Doublet Group distance statistics: 53640

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N2	A	0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
O6	A	0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.002, 0.023, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.021
OP2	B	0, 0.237, 0.380, 0.524, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.380 std_dev=0.143
O4'	A	0, -0.059, 0.100, 0.260, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.100 std_dev=0.160
C2'	A	0, -0.051, 0.113, 0.277, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.113 std_dev=0.164
C4'	A	0, -0.001, 0.201, 0.402, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.201 std_dev=0.202
OP1	B	0, 0.071, 0.290, 0.509, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.290 std_dev=0.219
P	B	0, 0.091, 0.323, 0.554, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.323 std_dev=0.232
O2'	A	0, -0.057, 0.200, 0.457, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.200 std_dev=0.257
C3'	A	0, -0.069, 0.203, 0.474, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.203 std_dev=0.272
C5'	A	0, -0.021, 0.365, 0.750, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.365 std_dev=0.386
O3'	A	0, -0.091, 0.321, 0.733, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.321 std_dev=0.412
C1'	B	0, -0.058, 0.592, 1.241, 2.767 max_d=2.767 avg_d=0.592 std_dev=0.649
C2'	B	0, 0.002, 0.658, 1.314, 2.832 max_d=2.832 avg_d=0.658 std_dev=0.656
O5'	B	0, -0.067, 0.602, 1.271, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.602 std_dev=0.669
O4'	B	0, -0.140, 0.607, 1.355, 3.136 max_d=3.136 avg_d=0.607 std_dev=0.748
N1	B	0, -0.178, 0.608, 1.394, 3.282 max_d=3.282 avg_d=0.608 std_dev=0.786
C5'	B	0, -0.184, 0.753, 1.690, 3.834 max_d=3.834 avg_d=0.753 std_dev=0.937
O5'	A	0, -0.342, 0.606, 1.555, 3.771 max_d=3.771 avg_d=0.606 std_dev=0.948
C4'	B	0, -0.253, 0.704, 1.661, 3.954 max_d=3.954 avg_d=0.704 std_dev=0.957
O2	B	0, -0.195, 0.766, 1.727, 4.005 max_d=4.005 avg_d=0.766 std_dev=0.961
C3'	B	0, -0.263, 0.727, 1.718, 4.092 max_d=4.092 avg_d=0.727 std_dev=0.991
C6	B	0, -0.359, 0.667, 1.692, 4.167 max_d=4.167 avg_d=0.667 std_dev=1.025
OP2	A	0, -0.349, 0.703, 1.755, 4.303 max_d=4.303 avg_d=0.703 std_dev=1.052
C2	B	0, -0.356, 0.730, 1.816, 4.448 max_d=4.448 avg_d=0.730 std_dev=1.086
O2'	B	0, -0.201, 0.919, 2.038, 4.709 max_d=4.709 avg_d=0.919 std_dev=1.120
P	A	0, -0.575, 0.736, 2.048, 5.239 max_d=5.239 avg_d=0.736 std_dev=1.312
C5	B	0, -0.815, 0.858, 2.532, 6.615 max_d=6.615 avg_d=0.858 std_dev=1.673
O3'	B	0, -0.695, 0.979, 2.653, 6.731 max_d=6.731 avg_d=0.979 std_dev=1.674
N3	B	0, -0.790, 0.891, 2.573, 6.689 max_d=6.689 avg_d=0.891 std_dev=1.682
OP1	A	0, -0.796, 0.900, 2.596, 6.732 max_d=6.732 avg_d=0.900 std_dev=1.696
C4	B	0, -1.063, 0.981, 3.026, 8.041 max_d=8.041 avg_d=0.981 std_dev=2.045
O4	B	0, -1.433, 1.229, 3.890, 10.420 max_d=10.420 avg_d=1.229 std_dev=2.662

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.09	0.02	0.24	0.33	0.10
C2	0.02	0.00	0.08	0.02	0.01	0.06	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.07	0.11	0.33	0.01	0.17	0.24	0.22
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.05	0.07	0.10	0.08	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.16	0.04	0.26	0.26	0.11
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.08	0.02	0.07	0.13	0.04	0.03	0.02	0.13	0.07	0.01	0.01	0.02	0.26	0.09	0.20	0.23	0.16
C4	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.05	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.11	0.03	0.06	0.23	0.02	0.19	0.38	0.09
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.08	0.07	0.06	0.05	0.09	0.05	0.04	0.02	0.00	0.01	0.09	0.41	0.15	0.13
C5	0.01	0.01	0.02	0.08	0.00	0.08	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.07	0.03	0.26	0.02	0.45	0.51	0.23
C5'	0.02	0.16	0.01	0.02	0.14	0.00	0.18	0.00	0.20	0.16	0.19	0.16	0.13	0.19	0.11	0.04	0.05	0.02	0.00	0.23	0.19	0.13	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.07	0.01	0.08	0.01	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.05	0.05	0.29	0.01	0.41	0.47	0.19
C8	0.01	0.01	0.05	0.13	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.14	0.05	0.29	0.02	0.68	0.65	0.46
N1	0.02	0.00	0.07	0.04	0.01	0.07	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.04	0.09	0.32	0.01	0.16	0.34	0.12
N2	0.03	0.00	0.10	0.03	0.01	0.06	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.22	0.11	0.13	0.37	0.02	0.34	0.17	0.36
N3	0.02	0.01	0.08	0.02	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.07	0.10	0.28	0.02	0.22	0.24	0.21
N7	0.00	0.01	0.03	0.13	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.13	0.03	0.29	0.02	0.76	0.66	0.46
N9	0.00	0.01	0.01	0.07	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.06	0.01	0.18	0.02	0.28	0.45	0.18
O2'	0.01	0.19	0.00	0.01	0.11	0.04	0.09	0.04	0.12	0.02	0.16	0.22	0.17	0.03	0.04	0.00	0.04	0.06	0.04	0.11	0.55	0.14	0.22
O3'	0.02	0.07	0.02	0.01	0.03	0.02	0.07	0.05	0.05	0.14	0.04	0.11	0.07	0.13	0.06	0.04	0.00	0.02	0.27	0.07	0.33	0.11	0.09
O4'	0.00	0.11	0.01	0.02	0.06	0.00	0.03	0.02	0.05	0.05	0.09	0.13	0.10	0.03	0.01	0.06	0.02	0.00	0.10	0.05	0.33	0.32	0.15
O5'	0.09	0.33	0.16	0.26	0.23	0.01	0.26	0.00	0.29	0.29	0.32	0.37	0.28	0.29	0.18	0.04	0.27	0.10	0.00	0.31	0.02	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.04	0.09	0.02	0.09	0.02	0.23	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.11	0.07	0.05	0.31	0.00	0.57	0.54	0.28
OP1	0.24	0.17	0.26	0.20	0.19	0.41	0.45	0.19	0.41	0.68	0.16	0.34	0.22	0.76	0.28	0.55	0.33	0.33	0.02	0.57	0.00	0.01	0.01
OP2	0.33	0.24	0.26	0.23	0.38	0.15	0.51	0.13	0.47	0.65	0.34	0.17	0.24	0.66	0.45	0.14	0.11	0.32	0.01	0.54	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.22	0.11	0.16	0.09	0.13	0.23	0.01	0.19	0.46	0.12	0.36	0.21	0.46	0.18	0.22	0.09	0.15	0.00	0.28	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.61	0.96	0.09	0.52	0.98	0.19	0.74	0.51	0.63	0.74	1.07	1.04	0.25	0.90	1.10	0.52	0.37	0.10	0.13	0.19
C2	0.70	0.82	0.32	0.21	0.74	0.25	0.65	0.33	0.65	0.73	0.82	0.86	0.42	0.40	0.76	0.68	0.23	0.14	0.18	0.14
C2'	0.76	1.02	0.22	0.36	0.89	0.21	0.67	0.35	0.63	0.80	1.05	1.15	0.48	0.69	0.97	0.68	0.21	0.07	0.14	0.08
C3'	0.70	1.06	0.14	0.47	1.02	0.19	0.76	0.45	0.66	0.80	1.15	1.17	0.37	0.86	1.16	0.60	0.31	0.08	0.13	0.16
C4	0.69	0.91	0.22	0.32	0.88	0.20	0.73	0.40	0.67	0.76	0.96	0.97	0.36	0.62	0.95	0.64	0.28	0.13	0.16	0.15
C4'	0.53	1.03	0.14	0.69	1.17	0.34	0.87	0.66	0.67	0.74	1.23	1.08	0.14	1.16	1.39	0.41	0.48	0.17	0.18	0.27
C5	0.70	0.88	0.27	0.26	0.85	0.25	0.72	0.35	0.67	0.75	0.92	0.94	0.39	0.53	0.91	0.67	0.24	0.16	0.17	0.13
C5'	0.41	0.99	0.25	0.83	1.23	0.48	0.90	0.80	0.64	0.68	1.25	1.02	0.17	1.35	1.50	0.28	0.65	0.30	0.29	0.40
C6	0.70	0.82	0.33	0.21	0.76	0.31	0.66	0.32	0.65	0.72	0.83	0.87	0.43	0.38	0.79	0.69	0.19	0.18	0.18	0.12
C8	0.68	0.94	0.18	0.38	0.94	0.20	0.76	0.41	0.67	0.76	1.02	1.01	0.33	0.72	1.05	0.62	0.29	0.15	0.16	0.15
N1	0.69	0.78	0.36	0.21	0.70	0.32	0.63	0.31	0.63	0.70	0.77	0.82	0.44	0.32	0.71	0.69	0.18	0.17	0.19	0.12
N2	0.68	0.75	0.36	0.19	0.64	0.26	0.58	0.30	0.62	0.70	0.72	0.78	0.43	0.29	0.63	0.68	0.21	0.12	0.18	0.14
N3	0.69	0.90	0.24	0.31	0.85	0.20	0.70	0.41	0.66	0.76	0.93	0.94	0.37	0.59	0.89	0.63	0.28	0.12	0.16	0.16
N7	0.70	0.91	0.24	0.30	0.90	0.23	0.74	0.37	0.68	0.76	0.97	0.97	0.37	0.60	0.98	0.66	0.25	0.17	0.17	0.13
N9	0.66	0.95	0.16	0.41	0.95	0.18	0.75	0.44	0.66	0.76	1.03	1.01	0.32	0.76	1.05	0.60	0.32	0.12	0.15	0.16
O2'	0.84	1.06	0.29	0.30	0.88	0.29	0.67	0.31	0.65	0.85	1.06	1.21	0.59	0.59	0.92	0.75	0.11	0.17	0.25	0.10
O3'	0.79	1.14	0.23	0.38	1.05	0.21	0.78	0.37	0.70	0.87	1.21	1.28	0.50	0.75	1.17	0.68	0.20	0.08	0.14	0.08
O4'	0.41	0.91	0.23	0.78	1.08	0.41	0.80	0.74	0.58	0.64	1.11	0.94	0.13	1.25	1.29	0.30	0.59	0.24	0.23	0.35
O5'	0.06	0.63	0.62	1.18	0.90	0.80	0.58	1.09	0.31	0.33	0.90	0.65	0.54	1.73	1.17	0.11	1.01	0.64	0.57	0.71
O6	0.69	0.78	0.37	0.22	0.72	0.35	0.64	0.33	0.63	0.70	0.79	0.84	0.45	0.32	0.75	0.69	0.17	0.21	0.18	0.12
OP1	0.59	0.15	1.29	1.74	0.39	1.24	0.32	1.37	0.34	0.34	0.24	0.19	1.26	2.31	0.64	0.59	1.14	0.68	0.53	0.74
OP2	0.18	0.70	0.69	1.19	1.23	0.80	0.96	0.97	0.60	0.47	1.08	0.59	0.75	1.83	1.58	0.22	0.77	0.31	0.20	0.37
P	0.36	0.25	1.05	1.56	0.68	1.14	0.43	1.34	0.19	0.11	0.57	0.20	1.04	2.17	0.99	0.45	1.17	0.71	0.59	0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.14	0.53	0.12
C2	0.01	0.00	0.03	0.07	0.01	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.05	0.01	0.01	0.09	0.25	0.59	0.15
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.05	0.01	0.03	0.07	0.00	0.02	0.05	0.01	0.20	0.29	0.47	0.22
C3'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.09	0.00	0.10	0.03	0.08	0.05	0.08	0.08	0.02	0.01	0.10	0.02	0.32	0.37	0.38	0.26
C4	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.08	0.00	0.01	0.10	0.34	0.59	0.16
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.08	0.00	0.10	0.00	0.09	0.04	0.05	0.03	0.03	0.01	0.08	0.00	0.01	0.18	0.30	0.05
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.10	0.00	0.22	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.02	0.10	0.35	0.58	0.16
C5'	0.02	0.10	0.02	0.03	0.20	0.00	0.22	0.00	0.19	0.12	0.15	0.05	0.03	0.03	0.21	0.01	0.01	0.29	0.18	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.09	0.00	0.19	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.08	0.01	0.03	0.10	0.31	0.59	0.16
N1	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.04	0.01	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.04	0.01	0.01	0.09	0.24	0.58	0.15
N3	0.01	0.00	0.03	0.08	0.01	0.05	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.06	0.01	0.01	0.10	0.30	0.60	0.16
O2	0.02	0.01	0.07	0.08	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.08	0.02	0.02	0.09	0.22	0.57	0.15
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.07	0.03	0.05	0.03	0.03	0.04	0.08	0.12	0.00	0.04	0.08	0.05	0.08	0.12	0.38	0.10
O3'	0.02	0.05	0.02	0.01	0.08	0.01	0.10	0.03	0.08	0.04	0.06	0.08	0.04	0.00	0.10	0.01	0.31	0.33	0.28	0.23
O4	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.08	0.01	0.21	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.10	0.00	0.02	0.10	0.36	0.57	0.16
O4'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.00	0.11	0.13	0.50	0.08
O5'	0.06	0.09	0.20	0.32	0.10	0.01	0.10	0.01	0.10	0.09	0.10	0.09	0.08	0.31	0.10	0.11	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.14	0.25	0.29	0.37	0.34	0.18	0.35	0.29	0.31	0.24	0.30	0.22	0.12	0.33	0.36	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.53	0.59	0.47	0.38	0.59	0.30	0.58	0.18	0.59	0.58	0.60	0.57	0.38	0.28	0.57	0.50	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.15	0.22	0.26	0.16	0.05	0.16	0.01	0.16	0.15	0.16	0.15	0.10	0.23	0.16	0.08	0.00	0.00	0.01	0.00