ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53625

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O5' A 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2' A 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
OP1 A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.000, 0.431, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.000, 0.473, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C4' B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C2' B 0, 0.000, 0.520, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.520 std_dev=0.520
O3' B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
O5' B 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
O4' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
N2 B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
N3 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C1' B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C2 B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
C4 B 0, 0.000, 0.626, 1.252, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.626 std_dev=0.626
N9 B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
O2' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
P B 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
N1 B 0, 0.000, 0.681, 1.363, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.681 std_dev=0.681
C5 B 0, 0.000, 0.703, 1.407, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.703 std_dev=0.703
C8 B 0, 0.000, 0.706, 1.413, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.706 std_dev=0.706
OP2 B 0, 0.000, 0.735, 1.470, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.735 std_dev=0.735
C6 B 0, 0.000, 0.736, 1.472, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.736 std_dev=0.736
N7 B 0, 0.000, 0.751, 1.501, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.751 std_dev=0.751
O6 B 0, 0.000, 0.806, 1.612, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.806 std_dev=0.806
OP1 B 0, 0.000, 0.813, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.813 std_dev=0.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.10 0.08 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00
C4 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C5 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03
C6 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
N1 0.04 0.00 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
N2 0.04 0.00 0.10 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
N3 0.03 0.00 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03
N9 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.08 0.01 0.09 0.03 0.13 0.03 0.14 0.13 0.09 0.06 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.14 0.04 0.03 0.04
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03
O5' 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.12 0.09 0.25 0.08 0.11
C2 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.38 0.11 0.15
C2' 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.15 0.05 0.25 0.06 0.13
C3' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.01 0.00 0.10 0.09 0.20 0.11 0.08
C4 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.13 0.05 0.31 0.04 0.15
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.01 0.00 0.10 0.09 0.24 0.09 0.10
C5 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.17 0.01 0.36 0.05 0.21
C5' 0.04 0.08 0.05 0.02 0.07 0.00 0.09 0.03 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.03 0.03 0.08 0.11 0.23 0.09 0.08
C6 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.03 0.06 0.08 0.08 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.20 0.04 0.41 0.11 0.26
C8 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.04 0.15 0.06 0.30 0.02 0.17
N1 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.19 0.04 0.44 0.03 0.25
N2 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.09 0.01 0.37 0.22 0.09
N3 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.10 0.06 0.30 0.12 0.11
N7 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.17 0.03 0.33 0.08 0.21
N9 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.13 0.07 0.28 0.04 0.14
O2' 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.15 0.04 0.20 0.08 0.11
O3' 0.04 0.10 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.04 0.02 0.06 0.12 0.14 0.16 0.03
O4' 0.05 0.11 0.07 0.02 0.09 0.00 0.10 0.03 0.12 0.09 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.04 0.03 0.07 0.13 0.23 0.10 0.08
O5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.00 0.01 0.10 0.11 0.23 0.05 0.11
O6 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.12 0.09 0.07 0.11 0.13 0.13 0.07 0.10 0.09 0.12 0.11 0.24 0.08 0.43 0.21 0.32
OP1 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.01 0.12 0.09 0.24 0.03 0.12
OP2 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.12 0.08 0.25 0.01 0.14
P 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.00 0.11 0.09 0.24 0.02 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.17 0.09 0.13
C2 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.12 0.00 0.40 0.25 0.25
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.02 0.15 0.14 0.14
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.15 0.00 0.34 0.18 0.23
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.17 0.00 0.37 0.19 0.25
C5' 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.16 0.00 0.41 0.22 0.27
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.17 0.00 0.29 0.13 0.21
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.14 0.00 0.42 0.24 0.27
N2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.09 0.01 0.40 0.27 0.24
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.13 0.00 0.35 0.21 0.23
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.00 0.35 0.16 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.27 0.13 0.19
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.09 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05 0.17 0.15 0.15
O3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.09
O5' 0.12 0.12 0.12 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.16 0.17 0.14 0.09 0.13 0.18 0.15 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.16 0.00 0.43 0.22 0.27
OP1 0.17 0.40 0.15 0.01 0.34 0.02 0.37 0.02 0.41 0.29 0.42 0.40 0.35 0.35 0.27 0.17 0.06 0.11 0.02 0.43 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.25 0.14 0.04 0.18 0.03 0.19 0.01 0.22 0.13 0.24 0.27 0.21 0.16 0.13 0.15 0.01 0.02 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.14 0.03 0.23 0.01 0.25 0.01 0.27 0.21 0.27 0.24 0.23 0.24 0.19 0.15 0.01 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00