ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53641

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.011, 0.033, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.023
O6 A 0, -0.002, 0.037, 0.076, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.037 std_dev=0.039
P B 0, 0.184, 0.336, 0.488, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.336 std_dev=0.152
C2' A 0, -0.004, 0.158, 0.320, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.158 std_dev=0.162
O4' A 0, -0.013, 0.152, 0.316, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.152 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.043, 0.269, 0.495, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.269 std_dev=0.226
OP1 B 0, 0.266, 0.533, 0.800, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.533 std_dev=0.267
C3' A 0, 0.046, 0.332, 0.617, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.332 std_dev=0.286
O2' A 0, 0.043, 0.329, 0.614, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.329 std_dev=0.286
O5' A 0, 0.094, 0.563, 1.032, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.563 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.050, 0.535, 1.019, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.535 std_dev=0.484
OP2 B 0, -0.073, 0.475, 1.024, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.475 std_dev=0.548
O3' A 0, 0.012, 0.570, 1.128, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.570 std_dev=0.558
O5' B 0, -0.197, 0.586, 1.368, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.586 std_dev=0.783
O4 B 0, -0.103, 0.686, 1.475, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.686 std_dev=0.789
P A 0, -0.178, 0.781, 1.741, 3.086 max_d=3.086 avg_d=0.781 std_dev=0.959
C4 B 0, -0.305, 0.693, 1.690, 3.581 max_d=3.581 avg_d=0.693 std_dev=0.998
N3 B 0, -0.389, 0.743, 1.875, 4.048 max_d=4.048 avg_d=0.743 std_dev=1.132
C5 B 0, -0.394, 0.829, 2.053, 4.395 max_d=4.395 avg_d=0.829 std_dev=1.224
OP1 A 0, -0.162, 1.065, 2.293, 4.471 max_d=4.471 avg_d=1.065 std_dev=1.228
C5' B 0, -0.622, 0.799, 2.221, 5.022 max_d=5.022 avg_d=0.799 std_dev=1.421
C6 B 0, -0.609, 0.876, 2.362, 5.267 max_d=5.267 avg_d=0.876 std_dev=1.486
C2 B 0, -0.647, 0.860, 2.366, 5.314 max_d=5.314 avg_d=0.860 std_dev=1.507
OP2 A 0, -0.147, 1.375, 2.898, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.375 std_dev=1.522
O4' B 0, -0.790, 0.808, 2.407, 5.561 max_d=5.561 avg_d=0.808 std_dev=1.599
N1 B 0, -0.819, 0.842, 2.503, 5.780 max_d=5.780 avg_d=0.842 std_dev=1.661
O2 B 0, -0.663, 1.057, 2.778, 6.108 max_d=6.108 avg_d=1.057 std_dev=1.721
C4' B 0, -0.910, 0.918, 2.746, 6.364 max_d=6.364 avg_d=0.918 std_dev=1.828
C1' B 0, -1.082, 0.967, 3.016, 7.082 max_d=7.082 avg_d=0.967 std_dev=2.049
C3' B 0, -1.178, 1.129, 3.437, 8.015 max_d=8.015 avg_d=1.129 std_dev=2.308
C2' B 0, -1.366, 1.203, 3.771, 8.878 max_d=8.878 avg_d=1.203 std_dev=2.568
O3' B 0, -1.366, 1.353, 4.072, 9.467 max_d=9.467 avg_d=1.353 std_dev=2.719
O2' B 0, -1.842, 1.501, 4.844, 11.511 max_d=11.511 avg_d=1.501 std_dev=3.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.01 0.20 0.03 0.77 0.47 0.38
C2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.39 0.07 0.24 0.04 1.00 0.79 0.57
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.15 0.09 0.05 0.12 0.16 0.13 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.22 0.08 0.66 0.31 0.21
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.14 0.09 0.16 0.12 0.13 0.06 0.02 0.01 0.03 0.35 0.07 0.53 0.37 0.17
C4 0.02 0.02 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.24 0.04 0.28 0.02 1.04 0.79 0.59
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.05 0.36 0.32 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.17 0.05 0.33 0.02 1.19 0.94 0.70
C5' 0.07 0.10 0.15 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.18 0.14 0.09 0.09 0.18 0.12 0.05 0.15 0.01 0.01 0.18 0.25 0.39 0.01
C6 0.03 0.02 0.09 0.06 0.02 0.04 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.23 0.06 0.32 0.01 1.21 1.00 0.72
C8 0.02 0.02 0.05 0.14 0.02 0.05 0.01 0.18 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.04 0.36 0.03 1.17 0.84 0.67
N1 0.04 0.01 0.12 0.09 0.03 0.04 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.24 0.33 0.08 0.28 0.03 1.11 0.92 0.65
N2 0.04 0.00 0.16 0.16 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.47 0.08 0.23 0.04 0.94 0.75 0.52
N3 0.04 0.01 0.13 0.12 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.38 0.07 0.23 0.03 0.93 0.70 0.51
N7 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.05 0.00 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.07 0.04 0.38 0.03 1.27 0.98 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.28 0.03 1.00 0.71 0.56
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.17 0.16 0.20 0.05 0.24 0.14 0.24 0.22 0.18 0.18 0.11 0.00 0.04 0.09 0.23 0.25 0.62 0.30 0.16
O3' 0.20 0.39 0.02 0.01 0.24 0.01 0.17 0.15 0.23 0.06 0.33 0.47 0.38 0.07 0.14 0.04 0.00 0.14 0.38 0.19 0.43 0.46 0.16
O4' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.04 0.01 0.09 0.14 0.00 0.23 0.06 0.65 0.56 0.39
O5' 0.20 0.24 0.22 0.35 0.28 0.02 0.33 0.01 0.32 0.36 0.28 0.23 0.23 0.38 0.28 0.23 0.38 0.23 0.00 0.35 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.04 0.08 0.07 0.02 0.05 0.02 0.18 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.25 0.19 0.06 0.35 0.00 1.28 1.08 0.77
OP1 0.77 1.00 0.66 0.53 1.04 0.36 1.19 0.25 1.21 1.17 1.11 0.94 0.93 1.27 1.00 0.62 0.43 0.65 0.02 1.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.79 0.31 0.37 0.79 0.32 0.94 0.39 1.00 0.84 0.92 0.75 0.70 0.98 0.71 0.30 0.46 0.56 0.02 1.08 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.57 0.21 0.17 0.59 0.09 0.70 0.01 0.72 0.67 0.65 0.52 0.51 0.75 0.56 0.16 0.16 0.39 0.00 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.67 0.60 0.39 0.38 0.37 0.39 0.42 0.11 0.46 0.54 0.48 0.76 0.63 0.42 0.38 0.53 0.41 0.14 0.37 0.13
C2 0.61 0.48 0.29 0.32 0.48 0.34 0.63 0.11 0.67 0.56 0.44 0.49 0.46 0.35 0.45 0.57 0.40 0.14 0.36 0.13
C2' 0.97 0.86 0.73 0.67 0.50 0.65 0.52 0.27 0.63 0.79 0.69 1.06 1.03 0.74 0.45 0.79 0.34 0.20 0.38 0.21
C3' 0.74 0.61 0.53 0.49 0.29 0.47 0.37 0.18 0.41 0.55 0.43 0.84 0.82 0.54 0.34 0.57 0.44 0.19 0.33 0.23
C4 0.53 0.46 0.19 0.22 0.38 0.28 0.47 0.15 0.48 0.45 0.40 0.55 0.37 0.27 0.39 0.49 0.44 0.15 0.32 0.15
C4' 0.64 0.58 0.40 0.38 0.30 0.37 0.38 0.11 0.38 0.49 0.43 0.80 0.62 0.41 0.34 0.48 0.39 0.15 0.42 0.09
C5 0.36 0.34 0.13 0.11 0.32 0.16 0.41 0.24 0.38 0.30 0.31 0.44 0.13 0.12 0.36 0.38 0.49 0.16 0.24 0.16
C5' 0.56 0.56 0.30 0.28 0.34 0.29 0.42 0.17 0.38 0.45 0.46 0.78 0.49 0.33 0.39 0.43 0.45 0.20 0.37 0.14
C6 0.27 0.29 0.23 0.17 0.32 0.13 0.40 0.29 0.36 0.26 0.30 0.38 0.08 0.12 0.35 0.33 0.50 0.17 0.20 0.18
C8 0.41 0.37 0.10 0.11 0.31 0.21 0.41 0.22 0.35 0.31 0.32 0.53 0.22 0.16 0.37 0.40 0.48 0.16 0.28 0.15
N1 0.38 0.34 0.12 0.15 0.38 0.18 0.50 0.22 0.49 0.37 0.34 0.38 0.15 0.17 0.40 0.41 0.47 0.16 0.25 0.17
N2 0.77 0.57 0.51 0.52 0.60 0.47 0.81 0.16 0.91 0.74 0.52 0.51 0.68 0.50 0.53 0.70 0.32 0.14 0.44 0.12
N3 0.69 0.57 0.38 0.39 0.48 0.40 0.59 0.10 0.65 0.61 0.49 0.62 0.59 0.42 0.44 0.60 0.38 0.15 0.39 0.12
N7 0.30 0.30 0.19 0.13 0.30 0.14 0.40 0.28 0.34 0.24 0.28 0.44 0.11 0.09 0.36 0.34 0.50 0.17 0.23 0.17
N9 0.55 0.48 0.21 0.23 0.35 0.30 0.43 0.15 0.43 0.44 0.40 0.62 0.41 0.29 0.38 0.48 0.44 0.15 0.33 0.14
O2' 1.20 1.13 1.01 0.87 0.74 0.77 0.70 0.30 0.83 1.04 0.96 1.33 1.38 0.94 0.65 0.91 0.32 0.22 0.28 0.25
O3' 0.50 0.36 0.37 0.31 0.32 0.26 0.40 0.32 0.28 0.30 0.21 0.62 0.70 0.34 0.50 0.32 0.73 0.48 0.17 0.53
O4' 0.49 0.45 0.23 0.23 0.29 0.25 0.40 0.19 0.36 0.37 0.34 0.63 0.40 0.27 0.35 0.38 0.46 0.18 0.41 0.12
O5' 0.54 0.50 0.26 0.32 0.12 0.38 0.16 0.14 0.15 0.36 0.36 0.73 0.42 0.34 0.23 0.49 0.28 0.34 0.64 0.23
O6 0.17 0.26 0.40 0.32 0.28 0.17 0.35 0.38 0.29 0.19 0.27 0.36 0.26 0.23 0.33 0.26 0.52 0.20 0.18 0.21
OP1 0.96 0.77 0.67 0.81 0.32 0.96 0.41 0.74 0.55 0.73 0.54 0.99 0.75 0.84 0.27 1.03 0.51 1.01 1.33 0.90
OP2 0.99 0.87 0.77 0.82 0.72 0.85 0.78 0.64 0.84 0.88 0.77 0.95 0.86 0.81 0.68 0.94 0.55 0.98 1.19 0.82
P 0.75 0.64 0.47 0.55 0.29 0.63 0.36 0.38 0.44 0.57 0.48 0.83 0.59 0.57 0.26 0.72 0.26 0.66 0.92 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.09 0.03 0.19 0.05 0.01 0.04 0.08 0.64 0.22
C2 0.04 0.00 0.16 0.09 0.02 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.03 0.20 0.18 0.11 0.68 0.16
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.15 0.19 0.04 0.13 0.29 0.01 0.02 0.11 0.01 0.10 0.10 0.38 0.17
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.09 0.12 0.09 0.02 0.01 0.18 0.03 0.29 0.10 0.32 0.21
C4 0.04 0.02 0.09 0.16 0.00 0.06 0.02 0.11 0.03 0.03 0.01 0.01 0.19 0.10 0.01 0.02 0.12 0.69 1.10 0.57
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.16 0.04 0.08 0.22 0.18 0.03 0.07 0.01 0.01 0.35 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.15 0.18 0.02 0.13 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.37 0.13 0.04 0.15 0.32 1.00 1.32 0.85
C5' 0.06 0.22 0.15 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.19 0.32 0.05 0.17 0.12 0.02 0.01 0.20 0.07 0.02
C6 0.02 0.02 0.19 0.17 0.03 0.16 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.39 0.13 0.05 0.21 0.35 0.85 1.25 0.80
N1 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.12 0.04 0.01 0.09 0.33 0.87 0.39
N3 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.02 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.14 0.14 0.30 0.83 0.28
O2 0.09 0.01 0.29 0.09 0.01 0.22 0.02 0.32 0.03 0.03 0.01 0.00 0.40 0.22 0.02 0.36 0.37 0.35 0.43 0.22
O2' 0.03 0.13 0.01 0.02 0.19 0.18 0.37 0.05 0.39 0.11 0.05 0.40 0.00 0.05 0.19 0.11 0.20 0.09 0.43 0.21
O3' 0.19 0.15 0.02 0.01 0.10 0.03 0.13 0.17 0.13 0.12 0.11 0.22 0.05 0.00 0.12 0.11 0.38 0.21 0.26 0.20
O4 0.05 0.03 0.11 0.18 0.01 0.07 0.04 0.12 0.05 0.04 0.02 0.02 0.19 0.12 0.00 0.04 0.11 0.76 1.12 0.59
O4' 0.01 0.20 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.02 0.21 0.01 0.14 0.36 0.11 0.11 0.04 0.00 0.06 0.15 0.61 0.16
O5' 0.04 0.18 0.10 0.29 0.12 0.01 0.32 0.01 0.35 0.09 0.14 0.37 0.20 0.38 0.11 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.11 0.10 0.10 0.69 0.35 1.00 0.20 0.85 0.33 0.30 0.35 0.09 0.21 0.76 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.64 0.68 0.38 0.32 1.10 0.23 1.32 0.07 1.25 0.87 0.83 0.43 0.43 0.26 1.12 0.61 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.16 0.17 0.21 0.57 0.04 0.85 0.02 0.80 0.39 0.28 0.22 0.21 0.20 0.59 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00