sequences=6 maxmove=0.1 pval=0.1 usescval=false complexatt=true cooling=1.0 currcool=1.0 attfactor=10.0 attvalpow=1 repfactor=10.0 repvalpow=1 dampening=1.0 minattract=1.0 cluster2d=false blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500 formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb showinfo=true zoom=1.0 dotsize=0 ovalsize=10 groupsize=4 usefoldchange=false avgfoldchange=false colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9; colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23): 1.0;0.0;0.0; 0.0;1.0;0.0; 0.0;0.0;1.0; >3KNK-A631-A630 X >3KNI-A631-A630 X >3R8T-A619-A618 X >3CXC-0669-0668 X >3R8S-A619-A618 X >1YJW-0669-0668 X 0 1:0.438454374761 0 2:1.0 0 3:0.526392460104 0 4:0.98626596635 0 5:0.583648989717 1 2:0.629718212734 1 3:0.284659444132 1 4:0.671498829912 1 5:0.421327427545 2 3:0.555419176751 2 4:0.401021864836 2 5:0.598215891377 3 4:0.641282382249 3 5:0.166132568206 4 5:0.694705596152