ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.013, 0.047, 0.080, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.047 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.013, 0.053, 0.092, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.053 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.016, 0.058, 0.100, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.058 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.009, 0.054, 0.100, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.054 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.055, 0.201, 0.346, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.201 std_dev=0.145
C2' A 0, 0.073, 0.253, 0.433, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.253 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.088, 0.311, 0.535, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.311 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.097, 0.347, 0.596, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.347 std_dev=0.250
P B 0, 0.021, 0.357, 0.694, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.357 std_dev=0.337
C3' A 0, 0.112, 0.568, 1.024, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.568 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.219, 0.778, 1.336, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.778 std_dev=0.558
OP1 B 0, 0.070, 0.673, 1.277, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.673 std_dev=0.604
O2' A 0, 0.265, 0.905, 1.545, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.905 std_dev=0.640
O3' A 0, 0.271, 1.154, 2.037, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.154 std_dev=0.883
O5' A 0, 0.442, 1.582, 2.721, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.582 std_dev=1.139
OP1 A 0, 0.504, 1.951, 3.398, 3.461 max_d=3.461 avg_d=1.951 std_dev=1.447
O5' B 0, -0.088, 1.374, 2.836, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.374 std_dev=1.462
P A 0, 0.571, 2.112, 3.653, 3.633 max_d=3.633 avg_d=2.112 std_dev=1.541
OP2 A 0, 0.763, 2.634, 4.505, 4.164 max_d=4.164 avg_d=2.634 std_dev=1.871
C5' B 0, -0.459, 1.630, 3.719, 4.579 max_d=4.579 avg_d=1.630 std_dev=2.089
C4' B 0, 0.088, 2.831, 5.575, 6.544 max_d=6.544 avg_d=2.831 std_dev=2.743
O4' B 0, 0.545, 3.450, 6.356, 7.108 max_d=7.108 avg_d=3.450 std_dev=2.906
C3' B 0, 0.406, 4.208, 8.009, 9.209 max_d=9.209 avg_d=4.208 std_dev=3.801
C1' B 0, 0.905, 4.829, 8.752, 9.611 max_d=9.611 avg_d=4.829 std_dev=3.924
O3' B 0, 0.133, 4.493, 8.854, 10.397 max_d=10.397 avg_d=4.493 std_dev=4.360
C2' B 0, 0.839, 5.322, 9.806, 10.968 max_d=10.968 avg_d=5.322 std_dev=4.483
N1 B 0, 0.936, 5.595, 10.253, 11.405 max_d=11.405 avg_d=5.595 std_dev=4.659
C6 B 0, 0.669, 5.385, 10.101, 11.485 max_d=11.485 avg_d=5.385 std_dev=4.716
O2' B 0, 1.343, 6.469, 11.595, 12.536 max_d=12.536 avg_d=6.469 std_dev=5.126
C2 B 0, 1.208, 6.655, 12.101, 13.341 max_d=13.341 avg_d=6.655 std_dev=5.447
O2 B 0, 1.410, 6.932, 12.455, 13.513 max_d=13.513 avg_d=6.932 std_dev=5.522
C5 B 0, 0.650, 6.271, 11.893, 13.639 max_d=13.639 avg_d=6.271 std_dev=5.622
N3 B 0, 1.214, 7.473, 13.732, 15.318 max_d=15.318 avg_d=7.473 std_dev=6.259
C4 B 0, 0.953, 7.407, 13.860, 15.728 max_d=15.728 avg_d=7.407 std_dev=6.453
O4 B 0, 0.988, 8.347, 15.706, 17.903 max_d=17.903 avg_d=8.347 std_dev=7.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.02 0.25 0.24 0.08
C2 0.05 0.00 0.08 0.06 0.04 0.05 0.04 0.10 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.29 0.16 0.06 0.02 0.02 0.49 0.35 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.05 0.00 0.03 0.01 0.16 0.10 0.27 0.07 0.20
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.13 0.21 0.09 0.06 0.04 0.22 0.09 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.09 0.05 0.04
C4 0.02 0.04 0.07 0.08 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.20 0.11 0.04 0.06 0.01 0.48 0.39 0.11
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.17 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04
C5 0.02 0.04 0.09 0.14 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.19 0.16 0.05 0.08 0.00 0.57 0.49 0.10
C5' 0.05 0.10 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.13 0.02 0.01 0.11 0.07 0.10 0.03
C6 0.02 0.02 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.16 0.05 0.06 0.00 0.60 0.50 0.11
C8 0.03 0.04 0.09 0.21 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.22 0.06 0.18 0.01 0.47 0.51 0.09
N1 0.04 0.01 0.09 0.09 0.02 0.05 0.03 0.10 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.28 0.14 0.06 0.02 0.01 0.57 0.42 0.13
N2 0.05 0.01 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.09 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.32 0.21 0.06 0.04 0.04 0.48 0.30 0.15
N3 0.04 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.26 0.16 0.05 0.03 0.01 0.44 0.31 0.12
N7 0.03 0.05 0.11 0.22 0.02 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.13 0.24 0.06 0.15 0.01 0.57 0.58 0.08
N9 0.01 0.05 0.05 0.09 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.09 0.09 0.03 0.10 0.02 0.41 0.37 0.09
O2' 0.03 0.29 0.00 0.01 0.20 0.17 0.19 0.09 0.24 0.07 0.28 0.32 0.26 0.13 0.09 0.00 0.04 0.11 0.09 0.24 0.13 0.04 0.14
O3' 0.09 0.16 0.03 0.02 0.11 0.02 0.16 0.13 0.16 0.22 0.14 0.21 0.16 0.24 0.09 0.04 0.00 0.08 0.08 0.19 0.29 0.17 0.10
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.11 0.08 0.00 0.20 0.06 0.08 0.25 0.16
O5' 0.09 0.02 0.16 0.07 0.06 0.02 0.08 0.01 0.06 0.18 0.02 0.04 0.03 0.15 0.10 0.09 0.08 0.20 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.16 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.24 0.19 0.06 0.07 0.00 0.64 0.55 0.11
OP1 0.25 0.49 0.27 0.09 0.48 0.02 0.57 0.07 0.60 0.47 0.57 0.48 0.44 0.57 0.41 0.13 0.29 0.08 0.01 0.64 0.00 0.05 0.01
OP2 0.24 0.35 0.07 0.05 0.39 0.02 0.49 0.10 0.50 0.51 0.42 0.30 0.31 0.58 0.37 0.04 0.17 0.25 0.03 0.55 0.05 0.00 0.04
P 0.08 0.13 0.20 0.04 0.11 0.04 0.10 0.03 0.11 0.09 0.13 0.15 0.12 0.08 0.09 0.14 0.10 0.16 0.01 0.11 0.01 0.04 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.39 3.80 1.72 0.94 5.16 1.12 4.84 0.94 3.96 3.45 4.61 3.34 1.47 0.51 5.67 2.17 0.71 0.13 0.20 0.32
C2 1.08 1.71 0.70 0.52 2.48 0.53 2.56 0.65 2.17 1.70 2.11 1.37 0.36 0.56 2.68 1.20 0.49 0.16 0.18 0.31
C2' 1.97 3.34 1.24 0.53 4.62 0.77 4.28 0.68 3.48 2.99 4.13 2.90 0.98 0.41 5.14 1.84 0.55 0.08 0.23 0.32
C3' 1.98 3.49 1.24 0.51 4.93 0.73 4.49 0.67 3.57 3.07 4.39 3.03 0.98 0.48 5.60 1.82 0.53 0.06 0.19 0.30
C4 1.67 2.68 1.15 0.67 3.85 0.77 3.84 0.80 3.16 2.55 3.31 2.23 0.78 0.57 4.20 1.64 0.58 0.20 0.15 0.31
C4' 2.54 4.21 1.83 0.95 5.73 1.13 5.13 0.93 4.14 3.69 5.19 3.78 1.65 0.47 6.51 2.24 0.72 0.10 0.20 0.32
C5 1.33 2.28 0.96 0.68 3.49 0.58 3.50 0.69 2.80 2.16 2.91 1.84 0.66 0.81 3.88 1.32 0.48 0.29 0.10 0.28
C5' 2.52 4.25 1.82 0.89 5.88 1.10 5.25 0.94 4.19 3.70 5.30 3.81 1.64 0.36 6.79 2.21 0.70 0.18 0.18 0.32
C6 0.87 1.59 0.79 0.78 2.60 0.37 2.67 0.52 2.10 1.53 2.10 1.22 0.78 1.03 2.92 0.90 0.35 0.34 0.06 0.25
C8 1.87 3.15 1.34 0.75 4.64 0.83 4.46 0.84 3.53 2.89 3.97 2.66 0.99 0.64 5.23 1.74 0.60 0.25 0.13 0.30
N1 0.72 1.30 0.68 0.73 2.12 0.31 2.21 0.47 1.78 1.28 1.71 0.98 0.68 0.92 2.36 0.80 0.34 0.30 0.10 0.26
N2 0.80 1.23 0.46 0.41 1.77 0.41 1.83 0.52 1.59 1.24 1.51 0.98 0.15 0.42 1.90 0.97 0.44 0.05 0.20 0.30
N3 1.64 2.49 1.10 0.62 3.40 0.82 3.42 0.82 2.93 2.41 2.98 2.09 0.74 0.43 3.63 1.67 0.61 0.11 0.21 0.33
N7 1.50 2.61 1.10 0.72 4.00 0.64 3.92 0.73 3.08 2.42 3.35 2.14 0.78 0.83 4.52 1.43 0.50 0.31 0.09 0.27
N9 2.02 3.27 1.43 0.78 4.64 0.93 4.49 0.88 3.63 3.02 4.03 2.79 1.09 0.53 5.12 1.89 0.64 0.20 0.15 0.30
O2' 2.25 3.59 1.48 0.63 4.64 0.97 4.25 0.79 3.55 3.20 4.30 3.22 1.39 0.08 5.07 2.06 0.70 0.32 0.44 0.48
O3' 1.88 3.38 1.11 0.32 4.74 0.62 4.26 0.57 3.39 2.94 4.27 2.96 0.94 0.49 5.41 1.72 0.50 0.19 0.29 0.36
O4' 2.71 4.32 2.04 1.17 5.86 1.30 5.33 1.07 4.32 3.84 5.27 3.87 1.86 0.67 6.58 2.38 0.80 0.17 0.20 0.33
O5' 2.26 3.89 1.56 0.70 5.58 0.96 5.07 0.92 4.00 3.42 4.91 3.40 1.30 0.28 6.46 2.04 0.68 0.16 0.19 0.35
O6 0.70 1.25 0.91 0.97 2.20 0.34 2.26 0.39 1.71 1.20 1.72 0.96 1.15 1.27 2.53 0.63 0.24 0.40 0.03 0.21
OP1 2.16 3.83 1.43 0.47 5.53 0.92 4.97 0.97 3.89 3.33 4.88 3.36 1.20 0.28 6.46 1.97 0.77 0.59 0.53 0.61
OP2 2.09 3.60 1.49 0.80 5.34 0.97 4.95 1.05 3.89 3.23 4.61 3.07 1.10 0.56 6.21 1.94 0.84 0.22 0.50 0.61
P 2.18 3.83 1.49 0.59 5.56 0.92 5.04 0.93 3.95 3.36 4.87 3.34 1.22 0.22 6.48 1.98 0.68 0.25 0.19 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.29 0.03 0.01 0.45 0.33 0.67 0.42
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.33 0.04 0.11 0.63 0.29 1.00 0.57
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.03 0.09 0.10 0.12 0.03 0.07 0.17 0.00 0.11 0.04 0.01 0.46 0.74 0.79 0.59
C3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.13 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.14 0.02 0.04 0.53 0.18 0.20
C4 0.02 0.02 0.04 0.13 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.23 0.00 0.03 0.75 0.26 1.35 0.69
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.13 0.03 0.04 0.14 0.21 0.05 0.04 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.16 0.01 0.08 0.75 0.28 1.40 0.70
C5' 0.01 0.07 0.10 0.02 0.12 0.00 0.19 0.00 0.18 0.06 0.08 0.13 0.11 0.09 0.13 0.03 0.01 0.14 0.03 0.03
C6 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.14 0.00 0.12 0.72 0.32 1.25 0.66
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.02 0.02 0.63 0.32 1.00 0.57
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.30 0.03 0.09 0.70 0.27 1.17 0.63
O2 0.03 0.01 0.17 0.07 0.03 0.14 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.42 0.06 0.18 0.56 0.29 0.83 0.50
O2' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.22 0.21 0.28 0.11 0.27 0.14 0.16 0.22 0.00 0.13 0.23 0.10 0.41 0.84 0.85 0.61
O3' 0.29 0.33 0.11 0.02 0.23 0.05 0.16 0.09 0.14 0.24 0.30 0.42 0.13 0.00 0.25 0.19 0.35 0.22 0.41 0.21
O4 0.03 0.04 0.04 0.14 0.00 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.03 0.06 0.23 0.25 0.00 0.04 0.76 0.23 1.42 0.70
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.02 0.09 0.18 0.10 0.19 0.04 0.00 0.40 0.13 0.46 0.31
O5' 0.45 0.63 0.46 0.04 0.75 0.02 0.75 0.01 0.72 0.63 0.70 0.56 0.41 0.35 0.76 0.40 0.00 0.00 0.03 0.01
OP1 0.33 0.29 0.74 0.53 0.26 0.11 0.28 0.14 0.32 0.32 0.27 0.29 0.84 0.22 0.23 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.67 1.00 0.79 0.18 1.35 0.02 1.40 0.03 1.25 1.00 1.17 0.83 0.85 0.41 1.42 0.46 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.42 0.57 0.59 0.20 0.69 0.01 0.70 0.03 0.66 0.57 0.63 0.50 0.61 0.21 0.70 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00