ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53643

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.020 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.031 std_dev=0.030
C8 A 0, -0.002, 0.036, 0.075, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.036 std_dev=0.038
OP2 B 0, 0.078, 0.286, 0.494, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.286 std_dev=0.208
P B 0, 0.053, 0.328, 0.604, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.328 std_dev=0.275
OP1 B 0, 0.069, 0.412, 0.754, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.412 std_dev=0.342
O4' A 0, -0.372, 0.302, 0.977, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.302 std_dev=0.674
O3' A 0, -0.373, 0.312, 0.996, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.312 std_dev=0.685
C2' A 0, -0.401, 0.313, 1.027, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.313 std_dev=0.714
C3' A 0, -0.448, 0.351, 1.151, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.351 std_dev=0.799
O5' B 0, -0.333, 0.545, 1.423, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.545 std_dev=0.878
C4' A 0, -0.506, 0.388, 1.281, 2.748 max_d=2.748 avg_d=0.388 std_dev=0.893
O2' A 0, -0.621, 0.505, 1.630, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.505 std_dev=1.125
C5' B 0, -0.667, 0.741, 2.148, 4.442 max_d=4.442 avg_d=0.741 std_dev=1.407
C5' A 0, -0.838, 0.646, 2.130, 4.565 max_d=4.565 avg_d=0.646 std_dev=1.484
O5' A 0, -1.118, 0.995, 3.107, 6.574 max_d=6.574 avg_d=0.995 std_dev=2.112
C4' B 0, -1.175, 0.972, 3.119, 6.645 max_d=6.645 avg_d=0.972 std_dev=2.147
O4' B 0, -1.471, 1.088, 3.648, 7.856 max_d=7.856 avg_d=1.088 std_dev=2.559
OP1 A 0, -1.308, 1.270, 3.848, 8.068 max_d=8.068 avg_d=1.270 std_dev=2.578
P A 0, -1.309, 1.271, 3.852, 8.081 max_d=8.081 avg_d=1.271 std_dev=2.581
C3' B 0, -1.620, 1.295, 4.209, 8.998 max_d=8.998 avg_d=1.295 std_dev=2.914
OP2 A 0, -1.504, 1.577, 4.659, 9.700 max_d=9.700 avg_d=1.577 std_dev=3.081
C6 B 0, -1.777, 1.361, 4.499, 9.657 max_d=9.657 avg_d=1.361 std_dev=3.138
C2' B 0, -1.868, 1.453, 4.775, 10.234 max_d=10.234 avg_d=1.453 std_dev=3.321
C1' B 0, -1.936, 1.396, 4.728, 10.208 max_d=10.208 avg_d=1.396 std_dev=3.332
O3' B 0, -1.966, 1.471, 4.908, 10.558 max_d=10.558 avg_d=1.471 std_dev=3.437
C5 B 0, -2.000, 1.530, 5.060, 10.861 max_d=10.861 avg_d=1.530 std_dev=3.530
N1 B 0, -2.114, 1.530, 5.174, 11.167 max_d=11.167 avg_d=1.530 std_dev=3.644
O2' B 0, -2.404, 1.804, 6.013, 12.932 max_d=12.932 avg_d=1.804 std_dev=4.208
C4 B 0, -2.560, 1.894, 6.349, 13.673 max_d=13.673 avg_d=1.894 std_dev=4.455
C2 B 0, -2.659, 1.880, 6.419, 13.885 max_d=13.885 avg_d=1.880 std_dev=4.539
N3 B 0, -2.831, 2.035, 6.900, 14.902 max_d=14.902 avg_d=2.035 std_dev=4.866
O4 B 0, -2.814, 2.115, 7.044, 15.148 max_d=15.148 avg_d=2.115 std_dev=4.929
O2 B 0, -2.972, 2.070, 7.112, 15.406 max_d=15.406 avg_d=2.070 std_dev=5.042

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.08 0.01 0.73 0.23 0.26
C2 0.01 0.00 0.37 0.18 0.00 0.22 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.39 0.07 0.37 0.39 0.01 1.22 0.93 0.80
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.00 0.08 0.15 0.15 0.20 0.28 0.45 0.36 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.10 0.71 0.16 0.27
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.22 0.16 0.21 0.16 0.15 0.20 0.13 0.01 0.01 0.02 0.26 0.24 0.18 0.22 0.12
C4 0.01 0.00 0.19 0.17 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.19 0.10 0.01 1.04 0.47 0.48
C4' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.21 0.15 0.31 0.22 0.16 0.05 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.13 0.09
C5 0.00 0.00 0.08 0.21 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.07 0.18 0.01 0.98 0.28 0.32
C5' 0.04 0.33 0.15 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.09 0.25 0.23 0.43 0.31 0.19 0.04 0.05 0.13 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.22 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.15 0.11 0.00 1.07 0.43 0.45
C8 0.00 0.00 0.20 0.16 0.00 0.21 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.03 0.22 0.56 0.01 0.67 0.40 0.20
N1 0.01 0.00 0.28 0.21 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.04 0.28 0.24 0.01 1.19 0.75 0.68
N2 0.02 0.00 0.45 0.16 0.00 0.31 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.58 0.08 0.45 0.56 0.01 1.28 1.16 0.96
N3 0.01 0.00 0.36 0.15 0.00 0.22 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.40 0.10 0.37 0.35 0.01 1.15 0.82 0.73
N7 0.00 0.00 0.11 0.20 0.00 0.16 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.02 0.12 0.48 0.01 0.75 0.36 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.01 0.20 0.01 0.85 0.20 0.25
O2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.07 0.21 0.14 0.05 0.05 0.49 0.20 0.58 0.40 0.42 0.16 0.00 0.03 0.13 0.17 0.14 0.61 0.14 0.19
O3' 0.22 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.13 0.03 0.03 0.04 0.08 0.10 0.02 0.09 0.03 0.00 0.14 0.30 0.03 0.19 0.28 0.25
O4' 0.00 0.37 0.02 0.02 0.19 0.00 0.07 0.02 0.15 0.22 0.28 0.45 0.37 0.12 0.01 0.13 0.14 0.00 0.05 0.10 0.59 0.31 0.26
O5' 0.08 0.39 0.07 0.26 0.10 0.01 0.18 0.00 0.11 0.56 0.24 0.56 0.35 0.48 0.20 0.17 0.30 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.24 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.10 0.17 0.00 1.01 0.32 0.36
OP1 0.73 1.22 0.71 0.18 1.04 0.25 0.98 0.06 1.07 0.67 1.19 1.28 1.15 0.75 0.85 0.61 0.19 0.59 0.01 1.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.93 0.16 0.22 0.47 0.13 0.28 0.02 0.43 0.40 0.75 1.16 0.82 0.36 0.20 0.14 0.28 0.31 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.80 0.27 0.12 0.48 0.09 0.32 0.01 0.45 0.20 0.68 0.96 0.73 0.15 0.25 0.19 0.25 0.26 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.84 2.99 1.10 0.51 3.62 0.75 3.03 0.22 2.46 2.46 3.52 2.93 1.19 0.59 4.08 1.60 0.18 0.14 0.07 0.07
C2 1.83 2.60 1.21 0.67 2.96 0.86 2.71 0.38 2.38 2.33 2.89 2.48 1.24 0.67 3.10 1.67 0.26 0.15 0.08 0.04
C2' 1.37 2.56 0.63 0.09 3.13 0.29 2.46 0.32 1.90 1.97 3.10 2.57 0.77 0.23 3.63 1.11 0.34 0.67 0.57 0.61
C3' 1.49 2.62 0.76 0.23 3.20 0.46 2.59 0.12 2.04 2.06 3.14 2.61 0.86 0.35 3.71 1.27 0.14 0.46 0.31 0.38
C4 2.14 3.20 1.45 0.87 3.62 1.03 3.11 0.45 2.66 2.71 3.61 3.14 1.57 0.95 3.90 1.86 0.31 0.18 0.09 0.05
C4' 1.86 2.90 1.10 0.59 3.50 0.90 2.96 0.41 2.44 2.42 3.40 2.86 1.13 0.66 3.95 1.71 0.36 0.11 0.20 0.17
C5 2.50 3.58 1.85 1.27 3.78 1.33 3.21 0.68 2.85 3.03 3.92 3.60 2.03 1.40 3.98 2.14 0.45 0.21 0.11 0.08
C5' 2.05 3.06 1.29 0.81 3.56 1.13 3.03 0.63 2.54 2.57 3.52 3.05 1.32 0.92 3.98 1.91 0.51 0.14 0.29 0.27
C6 2.64 3.53 2.03 1.47 3.52 1.49 3.06 0.83 2.83 3.08 3.72 3.57 2.19 1.60 3.60 2.27 0.53 0.23 0.13 0.11
C8 2.42 3.64 1.74 1.13 3.99 1.22 3.30 0.57 2.83 3.00 4.10 3.70 1.94 1.29 4.36 2.04 0.39 0.21 0.10 0.07
N1 2.30 3.01 1.70 1.17 3.11 1.27 2.81 0.69 2.62 2.72 3.18 2.95 1.77 1.20 3.17 2.06 0.44 0.20 0.11 0.09
N2 1.33 1.95 0.78 0.28 2.35 0.52 2.23 0.18 1.94 1.78 2.21 1.81 0.76 0.22 2.47 1.27 0.13 0.10 0.07 0.03
N3 1.78 2.71 1.11 0.55 3.22 0.77 2.85 0.28 2.40 2.34 3.11 2.60 1.16 0.57 3.46 1.60 0.20 0.14 0.07 0.04
N7 2.63 3.81 1.98 1.39 3.99 1.41 3.31 0.72 2.92 3.16 4.19 3.91 2.22 1.57 4.27 2.21 0.48 0.23 0.12 0.08
N9 2.13 3.28 1.42 0.83 3.78 0.99 3.17 0.40 2.66 2.73 3.77 3.26 1.55 0.93 4.17 1.83 0.29 0.17 0.08 0.06
O2' 1.22 2.49 0.46 0.13 3.11 0.11 2.39 0.52 1.79 1.85 3.07 2.50 0.61 0.05 3.68 0.94 0.45 0.66 0.64 0.69
O3' 1.53 2.64 0.82 0.29 3.28 0.54 2.69 0.06 2.11 2.11 3.17 2.61 0.91 0.40 3.81 1.33 0.04 0.22 0.09 0.19
O4' 2.10 3.15 1.36 0.82 3.74 1.12 3.23 0.63 2.71 2.68 3.64 3.09 1.38 0.86 4.16 1.94 0.57 0.28 0.38 0.37
O5' 2.19 3.10 1.47 1.03 3.51 1.33 3.03 0.84 2.61 2.65 3.49 3.10 1.50 1.14 3.87 2.07 0.64 0.17 0.39 0.38
O6 2.91 3.72 2.36 1.84 3.47 1.75 2.99 1.03 2.85 3.23 3.78 3.88 2.59 2.03 3.51 2.45 0.65 0.25 0.15 0.15
OP1 3.21 4.14 2.47 2.06 4.36 2.32 3.79 1.71 3.44 3.62 4.47 4.24 2.56 2.27 4.66 3.04 1.45 0.78 1.06 1.05
OP2 2.92 3.68 2.26 1.90 3.88 2.17 3.45 1.67 3.15 3.27 3.95 3.73 2.30 2.05 4.13 2.82 1.33 0.63 0.94 0.97
P 2.75 3.63 2.04 1.64 3.91 1.92 3.41 1.39 3.05 3.16 3.96 3.68 2.09 1.79 4.21 2.62 1.12 0.49 0.76 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.12 0.03 0.00 0.13 0.23 0.68 0.28
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.21 0.02 0.01 0.08 0.21 0.90 0.29
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.02 0.37 0.56 0.57 0.40
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.34 0.20 0.21
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.02 0.09 0.15 1.05 0.26
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.10 0.18 1.07 0.27
C5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.09 0.02 0.03 0.04 0.13 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.01 0.09 0.23 1.01 0.30
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.00 0.09 0.23 0.88 0.29
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.20 0.01 0.02 0.07 0.17 0.99 0.27
O2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.28 0.02 0.01 0.11 0.22 0.82 0.29
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.15 0.00 0.05 0.08 0.01 0.41 0.67 0.58 0.44
O3' 0.12 0.21 0.05 0.00 0.16 0.01 0.10 0.04 0.08 0.13 0.20 0.28 0.05 0.00 0.17 0.06 0.15 0.19 0.11 0.11
O4 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.17 0.00 0.03 0.10 0.12 1.08 0.25
O4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.08 0.56 0.16
O5' 0.13 0.08 0.37 0.27 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.09 0.07 0.11 0.41 0.15 0.10 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.21 0.56 0.34 0.15 0.02 0.18 0.02 0.23 0.23 0.17 0.22 0.67 0.19 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.68 0.90 0.57 0.20 1.05 0.17 1.07 0.07 1.01 0.88 0.99 0.82 0.58 0.11 1.08 0.56 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.29 0.40 0.21 0.26 0.06 0.27 0.02 0.30 0.29 0.27 0.29 0.44 0.11 0.25 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00