ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53646

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.021, 0.041, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.022, 0.048, 0.073, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.048 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.011, 0.041, 0.072, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.049 std_dev=0.033
P B 0, 0.365, 0.790, 1.214, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.790 std_dev=0.425
OP1 B 0, 0.274, 0.712, 1.149, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.712 std_dev=0.437
OP2 A 0, 0.436, 0.918, 1.400, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.918 std_dev=0.482
O4' A 0, 0.295, 0.790, 1.284, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.790 std_dev=0.494
C2' A 0, 0.245, 0.761, 1.277, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.761 std_dev=0.516
P A 0, 0.489, 1.224, 1.959, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.224 std_dev=0.735
OP2 B 0, 0.534, 1.359, 2.185, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.359 std_dev=0.826
O2' A 0, 0.389, 1.219, 2.050, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.219 std_dev=0.831
C4' A 0, 0.435, 1.299, 2.162, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.299 std_dev=0.864
C3' A 0, 0.446, 1.378, 2.311, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.378 std_dev=0.933
O5' A 0, 0.391, 1.336, 2.281, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.336 std_dev=0.945
C5' A 0, 0.525, 1.517, 2.508, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.517 std_dev=0.991
OP1 A 0, 0.680, 1.706, 2.731, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.706 std_dev=1.026
O3' A 0, 0.679, 2.140, 3.602, 3.247 max_d=3.247 avg_d=2.140 std_dev=1.462
O5' B 0, 0.825, 2.309, 3.794, 3.664 max_d=3.664 avg_d=2.309 std_dev=1.484
C5' B 0, 1.204, 3.416, 5.627, 5.390 max_d=5.390 avg_d=3.416 std_dev=2.212
C3' B 0, 1.307, 3.602, 5.897, 5.659 max_d=5.659 avg_d=3.602 std_dev=2.295
O3' B 0, 1.537, 4.300, 7.064, 6.888 max_d=6.888 avg_d=4.300 std_dev=2.763
C4' B 0, 1.545, 4.441, 7.337, 6.967 max_d=6.967 avg_d=4.441 std_dev=2.896
C2' B 0, 1.565, 4.488, 7.412, 6.729 max_d=6.729 avg_d=4.488 std_dev=2.924
O2' B 0, 1.696, 4.856, 8.016, 7.126 max_d=7.126 avg_d=4.856 std_dev=3.160
O4' B 0, 1.862, 5.581, 9.300, 8.725 max_d=8.725 avg_d=5.581 std_dev=3.719
C1' B 0, 2.004, 6.039, 10.074, 9.202 max_d=9.202 avg_d=6.039 std_dev=4.035
C6 B 0, 3.255, 7.923, 12.590, 11.255 max_d=11.255 avg_d=7.923 std_dev=4.667
O2 B 0, 3.814, 8.547, 13.279, 11.921 max_d=11.921 avg_d=8.547 std_dev=4.732
N1 B 0, 2.353, 7.203, 12.054, 10.764 max_d=10.764 avg_d=7.203 std_dev=4.851
C2 B 0, 3.120, 8.341, 13.562, 12.099 max_d=12.099 avg_d=8.341 std_dev=5.221
C5 B 0, 3.675, 9.200, 14.725, 13.068 max_d=13.068 avg_d=9.200 std_dev=5.525
N3 B 0, 3.438, 9.593, 15.748, 13.946 max_d=13.946 avg_d=9.593 std_dev=6.155
C4 B 0, 3.115, 9.856, 16.596, 14.664 max_d=14.664 avg_d=9.856 std_dev=6.740
O4 B 0, 3.396, 11.096, 18.795, 16.615 max_d=16.615 avg_d=11.096 std_dev=7.700

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.04 0.28 0.01 0.14 0.02 0.15 0.37 0.14
C2 0.05 0.00 0.32 0.34 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.11 0.08 0.01 0.02 0.30 0.08
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.09 0.21 0.15 0.11 0.25 0.37 0.30 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.43 0.12 0.47 0.64 0.45
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.32 0.00 0.39 0.04 0.42 0.31 0.40 0.30 0.28 0.38 0.25 0.03 0.01 0.01 0.23 0.44 0.22 0.16 0.14
C4 0.02 0.02 0.17 0.32 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.03 0.07 0.07 0.01 0.05 0.32 0.09
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.15 0.13 0.10 0.09 0.16 0.10 0.34 0.03 0.00 0.03 0.15 0.04 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.39 0.00 0.13 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.04 0.11 0.01 0.09 0.30 0.11
C5' 0.07 0.06 0.21 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.02 0.12 0.16 0.01 0.01 0.09 0.04 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.13 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.05 0.12 0.00 0.12 0.30 0.13
C8 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.15 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.15 0.06 0.12 0.03 0.07 0.32 0.09
N1 0.04 0.00 0.25 0.40 0.02 0.13 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.12 0.09 0.10 0.01 0.07 0.29 0.10
N2 0.07 0.01 0.37 0.30 0.02 0.10 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.10 0.14 0.07 0.01 0.02 0.29 0.08
N3 0.05 0.01 0.30 0.28 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.11 0.07 0.01 0.04 0.31 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.38 0.01 0.16 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.23 0.03 0.15 0.03 0.12 0.30 0.12
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06 0.33 0.10
O2' 0.04 0.09 0.00 0.03 0.17 0.34 0.26 0.12 0.26 0.27 0.18 0.05 0.06 0.31 0.17 0.00 0.02 0.26 0.35 0.30 0.34 0.59 0.31
O3' 0.28 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.16 0.16 0.19 0.15 0.12 0.10 0.10 0.23 0.03 0.02 0.00 0.21 0.22 0.25 0.29 0.15 0.20
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11 0.03 0.01 0.26 0.21 0.00 0.14 0.04 0.11 0.33 0.14
O5' 0.14 0.08 0.43 0.23 0.07 0.03 0.11 0.01 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.15 0.08 0.35 0.22 0.14 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.44 0.01 0.15 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.30 0.25 0.04 0.14 0.00 0.17 0.30 0.17
OP1 0.15 0.02 0.47 0.22 0.05 0.04 0.09 0.04 0.12 0.07 0.07 0.02 0.04 0.12 0.06 0.34 0.29 0.11 0.02 0.17 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.30 0.64 0.16 0.32 0.24 0.30 0.22 0.30 0.32 0.29 0.29 0.31 0.30 0.33 0.59 0.15 0.33 0.02 0.30 0.02 0.00 0.02
P 0.14 0.08 0.45 0.14 0.09 0.03 0.11 0.01 0.13 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.10 0.31 0.20 0.14 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.10 3.44 1.79 0.97 4.54 0.87 4.04 0.51 3.22 2.95 4.17 3.25 1.95 0.70 5.18 1.58 0.91 0.09 0.44 0.36
C2 1.38 2.26 1.32 0.67 2.97 0.44 2.88 0.17 2.36 2.00 2.70 2.13 1.44 0.42 3.25 0.92 0.69 0.10 0.44 0.31
C2' 2.74 4.10 2.33 1.54 5.14 1.52 4.57 1.13 3.77 3.56 4.82 3.94 2.47 1.32 5.79 2.26 1.40 0.39 0.77 0.73
C3' 2.65 4.05 2.17 1.40 5.09 1.47 4.49 1.13 3.68 3.49 4.78 3.89 2.25 1.15 5.77 2.23 1.39 0.39 0.87 0.76
C4 1.59 2.66 1.45 0.73 3.60 0.55 3.35 0.28 2.67 2.32 3.24 2.48 1.59 0.47 4.05 1.10 0.76 0.12 0.51 0.33
C4' 2.32 3.78 1.89 1.05 4.94 1.05 4.30 0.70 3.45 3.21 4.58 3.60 2.01 0.76 5.69 1.84 1.05 0.16 0.62 0.49
C5 1.26 2.21 1.23 0.59 3.11 0.35 2.94 0.17 2.32 1.93 2.75 2.03 1.36 0.34 3.53 0.79 0.65 0.15 0.60 0.32
C5' 2.20 3.64 1.80 0.98 4.79 0.96 4.18 0.64 3.34 3.08 4.43 3.45 1.92 0.69 5.54 1.72 1.00 0.13 0.64 0.45
C6 0.91 1.70 0.99 0.46 2.49 0.21 2.42 0.16 1.91 1.50 2.15 1.56 1.12 0.27 2.82 0.47 0.52 0.18 0.63 0.29
C8 1.58 2.72 1.43 0.71 3.75 0.52 3.42 0.28 2.70 2.34 3.36 2.51 1.58 0.43 4.31 1.09 0.75 0.13 0.57 0.33
N1 0.96 1.71 1.03 0.48 2.41 0.20 2.37 0.11 1.90 1.52 2.12 1.60 1.15 0.27 2.68 0.52 0.53 0.16 0.56 0.29
N2 1.41 2.20 1.37 0.73 2.74 0.50 2.69 0.21 2.29 1.98 2.54 2.12 1.47 0.51 2.92 0.96 0.70 0.07 0.32 0.29
N3 1.70 2.77 1.54 0.80 3.64 0.64 3.42 0.33 2.76 2.43 3.31 2.60 1.67 0.55 4.01 1.22 0.79 0.08 0.41 0.32
N7 1.29 2.30 1.25 0.59 3.27 0.37 3.04 0.19 2.38 2.00 2.88 2.10 1.38 0.34 3.75 0.82 0.66 0.16 0.63 0.32
N9 1.77 2.97 1.57 0.81 4.01 0.65 3.64 0.36 2.89 2.56 3.63 2.77 1.72 0.53 4.56 1.27 0.81 0.11 0.50 0.34
O2' 2.63 4.06 2.17 1.37 5.08 1.33 4.35 0.85 3.55 3.44 4.80 3.94 2.37 1.22 5.80 2.10 1.03 0.18 0.20 0.27
O3' 2.48 3.94 1.88 1.13 4.94 1.31 4.25 0.96 3.46 3.32 4.68 3.82 1.92 0.90 5.64 2.13 1.13 0.04 0.58 0.47
O4' 1.95 3.36 1.62 0.78 4.54 0.69 3.98 0.35 3.13 2.84 4.14 3.15 1.78 0.50 5.25 1.43 0.77 0.09 0.41 0.28
O5' 1.98 3.33 1.66 0.86 4.47 0.80 3.96 0.54 3.14 2.84 4.09 3.13 1.77 0.53 5.17 1.51 0.95 0.18 0.71 0.47
O6 0.60 1.26 0.78 0.38 2.02 0.29 2.01 0.31 1.56 1.12 1.68 1.15 0.90 0.33 2.33 0.22 0.40 0.21 0.69 0.26
OP1 1.98 3.36 1.65 0.85 4.48 0.81 3.93 0.55 3.12 2.84 4.12 3.16 1.77 0.54 5.20 1.53 0.93 0.14 0.69 0.42
OP2 1.51 2.72 1.30 0.55 3.79 0.44 3.37 0.28 2.61 2.29 3.41 2.52 1.44 0.24 4.43 1.05 0.69 0.28 0.59 0.34
P 1.79 3.11 1.51 0.71 4.25 0.62 3.75 0.38 2.95 2.63 3.86 2.90 1.65 0.38 4.95 1.31 0.81 0.12 0.62 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.20 0.21 0.02
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.09 0.27 0.49 0.38 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.09 0.02 0.09 0.19 0.00 0.01 0.05 0.02 0.14 0.45 0.15 0.25
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.11 0.03 0.11 0.22 0.03 0.01 0.09 0.01 0.17 0.31 0.22 0.35
C4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.10 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.20 0.53 0.52 0.15
C4' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.14 0.05 0.12 0.22 0.03 0.03 0.12 0.00 0.02 0.12 0.18 0.08
C5 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.13 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.05 0.33 0.61 0.68 0.36
C5' 0.04 0.26 0.05 0.02 0.26 0.01 0.31 0.00 0.30 0.16 0.26 0.41 0.03 0.02 0.28 0.01 0.01 0.31 0.31 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.03 0.07 0.35 0.56 0.62 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.13 0.35 0.35 0.08
N3 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.12 0.01 0.26 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.25 0.54 0.44 0.21
O2 0.05 0.00 0.19 0.22 0.02 0.22 0.02 0.41 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.10 0.04 0.15 0.52 0.71 0.54 0.54
O2' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.00 0.06 0.05 0.02 0.17 0.58 0.20 0.34
O3' 0.06 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06 0.00 0.04 0.08 0.17 0.29 0.33 0.40
O4 0.04 0.03 0.05 0.09 0.01 0.12 0.02 0.28 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.07 0.21 0.58 0.55 0.15
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.15 0.02 0.08 0.07 0.00 0.15 0.13 0.25 0.22
O5' 0.04 0.27 0.14 0.17 0.20 0.02 0.33 0.01 0.35 0.13 0.25 0.52 0.17 0.17 0.21 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.49 0.45 0.31 0.53 0.12 0.61 0.31 0.56 0.35 0.54 0.71 0.58 0.29 0.58 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.38 0.15 0.22 0.52 0.18 0.68 0.31 0.62 0.35 0.44 0.54 0.20 0.33 0.55 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.25 0.25 0.35 0.15 0.08 0.36 0.03 0.37 0.08 0.21 0.54 0.34 0.40 0.15 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00