ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.029, 0.070, 0.110, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.070 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.042, 0.104, 0.166, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.104 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.027, 0.093, 0.158, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.013, 0.091, 0.169, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.091 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.042, 0.146, 0.250, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.146 std_dev=0.104
C5' A 0, 0.074, 0.192, 0.310, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.192 std_dev=0.118
OP2 B 0, 0.114, 0.304, 0.494, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.304 std_dev=0.190
P B 0, 0.178, 0.422, 0.666, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.422 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.248, 0.597, 0.945, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.597 std_dev=0.348
O5' B 0, 0.228, 0.600, 0.971, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.600 std_dev=0.371
OP1 B 0, 0.258, 0.655, 1.053, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.655 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.253, 0.673, 1.093, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.673 std_dev=0.420
C4' B 0, 0.296, 0.754, 1.213, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.754 std_dev=0.458
P A 0, 0.319, 0.841, 1.363, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.841 std_dev=0.522
O5' A 0, 0.114, 0.644, 1.174, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.644 std_dev=0.530
C1' B 0, 0.321, 0.898, 1.474, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.898 std_dev=0.576
N1 B 0, 0.297, 0.874, 1.451, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.874 std_dev=0.577
O4 B 0, 0.227, 0.805, 1.384, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.805 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.250, 0.830, 1.409, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.830 std_dev=0.579
C6 B 0, 0.297, 0.879, 1.461, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.879 std_dev=0.582
C5 B 0, 0.278, 0.867, 1.457, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.867 std_dev=0.589
N3 B 0, 0.264, 0.858, 1.451, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.858 std_dev=0.593
C2 B 0, 0.288, 0.893, 1.497, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.893 std_dev=0.604
C3' B 0, 0.393, 1.043, 1.692, 1.594 max_d=1.594 avg_d=1.043 std_dev=0.649
O2 B 0, 0.311, 0.966, 1.622, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.966 std_dev=0.655
C2' B 0, 0.389, 1.064, 1.740, 1.648 max_d=1.648 avg_d=1.064 std_dev=0.675
OP2 A 0, 0.418, 1.179, 1.941, 2.129 max_d=2.129 avg_d=1.179 std_dev=0.761
O3' B 0, 0.465, 1.250, 2.034, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.250 std_dev=0.784
O2' B 0, 0.473, 1.347, 2.220, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.347 std_dev=0.874
OP1 A 0, 0.331, 1.471, 2.611, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.471 std_dev=1.140

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.00 0.16 0.17 0.12
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.27 0.00 0.14 0.20 0.15
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.35 0.18 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.31 0.19 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.31 0.00 0.14 0.23 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.16 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.16 0.28 0.19
C5' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.13 0.08 0.05 0.05 0.14 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.35 0.00 0.17 0.28 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.36 0.01 0.15 0.30 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.32 0.00 0.16 0.25 0.18
N2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.24 0.00 0.15 0.17 0.13
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.25 0.00 0.14 0.18 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.01 0.18 0.32 0.21
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.13 0.24 0.16
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.45 0.33 0.01
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.16 0.02 0.29 0.22 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.25 0.02 0.10 0.36 0.14
O5' 0.22 0.27 0.08 0.12 0.31 0.01 0.35 0.01 0.35 0.36 0.32 0.24 0.25 0.37 0.31 0.03 0.16 0.25 0.00 0.37 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.37 0.00 0.20 0.31 0.22
OP1 0.16 0.14 0.35 0.31 0.14 0.02 0.16 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.14 0.18 0.13 0.45 0.29 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.18 0.19 0.23 0.16 0.28 0.31 0.28 0.30 0.25 0.17 0.18 0.32 0.24 0.33 0.22 0.36 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.15 0.03 0.05 0.16 0.01 0.19 0.01 0.20 0.19 0.18 0.13 0.13 0.21 0.16 0.01 0.08 0.14 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.07 0.06 0.13 0.04 0.12 0.05 0.08 0.06 0.10 0.04 0.09 0.04 0.17 0.04 0.31 0.05 0.05 0.09
C2 0.08 0.11 0.11 0.09 0.18 0.07 0.18 0.07 0.14 0.11 0.14 0.09 0.12 0.08 0.19 0.07 0.30 0.07 0.06 0.11
C2' 0.05 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05 0.11 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.14 0.06 0.30 0.05 0.06 0.10
C3' 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.34 0.07 0.06 0.12
C4 0.09 0.12 0.13 0.11 0.20 0.07 0.20 0.08 0.15 0.12 0.16 0.09 0.15 0.09 0.22 0.06 0.29 0.06 0.06 0.10
C4' 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.34 0.06 0.05 0.11
C5 0.14 0.17 0.19 0.16 0.26 0.11 0.27 0.11 0.22 0.18 0.21 0.14 0.22 0.15 0.27 0.09 0.26 0.07 0.07 0.10
C5' 0.03 0.04 0.07 0.06 0.09 0.03 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.09 0.04 0.11 0.03 0.28 0.03 0.08 0.05
C6 0.17 0.20 0.22 0.20 0.27 0.13 0.29 0.13 0.26 0.21 0.23 0.17 0.26 0.19 0.28 0.11 0.23 0.08 0.08 0.11
C8 0.11 0.15 0.16 0.13 0.23 0.08 0.23 0.09 0.18 0.14 0.19 0.12 0.19 0.12 0.26 0.06 0.28 0.07 0.07 0.10
N1 0.14 0.17 0.18 0.16 0.24 0.12 0.25 0.12 0.22 0.18 0.20 0.15 0.20 0.15 0.24 0.10 0.25 0.07 0.07 0.10
N2 0.07 0.08 0.07 0.06 0.13 0.06 0.12 0.04 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.05 0.14 0.07 0.33 0.10 0.07 0.11
N3 0.06 0.08 0.08 0.07 0.15 0.05 0.15 0.06 0.11 0.08 0.12 0.06 0.09 0.06 0.17 0.06 0.31 0.07 0.05 0.10
N7 0.14 0.18 0.20 0.17 0.27 0.11 0.28 0.11 0.23 0.18 0.22 0.15 0.24 0.16 0.29 0.09 0.26 0.08 0.08 0.10
N9 0.08 0.11 0.12 0.10 0.19 0.06 0.19 0.07 0.14 0.11 0.15 0.08 0.14 0.08 0.22 0.05 0.29 0.06 0.06 0.09
O2' 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.11 0.08 0.31 0.07 0.08 0.11
O3' 0.11 0.09 0.09 0.09 0.05 0.10 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.09 0.10 0.05 0.13 0.36 0.10 0.07 0.15
O4' 0.03 0.06 0.06 0.05 0.13 0.03 0.11 0.04 0.07 0.05 0.10 0.05 0.08 0.03 0.17 0.03 0.31 0.06 0.06 0.09
O5' 0.29 0.21 0.29 0.29 0.16 0.31 0.22 0.29 0.27 0.26 0.16 0.20 0.28 0.29 0.11 0.31 0.58 0.32 0.25 0.35
O6 0.21 0.24 0.28 0.25 0.31 0.17 0.33 0.16 0.30 0.25 0.27 0.21 0.33 0.25 0.31 0.15 0.18 0.10 0.09 0.11
OP1 0.19 0.22 0.25 0.19 0.36 0.13 0.36 0.11 0.30 0.24 0.28 0.17 0.33 0.19 0.42 0.14 0.41 0.16 0.20 0.24
OP2 0.51 0.49 0.52 0.45 0.54 0.40 0.59 0.33 0.57 0.52 0.50 0.45 0.58 0.47 0.55 0.44 0.52 0.19 0.10 0.22
P 0.15 0.09 0.12 0.13 0.04 0.16 0.07 0.14 0.11 0.12 0.05 0.10 0.10 0.13 0.03 0.18 0.44 0.16 0.13 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.17 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.16 0.09 0.20 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.20 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.19 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.18 0.04 0.25 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.16 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.03 0.26 0.03
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.13 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.05 0.24 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.09 0.21 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.17 0.07 0.22 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.14 0.12 0.17 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.09 0.21 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.08 0.19 0.03
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.19 0.03 0.25 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.14 0.15 0.06
O5' 0.11 0.16 0.06 0.04 0.18 0.00 0.17 0.01 0.16 0.16 0.17 0.14 0.04 0.10 0.19 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.13 0.09 0.10 0.10 0.04 0.13 0.03 0.13 0.05 0.09 0.07 0.12 0.09 0.08 0.03 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.20 0.19 0.25 0.16 0.26 0.19 0.24 0.21 0.22 0.17 0.21 0.19 0.25 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00