ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53648

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.006, 0.039, 0.072, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.039 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.007, 0.047, 0.087, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.040
C4 B 0, 0.104, 0.249, 0.393, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.249 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.034, 0.197, 0.360, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.197 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.102, 0.294, 0.486, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.294 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.103, 0.308, 0.513, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.308 std_dev=0.205
C2' A 0, 0.068, 0.277, 0.486, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.277 std_dev=0.209
O4 B 0, 0.133, 0.346, 0.559, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.346 std_dev=0.213
C3' B 0, 0.167, 0.395, 0.624, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.395 std_dev=0.228
O3' B 0, 0.169, 0.400, 0.632, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.400 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.060, 0.292, 0.524, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.292 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.181, 0.429, 0.676, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.429 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.137, 0.395, 0.654, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.395 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.207, 0.492, 0.776, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.492 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.144, 0.431, 0.719, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.431 std_dev=0.288
P B 0, 0.070, 0.359, 0.648, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.359 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.028, 0.317, 0.607, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.317 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.126, 0.417, 0.708, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.417 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.058, 0.360, 0.661, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.360 std_dev=0.301
O2 B 0, 0.274, 0.649, 1.023, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.649 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.230, 0.610, 0.990, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.610 std_dev=0.380
C5' A 0, 0.166, 0.549, 0.931, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.549 std_dev=0.382
C5' B 0, 0.277, 0.669, 1.061, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.669 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.169, 0.568, 0.968, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.568 std_dev=0.400
O3' A 0, 0.225, 0.651, 1.077, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.651 std_dev=0.426
OP1 A 0, 0.229, 0.688, 1.147, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.688 std_dev=0.459
P A 0, 0.219, 0.729, 1.239, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.729 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.234, 0.789, 1.344, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.789 std_dev=0.555
C2' B 0, 0.162, 0.731, 1.301, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.731 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.447, 1.179, 1.911, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.179 std_dev=0.732
O5' A 0, 0.161, 0.909, 1.656, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.909 std_dev=0.748
OP2 B 0, 0.401, 1.265, 2.128, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.265 std_dev=0.863
O2' B 0, 0.093, 1.137, 2.180, 2.200 max_d=2.200 avg_d=1.137 std_dev=1.044

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.00 0.01 0.38 0.07
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.28 0.01 0.06 0.25 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.10 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.01 0.15 0.24 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.11 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.29 0.02 0.22 0.16 0.15
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.31 0.00 0.06 0.26 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.39 0.01 0.09 0.18 0.09
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.27 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.39 0.00 0.10 0.16 0.11
C8 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.40 0.01 0.07 0.24 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.34 0.00 0.09 0.20 0.08
N2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.24 0.01 0.05 0.27 0.02
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.24 0.01 0.04 0.28 0.02
N7 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.44 0.01 0.10 0.15 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.29 0.00 0.04 0.30 0.02
O2' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.09 0.30 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.14 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.01 0.26 0.14 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.13 0.48 0.18
O5' 0.13 0.28 0.23 0.29 0.31 0.01 0.39 0.00 0.39 0.40 0.34 0.24 0.24 0.44 0.29 0.07 0.19 0.04 0.00 0.43 0.02 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.43 0.00 0.12 0.11 0.14
OP1 0.01 0.06 0.15 0.22 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.07 0.09 0.05 0.04 0.10 0.04 0.09 0.26 0.13 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.25 0.24 0.16 0.26 0.34 0.18 0.27 0.16 0.24 0.20 0.27 0.28 0.15 0.30 0.30 0.14 0.48 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.04 0.07 0.15 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.08 0.08 0.02 0.02 0.12 0.02 0.02 0.16 0.18 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.19 0.05 0.23 0.12 0.14 0.17 0.45 0.18 0.04 0.25 0.27 0.13 0.22 0.20 0.04 0.14 0.24 0.40 0.04
C2 0.19 0.03 0.17 0.11 0.14 0.05 0.02 0.38 0.12 0.09 0.12 0.04 0.10 0.24 0.23 0.23 0.20 0.26 0.41 0.07
C2' 0.22 0.40 0.20 0.39 0.19 0.33 0.05 0.58 0.02 0.21 0.40 0.52 0.17 0.36 0.20 0.25 0.05 0.30 0.63 0.16
C3' 0.19 0.35 0.15 0.35 0.09 0.30 0.16 0.56 0.09 0.15 0.33 0.51 0.09 0.31 0.09 0.23 0.03 0.31 0.61 0.15
C4 0.18 0.06 0.19 0.13 0.12 0.06 0.11 0.42 0.23 0.12 0.15 0.09 0.22 0.22 0.23 0.20 0.23 0.29 0.29 0.09
C4' 0.04 0.20 0.03 0.23 0.07 0.16 0.27 0.45 0.20 0.03 0.21 0.34 0.13 0.18 0.08 0.08 0.11 0.24 0.45 0.06
C5 0.25 0.03 0.28 0.06 0.10 0.01 0.11 0.38 0.25 0.17 0.10 0.03 0.31 0.21 0.23 0.30 0.31 0.34 0.16 0.16
C5' 0.06 0.11 0.12 0.15 0.17 0.10 0.37 0.42 0.29 0.09 0.10 0.25 0.27 0.12 0.18 0.03 0.17 0.24 0.38 0.04
C6 0.29 0.04 0.31 0.02 0.11 0.05 0.05 0.33 0.22 0.18 0.08 0.04 0.31 0.22 0.24 0.36 0.35 0.37 0.16 0.20
C8 0.19 0.04 0.23 0.11 0.06 0.04 0.22 0.41 0.28 0.15 0.12 0.09 0.34 0.20 0.19 0.21 0.28 0.32 0.20 0.13
N1 0.26 0.03 0.26 0.04 0.13 0.03 0.01 0.32 0.16 0.15 0.09 0.03 0.21 0.23 0.24 0.33 0.30 0.33 0.18 0.16
N2 0.15 0.04 0.10 0.12 0.15 0.06 0.07 0.34 0.05 0.05 0.12 0.04 0.03 0.23 0.21 0.18 0.10 0.19 0.64 0.05
N3 0.13 0.09 0.12 0.17 0.14 0.10 0.03 0.43 0.15 0.07 0.16 0.11 0.09 0.24 0.22 0.15 0.16 0.25 0.44 0.04
N7 0.26 0.03 0.30 0.06 0.06 0.01 0.18 0.38 0.29 0.19 0.09 0.03 0.38 0.20 0.21 0.29 0.33 0.35 0.15 0.17
N9 0.13 0.09 0.15 0.16 0.10 0.08 0.18 0.43 0.24 0.10 0.17 0.15 0.23 0.22 0.21 0.14 0.21 0.28 0.30 0.08
O2' 0.37 0.54 0.36 0.48 0.26 0.39 0.07 0.57 0.13 0.35 0.51 0.67 0.35 0.39 0.23 0.39 0.13 0.26 0.70 0.20
O3' 0.31 0.44 0.28 0.43 0.09 0.38 0.12 0.59 0.04 0.24 0.37 0.63 0.25 0.35 0.06 0.36 0.13 0.31 0.73 0.23
O4' 0.13 0.09 0.16 0.13 0.11 0.06 0.33 0.38 0.30 0.13 0.13 0.17 0.31 0.11 0.08 0.11 0.22 0.21 0.32 0.07
O5' 0.05 0.34 0.02 0.20 0.16 0.09 0.20 0.34 0.18 0.07 0.41 0.50 0.13 0.20 0.27 0.04 0.34 0.07 0.09 0.26
O6 0.33 0.07 0.36 0.03 0.11 0.08 0.04 0.28 0.22 0.21 0.06 0.08 0.36 0.21 0.25 0.40 0.39 0.40 0.29 0.25
OP1 0.06 0.27 0.02 0.26 0.10 0.16 0.16 0.45 0.14 0.06 0.31 0.42 0.16 0.26 0.17 0.03 0.21 0.26 0.21 0.10
OP2 0.24 0.47 0.17 0.47 0.39 0.40 0.12 0.73 0.10 0.27 0.53 0.57 0.01 0.53 0.49 0.21 0.02 0.56 0.34 0.15
P 0.08 0.31 0.03 0.29 0.18 0.19 0.10 0.50 0.10 0.10 0.36 0.44 0.15 0.31 0.26 0.04 0.19 0.31 0.19 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.00 0.20 0.18 0.10 0.16
C2 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.09 0.00 0.08 0.13 0.03 0.28 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.07 0.15 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.15 0.06 0.14
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.29 0.00 0.40 0.03 0.39 0.18 0.15 0.11 0.02 0.00 0.30 0.02 0.06 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.29 0.00 0.19 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.24 0.00 0.04 0.03 0.36 0.38 0.12
C4' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.19 0.00 0.26 0.00 0.23 0.09 0.09 0.08 0.16 0.01 0.20 0.00 0.01 0.15 0.28 0.00
C5 0.01 0.00 0.06 0.40 0.00 0.26 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.42 0.00 0.01 0.02 0.43 0.31 0.13
C5' 0.05 0.23 0.03 0.03 0.51 0.00 0.57 0.00 0.49 0.28 0.36 0.09 0.14 0.00 0.55 0.04 0.00 0.23 0.43 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.39 0.00 0.23 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.40 0.00 0.04 0.06 0.28 0.22 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.09 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.10 0.01 0.02 0.13 0.04 0.21 0.06
N3 0.00 0.00 0.07 0.15 0.00 0.09 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.03 0.00 0.08 0.08 0.17 0.36 0.05
O2 0.01 0.00 0.15 0.11 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.33 0.00 0.10 0.17 0.15 0.26 0.09
O2' 0.03 0.35 0.00 0.02 0.30 0.16 0.17 0.14 0.09 0.16 0.37 0.42 0.00 0.03 0.34 0.16 0.11 0.08 0.17 0.11
O3' 0.07 0.09 0.01 0.00 0.24 0.01 0.42 0.00 0.40 0.10 0.03 0.33 0.03 0.00 0.26 0.02 0.30 0.16 0.28 0.24
O4 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.20 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.00 0.34 0.26 0.00 0.05 0.01 0.44 0.43 0.17
O4' 0.00 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.10 0.16 0.02 0.05 0.00 0.26 0.25 0.12 0.20
O5' 0.20 0.13 0.16 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.13 0.08 0.17 0.11 0.30 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.03 0.15 0.11 0.36 0.15 0.43 0.23 0.28 0.04 0.17 0.15 0.08 0.16 0.44 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.28 0.06 0.09 0.38 0.28 0.31 0.43 0.22 0.21 0.36 0.26 0.17 0.28 0.43 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.04 0.14 0.07 0.12 0.00 0.13 0.02 0.06 0.06 0.05 0.09 0.11 0.24 0.17 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00