ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.011, 0.040, 0.068, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.010, 0.046, 0.083, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.037
P B 0, 0.046, 0.231, 0.417, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.231 std_dev=0.185
O5' B 0, 0.123, 0.377, 0.630, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.377 std_dev=0.254
C2' A 0, -0.006, 0.259, 0.524, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.259 std_dev=0.265
P A 0, 0.197, 0.477, 0.757, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.477 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.194, 0.496, 0.797, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.496 std_dev=0.302
OP1 A 0, 0.224, 0.531, 0.839, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.531 std_dev=0.308
O4' B 0, 0.210, 0.522, 0.834, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.522 std_dev=0.312
O4' A 0, -0.054, 0.266, 0.586, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.266 std_dev=0.320
OP1 B 0, 0.088, 0.411, 0.734, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.411 std_dev=0.323
C4' B 0, 0.228, 0.574, 0.921, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.574 std_dev=0.346
C4' A 0, 0.140, 0.501, 0.862, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.501 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.151, 0.530, 0.908, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.530 std_dev=0.378
C8 B 0, 0.185, 0.583, 0.981, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.583 std_dev=0.398
OP2 A 0, 0.096, 0.495, 0.895, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.495 std_dev=0.400
C3' B 0, 0.255, 0.664, 1.074, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.664 std_dev=0.409
C1' B 0, 0.253, 0.663, 1.074, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.663 std_dev=0.410
N9 B 0, 0.235, 0.669, 1.104, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.669 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.296, 0.783, 1.270, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.783 std_dev=0.487
N7 B 0, 0.216, 0.704, 1.191, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.704 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.293, 0.792, 1.291, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.792 std_dev=0.499
O5' A 0, 0.273, 0.787, 1.302, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.787 std_dev=0.515
C3' A 0, 0.337, 0.864, 1.391, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.864 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.286, 0.832, 1.379, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.832 std_dev=0.546
O2' A 0, 0.390, 0.936, 1.483, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.936 std_dev=0.546
C5 B 0, 0.276, 0.841, 1.405, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.841 std_dev=0.564
O2' B 0, 0.372, 1.014, 1.656, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.014 std_dev=0.642
N3 B 0, 0.347, 0.990, 1.633, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.990 std_dev=0.643
C6 B 0, 0.345, 1.023, 1.700, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.023 std_dev=0.677
C2 B 0, 0.395, 1.129, 1.863, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.129 std_dev=0.734
N1 B 0, 0.393, 1.140, 1.887, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.140 std_dev=0.747
O6 B 0, 0.383, 1.142, 1.902, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.142 std_dev=0.760
C5' A 0, 0.182, 1.000, 1.818, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.000 std_dev=0.818
N2 B 0, 0.453, 1.294, 2.134, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.294 std_dev=0.841
O3' A 0, 0.751, 1.780, 2.809, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.780 std_dev=1.029

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.00 0.09 0.01 0.09 0.15 0.04
C2 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.28 0.15 0.14 0.01 0.07 0.05 0.07
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.09 0.06 0.11 0.13 0.23 0.18 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.29 0.03 0.39 0.13 0.34
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.13 0.05 0.11 0.07 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.21 0.08 0.26 0.14 0.26
C4 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.18 0.18 0.09 0.13 0.01 0.08 0.04 0.07
C4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.07 0.09 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.12 0.04 0.14 0.01 0.08 0.02 0.09
C5' 0.03 0.14 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.14 0.09 0.15 0.15 0.13 0.10 0.06 0.04 0.10 0.02 0.01 0.14 0.04 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.07 0.16 0.01 0.08 0.04 0.10
C8 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.07 0.09 0.12 0.01 0.11 0.01 0.09
N1 0.01 0.00 0.13 0.05 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.12 0.15 0.01 0.07 0.02 0.09
N2 0.04 0.01 0.23 0.11 0.02 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.43 0.34 0.18 0.13 0.02 0.08 0.09 0.06
N3 0.00 0.01 0.18 0.07 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.34 0.28 0.16 0.13 0.01 0.08 0.07 0.06
N7 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.06 0.05 0.14 0.01 0.10 0.06 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.10 0.01 0.09 0.06 0.06
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.18 0.07 0.14 0.04 0.17 0.20 0.25 0.43 0.34 0.19 0.09 0.00 0.06 0.06 0.30 0.15 0.48 0.12 0.39
O3' 0.16 0.28 0.03 0.01 0.18 0.04 0.12 0.10 0.14 0.07 0.22 0.34 0.28 0.06 0.11 0.06 0.00 0.12 0.17 0.11 0.22 0.35 0.28
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.18 0.16 0.05 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.05 0.25 0.33 0.21
O5' 0.09 0.14 0.29 0.21 0.13 0.00 0.14 0.01 0.16 0.12 0.15 0.13 0.13 0.14 0.10 0.30 0.17 0.10 0.00 0.17 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.05 0.17 0.00 0.09 0.07 0.11
OP1 0.09 0.07 0.39 0.26 0.08 0.09 0.08 0.04 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.48 0.22 0.25 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.05 0.13 0.14 0.04 0.22 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.09 0.07 0.06 0.06 0.12 0.35 0.33 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.34 0.26 0.07 0.08 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.39 0.28 0.21 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.16 0.15 0.19 0.15 0.21 0.11 0.22 0.20 0.20 0.20 0.19 0.22 0.18 0.24 0.20 0.17 0.06 0.25 0.15 0.09 0.06
C2 0.16 0.19 0.13 0.13 0.19 0.15 0.21 0.12 0.21 0.20 0.20 0.19 0.19 0.21 0.19 0.19 0.16 0.17 0.06 0.23 0.16 0.09 0.06
C2' 0.24 0.31 0.20 0.19 0.31 0.20 0.36 0.19 0.38 0.35 0.34 0.30 0.29 0.39 0.30 0.26 0.21 0.25 0.19 0.43 0.24 0.20 0.20
C3' 0.17 0.24 0.13 0.11 0.24 0.13 0.28 0.11 0.30 0.27 0.27 0.24 0.23 0.30 0.23 0.20 0.17 0.19 0.10 0.34 0.18 0.13 0.11
C4 0.17 0.19 0.16 0.16 0.19 0.16 0.20 0.12 0.21 0.19 0.20 0.20 0.19 0.20 0.18 0.24 0.21 0.17 0.06 0.23 0.18 0.10 0.07
C4' 0.12 0.15 0.15 0.16 0.15 0.13 0.17 0.10 0.18 0.16 0.16 0.15 0.15 0.18 0.14 0.24 0.25 0.13 0.06 0.21 0.16 0.17 0.10
C5 0.16 0.18 0.18 0.17 0.17 0.16 0.18 0.11 0.18 0.16 0.18 0.19 0.18 0.17 0.17 0.27 0.23 0.17 0.07 0.20 0.22 0.13 0.09
C5' 0.10 0.12 0.18 0.22 0.13 0.14 0.16 0.13 0.17 0.16 0.14 0.12 0.12 0.18 0.13 0.26 0.33 0.12 0.14 0.20 0.25 0.26 0.20
C6 0.16 0.17 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.12 0.17 0.15 0.17 0.18 0.18 0.16 0.16 0.26 0.23 0.17 0.08 0.18 0.24 0.14 0.11
C8 0.16 0.18 0.19 0.18 0.18 0.17 0.18 0.11 0.19 0.17 0.18 0.20 0.19 0.18 0.17 0.29 0.25 0.17 0.07 0.21 0.20 0.12 0.08
N1 0.16 0.17 0.15 0.14 0.18 0.15 0.18 0.12 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.21 0.18 0.16 0.07 0.20 0.22 0.12 0.09
N2 0.14 0.18 0.10 0.09 0.18 0.11 0.20 0.11 0.21 0.20 0.19 0.18 0.18 0.21 0.18 0.14 0.12 0.14 0.05 0.24 0.10 0.08 0.05
N3 0.17 0.20 0.15 0.14 0.21 0.16 0.22 0.13 0.23 0.21 0.21 0.21 0.20 0.23 0.20 0.21 0.18 0.18 0.06 0.26 0.14 0.08 0.05
N7 0.16 0.18 0.20 0.19 0.17 0.17 0.17 0.11 0.17 0.15 0.17 0.19 0.18 0.16 0.16 0.29 0.25 0.16 0.07 0.19 0.22 0.14 0.10
N9 0.16 0.18 0.17 0.16 0.18 0.16 0.20 0.11 0.20 0.18 0.19 0.19 0.18 0.20 0.17 0.26 0.22 0.17 0.06 0.23 0.18 0.11 0.07
O2' 0.37 0.43 0.34 0.33 0.43 0.34 0.49 0.34 0.51 0.48 0.47 0.42 0.41 0.53 0.42 0.38 0.33 0.36 0.36 0.57 0.40 0.39 0.39
O3' 0.29 0.32 0.31 0.32 0.32 0.30 0.34 0.30 0.35 0.32 0.34 0.32 0.32 0.34 0.31 0.35 0.35 0.29 0.32 0.37 0.37 0.35 0.33
O4' 0.13 0.14 0.18 0.19 0.15 0.15 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.27 0.27 0.14 0.11 0.19 0.19 0.21 0.16
O5' 0.04 0.06 0.12 0.14 0.07 0.07 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.06 0.06 0.13 0.07 0.20 0.24 0.05 0.14 0.15 0.28 0.26 0.21
O6 0.17 0.17 0.20 0.20 0.16 0.18 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.18 0.17 0.13 0.15 0.28 0.24 0.16 0.10 0.15 0.25 0.16 0.13
OP1 0.15 0.16 0.20 0.17 0.15 0.15 0.16 0.09 0.16 0.15 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.30 0.22 0.15 0.05 0.17 0.13 0.10 0.04
OP2 0.15 0.13 0.24 0.22 0.13 0.16 0.14 0.10 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.13 0.36 0.31 0.13 0.05 0.16 0.14 0.15 0.07
P 0.10 0.10 0.17 0.16 0.10 0.11 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.28 0.23 0.09 0.07 0.14 0.19 0.17 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07
C2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.15 0.01 0.10 0.02 0.13 0.18 0.14
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.10 0.15 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.14 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.10 0.04
C4 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.11 0.03 0.14 0.18 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.13 0.02 0.19 0.25 0.18
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.03 0.01
C6 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.13 0.01 0.20 0.26 0.19
C8 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.03 0.19 0.24 0.18
N1 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.11 0.02 0.12 0.01 0.16 0.22 0.16
N2 0.04 0.00 0.15 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.19 0.02 0.11 0.02 0.12 0.18 0.13
N3 0.03 0.01 0.13 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.02 0.10 0.02 0.12 0.16 0.12
N7 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.22 0.30 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.13 0.16 0.13
O2' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.05 0.07 0.06 0.10 0.02 0.14 0.21 0.16 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.06 0.09 0.12 0.06 0.06
O3' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.11 0.19 0.14 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.21 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
O5' 0.06 0.10 0.06 0.04 0.11 0.01 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.15 0.04 0.03 0.01
O6 0.05 0.02 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.05 0.04 0.15 0.00 0.23 0.31 0.22
OP1 0.08 0.13 0.09 0.09 0.14 0.06 0.19 0.05 0.20 0.19 0.16 0.12 0.12 0.22 0.13 0.12 0.13 0.05 0.04 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.18 0.06 0.10 0.18 0.05 0.25 0.03 0.26 0.24 0.22 0.18 0.16 0.30 0.16 0.06 0.21 0.05 0.03 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.03 0.04 0.14 0.02 0.18 0.01 0.19 0.18 0.16 0.13 0.12 0.20 0.13 0.06 0.10 0.04 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00