ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53649

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.006, 0.026, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.024, 0.058, 0.092, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.058 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.052 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.010, 0.053, 0.095, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.053 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.009, 0.052, 0.095, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.043
O3' A 0, 0.065, 0.189, 0.314, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.189 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.093, 0.297, 0.500, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.297 std_dev=0.204
C4' A 0, 0.082, 0.305, 0.527, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.305 std_dev=0.222
O4' A 0, 0.066, 0.308, 0.549, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.308 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.072, 0.332, 0.592, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.332 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.064, 0.326, 0.587, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.326 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.087, 0.349, 0.611, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.349 std_dev=0.262
O5' A 0, 0.188, 0.465, 0.743, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.465 std_dev=0.277
OP2 A 0, 0.160, 0.441, 0.722, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.441 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.183, 0.476, 0.768, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.476 std_dev=0.293
P B 0, -0.030, 0.272, 0.574, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.272 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.200, 0.521, 0.842, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.521 std_dev=0.321
P A 0, 0.205, 0.545, 0.885, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.545 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.219, 0.570, 0.921, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.570 std_dev=0.351
OP2 B 0, -0.017, 0.337, 0.691, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.337 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.202, 0.562, 0.922, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.562 std_dev=0.360
O3' B 0, 0.223, 0.587, 0.951, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.587 std_dev=0.364
N1 B 0, 0.261, 0.639, 1.016, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.639 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.251, 0.631, 1.011, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.631 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.257, 0.646, 1.036, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.646 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.271, 0.663, 1.056, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.663 std_dev=0.393
C5' A 0, 0.139, 0.543, 0.947, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.543 std_dev=0.404
C5' B 0, 0.227, 0.641, 1.055, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.641 std_dev=0.414
OP1 A 0, 0.243, 0.673, 1.103, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.673 std_dev=0.430
O2' A 0, 0.067, 0.527, 0.987, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.527 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.307, 0.774, 1.242, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.774 std_dev=0.468
C4 B 0, 0.277, 0.775, 1.273, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.775 std_dev=0.498
C2 B 0, 0.339, 0.845, 1.352, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.845 std_dev=0.507
N3 B 0, 0.339, 0.889, 1.440, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.889 std_dev=0.550
O2 B 0, 0.404, 0.993, 1.581, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.993 std_dev=0.588
O4 B 0, 0.302, 0.916, 1.530, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.916 std_dev=0.614

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.13 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.26 0.05 0.14 0.12 0.03 0.03 0.05 0.04
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05 0.11 0.17 0.13 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.04 0.13 0.26 0.18
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.04 0.14 0.09
C4 0.00 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.15 0.05 0.06 0.11 0.02 0.07 0.04 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.13 0.05 0.06
C5 0.00 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.04 0.11 0.03 0.08 0.04 0.07
C5' 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.09 0.02 0.02 0.02 0.14 0.05 0.04
C6 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.16 0.05 0.06 0.12 0.01 0.06 0.04 0.06
C8 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.10 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05
N1 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.24 0.06 0.09 0.12 0.01 0.03 0.04 0.05
N2 0.04 0.01 0.17 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.07 0.05 0.31 0.07 0.16 0.10 0.04 0.02 0.06 0.02
N3 0.01 0.01 0.13 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.24 0.05 0.14 0.13 0.03 0.06 0.04 0.06
N7 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.10 0.05 0.08 0.04 0.07
N9 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.15 0.01 0.10 0.04 0.16 0.10 0.24 0.31 0.24 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.20 0.12 0.20 0.37 0.24
O3' 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.09 0.03
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.16 0.14 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.07 0.21 0.14 0.17
O5' 0.03 0.12 0.16 0.12 0.11 0.03 0.11 0.02 0.12 0.07 0.12 0.10 0.13 0.10 0.07 0.20 0.06 0.16 0.00 0.11 0.02 0.04 0.02
O6 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.12 0.04 0.07 0.11 0.00 0.05 0.04 0.06
OP1 0.07 0.03 0.13 0.04 0.07 0.13 0.08 0.14 0.06 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.20 0.06 0.21 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.05 0.26 0.14 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.37 0.09 0.14 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02
P 0.03 0.04 0.18 0.09 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.24 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.40 0.22 0.04 0.34 0.08 0.22 0.07 0.21 0.28 0.41 0.46 0.35 0.07 0.38 0.19 0.06 0.10 0.12 0.09
C2 0.07 0.09 0.12 0.05 0.11 0.07 0.09 0.15 0.10 0.06 0.12 0.11 0.14 0.06 0.13 0.07 0.15 0.14 0.17 0.17
C2' 0.34 0.42 0.35 0.19 0.35 0.20 0.27 0.11 0.28 0.34 0.42 0.48 0.44 0.13 0.37 0.29 0.08 0.14 0.05 0.06
C3' 0.31 0.42 0.31 0.14 0.34 0.14 0.23 0.06 0.23 0.31 0.41 0.50 0.43 0.07 0.37 0.24 0.01 0.11 0.10 0.05
C4 0.18 0.28 0.17 0.02 0.28 0.02 0.19 0.09 0.17 0.21 0.31 0.29 0.24 0.09 0.31 0.14 0.10 0.13 0.15 0.14
C4' 0.30 0.43 0.29 0.09 0.33 0.10 0.21 0.06 0.21 0.30 0.41 0.52 0.43 0.05 0.36 0.21 0.05 0.12 0.14 0.09
C5 0.15 0.23 0.13 0.06 0.26 0.02 0.17 0.09 0.14 0.17 0.27 0.23 0.20 0.10 0.30 0.11 0.11 0.12 0.14 0.14
C5' 0.37 0.45 0.39 0.19 0.35 0.18 0.25 0.07 0.26 0.36 0.43 0.54 0.51 0.09 0.36 0.28 0.04 0.11 0.10 0.05
C6 0.09 0.11 0.10 0.07 0.13 0.05 0.09 0.11 0.08 0.09 0.14 0.13 0.14 0.10 0.16 0.07 0.13 0.12 0.15 0.16
C8 0.23 0.37 0.17 0.03 0.35 0.06 0.22 0.03 0.19 0.26 0.41 0.41 0.29 0.09 0.40 0.19 0.06 0.10 0.12 0.10
N1 0.05 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.14 0.08 0.05 0.08 0.08 0.12 0.07 0.09 0.04 0.16 0.14 0.17 0.19
N2 0.06 0.05 0.10 0.07 0.05 0.14 0.09 0.22 0.10 0.05 0.06 0.07 0.10 0.05 0.06 0.10 0.22 0.19 0.23 0.24
N3 0.15 0.22 0.17 0.04 0.22 0.06 0.16 0.13 0.15 0.16 0.24 0.23 0.21 0.07 0.24 0.12 0.12 0.14 0.15 0.14
N7 0.19 0.30 0.15 0.06 0.32 0.04 0.20 0.05 0.16 0.22 0.35 0.32 0.24 0.11 0.38 0.16 0.09 0.11 0.14 0.12
N9 0.24 0.38 0.20 0.01 0.34 0.06 0.23 0.06 0.21 0.28 0.40 0.42 0.31 0.08 0.37 0.19 0.07 0.11 0.13 0.11
O2' 0.33 0.39 0.32 0.21 0.36 0.22 0.30 0.15 0.30 0.33 0.40 0.43 0.40 0.14 0.39 0.30 0.15 0.23 0.12 0.14
O3' 0.25 0.40 0.23 0.07 0.34 0.08 0.22 0.06 0.20 0.27 0.41 0.48 0.35 0.05 0.38 0.18 0.03 0.12 0.10 0.07
O4' 0.26 0.43 0.23 0.09 0.33 0.08 0.21 0.13 0.19 0.29 0.42 0.51 0.38 0.17 0.37 0.18 0.14 0.17 0.20 0.17
O5' 0.12 0.18 0.16 0.03 0.12 0.04 0.07 0.12 0.09 0.10 0.17 0.25 0.24 0.02 0.14 0.05 0.14 0.18 0.20 0.17
O6 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.05 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.09 0.07 0.11 0.10 0.11 0.13
OP1 0.02 0.10 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.12 0.02 0.04 0.10 0.15 0.03 0.02 0.10 0.07 0.08 0.11 0.04 0.06
OP2 0.02 0.11 0.05 0.02 0.09 0.16 0.03 0.23 0.04 0.04 0.12 0.16 0.03 0.02 0.11 0.09 0.15 0.20 0.11 0.15
P 0.02 0.11 0.06 0.01 0.08 0.08 0.02 0.12 0.04 0.03 0.11 0.16 0.06 0.01 0.10 0.04 0.09 0.13 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.09 0.10 0.06
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.12 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.11 0.09 0.06
C4 0.06 0.02 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.09 0.11 0.11 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07 0.07
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.14 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.09 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.10 0.00 0.05 0.11 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.14 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.14 0.09 0.08
O4 0.08 0.05 0.09 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.11 0.07 0.00 0.10 0.06 0.09 0.11 0.11
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.04 0.06 0.09 0.11 0.08 0.04 0.11 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05 0.03 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04
OP2 0.05 0.08 0.10 0.09 0.10 0.03 0.11 0.02 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02
P 0.02 0.08 0.06 0.06 0.10 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.09 0.08 0.03 0.08 0.11 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00