0.47 0.43 0.45
O5' 0.36 0.58 0.54 0.59 0.42 0.43 0.39 0.45 0.47 0.32 0.58 0.66 0.50 0.31 0.36 0.52 0.68 0.33 0.46 0.47 0.49 0.46 0.42
O6 0.55 0.81 0.65 0.62 0.71 0.46 0.75 0.41 0.84 0.59 0.85 0.83 0.74 0.68 0.61 0.59 0.63 0.45 0.40 0.88 0.48 0.34 0.29
OP1 0.32 0.46 0.45 0.50 0.34 0.41 0.33 0.48 0.37 0.31 0.46 0.54 0.40 0.30 0.32 0.44 0.55 0.32 0.40 0.37 0.57 0.49 0.48
OP2 0.45 0.55 0.55 0.56 0.47 0.52 0.46 0.58 0.50 0.44 0.55 0.59 0.50 0.43 0.45 0.53 0.60 0.46 0.43 0.51 0.63 0.50 0.55
P 0.31 0.38 0.43 0.47 0.30 0.42 0.29 0.51 0.31 0.31 0.38 0.44 0.34 0.29 0.30 0.41 0.53 0.34 0.40 0.30 0.60 0.52 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.16
C2 0.04 0.00 0.11 0.14 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.18 0.04 0.14 0.01 0.30 0.41 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.14 0.11 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.06 0.22 0.27 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.11 0.17 0.13 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.17 0.05 0.30 0.25 0.15
C4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.12 0.02 0.21 0.35 0.24
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.03 0.05 0.18 0.10 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.12 0.02 0.23 0.39 0.27
C5' 0.04 0.12 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.13 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.14 0.16 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.03 0.13 0.01 0.29 0.42 0.29
C8 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.17 0.02 0.18 0.29 0.26
N1 0.03 0.00 0.09 0.11 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.15 0.03 0.14 0.01 0.31 0.44 0.29
N2 0.07 0.00 0.14 0.17 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.23 0.07 0.16 0.02 0.32 0.43 0.28
N3 0.04 0.01 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.16 0.04 0.13 0.01 0.25 0.37 0.24
N7 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.14 0.02 0.21 0.35 0.27
N9 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.12 0.02 0.16 0.29 0.22
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.03 0.11 0.17 0.12 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.08 0.26 0.20 0.05
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.09 0.08 0.15 0.23 0.16 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.25 0.08 0.44 0.30 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.18 0.03 0.24 0.16 0.21
O5' 0.09 0.14 0.10 0.17 0.12 0.03 0.12 0.01 0.13 0.17 0.14 0.16 0.13 0.14 0.12 0.05 0.25 0.18 0.00 0.13 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.13 0.00 0.31 0.43 0.31
OP1 0.16 0.30 0.22 0.30 0.21 0.18 0.23 0.16 0.29 0.18 0.31 0.32 0.25 0.21 0.16 0.26 0.44 0.24 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.41 0.27 0.25 0.35 0.10 0.39 0.05 0.42 0.29 0.44 0.43 0.37 0.35 0.29 0.20 0.30 0.16 0.03 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.12 0.15 0.24 0.04 0.27 0.02 0.29 0.26 0.29 0.28 0.24 0.27 0.22 0.05 0.25 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00