ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.024, 0.045, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.025, 0.053, 0.082, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.053 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.036, 0.066, 0.096, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.066 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.039, 0.073, 0.107, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.073 std_dev=0.034
P B 0, 0.110, 0.219, 0.328, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.219 std_dev=0.109
O5' B 0, 0.111, 0.219, 0.328, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.219 std_dev=0.109
OP2 B 0, 0.123, 0.273, 0.424, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.273 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.181, 0.338, 0.495, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.338 std_dev=0.157
OP1 B 0, 0.092, 0.258, 0.423, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.258 std_dev=0.166
P A 0, 0.175, 0.369, 0.564, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.369 std_dev=0.195
OP1 A 0, 0.189, 0.400, 0.611, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.400 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.248, 0.461, 0.674, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.461 std_dev=0.213
C3' B 0, 0.085, 0.309, 0.534, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.309 std_dev=0.225
O4' B 0, 0.167, 0.405, 0.643, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.405 std_dev=0.238
C2' A 0, 0.294, 0.534, 0.775, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.534 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.136, 0.378, 0.619, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.378 std_dev=0.242
C4' A 0, 0.289, 0.531, 0.773, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.531 std_dev=0.242
O3' B 0, 0.182, 0.439, 0.697, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.439 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.148, 0.413, 0.679, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.413 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.115, 0.392, 0.669, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.392 std_dev=0.277
O4' A 0, 0.346, 0.627, 0.908, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.627 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.094, 0.379, 0.663, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.379 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.058, 0.352, 0.646, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.352 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.145, 0.441, 0.738, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.441 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.171, 0.470, 0.769, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.470 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.370, 0.680, 0.990, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.680 std_dev=0.310
C4 B 0, 0.217, 0.559, 0.901, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.559 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.145, 0.504, 0.862, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.504 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.186, 0.562, 0.938, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.562 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.228, 0.604, 0.981, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.604 std_dev=0.376
C5' A 0, 0.457, 0.841, 1.224, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.841 std_dev=0.383
O4 B 0, 0.334, 0.722, 1.109, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.722 std_dev=0.388
O2' A 0, 0.480, 0.872, 1.263, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.872 std_dev=0.392
O5' A 0, 0.488, 0.897, 1.306, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.897 std_dev=0.409
O2 B 0, 0.249, 0.671, 1.093, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.671 std_dev=0.422

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.07 0.12 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.05 0.08 0.17 0.01 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.04 0.15 0.09 0.13
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.16 0.01 0.08 0.13 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.15 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.16 0.01 0.09 0.14 0.10
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.09 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.05 0.17 0.00 0.09 0.13 0.10
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.14 0.03 0.09 0.13 0.09
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.07 0.17 0.01 0.09 0.13 0.10
N2 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.12 0.03 0.09 0.15 0.03 0.12 0.13 0.10
N3 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.09 0.17 0.01 0.08 0.13 0.08
N7 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.15 0.03 0.10 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.08 0.13 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.12 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.19 0.06 0.17 0.10 0.15
O3' 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.09 0.06 0.10 0.11 0.06
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.09 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.04 0.08 0.19 0.07
O5' 0.09 0.17 0.19 0.14 0.16 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.17 0.15 0.17 0.15 0.14 0.19 0.09 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.04 0.17 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.07 0.09 0.15 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.08 0.10 0.08 0.17 0.10 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.13 0.09 0.09 0.13 0.15 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.11 0.19 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.13 0.08 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.15 0.06 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.09 0.08 0.13 0.08 0.19 0.16 0.17 0.09 0.07 0.17 0.22 0.12 0.14 0.03 0.11 0.10 0.10 0.05
C2 0.10 0.08 0.16 0.07 0.08 0.06 0.18 0.15 0.17 0.09 0.05 0.15 0.17 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.03
C2' 0.08 0.06 0.12 0.13 0.12 0.13 0.19 0.21 0.17 0.09 0.07 0.17 0.23 0.18 0.14 0.08 0.13 0.14 0.09 0.10
C3' 0.08 0.07 0.10 0.13 0.13 0.14 0.20 0.21 0.19 0.10 0.08 0.16 0.21 0.17 0.14 0.09 0.11 0.14 0.09 0.08
C4 0.12 0.12 0.18 0.08 0.10 0.07 0.19 0.13 0.18 0.11 0.08 0.19 0.23 0.10 0.11 0.09 0.11 0.07 0.11 0.03
C4' 0.09 0.09 0.09 0.12 0.15 0.11 0.20 0.18 0.18 0.11 0.11 0.16 0.21 0.15 0.15 0.08 0.09 0.14 0.10 0.06
C5 0.18 0.19 0.22 0.11 0.10 0.10 0.18 0.10 0.18 0.18 0.15 0.24 0.25 0.12 0.10 0.15 0.12 0.06 0.11 0.02
C5' 0.15 0.12 0.17 0.15 0.15 0.15 0.20 0.17 0.21 0.16 0.12 0.17 0.23 0.18 0.15 0.14 0.09 0.15 0.13 0.08
C6 0.20 0.19 0.22 0.13 0.11 0.12 0.18 0.10 0.20 0.19 0.15 0.22 0.23 0.12 0.09 0.18 0.12 0.07 0.10 0.03
C8 0.15 0.18 0.19 0.10 0.11 0.08 0.17 0.09 0.16 0.15 0.13 0.25 0.28 0.13 0.12 0.11 0.12 0.07 0.13 0.03
N1 0.16 0.13 0.20 0.12 0.07 0.09 0.16 0.11 0.17 0.14 0.09 0.17 0.19 0.10 0.09 0.15 0.09 0.07 0.08 0.02
N2 0.07 0.05 0.14 0.08 0.08 0.07 0.17 0.18 0.17 0.07 0.03 0.13 0.13 0.08 0.10 0.06 0.03 0.11 0.05 0.05
N3 0.07 0.07 0.14 0.05 0.10 0.06 0.19 0.17 0.18 0.08 0.05 0.16 0.18 0.07 0.11 0.05 0.09 0.10 0.09 0.04
N7 0.20 0.23 0.22 0.12 0.13 0.11 0.17 0.09 0.18 0.20 0.20 0.28 0.29 0.14 0.12 0.16 0.13 0.06 0.12 0.02
N9 0.10 0.10 0.15 0.08 0.11 0.06 0.19 0.13 0.17 0.10 0.07 0.20 0.25 0.11 0.13 0.06 0.12 0.08 0.11 0.04
O2' 0.08 0.07 0.12 0.13 0.11 0.13 0.18 0.21 0.17 0.08 0.07 0.17 0.22 0.18 0.13 0.07 0.14 0.15 0.11 0.12
O3' 0.08 0.08 0.09 0.14 0.11 0.14 0.18 0.21 0.17 0.09 0.08 0.18 0.20 0.17 0.12 0.09 0.12 0.15 0.08 0.09
O4' 0.06 0.08 0.07 0.10 0.14 0.09 0.19 0.17 0.18 0.10 0.10 0.17 0.22 0.12 0.15 0.05 0.12 0.14 0.11 0.07
O5' 0.17 0.12 0.18 0.08 0.16 0.06 0.24 0.12 0.25 0.19 0.11 0.15 0.20 0.01 0.15 0.10 0.16 0.15 0.24 0.15
O6 0.22 0.22 0.23 0.14 0.16 0.15 0.21 0.10 0.22 0.22 0.20 0.23 0.24 0.13 0.13 0.22 0.12 0.10 0.10 0.05
OP1 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.09 0.10 0.16 0.10 0.04 0.04 0.13 0.08 0.01 0.06 0.05 0.13 0.19 0.14 0.08
OP2 0.07 0.16 0.06 0.06 0.11 0.15 0.11 0.24 0.09 0.07 0.15 0.23 0.05 0.01 0.12 0.13 0.15 0.18 0.13 0.12
P 0.04 0.08 0.07 0.01 0.06 0.07 0.11 0.14 0.12 0.04 0.06 0.16 0.08 0.00 0.07 0.04 0.12 0.14 0.16 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.22 0.03
C2 0.04 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.03 0.20 0.06 0.17 0.04
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.17 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.25 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.03 0.09 0.17 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.23 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.27 0.08 0.12 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.14 0.17 0.03
C5 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.06 0.28 0.11 0.15 0.11
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.09 0.11 0.06 0.03 0.12 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02
C6 0.03 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.25 0.10 0.19 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.18 0.05 0.20 0.02
N3 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.10 0.01 0.02 0.24 0.06 0.14 0.07
O2 0.07 0.01 0.17 0.17 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.03 0.02 0.00 0.17 0.20 0.02 0.06 0.19 0.10 0.17 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.10 0.17 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.09 0.22 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.20 0.02 0.00 0.07 0.01 0.12 0.11 0.21 0.09
O4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.00 0.05 0.28 0.09 0.12 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.13 0.13 0.21 0.08
O5' 0.11 0.20 0.04 0.07 0.27 0.02 0.28 0.01 0.25 0.18 0.24 0.19 0.03 0.12 0.28 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.14 0.11 0.18 0.10 0.05 0.06 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.17 0.25 0.23 0.12 0.17 0.15 0.09 0.19 0.20 0.14 0.17 0.22 0.21 0.12 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.07 0.08 0.10 0.03 0.11 0.02 0.08 0.02 0.07 0.07 0.04 0.09 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00