ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53614

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.001, 0.025, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.004, 0.034, 0.064, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.004, 0.053, 0.102, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.053 std_dev=0.049
P B 0, 0.363, 0.766, 1.170, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.766 std_dev=0.404
OP2 B 0, 0.388, 0.794, 1.200, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.794 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.432, 1.011, 1.590, 1.727 max_d=1.727 avg_d=1.011 std_dev=0.579
C2' A 0, 0.619, 1.246, 1.873, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.246 std_dev=0.627
O2' A 0, 0.630, 1.282, 1.934, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.282 std_dev=0.652
O4' A 0, 0.652, 1.306, 1.960, 1.728 max_d=1.728 avg_d=1.306 std_dev=0.654
O5' B 0, 0.627, 1.324, 2.021, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.324 std_dev=0.697
C4' A 0, 0.957, 1.920, 2.883, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.920 std_dev=0.963
C3' A 0, 1.013, 2.034, 3.055, 2.684 max_d=2.684 avg_d=2.034 std_dev=1.021
C5' B 0, 1.035, 2.092, 3.150, 2.960 max_d=2.960 avg_d=2.092 std_dev=1.057
C4' B 0, 1.271, 2.547, 3.822, 3.358 max_d=3.358 avg_d=2.547 std_dev=1.275
O3' A 0, 1.388, 2.787, 4.187, 3.697 max_d=3.697 avg_d=2.787 std_dev=1.399
O4' B 0, 1.414, 2.840, 4.265, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.840 std_dev=1.426
O5' A 0, 1.465, 2.960, 4.455, 4.144 max_d=4.144 avg_d=2.960 std_dev=1.495
C5' A 0, 1.650, 3.307, 4.965, 4.384 max_d=4.384 avg_d=3.307 std_dev=1.658
OP2 A 0, 1.699, 3.454, 5.208, 4.822 max_d=4.822 avg_d=3.454 std_dev=1.755
C3' B 0, 1.840, 3.697, 5.553, 4.866 max_d=4.866 avg_d=3.697 std_dev=1.857
C1' B 0, 1.863, 3.731, 5.599, 4.823 max_d=4.823 avg_d=3.731 std_dev=1.868
N3 B 0, 1.870, 3.748, 5.626, 4.951 max_d=4.951 avg_d=3.748 std_dev=1.878
C2' B 0, 1.889, 3.785, 5.682, 4.911 max_d=4.911 avg_d=3.785 std_dev=1.896
P A 0, 1.902, 3.818, 5.734, 5.040 max_d=5.040 avg_d=3.818 std_dev=1.916
O2' B 0, 2.051, 4.105, 6.158, 5.302 max_d=5.302 avg_d=4.105 std_dev=2.054
C4 B 0, 2.147, 4.299, 6.452, 5.626 max_d=5.626 avg_d=4.299 std_dev=2.153
C2 B 0, 2.149, 4.312, 6.474, 5.793 max_d=5.793 avg_d=4.312 std_dev=2.163
O3' B 0, 2.157, 4.333, 6.508, 5.701 max_d=5.701 avg_d=4.333 std_dev=2.175
N9 B 0, 2.289, 4.582, 6.875, 5.915 max_d=5.915 avg_d=4.582 std_dev=2.293
N1 B 0, 2.450, 4.921, 7.393, 6.683 max_d=6.683 avg_d=4.921 std_dev=2.472
N2 B 0, 2.522, 5.051, 7.580, 6.664 max_d=6.664 avg_d=5.051 std_dev=2.529
C5 B 0, 2.794, 5.598, 8.402, 7.344 max_d=7.344 avg_d=5.598 std_dev=2.804
C6 B 0, 2.873, 5.765, 8.657, 7.696 max_d=7.696 avg_d=5.765 std_dev=2.892
OP1 A 0, 2.899, 5.798, 8.697, 7.354 max_d=7.354 avg_d=5.798 std_dev=2.899
C8 B 0, 3.159, 6.322, 9.485, 8.098 max_d=8.098 avg_d=6.322 std_dev=3.163
O6 B 0, 3.443, 6.909, 10.374, 9.211 max_d=9.211 avg_d=6.909 std_dev=3.465
N7 B 0, 3.473, 6.951, 10.429, 8.959 max_d=8.959 avg_d=6.951 std_dev=3.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.03 0.31 0.55 0.21
C2 0.05 0.00 0.32 0.32 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.42 0.18 0.42 0.02 0.69 0.67 0.46
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.14 0.25 0.39 0.32 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.28 0.41 0.18
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.19 0.01 0.14 0.02 0.20 0.11 0.28 0.38 0.29 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.23 0.18 0.26 0.31 0.19
C4 0.02 0.02 0.17 0.19 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.09 0.40 0.02 0.57 0.68 0.40
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.23 0.28 0.07
C5 0.02 0.02 0.09 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04 0.46 0.01 0.62 0.74 0.48
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.11 0.12 0.09 0.17 0.09 0.07 0.05 0.01 0.01 0.15 0.20 0.17 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.25 0.07 0.49 0.01 0.69 0.74 0.52
C8 0.02 0.01 0.14 0.11 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.12 0.42 0.03 0.47 0.75 0.41
N1 0.05 0.00 0.25 0.28 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.37 0.14 0.47 0.02 0.72 0.71 0.51
N2 0.07 0.01 0.39 0.38 0.03 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.34 0.51 0.22 0.40 0.03 0.73 0.65 0.46
N3 0.05 0.01 0.32 0.29 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.24 0.36 0.18 0.37 0.01 0.61 0.64 0.40
N7 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.47 0.03 0.57 0.78 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.35 0.02 0.45 0.65 0.33
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.11 0.06 0.06 0.07 0.11 0.11 0.20 0.34 0.24 0.08 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.09 0.23 0.37 0.11
O3' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.22 0.02 0.17 0.05 0.25 0.13 0.37 0.51 0.36 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.18 0.23 0.23 0.28 0.13
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.14 0.22 0.18 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.05 0.27 0.55 0.20
O5' 0.18 0.42 0.18 0.23 0.40 0.01 0.46 0.01 0.49 0.42 0.47 0.40 0.37 0.47 0.35 0.06 0.18 0.13 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.18 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.23 0.05 0.51 0.00 0.72 0.76 0.56
OP1 0.31 0.69 0.28 0.26 0.57 0.23 0.62 0.20 0.69 0.47 0.72 0.73 0.61 0.57 0.45 0.23 0.23 0.27 0.01 0.72 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.67 0.41 0.31 0.68 0.28 0.74 0.17 0.74 0.75 0.71 0.65 0.64 0.78 0.65 0.37 0.28 0.55 0.01 0.76 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.46 0.18 0.19 0.40 0.07 0.48 0.02 0.52 0.41 0.51 0.46 0.40 0.48 0.33 0.11 0.13 0.20 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.82 0.51 0.47 0.16 1.00 0.17 1.46 0.22 1.41 1.71 0.91 0.36 0.49 1.89 1.16 0.66 0.25 0.62 0.18 1.73 0.18 0.24 0.14
C2 0.80 0.37 0.46 0.18 0.83 0.18 1.22 0.23 1.08 1.59 0.63 0.51 0.36 1.66 1.07 0.66 0.22 0.63 0.16 1.30 0.15 0.29 0.16
C2' 0.44 0.25 0.13 0.35 0.65 0.32 1.16 0.48 1.12 1.41 0.60 0.55 0.19 1.63 0.81 0.29 0.63 0.28 0.43 1.48 0.56 0.33 0.35
C3' 0.49 0.27 0.16 0.37 0.73 0.33 1.26 0.53 1.24 1.48 0.70 0.48 0.22 1.72 0.88 0.30 0.63 0.30 0.51 1.63 0.61 0.46 0.46
C4 0.91 0.49 0.57 0.27 1.03 0.23 1.49 0.20 1.39 1.80 0.87 0.40 0.50 1.95 1.24 0.75 0.22 0.70 0.17 1.68 0.15 0.25 0.17
C4' 0.84 0.59 0.45 0.15 1.07 0.14 1.55 0.27 1.54 1.75 1.04 0.32 0.56 1.97 1.20 0.66 0.32 0.61 0.22 1.89 0.26 0.14 0.14
C5 1.05 0.56 0.73 0.43 1.18 0.34 1.66 0.18 1.55 1.99 0.98 0.38 0.60 2.16 1.39 0.88 0.31 0.80 0.18 1.86 0.14 0.25 0.21
C5' 0.98 0.76 0.59 0.21 1.23 0.19 1.72 0.25 1.73 1.88 1.23 0.39 0.73 2.11 1.35 0.80 0.27 0.71 0.21 2.09 0.24 0.16 0.16
C6 1.11 0.52 0.79 0.52 1.19 0.40 1.66 0.19 1.50 2.03 0.92 0.40 0.59 2.18 1.44 0.94 0.40 0.85 0.20 1.77 0.18 0.27 0.24
C8 1.03 0.63 0.70 0.38 1.21 0.30 1.71 0.19 1.65 1.98 1.08 0.36 0.64 2.19 1.39 0.85 0.27 0.77 0.18 2.00 0.14 0.23 0.19
N1 0.98 0.41 0.65 0.38 1.00 0.31 1.40 0.18 1.23 1.82 0.72 0.49 0.45 1.90 1.27 0.83 0.29 0.77 0.17 1.45 0.15 0.29 0.21
N2 0.63 0.34 0.30 0.13 0.62 0.14 0.95 0.30 0.82 1.31 0.47 0.60 0.29 1.35 0.85 0.53 0.29 0.50 0.20 1.00 0.23 0.32 0.13
N3 0.78 0.40 0.43 0.15 0.87 0.16 1.28 0.24 1.18 1.60 0.71 0.45 0.40 1.71 1.07 0.63 0.24 0.60 0.18 1.43 0.19 0.26 0.15
N7 1.11 0.66 0.79 0.49 1.27 0.38 1.79 0.19 1.71 2.08 1.11 0.36 0.69 2.29 1.47 0.94 0.36 0.83 0.19 2.06 0.15 0.24 0.22
N9 0.91 0.54 0.57 0.26 1.07 0.22 1.55 0.20 1.48 1.83 0.95 0.37 0.54 2.01 1.26 0.74 0.21 0.69 0.17 1.80 0.16 0.23 0.17
O2' 0.39 0.25 0.16 0.40 0.58 0.34 1.07 0.45 1.03 1.32 0.54 0.57 0.19 1.52 0.74 0.32 0.70 0.28 0.39 1.37 0.50 0.28 0.26
O3' 0.29 0.22 0.26 0.61 0.54 0.53 1.08 0.71 1.07 1.30 0.53 0.63 0.17 1.54 0.68 0.26 0.89 0.16 0.71 1.47 0.80 0.69 0.66
O4' 1.05 0.77 0.69 0.31 1.24 0.31 1.69 0.20 1.66 1.90 1.18 0.42 0.75 2.09 1.38 0.90 0.22 0.81 0.22 1.98 0.15 0.30 0.23
O5' 1.44 1.30 1.07 0.65 1.75 0.60 2.26 0.39 2.29 2.37 1.79 0.85 1.25 2.64 1.84 1.26 0.43 1.13 0.37 2.67 0.34 0.36 0.40
O6 1.24 0.58 0.95 0.69 1.32 0.52 1.82 0.23 1.64 2.20 1.01 0.36 0.68 2.37 1.58 1.07 0.58 0.95 0.24 1.93 0.27 0.28 0.27
OP1 1.87 1.81 1.53 1.05 2.19 0.98 2.66 0.69 2.71 2.72 2.26 1.38 1.75 2.97 2.25 1.76 0.82 1.52 0.66 3.07 0.68 0.62 0.68
OP2 1.11 0.94 0.90 0.69 1.35 0.65 1.82 0.78 1.86 1.93 1.37 0.64 0.92 2.18 1.44 1.03 0.65 0.84 0.72 2.24 0.75 0.65 0.70
P 1.54 1.45 1.22 0.79 1.87 0.70 2.36 0.52 2.42 2.44 1.93 1.01 1.39 2.71 1.93 1.42 0.57 1.20 0.47 2.80 0.48 0.42 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.26 0.01 0.09 0.03 0.80 0.34 0.42
C2 0.04 0.00 0.17 0.26 0.01 0.50 0.01 0.98 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.35 0.17 0.42 0.86 0.02 0.32 0.62 0.61
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.18 0.10 0.04 0.14 0.20 0.16 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.24 0.09 0.47 0.17 0.13
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.26 0.16 0.35 0.25 0.22 0.10 0.02 0.01 0.02 0.25 0.10 0.20 0.29 0.12
C4 0.02 0.01 0.11 0.09 0.00 0.21 0.01 0.42 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.22 0.28 0.02 0.56 0.17 0.17
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.21 0.00 0.07 0.01 0.17 0.29 0.36 0.65 0.48 0.19 0.03 0.17 0.02 0.00 0.01 0.12 0.31 0.15 0.14
C5 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.13 0.09 0.15 0.02 0.81 0.41 0.45
C5' 0.07 0.98 0.18 0.01 0.42 0.01 0.21 0.00 0.39 0.45 0.74 1.26 0.90 0.31 0.10 0.05 0.18 0.01 0.01 0.30 0.09 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.09 0.02 0.17 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.10 0.17 0.27 0.01 0.62 0.25 0.25
C8 0.03 0.02 0.04 0.26 0.01 0.29 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.34 0.23 0.23 0.59 0.02 1.34 0.95 1.04
N1 0.03 0.01 0.14 0.16 0.01 0.36 0.01 0.74 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.32 0.62 0.01 0.32 0.35 0.33
N2 0.05 0.01 0.20 0.35 0.01 0.65 0.01 1.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.22 0.51 1.21 0.02 0.66 1.05 1.05
N3 0.04 0.00 0.16 0.25 0.01 0.48 0.01 0.90 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.34 0.17 0.43 0.76 0.02 0.23 0.48 0.46
N7 0.03 0.01 0.05 0.22 0.01 0.19 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.20 0.13 0.47 0.02 1.23 0.88 0.94
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.18 0.01 0.17 0.02 0.91 0.47 0.54
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.21 0.17 0.25 0.05 0.25 0.34 0.28 0.46 0.34 0.34 0.16 0.00 0.07 0.11 0.11 0.28 0.64 0.16 0.24
O3' 0.26 0.17 0.05 0.01 0.14 0.02 0.13 0.18 0.10 0.23 0.13 0.22 0.17 0.20 0.18 0.07 0.00 0.17 0.32 0.10 0.18 0.47 0.35
O4' 0.01 0.42 0.03 0.02 0.22 0.00 0.09 0.01 0.17 0.23 0.32 0.51 0.43 0.13 0.01 0.11 0.17 0.00 0.21 0.12 0.78 0.47 0.52
O5' 0.09 0.86 0.24 0.25 0.28 0.01 0.15 0.01 0.27 0.59 0.62 1.21 0.76 0.47 0.17 0.11 0.32 0.21 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.10 0.02 0.12 0.02 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.10 0.12 0.20 0.00 0.73 0.38 0.38
OP1 0.80 0.32 0.47 0.20 0.56 0.31 0.81 0.09 0.62 1.34 0.32 0.66 0.23 1.23 0.91 0.64 0.18 0.78 0.02 0.73 0.00 0.02 0.00
OP2 0.34 0.62 0.17 0.29 0.17 0.15 0.41 0.05 0.25 0.95 0.35 1.05 0.48 0.88 0.47 0.16 0.47 0.47 0.02 0.38 0.02 0.00 0.01
P 0.42 0.61 0.13 0.12 0.17 0.14 0.45 0.02 0.25 1.04 0.33 1.05 0.46 0.94 0.54 0.24 0.35 0.52 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00