ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53642

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, -0.002, 0.030, 0.061, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.006, 0.039, 0.073, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.002, 0.044, 0.086, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.044 std_dev=0.042
C8 A 0, -0.002, 0.052, 0.106, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.052 std_dev=0.054
OP2 B 0, 0.178, 0.513, 0.848, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.513 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.265, 0.613, 0.961, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.613 std_dev=0.348
C2' A 0, 0.083, 0.489, 0.896, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.489 std_dev=0.406
O4' A 0, 0.078, 0.504, 0.931, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.504 std_dev=0.426
P B 0, 0.209, 0.690, 1.172, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.690 std_dev=0.481
C4' A 0, 0.168, 0.808, 1.449, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.808 std_dev=0.640
O2' A 0, 0.186, 1.055, 1.924, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.055 std_dev=0.869
C3' A 0, 0.263, 1.193, 2.123, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.193 std_dev=0.930
O5' B 0, 0.446, 1.430, 2.415, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.430 std_dev=0.984
C5' A 0, 0.166, 1.314, 2.462, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.314 std_dev=1.148
C5' B 0, 0.686, 2.165, 3.644, 3.968 max_d=3.968 avg_d=2.165 std_dev=1.479
O3' A 0, 0.435, 1.996, 3.556, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.996 std_dev=1.560
C4' B 0, 0.748, 2.711, 4.675, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.711 std_dev=1.963
O5' A 0, 0.151, 2.252, 4.354, 5.735 max_d=5.735 avg_d=2.252 std_dev=2.101
O4' B 0, 0.821, 3.731, 6.640, 6.652 max_d=6.652 avg_d=3.731 std_dev=2.909
C3' B 0, 0.930, 3.899, 6.869, 7.309 max_d=7.309 avg_d=3.899 std_dev=2.970
P A 0, -0.443, 2.554, 5.551, 7.374 max_d=7.374 avg_d=2.554 std_dev=2.997
O3' B 0, 0.708, 3.803, 6.898, 7.946 max_d=7.946 avg_d=3.803 std_dev=3.095
OP2 A 0, 0.571, 3.723, 6.875, 8.373 max_d=8.373 avg_d=3.723 std_dev=3.152
OP1 A 0, -0.081, 3.272, 6.626, 8.654 max_d=8.654 avg_d=3.272 std_dev=3.354
C1' B 0, 1.027, 4.875, 8.722, 8.319 max_d=8.319 avg_d=4.875 std_dev=3.848
C2' B 0, 1.154, 5.136, 9.117, 9.086 max_d=9.086 avg_d=5.136 std_dev=3.981
O2' B 0, 1.354, 5.897, 10.441, 10.270 max_d=10.270 avg_d=5.897 std_dev=4.544
N1 B 0, 1.245, 6.174, 11.102, 10.349 max_d=10.349 avg_d=6.174 std_dev=4.929
O2 B 0, 1.566, 6.794, 12.021, 12.003 max_d=12.003 avg_d=6.794 std_dev=5.228
C6 B 0, 1.361, 6.656, 11.952, 11.368 max_d=11.368 avg_d=6.656 std_dev=5.296
C2 B 0, 1.502, 7.069, 12.637, 12.097 max_d=12.097 avg_d=7.069 std_dev=5.568
C5 B 0, 1.628, 7.939, 14.251, 13.670 max_d=13.670 avg_d=7.939 std_dev=6.311
N3 B 0, 1.709, 8.376, 15.043, 14.086 max_d=14.086 avg_d=8.376 std_dev=6.667
C4 B 0, 1.740, 8.869, 15.998, 15.172 max_d=15.172 avg_d=8.869 std_dev=7.129
O4 B 0, 1.976, 10.106, 18.236, 17.370 max_d=17.370 avg_d=10.106 std_dev=8.130

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.30 0.01 0.30 0.01 0.25 0.38 0.31
C2 0.02 0.00 0.38 0.29 0.00 0.15 0.00 0.34 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.59 0.61 0.31 0.30 0.01 0.48 0.55 0.20
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.02 0.13 0.16 0.21 0.14 0.32 0.44 0.36 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.59 0.18 0.65 0.61 0.62
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.24 0.01 0.32 0.03 0.34 0.39 0.31 0.32 0.25 0.40 0.22 0.02 0.01 0.03 0.36 0.38 0.54 0.24 0.27
C4 0.01 0.00 0.21 0.24 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.41 0.32 0.17 0.35 0.00 0.11 0.71 0.28
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.18 0.14 0.17 0.15 0.12 0.16 0.09 0.31 0.03 0.00 0.02 0.19 0.16 0.25 0.05
C5 0.01 0.00 0.13 0.32 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.41 0.21 0.11 0.52 0.00 0.27 1.04 0.49
C5' 0.05 0.34 0.16 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.33 0.15 0.36 0.37 0.27 0.21 0.11 0.14 0.23 0.02 0.01 0.35 0.35 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.34 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.31 0.18 0.48 0.00 0.20 1.04 0.40
C8 0.00 0.00 0.14 0.39 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.21 0.16 0.82 0.01 0.78 1.18 0.87
N1 0.01 0.00 0.32 0.31 0.00 0.17 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.57 0.47 0.27 0.37 0.01 0.35 0.79 0.24
N2 0.02 0.01 0.44 0.32 0.01 0.15 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.64 0.77 0.36 0.36 0.01 0.73 0.41 0.34
N3 0.02 0.00 0.36 0.25 0.00 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.52 0.59 0.29 0.23 0.01 0.35 0.46 0.13
N7 0.00 0.00 0.05 0.40 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.20 0.06 0.77 0.01 0.68 1.34 0.83
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.02 0.48 0.01 0.35 0.73 0.47
O2' 0.01 0.59 0.00 0.02 0.41 0.31 0.41 0.14 0.50 0.24 0.57 0.64 0.52 0.32 0.23 0.00 0.04 0.20 0.31 0.50 0.42 0.51 0.40
O3' 0.30 0.61 0.03 0.01 0.32 0.03 0.21 0.23 0.31 0.21 0.47 0.77 0.59 0.20 0.12 0.04 0.00 0.19 0.22 0.28 0.55 0.45 0.22
O4' 0.01 0.31 0.02 0.03 0.17 0.00 0.11 0.02 0.18 0.16 0.27 0.36 0.29 0.06 0.02 0.20 0.19 0.00 0.13 0.15 0.11 0.20 0.10
O5' 0.30 0.30 0.59 0.36 0.35 0.02 0.52 0.01 0.48 0.82 0.37 0.36 0.23 0.77 0.48 0.31 0.22 0.13 0.00 0.56 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.18 0.38 0.00 0.19 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.28 0.15 0.56 0.00 0.27 1.22 0.51
OP1 0.25 0.48 0.65 0.54 0.11 0.16 0.27 0.35 0.20 0.78 0.35 0.73 0.35 0.68 0.35 0.42 0.55 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.55 0.61 0.24 0.71 0.25 1.04 0.35 1.04 1.18 0.79 0.41 0.46 1.34 0.73 0.51 0.45 0.20 0.02 1.22 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.20 0.62 0.27 0.28 0.05 0.49 0.02 0.40 0.87 0.24 0.34 0.13 0.83 0.47 0.40 0.22 0.10 0.01 0.51 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.71 2.86 0.99 0.39 3.73 1.03 3.27 1.12 2.60 2.41 3.46 2.70 0.76 0.85 4.26 1.81 0.67 0.26 0.24 0.30
C2 1.20 1.85 0.70 0.29 2.19 0.86 1.95 1.00 1.62 1.58 2.12 1.81 0.47 0.78 2.40 1.41 0.62 0.25 0.23 0.30
C2' 1.44 2.63 0.80 0.18 3.49 0.70 3.04 0.80 2.37 2.16 3.24 2.47 0.57 0.90 4.04 1.54 0.69 0.55 0.49 0.54
C3' 1.68 2.98 0.95 0.19 3.92 0.88 3.37 0.89 2.63 2.44 3.66 2.84 0.71 0.75 4.55 1.74 0.70 0.46 0.41 0.47
C4 1.59 2.43 1.07 0.42 3.05 0.99 2.77 1.08 2.28 2.12 2.85 2.29 0.87 0.65 3.38 1.66 0.65 0.26 0.22 0.28
C4' 1.87 3.15 1.11 0.57 4.18 1.20 3.62 1.24 2.83 2.62 3.87 2.98 0.92 0.98 4.86 1.94 0.67 0.19 0.24 0.26
C5 1.62 2.30 1.28 0.57 2.86 1.01 2.67 1.07 2.26 2.08 2.66 2.17 1.14 0.40 3.14 1.62 0.63 0.26 0.21 0.26
C5' 1.87 3.08 1.18 0.74 4.14 1.31 3.61 1.36 2.81 2.58 3.80 2.91 1.06 1.13 4.84 1.94 0.68 0.33 0.38 0.35
C6 1.45 1.93 1.24 0.59 2.30 0.94 2.18 1.01 1.90 1.77 2.17 1.83 1.12 0.29 2.49 1.44 0.59 0.26 0.20 0.24
C8 1.83 2.74 1.38 0.59 3.53 1.08 3.24 1.13 2.66 2.43 3.24 2.55 1.24 0.48 3.96 1.79 0.66 0.26 0.21 0.27
N1 1.24 1.70 0.95 0.40 1.97 0.86 1.81 0.98 1.57 1.51 1.89 1.65 0.78 0.46 2.12 1.34 0.59 0.26 0.21 0.27
N2 0.87 1.48 0.30 0.41 1.69 0.75 1.43 0.93 1.14 1.17 1.69 1.51 0.16 1.04 1.87 1.22 0.58 0.24 0.25 0.31
N3 1.39 2.24 0.77 0.32 2.75 0.92 2.44 1.04 1.99 1.89 2.62 2.15 0.52 0.86 3.06 1.57 0.64 0.26 0.23 0.30
N7 1.77 2.52 1.45 0.67 3.19 1.06 2.98 1.10 2.51 2.28 2.93 2.35 1.35 0.33 3.53 1.70 0.63 0.26 0.21 0.25
N9 1.73 2.71 1.15 0.45 3.49 1.04 3.14 1.11 2.55 2.35 3.23 2.54 0.96 0.66 3.92 1.77 0.66 0.26 0.22 0.28
O2' 1.48 2.61 0.77 0.17 3.37 0.90 2.92 1.07 2.32 2.16 3.17 2.50 0.50 0.85 3.87 1.70 1.02 0.85 0.84 0.88
O3' 2.25 3.62 1.45 0.67 4.51 1.39 3.89 1.35 3.17 3.03 4.31 3.51 1.18 0.29 5.14 2.33 1.28 0.86 0.88 0.97
O4' 1.97 3.15 1.25 0.75 4.14 1.34 3.65 1.40 2.89 2.68 3.82 2.97 1.08 1.05 4.76 2.03 0.74 0.30 0.35 0.37
O5' 1.65 2.71 1.06 0.80 3.74 1.25 3.30 1.28 2.54 2.28 3.37 2.54 1.00 1.33 4.39 1.74 0.61 0.40 0.42 0.40
O6 1.41 1.74 1.37 0.74 2.04 0.93 1.97 0.96 1.76 1.65 1.92 1.66 1.31 0.17 2.17 1.33 0.55 0.26 0.20 0.21
OP1 1.92 2.65 1.45 1.44 3.56 1.88 3.14 1.83 2.43 2.27 3.21 2.60 1.58 1.95 4.21 2.09 0.96 0.62 0.63 0.63
OP2 1.46 2.59 0.97 0.37 3.76 0.76 3.39 0.71 2.60 2.21 3.31 2.35 0.88 1.04 4.43 1.40 0.55 0.76 0.65 0.65
P 1.69 2.66 1.16 0.87 3.69 1.34 3.29 1.33 2.54 2.27 3.30 2.50 1.14 1.36 4.34 1.77 0.59 0.25 0.34 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.01 0.00 0.26 0.21 0.15 0.25
C2 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.37 0.02 0.17 0.30 0.41 0.27 0.31
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.02 0.13 0.20 0.16 0.03 0.10 0.25 0.00 0.08 0.07 0.03 0.21 0.20 0.44 0.36
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.22 0.01 0.30 0.03 0.28 0.12 0.12 0.11 0.01 0.01 0.23 0.02 0.38 0.19 0.66 0.44
C4 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.16 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.17 0.00 0.05 0.44 0.84 0.47 0.72
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.11 0.20 0.16 0.04 0.17 0.01 0.01 0.21 0.21 0.07
C5 0.01 0.01 0.13 0.30 0.01 0.24 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.18 0.01 0.11 0.61 0.97 0.61 0.94
C5' 0.10 0.25 0.20 0.03 0.41 0.01 0.49 0.00 0.44 0.25 0.32 0.26 0.05 0.19 0.44 0.02 0.01 0.24 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.28 0.01 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.18 0.01 0.15 0.60 0.80 0.53 0.84
N1 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.09 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.22 0.01 0.03 0.37 0.46 0.25 0.47
N3 0.01 0.00 0.10 0.12 0.01 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.29 0.02 0.13 0.32 0.59 0.36 0.46
O2 0.02 0.00 0.25 0.11 0.02 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.54 0.03 0.28 0.35 0.31 0.36 0.18
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.24 0.16 0.35 0.05 0.36 0.15 0.20 0.41 0.00 0.12 0.25 0.09 0.28 0.19 0.55 0.40
O3' 0.32 0.37 0.08 0.01 0.17 0.04 0.18 0.19 0.18 0.22 0.29 0.54 0.12 0.00 0.17 0.20 0.58 0.30 1.04 0.61
O4 0.01 0.02 0.07 0.23 0.00 0.17 0.01 0.44 0.01 0.01 0.02 0.03 0.25 0.17 0.00 0.06 0.43 0.93 0.54 0.76
O4' 0.00 0.17 0.03 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.15 0.03 0.13 0.28 0.09 0.20 0.06 0.00 0.35 0.32 0.28 0.19
O5' 0.26 0.30 0.21 0.38 0.44 0.01 0.61 0.01 0.60 0.37 0.32 0.35 0.28 0.58 0.43 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.41 0.20 0.19 0.84 0.21 0.97 0.24 0.80 0.46 0.59 0.31 0.19 0.30 0.93 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.27 0.44 0.66 0.47 0.21 0.61 0.35 0.53 0.25 0.36 0.36 0.55 1.04 0.54 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.31 0.36 0.44 0.72 0.07 0.94 0.02 0.84 0.47 0.46 0.18 0.40 0.61 0.76 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00