ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 1, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.028, 0.047, 0.065, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.047 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.022, 0.049, 0.076, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.049 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.095, 0.263, 0.431, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.263 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.053, 0.257, 0.461, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.257 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.343, 0.590, 0.837, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.590 std_dev=0.247
P B 0, 0.087, 0.353, 0.618, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.353 std_dev=0.266
P A 0, 0.255, 0.540, 0.825, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.540 std_dev=0.285
C3' A 0, 0.132, 0.443, 0.754, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.443 std_dev=0.311
O2' A 0, 0.094, 0.429, 0.764, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.429 std_dev=0.335
C4' A 0, 0.110, 0.449, 0.789, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.449 std_dev=0.340
O5' A 0, 0.165, 0.567, 0.968, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.567 std_dev=0.402
O4 B 0, 0.655, 1.064, 1.472, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.064 std_dev=0.409
C5 B 0, 0.638, 1.060, 1.482, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.060 std_dev=0.422
O3' A 0, 0.224, 0.716, 1.208, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.716 std_dev=0.492
C4 B 0, 0.623, 1.160, 1.697, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.160 std_dev=0.537
OP2 B 0, 0.532, 1.096, 1.661, 1.696 max_d=1.696 avg_d=1.096 std_dev=0.564
OP2 A 0, 0.285, 0.871, 1.456, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.871 std_dev=0.585
C5' A 0, 0.192, 0.856, 1.520, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.856 std_dev=0.664
O5' B 0, 0.249, 0.946, 1.642, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.946 std_dev=0.697
C6 B 0, 0.558, 1.328, 2.099, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.328 std_dev=0.770
N3 B 0, 0.524, 1.587, 2.650, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.587 std_dev=1.063
C5' B 0, 0.171, 1.546, 2.921, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.546 std_dev=1.375
N1 B 0, 0.332, 1.726, 3.121, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.726 std_dev=1.394
OP1 A 0, 0.225, 1.643, 3.061, 3.463 max_d=3.463 avg_d=1.643 std_dev=1.418
C2 B 0, 0.380, 1.908, 3.435, 3.951 max_d=3.951 avg_d=1.908 std_dev=1.528
O4' B 0, 0.141, 1.879, 3.617, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.879 std_dev=1.738
C4' B 0, 0.068, 1.928, 3.789, 4.193 max_d=4.193 avg_d=1.928 std_dev=1.860
C1' B 0, 0.198, 2.092, 3.986, 4.437 max_d=4.437 avg_d=2.092 std_dev=1.894
O2 B 0, 0.420, 2.415, 4.410, 5.018 max_d=5.018 avg_d=2.415 std_dev=1.995
C3' B 0, 0.054, 2.069, 4.084, 4.571 max_d=4.571 avg_d=2.069 std_dev=2.015
C2' B 0, 0.158, 2.394, 4.631, 5.191 max_d=5.191 avg_d=2.394 std_dev=2.236
O3' B 0, 0.015, 2.438, 4.861, 5.426 max_d=5.426 avg_d=2.438 std_dev=2.423
O2' B 0, 0.177, 2.936, 5.696, 6.337 max_d=6.337 avg_d=2.936 std_dev=2.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.03 0.06 0.36 0.13
C2 0.04 0.00 0.16 0.13 0.02 0.04 0.03 0.18 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.22 0.20 0.06 0.43 0.03 0.21 0.59 0.13
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02 0.07 0.08 0.12 0.19 0.16 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.07 0.17 0.10 0.10
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.16 0.09 0.17 0.12 0.14 0.06 0.02 0.01 0.02 0.12 0.08 0.23 0.18 0.17
C4 0.02 0.02 0.08 0.06 0.00 0.05 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.08 0.03 0.41 0.02 0.25 0.59 0.11
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.18 0.04 0.08 0.04 0.17 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.11 0.09 0.06 0.05
C5 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.42 0.02 0.39 0.69 0.12
C5' 0.08 0.18 0.02 0.03 0.24 0.01 0.34 0.00 0.33 0.40 0.25 0.13 0.15 0.42 0.24 0.07 0.10 0.03 0.01 0.37 0.04 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.07 0.01 0.09 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.12 0.09 0.03 0.43 0.01 0.42 0.73 0.14
C8 0.02 0.03 0.08 0.16 0.01 0.18 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.16 0.03 0.38 0.03 0.39 0.65 0.10
N1 0.04 0.01 0.12 0.09 0.02 0.04 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.15 0.04 0.44 0.02 0.32 0.67 0.13
N2 0.06 0.01 0.19 0.17 0.03 0.08 0.03 0.13 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.27 0.27 0.07 0.43 0.03 0.16 0.56 0.14
N3 0.04 0.01 0.16 0.12 0.01 0.04 0.02 0.15 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.20 0.18 0.05 0.41 0.02 0.16 0.53 0.12
N7 0.02 0.03 0.05 0.14 0.02 0.17 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.13 0.03 0.39 0.03 0.50 0.73 0.13
N9 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.39 0.03 0.21 0.54 0.11
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.11 0.06 0.07 0.07 0.12 0.06 0.18 0.27 0.20 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.11 0.21 0.16 0.11
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.10 0.09 0.16 0.15 0.27 0.18 0.13 0.04 0.04 0.00 0.01 0.19 0.09 0.39 0.57 0.31
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.34 0.03 0.07 0.44 0.24
O5' 0.32 0.43 0.18 0.12 0.41 0.03 0.42 0.01 0.43 0.38 0.44 0.43 0.41 0.39 0.39 0.07 0.19 0.34 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.07 0.08 0.02 0.11 0.02 0.37 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.11 0.09 0.03 0.44 0.00 0.50 0.79 0.17
OP1 0.06 0.21 0.17 0.23 0.25 0.09 0.39 0.04 0.42 0.39 0.32 0.16 0.16 0.50 0.21 0.21 0.39 0.07 0.01 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.59 0.10 0.18 0.59 0.06 0.69 0.02 0.73 0.65 0.67 0.56 0.53 0.73 0.54 0.16 0.57 0.44 0.01 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.10 0.17 0.11 0.05 0.12 0.02 0.14 0.10 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.31 0.24 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.42 1.05 1.52 1.42 0.42 1.53 0.40 1.31 0.69 1.04 0.74 1.29 1.87 1.58 0.26 1.42 0.72 0.23 0.44 0.23
C2 0.90 0.62 1.06 1.08 0.25 1.10 0.22 1.01 0.36 0.62 0.42 0.77 1.28 1.26 0.24 0.90 0.56 0.18 0.34 0.15
C2' 1.79 1.41 1.93 1.79 0.72 1.88 0.69 1.60 1.01 1.39 1.08 1.68 2.30 1.96 0.50 1.77 0.97 0.32 0.25 0.34
C3' 1.92 1.56 2.07 1.89 0.83 1.95 0.77 1.61 1.10 1.51 1.23 1.87 2.49 2.07 0.60 1.85 0.98 0.28 0.24 0.33
C4 1.12 0.80 1.28 1.23 0.31 1.28 0.28 1.11 0.49 0.79 0.56 1.00 1.57 1.43 0.24 1.11 0.61 0.19 0.37 0.17
C4' 1.78 1.43 1.87 1.68 0.72 1.78 0.67 1.47 0.99 1.38 1.10 1.73 2.28 1.84 0.49 1.72 0.86 0.23 0.35 0.28
C5 0.97 0.70 1.17 1.13 0.27 1.12 0.23 0.96 0.39 0.68 0.49 0.88 1.44 1.36 0.24 0.93 0.53 0.18 0.33 0.15
C5' 1.67 1.36 1.76 1.53 0.65 1.62 0.58 1.28 0.88 1.28 1.04 1.67 2.19 1.68 0.44 1.59 0.69 0.23 0.49 0.18
C6 0.75 0.53 0.97 0.97 0.22 0.90 0.20 0.77 0.28 0.51 0.37 0.68 1.19 1.22 0.24 0.70 0.44 0.16 0.28 0.13
C8 1.19 0.88 1.36 1.28 0.34 1.31 0.30 1.10 0.53 0.85 0.62 1.11 1.70 1.50 0.24 1.16 0.60 0.19 0.38 0.17
N1 0.70 0.49 0.92 0.94 0.22 0.89 0.20 0.79 0.26 0.47 0.34 0.62 1.11 1.17 0.24 0.67 0.45 0.17 0.28 0.13
N2 0.81 0.54 0.96 1.01 0.23 1.04 0.21 1.01 0.33 0.55 0.37 0.67 1.13 1.16 0.25 0.84 0.57 0.18 0.36 0.15
N3 1.12 0.79 1.25 1.22 0.31 1.30 0.28 1.16 0.50 0.79 0.55 0.97 1.52 1.39 0.25 1.14 0.64 0.19 0.39 0.17
N7 1.04 0.76 1.24 1.18 0.29 1.16 0.25 0.97 0.43 0.73 0.53 0.97 1.54 1.41 0.24 0.98 0.54 0.18 0.33 0.15
N9 1.26 0.92 1.40 1.32 0.36 1.39 0.32 1.19 0.57 0.90 0.64 1.15 1.73 1.51 0.25 1.24 0.65 0.20 0.41 0.19
O2' 1.94 1.55 2.02 1.88 0.84 2.00 0.82 1.72 1.17 1.54 1.21 1.82 2.38 2.01 0.59 1.93 1.08 0.41 0.20 0.46
O3' 2.23 1.88 2.39 2.17 1.10 2.20 1.02 1.82 1.37 1.81 1.53 2.22 2.83 2.35 0.85 2.12 1.16 0.38 0.12 0.44
O4' 1.44 1.06 1.52 1.38 0.40 1.51 0.39 1.26 0.68 1.04 0.75 1.34 1.91 1.54 0.25 1.43 0.67 0.24 0.51 0.22
O5' 2.03 1.66 2.21 2.04 0.91 2.08 0.85 1.77 1.19 1.61 1.31 1.97 2.65 2.26 0.67 1.95 1.15 0.52 0.16 0.55
O6 0.59 0.42 0.83 0.84 0.21 0.71 0.21 0.58 0.22 0.39 0.30 0.55 1.02 1.09 0.24 0.51 0.36 0.16 0.24 0.14
OP1 1.82 1.55 1.94 1.66 0.80 1.70 0.68 1.29 0.98 1.43 1.23 1.91 2.41 1.83 0.59 1.67 0.71 0.27 0.49 0.20
OP2 1.91 1.53 2.18 2.07 0.83 2.04 0.78 1.76 1.10 1.50 1.20 1.83 2.60 2.37 0.60 1.82 1.20 0.69 0.20 0.63
P 1.66 1.34 1.83 1.65 0.65 1.67 0.58 1.35 0.87 1.27 1.02 1.65 2.26 1.87 0.44 1.56 0.79 0.23 0.34 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.13 0.11
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.06 0.14 0.14 0.20 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.11 0.02 0.07 0.18 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.10 0.05
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.16 0.05 0.09 0.17 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.16 0.17 0.12
C4 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.10 0.01 0.05 0.23 0.27 0.32 0.27
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.14 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.17 0.03 0.05 0.27 0.32 0.37 0.31
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.15 0.06 0.08 0.04 0.06 0.02 0.14 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.16 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.17 0.03 0.05 0.25 0.26 0.30 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.14 0.14 0.20 0.17
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.02 0.05 0.18 0.19 0.26 0.21
O2 0.07 0.01 0.18 0.17 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.23 0.04 0.09 0.12 0.12 0.19 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.02 0.08 0.17 0.00 0.03 0.06 0.05 0.06 0.12 0.09 0.05
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.17 0.05 0.12 0.23 0.03 0.00 0.11 0.01 0.16 0.28 0.26 0.20
O4 0.04 0.03 0.05 0.09 0.01 0.08 0.03 0.14 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.11 0.00 0.05 0.24 0.30 0.36 0.30
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.10 0.16 0.15
O5' 0.07 0.14 0.05 0.10 0.23 0.01 0.27 0.00 0.25 0.14 0.18 0.12 0.06 0.16 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.14 0.10 0.16 0.27 0.05 0.32 0.04 0.26 0.14 0.19 0.12 0.12 0.28 0.30 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.13 0.20 0.10 0.17 0.32 0.05 0.37 0.03 0.30 0.20 0.26 0.19 0.09 0.26 0.36 0.16 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.05 0.12 0.27 0.03 0.31 0.02 0.27 0.17 0.21 0.15 0.05 0.20 0.30 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00