Doublet Group distance statistics: 53623

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1'	A	0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N1	A	0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N2	A	0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N3	A	0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C4	A	0, 0.016, 0.053, 0.091, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.038
O6	A	0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N7	A	0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.055 std_dev=0.039
N9	A	0, 0.018, 0.062, 0.105, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.062 std_dev=0.044
C2'	A	0, 0.023, 0.081, 0.138, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.081 std_dev=0.058
C8	A	0, 0.026, 0.090, 0.154, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.090 std_dev=0.064
O4'	A	0, 0.029, 0.100, 0.170, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.100 std_dev=0.070
C3'	A	0, 0.102, 0.350, 0.598, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.350 std_dev=0.248
C4'	A	0, 0.119, 0.407, 0.695, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.407 std_dev=0.288
P	B	0, 0.137, 0.468, 0.799, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.468 std_dev=0.331
O2'	A	0, 0.152, 0.519, 0.886, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.519 std_dev=0.367
C5'	A	0, 0.185, 0.633, 1.081, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.633 std_dev=0.448
O3'	A	0, 0.217, 0.741, 1.265, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.741 std_dev=0.524
OP1	A	0, 0.249, 0.852, 1.455, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.852 std_dev=0.603
OP2	B	0, 0.268, 0.915, 1.562, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.915 std_dev=0.647
O5'	A	0, 0.371, 1.268, 2.164, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.268 std_dev=0.896
P	A	0, 0.405, 1.382, 2.360, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.382 std_dev=0.978
OP1	B	0, 0.482, 1.646, 2.810, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.646 std_dev=1.164
O5'	B	0, 0.507, 1.733, 2.959, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.733 std_dev=1.226
OP2	A	0, 0.546, 1.866, 3.185, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.866 std_dev=1.319
C5'	B	0, 0.895, 3.056, 5.217, 4.614 max_d=4.614 avg_d=3.056 std_dev=2.161
O4'	B	0, 1.095, 3.738, 6.381, 5.634 max_d=5.634 avg_d=3.738 std_dev=2.643
C4'	B	0, 1.257, 4.291, 7.325, 6.465 max_d=6.465 avg_d=4.291 std_dev=3.034
C8	B	0, 1.376, 4.698, 8.020, 7.057 max_d=7.057 avg_d=4.698 std_dev=3.322
N9	B	0, 1.459, 4.983, 8.506, 7.491 max_d=7.491 avg_d=4.983 std_dev=3.523
C1'	B	0, 1.497, 5.112, 8.726, 7.691 max_d=7.691 avg_d=5.112 std_dev=3.615
N7	B	0, 1.500, 5.121, 8.742, 7.685 max_d=7.685 avg_d=5.121 std_dev=3.621
C4	B	0, 1.647, 5.622, 9.598, 8.443 max_d=8.443 avg_d=5.622 std_dev=3.976
C3'	B	0, 1.683, 5.745, 9.808, 8.647 max_d=8.647 avg_d=5.745 std_dev=4.063
C5	B	0, 1.734, 5.921, 10.108, 8.884 max_d=8.884 avg_d=5.921 std_dev=4.187
N3	B	0, 1.801, 6.151, 10.500, 9.235 max_d=9.235 avg_d=6.151 std_dev=4.349
C2'	B	0, 1.896, 6.472, 11.049, 9.732 max_d=9.732 avg_d=6.472 std_dev=4.577
O3'	B	0, 1.976, 6.748, 11.520, 10.154 max_d=10.154 avg_d=6.748 std_dev=4.772
C6	B	0, 2.109, 7.201, 12.293, 10.805 max_d=10.805 avg_d=7.201 std_dev=5.092
C2	B	0, 2.116, 7.226, 12.335, 10.839 max_d=10.839 avg_d=7.226 std_dev=5.109
N1	B	0, 2.297, 7.843, 13.389, 11.769 max_d=11.769 avg_d=7.843 std_dev=5.546
O6	B	0, 2.320, 7.920, 13.520, 11.885 max_d=11.885 avg_d=7.920 std_dev=5.600
N2	B	0, 2.336, 7.976, 13.616, 11.965 max_d=11.965 avg_d=7.976 std_dev=5.640
O2'	B	0, 2.341, 7.993, 13.644, 12.010 max_d=12.010 avg_d=7.993 std_dev=5.652

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.16	0.01	0.08	0.15	0.18
C2	0.02	0.00	0.03	0.03	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.02	0.01	0.19	0.01	0.13	0.23	0.24
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.22	0.03	0.07	0.23	0.20
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.07	0.11	0.05	0.02	0.02	0.11	0.07	0.02	0.00	0.00	0.26	0.09	0.08	0.18	0.19
C4	0.01	0.01	0.01	0.06	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.04	0.01	0.22	0.00	0.15	0.26	0.27
C4'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.05	0.09	0.02	0.03	0.02	0.09	0.04	0.06	0.04	0.00	0.00	0.07	0.05	0.08	0.00
C5	0.01	0.00	0.02	0.08	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.09	0.01	0.27	0.01	0.19	0.34	0.33
C5'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.07	0.00	0.12	0.00	0.12	0.14	0.08	0.03	0.03	0.16	0.07	0.05	0.04	0.00	0.01	0.15	0.01	0.20	0.01
C6	0.02	0.00	0.02	0.07	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.08	0.01	0.26	0.00	0.19	0.34	0.33
C8	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.01	0.31	0.01	0.20	0.36	0.36
N1	0.02	0.00	0.03	0.05	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.03	0.01	0.22	0.00	0.17	0.29	0.28
N2	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.15	0.05	0.01	0.15	0.01	0.11	0.20	0.20
N3	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.12	0.03	0.02	0.18	0.00	0.12	0.21	0.22
N7	0.01	0.00	0.01	0.11	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.14	0.02	0.32	0.01	0.22	0.40	0.38
N9	0.01	0.01	0.01	0.07	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.24	0.01	0.15	0.26	0.27
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.08	0.06	0.09	0.05	0.12	0.01	0.14	0.15	0.12	0.05	0.03	0.00	0.03	0.07	0.01	0.12	0.12	0.05	0.01
O3'	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.04	0.09	0.04	0.08	0.14	0.03	0.05	0.03	0.14	0.06	0.03	0.00	0.03	0.17	0.10	0.04	0.08	0.08
O4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.07	0.03	0.00	0.05	0.02	0.04	0.01	0.09
O5'	0.16	0.19	0.22	0.26	0.22	0.00	0.27	0.01	0.26	0.31	0.22	0.15	0.18	0.32	0.24	0.01	0.17	0.05	0.00	0.28	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.03	0.09	0.00	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.10	0.02	0.28	0.00	0.21	0.37	0.36
OP1	0.08	0.13	0.07	0.08	0.15	0.05	0.19	0.01	0.19	0.20	0.17	0.11	0.12	0.22	0.15	0.12	0.04	0.04	0.01	0.21	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.23	0.23	0.18	0.26	0.08	0.34	0.20	0.34	0.36	0.29	0.20	0.21	0.40	0.26	0.05	0.08	0.01	0.01	0.37	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.24	0.20	0.19	0.27	0.00	0.33	0.01	0.33	0.36	0.28	0.20	0.22	0.38	0.27	0.01	0.08	0.09	0.00	0.36	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.97	0.18	0.18	0.71	0.22	0.88	0.45	1.13	0.40	1.13	1.01	0.77	0.71	0.43	0.02	0.29	0.26	0.39	1.27	0.48	0.37	0.18
C2	0.25	0.43	0.30	0.42	0.34	0.41	0.27	0.60	0.30	0.13	0.38	0.47	0.42	0.14	0.26	0.24	0.14	0.36	0.43	0.25	0.42	0.33	0.17
C2'	0.55	1.37	0.57	0.48	1.12	0.43	1.35	0.58	1.61	0.84	1.57	1.39	1.16	1.20	0.83	0.46	0.02	0.50	0.49	1.80	0.50	0.39	0.18
C3'	0.43	1.23	0.44	0.37	0.96	0.37	1.16	0.52	1.43	0.68	1.41	1.26	1.01	1.00	0.68	0.32	0.09	0.42	0.43	1.64	0.51	0.37	0.16
C4	0.21	0.47	0.21	0.31	0.37	0.37	0.38	0.57	0.43	0.20	0.48	0.50	0.42	0.27	0.27	0.12	0.04	0.36	0.39	0.42	0.40	0.34	0.18
C4'	0.13	1.05	0.11	0.10	0.71	0.17	0.90	0.42	1.22	0.35	1.24	1.11	0.79	0.69	0.39	0.09	0.40	0.22	0.39	1.43	0.46	0.41	0.20
C5	0.23	0.06	0.22	0.38	0.07	0.51	0.04	0.65	0.09	0.04	0.03	0.09	0.12	0.09	0.13	0.17	0.12	0.45	0.37	0.18	0.31	0.31	0.18
C5'	0.03	0.78	0.07	0.05	0.47	0.08	0.63	0.34	0.91	0.15	0.94	0.85	0.55	0.44	0.19	0.29	0.54	0.13	0.30	1.10	0.48	0.36	0.15
C6	0.27	0.25	0.28	0.49	0.17	0.63	0.39	0.74	0.51	0.11	0.42	0.22	0.12	0.39	0.02	0.28	0.33	0.52	0.36	0.64	0.24	0.28	0.18
C8	0.19	0.32	0.16	0.26	0.26	0.40	0.25	0.58	0.29	0.16	0.32	0.35	0.30	0.19	0.21	0.06	0.08	0.37	0.36	0.28	0.36	0.33	0.18
N1	0.29	0.07	0.32	0.52	0.04	0.60	0.21	0.73	0.29	0.06	0.20	0.03	0.03	0.25	0.08	0.31	0.34	0.50	0.40	0.38	0.29	0.29	0.17
N2	0.24	0.60	0.35	0.45	0.44	0.32	0.37	0.53	0.44	0.13	0.55	0.66	0.56	0.19	0.29	0.27	0.18	0.25	0.47	0.38	0.49	0.34	0.16
N3	0.21	0.70	0.24	0.31	0.54	0.30	0.57	0.51	0.68	0.25	0.73	0.73	0.60	0.40	0.35	0.13	0.06	0.29	0.41	0.67	0.47	0.35	0.17
N7	0.21	0.02	0.18	0.34	0.04	0.50	0.07	0.64	0.13	0.04	0.07	0.04	0.08	0.09	0.11	0.13	0.08	0.44	0.35	0.22	0.29	0.31	0.18
N9	0.19	0.61	0.18	0.24	0.46	0.32	0.53	0.53	0.65	0.26	0.67	0.64	0.51	0.42	0.31	0.05	0.15	0.32	0.38	0.69	0.42	0.35	0.18
O2'	0.70	1.84	0.74	0.60	1.47	0.49	1.76	0.65	2.15	1.04	2.11	1.87	1.54	1.50	1.06	0.61	0.10	0.59	0.63	2.42	0.41	0.52	0.30
O3'	0.58	1.54	0.62	0.52	1.20	0.45	1.43	0.59	1.77	0.85	1.76	1.59	1.27	1.22	0.87	0.51	0.04	0.52	0.51	2.03	0.49	0.46	0.21
O4'	0.05	0.80	0.08	0.05	0.48	0.07	0.65	0.35	0.93	0.14	0.96	0.86	0.57	0.45	0.19	0.30	0.54	0.11	0.33	1.10	0.45	0.37	0.18
O5'	0.11	0.84	0.03	0.04	0.58	0.23	0.75	0.49	1.00	0.34	1.00	0.88	0.64	0.62	0.34	0.20	0.48	0.29	0.44	1.18	0.30	0.44	0.29
O6	0.28	0.64	0.28	0.55	0.44	0.74	0.76	0.79	1.00	0.24	0.89	0.60	0.40	0.68	0.12	0.34	0.48	0.56	0.32	1.21	0.13	0.24	0.17
OP1	0.10	0.78	0.01	0.03	0.53	0.23	0.68	0.49	0.91	0.30	0.93	0.83	0.59	0.55	0.30	0.21	0.49	0.29	0.42	1.09	0.31	0.43	0.28
OP2	0.09	0.47	0.04	0.04	0.33	0.32	0.42	0.57	0.54	0.20	0.55	0.50	0.36	0.34	0.20	0.26	0.42	0.35	0.45	0.64	0.16	0.46	0.35
P	0.08	0.70	0.03	0.02	0.47	0.26	0.61	0.54	0.82	0.27	0.83	0.74	0.53	0.49	0.27	0.27	0.49	0.31	0.47	0.97	0.21	0.49	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.18	0.01	0.05	0.02	0.28	0.07	0.12
C2	0.02	0.00	0.04	0.07	0.01	0.16	0.01	0.42	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.12	0.08	0.12	0.33	0.00	0.41	0.13	0.26
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.05	0.01	0.06	0.13	0.06	0.04	0.05	0.03	0.04	0.06	0.04	0.00	0.03	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00
C3'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.08	0.06	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.22	0.05	0.28	0.10	0.21
C4	0.01	0.01	0.05	0.04	0.00	0.08	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.12	0.06	0.07	0.23	0.01	0.47	0.03	0.24
C4'	0.01	0.16	0.01	0.00	0.08	0.00	0.05	0.00	0.08	0.05	0.13	0.19	0.15	0.02	0.01	0.12	0.01	0.00	0.00	0.06	0.04	0.26	0.08
C5	0.01	0.01	0.06	0.04	0.00	0.05	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.10	0.03	0.23	0.01	0.57	0.04	0.27
C5'	0.04	0.42	0.13	0.00	0.24	0.00	0.19	0.00	0.25	0.01	0.36	0.50	0.39	0.06	0.10	0.01	0.16	0.00	0.00	0.23	0.21	0.26	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.05	0.01	0.08	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.05	0.05	0.27	0.00	0.59	0.09	0.29
C8	0.01	0.02	0.04	0.01	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.10	0.21	0.07	0.10	0.02	0.52	0.03	0.21
N1	0.02	0.00	0.05	0.06	0.01	0.13	0.01	0.36	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.14	0.03	0.09	0.32	0.00	0.51	0.13	0.29
N2	0.03	0.00	0.03	0.08	0.02	0.19	0.01	0.50	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.10	0.17	0.13	0.34	0.01	0.30	0.18	0.23
N3	0.02	0.00	0.04	0.06	0.01	0.15	0.00	0.39	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.10	0.05	0.12	0.29	0.00	0.37	0.07	0.23
N7	0.01	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.13	0.18	0.03	0.16	0.02	0.60	0.01	0.25
N9	0.00	0.02	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.09	0.15	0.00	0.13	0.02	0.44	0.03	0.20
O2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.12	0.12	0.14	0.01	0.15	0.10	0.14	0.10	0.10	0.13	0.09	0.00	0.05	0.07	0.06	0.16	0.11	0.04	0.07
O3'	0.18	0.08	0.03	0.00	0.06	0.01	0.10	0.16	0.05	0.21	0.03	0.17	0.05	0.18	0.15	0.05	0.00	0.12	0.32	0.06	0.48	0.19	0.35
O4'	0.01	0.12	0.02	0.01	0.07	0.00	0.03	0.00	0.05	0.07	0.09	0.13	0.12	0.03	0.00	0.07	0.12	0.00	0.11	0.03	0.37	0.23	0.22
O5'	0.05	0.33	0.00	0.22	0.23	0.00	0.23	0.00	0.27	0.10	0.32	0.34	0.29	0.16	0.13	0.06	0.32	0.11	0.00	0.27	0.01	0.01	0.00
O6	0.02	0.00	0.06	0.05	0.01	0.06	0.01	0.23	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.16	0.06	0.03	0.27	0.00	0.64	0.10	0.31
OP1	0.28	0.41	0.00	0.28	0.47	0.04	0.57	0.21	0.59	0.52	0.51	0.30	0.37	0.60	0.44	0.11	0.48	0.37	0.01	0.64	0.00	0.01	0.00
OP2	0.07	0.13	0.01	0.10	0.03	0.26	0.04	0.26	0.09	0.03	0.13	0.18	0.07	0.01	0.03	0.04	0.19	0.23	0.01	0.10	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.26	0.00	0.21	0.24	0.08	0.27	0.01	0.29	0.21	0.29	0.23	0.23	0.25	0.20	0.07	0.35	0.22	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00