ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53613

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.020, 0.039, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.023, 0.044, 0.065, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.044 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.053, 0.102, 0.151, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.102 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.024, 0.086, 0.149, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.086 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.061, 0.132, 0.202, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.132 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.011, 0.100, 0.189, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.100 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.033, 0.123, 0.214, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.123 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.008, 0.159, 0.310, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.159 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.122, 0.301, 0.479, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.301 std_dev=0.178
P B 0, 0.148, 0.363, 0.577, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.363 std_dev=0.215
OP1 B 0, 0.173, 0.393, 0.612, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.393 std_dev=0.220
O5' B 0, 0.135, 0.442, 0.749, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.442 std_dev=0.307
P A 0, 0.051, 0.397, 0.744, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.397 std_dev=0.347
C5' A 0, -0.003, 0.380, 0.764, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.380 std_dev=0.384
C5' B 0, 0.159, 0.593, 1.027, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.593 std_dev=0.434
C4' B 0, 0.172, 0.642, 1.112, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.642 std_dev=0.470
C3' B 0, 0.177, 0.654, 1.131, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.654 std_dev=0.477
O3' B 0, 0.202, 0.695, 1.188, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.695 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.155, 0.651, 1.148, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.651 std_dev=0.497
C8 B 0, 0.119, 0.638, 1.156, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.638 std_dev=0.518
N7 B 0, 0.109, 0.649, 1.189, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.649 std_dev=0.540
N9 B 0, 0.101, 0.658, 1.215, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.658 std_dev=0.557
C1' B 0, 0.111, 0.675, 1.239, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.675 std_dev=0.564
C5 B 0, 0.098, 0.680, 1.262, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.680 std_dev=0.582
C2' B 0, 0.118, 0.702, 1.286, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.702 std_dev=0.584
OP2 A 0, 0.253, 0.840, 1.428, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.840 std_dev=0.587
C4 B 0, 0.097, 0.695, 1.293, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.695 std_dev=0.598
C6 B 0, 0.099, 0.721, 1.342, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.721 std_dev=0.621
O6 B 0, 0.105, 0.734, 1.364, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.734 std_dev=0.630
O5' A 0, -0.025, 0.612, 1.250, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.612 std_dev=0.638
O2' B 0, 0.086, 0.744, 1.403, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.744 std_dev=0.658
N3 B 0, 0.093, 0.753, 1.413, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.753 std_dev=0.660
N1 B 0, 0.100, 0.771, 1.443, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.771 std_dev=0.672
C2 B 0, 0.096, 0.788, 1.480, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.788 std_dev=0.692
N2 B 0, 0.107, 0.868, 1.629, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.868 std_dev=0.761
OP1 A 0, 0.225, 0.995, 1.765, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.995 std_dev=0.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.33 0.02 0.65 0.36 0.27
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.05 0.41 0.01 0.62 0.42 0.31
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.15 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.35 0.04 0.77 0.44 0.35
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.04 0.79 0.38 0.24
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.47 0.02 0.60 0.43 0.33
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.55 0.32 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.55 0.01 0.55 0.48 0.36
C5' 0.09 0.11 0.15 0.04 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.26 0.15 0.07 0.09 0.27 0.17 0.14 0.04 0.02 0.01 0.24 0.45 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.55 0.01 0.55 0.50 0.36
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.58 0.02 0.52 0.47 0.36
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.48 0.01 0.59 0.46 0.34
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.37 0.02 0.65 0.41 0.30
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.05 0.39 0.02 0.64 0.40 0.30
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.09 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.60 0.02 0.49 0.51 0.37
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.47 0.02 0.60 0.42 0.33
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.14 0.04 0.04 0.05 0.09 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.30 0.05 0.83 0.48 0.36
O3' 0.07 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.03 0.00 0.08 0.15 0.07 0.77 0.39 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.08 0.00 0.22 0.03 0.52 0.25 0.16
O5' 0.33 0.41 0.35 0.13 0.47 0.02 0.55 0.01 0.55 0.58 0.48 0.37 0.39 0.60 0.47 0.30 0.15 0.22 0.00 0.58 0.04 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.58 0.00 0.51 0.53 0.37
OP1 0.65 0.62 0.77 0.79 0.60 0.55 0.55 0.45 0.55 0.52 0.59 0.65 0.64 0.49 0.60 0.83 0.77 0.52 0.04 0.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.42 0.44 0.38 0.43 0.32 0.48 0.29 0.50 0.47 0.46 0.41 0.40 0.51 0.42 0.48 0.39 0.25 0.03 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.31 0.35 0.24 0.33 0.10 0.36 0.01 0.36 0.36 0.34 0.30 0.30 0.37 0.33 0.36 0.16 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.12 0.05 0.07 0.10 0.05 0.14 0.09 0.18 0.10 0.16 0.12 0.10 0.14 0.08 0.04 0.09 0.10 0.03 0.22 0.13 0.10 0.03
C2 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09 0.13 0.07 0.17 0.10 0.15 0.10 0.08 0.14 0.08 0.10 0.13 0.12 0.09 0.22 0.08 0.13 0.07
C2' 0.13 0.16 0.07 0.06 0.15 0.11 0.18 0.15 0.21 0.16 0.20 0.16 0.14 0.19 0.14 0.08 0.07 0.16 0.10 0.25 0.14 0.14 0.08
C3' 0.10 0.16 0.04 0.04 0.14 0.10 0.17 0.14 0.20 0.14 0.19 0.16 0.13 0.17 0.12 0.06 0.06 0.14 0.07 0.24 0.14 0.11 0.06
C4 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.06 0.13 0.05 0.17 0.10 0.15 0.10 0.09 0.14 0.09 0.06 0.10 0.11 0.06 0.21 0.10 0.12 0.04
C4' 0.05 0.12 0.09 0.11 0.10 0.05 0.14 0.06 0.18 0.10 0.16 0.12 0.09 0.15 0.07 0.06 0.13 0.07 0.05 0.22 0.10 0.12 0.05
C5 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.07 0.16 0.11 0.15 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.12 0.13 0.10 0.20 0.10 0.13 0.07
C5' 0.08 0.16 0.11 0.12 0.13 0.09 0.17 0.10 0.21 0.12 0.19 0.16 0.13 0.17 0.10 0.09 0.14 0.10 0.07 0.25 0.14 0.05 0.08
C6 0.15 0.13 0.16 0.17 0.13 0.14 0.14 0.12 0.17 0.13 0.15 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.17 0.16 0.14 0.20 0.11 0.15 0.11
C8 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.05 0.13 0.05 0.16 0.11 0.15 0.11 0.09 0.14 0.09 0.06 0.09 0.10 0.06 0.20 0.11 0.12 0.04
N1 0.14 0.12 0.15 0.16 0.11 0.14 0.13 0.12 0.16 0.12 0.14 0.11 0.11 0.14 0.12 0.14 0.17 0.16 0.14 0.21 0.10 0.15 0.11
N2 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.15 0.09 0.19 0.10 0.17 0.11 0.09 0.15 0.08 0.10 0.13 0.13 0.09 0.23 0.08 0.13 0.08
N3 0.07 0.12 0.07 0.08 0.10 0.05 0.14 0.05 0.17 0.10 0.16 0.11 0.09 0.14 0.08 0.06 0.10 0.11 0.05 0.21 0.09 0.11 0.03
N7 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.14 0.07 0.17 0.12 0.15 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.20 0.11 0.13 0.07
N9 0.07 0.11 0.06 0.08 0.10 0.04 0.13 0.06 0.17 0.10 0.15 0.11 0.09 0.14 0.08 0.04 0.08 0.10 0.04 0.21 0.11 0.11 0.03
O2' 0.20 0.20 0.14 0.14 0.20 0.19 0.22 0.23 0.24 0.23 0.23 0.20 0.19 0.23 0.20 0.15 0.14 0.23 0.17 0.28 0.18 0.19 0.14
O3' 0.13 0.17 0.07 0.08 0.15 0.15 0.17 0.20 0.20 0.13 0.19 0.18 0.16 0.16 0.13 0.10 0.09 0.18 0.10 0.24 0.18 0.09 0.10
O4' 0.07 0.13 0.13 0.15 0.11 0.10 0.14 0.11 0.18 0.10 0.16 0.13 0.10 0.14 0.08 0.11 0.17 0.09 0.08 0.21 0.16 0.09 0.08
O5' 0.24 0.33 0.27 0.26 0.32 0.20 0.38 0.17 0.41 0.33 0.38 0.31 0.30 0.39 0.29 0.21 0.22 0.21 0.26 0.46 0.22 0.36 0.29
O6 0.19 0.17 0.20 0.20 0.17 0.18 0.17 0.16 0.18 0.16 0.18 0.18 0.18 0.16 0.17 0.19 0.20 0.20 0.17 0.21 0.13 0.17 0.14
OP1 0.60 0.66 0.68 0.69 0.64 0.58 0.68 0.53 0.71 0.64 0.69 0.65 0.63 0.68 0.62 0.63 0.69 0.54 0.61 0.74 0.55 0.68 0.60
OP2 0.34 0.40 0.39 0.39 0.37 0.35 0.40 0.34 0.44 0.35 0.43 0.40 0.37 0.40 0.35 0.36 0.38 0.32 0.35 0.47 0.41 0.34 0.37
P 0.23 0.30 0.29 0.29 0.28 0.21 0.33 0.18 0.37 0.28 0.34 0.29 0.27 0.34 0.26 0.24 0.27 0.19 0.25 0.41 0.23 0.31 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.12 0.01 0.12 0.21 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.11 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.07 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.12 0.01 0.12 0.19 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.15 0.01 0.18 0.25 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.11 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.16 0.00 0.20 0.29 0.21
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.14 0.01 0.15 0.19 0.17
N1 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.14 0.01 0.17 0.26 0.18
N2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.11 0.01 0.11 0.20 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.17 0.11
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.17 0.02 0.20 0.27 0.22
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.14 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.05 0.04 0.03
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.13 0.10 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.04 0.09 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.09 0.09 0.09
O5' 0.05 0.12 0.05 0.08 0.12 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14 0.11 0.10 0.17 0.10 0.02 0.08 0.08 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.18 0.00 0.23 0.32 0.24
OP1 0.05 0.12 0.04 0.07 0.12 0.04 0.18 0.05 0.20 0.15 0.17 0.11 0.10 0.20 0.10 0.05 0.09 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.21 0.09 0.11 0.19 0.03 0.25 0.02 0.29 0.19 0.26 0.20 0.17 0.27 0.14 0.04 0.13 0.09 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.05 0.08 0.14 0.02 0.19 0.01 0.21 0.17 0.18 0.12 0.11 0.22 0.11 0.03 0.09 0.09 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00