ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53616

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.001, 0.025, 0.050, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.048 std_dev=0.027
N1 A 0, -0.006, 0.022, 0.050, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.022 std_dev=0.028
C4 A 0, -0.007, 0.024, 0.056, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.002, 0.036, 0.070, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.036 std_dev=0.034
N3 A 0, -0.012, 0.026, 0.064, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.026 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.006, 0.049, 0.093, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.049 std_dev=0.044
N2 A 0, -0.008, 0.036, 0.080, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.036 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.002, 0.231, 0.461, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.231 std_dev=0.230
C2' A 0, 0.020, 0.268, 0.515, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.268 std_dev=0.248
P B 0, 0.111, 0.431, 0.750, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.431 std_dev=0.320
OP2 B 0, 0.163, 0.560, 0.958, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.560 std_dev=0.398
O2' A 0, -0.084, 0.431, 0.946, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.431 std_dev=0.515
C4' A 0, -0.118, 0.399, 0.917, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.399 std_dev=0.518
C3' A 0, -0.060, 0.466, 0.993, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.466 std_dev=0.526
OP1 B 0, -0.032, 0.620, 1.271, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.620 std_dev=0.651
C5' A 0, -0.041, 0.640, 1.321, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.640 std_dev=0.681
O3' A 0, -0.121, 0.708, 1.537, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.708 std_dev=0.829
O5' B 0, -0.082, 0.942, 1.966, 3.296 max_d=3.296 avg_d=0.942 std_dev=1.024
O5' A 0, -0.478, 0.593, 1.665, 3.391 max_d=3.391 avg_d=0.593 std_dev=1.071
C5' B 0, -0.138, 1.408, 2.954, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.408 std_dev=1.546
P A 0, -0.603, 1.134, 2.872, 5.591 max_d=5.591 avg_d=1.134 std_dev=1.737
OP1 A 0, -0.737, 1.333, 3.403, 6.658 max_d=6.658 avg_d=1.333 std_dev=2.070
C4' B 0, -0.410, 1.915, 4.239, 6.991 max_d=6.991 avg_d=1.915 std_dev=2.324
C8 B 0, -0.447, 2.004, 4.455, 6.194 max_d=6.194 avg_d=2.004 std_dev=2.451
OP2 A 0, -0.916, 1.576, 4.068, 7.995 max_d=7.995 avg_d=1.576 std_dev=2.492
N7 B 0, -0.476, 2.135, 4.746, 6.681 max_d=6.681 avg_d=2.135 std_dev=2.611
C3' B 0, -0.424, 2.192, 4.807, 7.969 max_d=7.969 avg_d=2.192 std_dev=2.615
O4' B 0, -0.515, 2.119, 4.754, 7.504 max_d=7.504 avg_d=2.119 std_dev=2.635
O3' B 0, -0.508, 2.411, 5.331, 9.363 max_d=9.363 avg_d=2.411 std_dev=2.920
N9 B 0, -0.578, 2.482, 5.543, 8.385 max_d=8.385 avg_d=2.482 std_dev=3.061
C1' B 0, -0.603, 2.554, 5.712, 9.094 max_d=9.094 avg_d=2.554 std_dev=3.158
C2' B 0, -0.566, 2.701, 5.969, 9.784 max_d=9.784 avg_d=2.701 std_dev=3.267
C5 B 0, -0.609, 2.720, 6.049, 8.859 max_d=8.859 avg_d=2.720 std_dev=3.329
C4 B 0, -0.692, 2.947, 6.585, 10.101 max_d=10.101 avg_d=2.947 std_dev=3.638
O6 B 0, -0.634, 3.090, 6.814, 9.879 max_d=9.879 avg_d=3.090 std_dev=3.724
O2' B 0, -0.702, 3.112, 6.926, 11.726 max_d=11.726 avg_d=3.112 std_dev=3.814
C6 B 0, -0.680, 3.146, 6.972, 10.348 max_d=10.348 avg_d=3.146 std_dev=3.826
N3 B 0, -0.853, 3.552, 7.956, 12.636 max_d=12.636 avg_d=3.552 std_dev=4.404
N1 B 0, -0.819, 3.744, 8.308, 12.806 max_d=12.806 avg_d=3.744 std_dev=4.563
C2 B 0, -0.899, 3.930, 8.759, 13.850 max_d=13.850 avg_d=3.930 std_dev=4.829
N2 B 0, -1.044, 4.564, 10.172, 16.370 max_d=16.370 avg_d=4.564 std_dev=5.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.12 0.02 0.12 0.11 0.10
C2 0.04 0.00 0.16 0.14 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.20 0.08 0.21 0.02 0.15 0.51 0.28
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.10 0.11 0.07 0.15 0.18 0.15 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.10 0.18 0.07 0.08
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.27 0.01 0.27 0.29 0.21 0.10 0.10 0.33 0.18 0.01 0.01 0.02 0.28 0.30 0.40 0.10 0.19
C4 0.03 0.01 0.10 0.18 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.07 0.04 0.28 0.02 0.13 0.61 0.37
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.17 0.04 0.09 0.06 0.17 0.07 0.20 0.01 0.00 0.02 0.11 0.15 0.37 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.23 0.11 0.03 0.41 0.02 0.24 0.99 0.59
C5' 0.03 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.18 0.23 0.11 0.03 0.02 0.26 0.10 0.09 0.13 0.02 0.01 0.22 0.31 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.11 0.04 0.40 0.01 0.24 1.05 0.61
C8 0.02 0.01 0.07 0.29 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.05 0.48 0.02 0.32 0.99 0.64
N1 0.04 0.00 0.15 0.21 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.06 0.31 0.01 0.16 0.80 0.45
N2 0.05 0.02 0.18 0.10 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.30 0.10 0.15 0.03 0.21 0.36 0.19
N3 0.05 0.00 0.15 0.10 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.08 0.17 0.02 0.14 0.37 0.21
N7 0.01 0.01 0.08 0.33 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.23 0.23 0.05 0.52 0.02 0.37 1.24 0.76
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01 0.28 0.02 0.14 0.54 0.35
O2' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.17 0.20 0.23 0.09 0.24 0.19 0.22 0.15 0.13 0.23 0.14 0.00 0.05 0.15 0.20 0.27 0.31 0.05 0.16
O3' 0.18 0.20 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.13 0.11 0.20 0.10 0.30 0.22 0.23 0.04 0.05 0.00 0.09 0.35 0.15 0.55 0.22 0.24
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.01 0.15 0.09 0.00 0.16 0.05 0.20 0.19 0.11
O5' 0.12 0.21 0.10 0.28 0.28 0.02 0.41 0.01 0.40 0.48 0.31 0.15 0.17 0.52 0.28 0.20 0.35 0.16 0.00 0.47 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.30 0.02 0.11 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.27 0.15 0.05 0.47 0.00 0.32 1.27 0.73
OP1 0.12 0.15 0.18 0.40 0.13 0.15 0.24 0.31 0.24 0.32 0.16 0.21 0.14 0.37 0.14 0.31 0.55 0.20 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.51 0.07 0.10 0.61 0.37 0.99 0.30 1.05 0.99 0.80 0.36 0.37 1.24 0.54 0.05 0.22 0.19 0.03 1.27 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.28 0.08 0.19 0.37 0.09 0.59 0.02 0.61 0.64 0.45 0.19 0.21 0.76 0.35 0.16 0.24 0.11 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.02 1.63 0.78 0.46 1.35 0.63 1.46 0.45 1.73 1.04 1.75 1.70 1.46 1.28 1.12 0.84 0.36 1.00 0.40 1.95 0.43 0.20 0.18
C2 0.66 0.72 0.41 0.31 0.67 0.56 0.69 0.52 0.74 0.58 0.72 0.75 0.71 0.71 0.62 0.49 0.43 0.81 0.44 0.81 0.40 0.16 0.22
C2' 1.42 2.32 1.20 0.80 1.93 0.86 2.09 0.57 2.47 1.51 2.51 2.40 2.07 1.82 1.60 1.22 0.58 1.27 0.54 2.73 0.26 0.21 0.24
C3' 1.33 2.25 1.12 0.73 1.80 0.80 1.91 0.52 2.29 1.34 2.40 2.37 1.98 1.61 1.47 1.16 0.54 1.18 0.48 2.51 0.26 0.18 0.20
C4 0.77 1.05 0.49 0.35 0.92 0.56 0.99 0.50 1.13 0.75 1.12 1.08 0.97 0.93 0.79 0.56 0.51 0.86 0.43 1.27 0.46 0.18 0.22
C4' 1.04 1.79 0.84 0.51 1.41 0.62 1.49 0.41 1.81 1.02 1.92 1.91 1.57 1.24 1.14 0.91 0.43 0.97 0.36 2.02 0.40 0.21 0.16
C5 0.73 0.90 0.60 0.61 0.80 0.64 0.83 0.59 0.94 0.66 0.94 0.94 0.85 0.77 0.72 0.68 0.88 0.83 0.49 1.05 0.51 0.18 0.24
C5' 1.01 1.69 0.77 0.46 1.33 0.62 1.40 0.45 1.69 0.98 1.80 1.81 1.49 1.17 1.09 0.84 0.41 0.98 0.41 1.85 0.37 0.19 0.19
C6 0.79 0.81 0.82 0.86 0.74 0.77 0.71 0.70 0.75 0.62 0.78 0.86 0.81 0.66 0.72 0.89 1.15 0.85 0.57 0.79 0.52 0.17 0.26
C8 0.78 1.17 0.53 0.45 0.98 0.58 1.07 0.52 1.26 0.78 1.27 1.22 1.05 0.96 0.83 0.61 0.70 0.86 0.43 1.42 0.51 0.19 0.22
N1 0.71 0.68 0.66 0.70 0.63 0.70 0.57 0.65 0.59 0.52 0.63 0.73 0.70 0.53 0.62 0.73 0.92 0.81 0.53 0.62 0.47 0.16 0.25
N2 0.63 0.60 0.40 0.24 0.58 0.56 0.61 0.51 0.61 0.58 0.57 0.64 0.62 0.71 0.56 0.48 0.19 0.81 0.45 0.68 0.30 0.16 0.21
N3 0.81 1.06 0.54 0.32 0.95 0.58 1.03 0.49 1.14 0.82 1.10 1.08 1.00 1.02 0.84 0.60 0.31 0.90 0.43 1.26 0.40 0.17 0.21
N7 0.76 1.00 0.64 0.66 0.86 0.66 0.92 0.60 1.06 0.71 1.06 1.04 0.92 0.84 0.76 0.73 0.97 0.84 0.49 1.19 0.53 0.19 0.24
N9 0.85 1.29 0.55 0.34 1.09 0.57 1.18 0.47 1.38 0.86 1.38 1.33 1.16 1.06 0.91 0.62 0.45 0.90 0.41 1.56 0.46 0.18 0.20
O2' 1.48 2.65 1.34 0.89 2.14 0.80 2.33 0.41 2.83 1.58 2.90 2.76 2.32 1.96 1.71 1.36 0.70 1.21 0.37 3.18 0.59 0.29 0.19
O3' 1.28 2.42 1.16 0.77 1.85 0.68 1.94 0.34 2.39 1.28 2.59 2.61 2.09 1.56 1.45 1.19 0.65 1.03 0.31 2.61 0.51 0.35 0.20
O4' 0.92 1.49 0.67 0.39 1.19 0.59 1.26 0.44 1.52 0.88 1.58 1.58 1.32 1.08 0.98 0.76 0.38 0.93 0.38 1.70 0.46 0.23 0.20
O5' 0.95 1.44 0.70 0.45 1.18 0.66 1.23 0.55 1.45 0.92 1.52 1.52 1.29 1.07 1.01 0.76 0.45 0.99 0.50 1.58 0.23 0.26 0.30
O6 0.97 0.96 1.14 1.19 0.88 0.97 0.79 0.84 0.80 0.74 0.87 1.04 0.98 0.73 0.86 1.23 1.53 0.94 0.67 0.80 0.54 0.18 0.28
OP1 0.73 1.14 0.66 0.61 0.89 0.56 0.91 0.49 1.09 0.64 1.19 1.24 1.01 0.75 0.74 0.71 0.80 0.76 0.47 1.19 0.40 0.31 0.30
OP2 0.99 1.29 0.74 0.52 1.12 0.78 1.13 0.71 1.26 0.94 1.33 1.36 1.21 1.01 1.01 0.80 0.38 1.07 0.65 1.31 0.33 0.48 0.54
P 0.90 1.28 0.66 0.45 1.07 0.66 1.09 0.58 1.26 0.86 1.33 1.35 1.16 0.96 0.93 0.72 0.46 0.97 0.52 1.35 0.20 0.30 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.16 0.15
C2 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.26 0.11 0.10 0.01 0.17 0.28 0.24
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.02 0.11 0.10 0.15 0.21 0.18 0.08 0.03 0.00 0.01 0.02 0.18 0.10 0.10 0.28 0.19
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.20 0.15 0.21 0.23 0.19 0.17 0.10 0.03 0.01 0.01 0.28 0.21 0.19 0.34 0.24
C4 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.17 0.06 0.18 0.01 0.23 0.35 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.05 0.28 0.01 0.34 0.50 0.46
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.13 0.04 0.06 0.03 0.13 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.25 0.07 0.25 0.00 0.35 0.50 0.45
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.17 0.04 0.41 0.02 0.39 0.57 0.55
N1 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.26 0.10 0.16 0.01 0.26 0.38 0.33
N2 0.04 0.01 0.21 0.23 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.29 0.13 0.08 0.01 0.14 0.23 0.19
N3 0.03 0.01 0.18 0.19 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.22 0.10 0.09 0.01 0.14 0.25 0.21
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.20 0.02 0.41 0.02 0.45 0.66 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.22 0.01 0.22 0.35 0.33
O2' 0.01 0.15 0.00 0.03 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.11 0.20 0.15 0.06 0.03 0.00 0.04 0.06 0.12 0.05 0.11 0.18 0.10
O3' 0.02 0.26 0.01 0.01 0.17 0.02 0.20 0.03 0.25 0.17 0.26 0.29 0.22 0.20 0.10 0.04 0.00 0.02 0.29 0.27 0.32 0.37 0.26
O4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.13 0.10 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.11 0.07 0.15 0.13 0.13
O5' 0.06 0.10 0.18 0.28 0.18 0.02 0.28 0.01 0.25 0.41 0.16 0.08 0.09 0.41 0.22 0.12 0.29 0.11 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.27 0.07 0.30 0.00 0.42 0.58 0.52
OP1 0.09 0.17 0.10 0.19 0.23 0.06 0.34 0.06 0.35 0.39 0.26 0.14 0.14 0.45 0.22 0.11 0.32 0.15 0.02 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.28 0.28 0.34 0.35 0.05 0.50 0.06 0.50 0.57 0.38 0.23 0.25 0.66 0.35 0.18 0.37 0.13 0.02 0.58 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.24 0.19 0.24 0.32 0.03 0.46 0.01 0.45 0.55 0.33 0.19 0.21 0.61 0.33 0.10 0.26 0.13 0.00 0.52 0.01 0.00 0.00