Doublet Group distance statistics: 53652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3	A	0, -0.001, 0.013, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5	A	0, -0.002, 0.012, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6	A	0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9	A	0, -0.002, 0.016, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N7	A	0, -0.007, 0.026, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.033
C8	A	0, -0.009, 0.030, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.039
P	B	0, 0.150, 0.521, 0.891, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.521 std_dev=0.370
OP2	B	0, -0.014, 0.541, 1.096, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.541 std_dev=0.555
O4'	A	0, -0.150, 0.472, 1.095, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.472 std_dev=0.622
C2'	A	0, -0.150, 0.535, 1.219, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.535 std_dev=0.685
C4'	A	0, -0.045, 0.803, 1.650, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.803 std_dev=0.847
C3'	A	0, -0.144, 0.763, 1.669, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.763 std_dev=0.906
O2'	A	0, -0.079, 0.838, 1.756, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.838 std_dev=0.918
OP1	B	0, 0.106, 1.039, 1.972, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.039 std_dev=0.933
O5'	A	0, 0.209, 1.149, 2.090, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.149 std_dev=0.940
C5'	A	0, 0.010, 1.206, 2.401, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.206 std_dev=1.195
O3'	A	0, -0.154, 1.048, 2.251, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.048 std_dev=1.202
O5'	B	0, 0.041, 1.383, 2.726, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.383 std_dev=1.343
P	A	0, 0.025, 1.972, 3.920, 4.623 max_d=4.623 avg_d=1.972 std_dev=1.947
OP2	A	0, -0.056, 2.330, 4.716, 5.608 max_d=5.608 avg_d=2.330 std_dev=2.386
C5'	B	0, -0.342, 2.105, 4.553, 5.537 max_d=5.537 avg_d=2.105 std_dev=2.447
C5	B	0, -0.453, 2.102, 4.657, 5.698 max_d=5.698 avg_d=2.102 std_dev=2.555
O4	B	0, -0.543, 2.129, 4.801, 5.897 max_d=5.897 avg_d=2.129 std_dev=2.672
C6	B	0, -0.526, 2.362, 5.250, 6.429 max_d=6.429 avg_d=2.362 std_dev=2.888
OP1	A	0, -0.249, 2.647, 5.544, 6.678 max_d=6.678 avg_d=2.647 std_dev=2.896
C4	B	0, -0.604, 2.312, 5.229, 6.426 max_d=6.426 avg_d=2.312 std_dev=2.917
C4'	B	0, -0.660, 2.860, 6.380, 7.818 max_d=7.818 avg_d=2.860 std_dev=3.520
O4'	B	0, -0.677, 2.934, 6.545, 8.021 max_d=8.021 avg_d=2.934 std_dev=3.611
N1	B	0, -0.776, 2.930, 6.635, 8.158 max_d=8.158 avg_d=2.930 std_dev=3.705
N3	B	0, -0.897, 2.965, 6.828, 8.421 max_d=8.421 avg_d=2.965 std_dev=3.862
C1'	B	0, -0.862, 3.291, 7.445, 9.151 max_d=9.151 avg_d=3.291 std_dev=4.154
C3'	B	0, -0.926, 3.263, 7.453, 9.178 max_d=9.178 avg_d=3.263 std_dev=4.190
C2'	B	0, -0.977, 3.324, 7.626, 9.399 max_d=9.399 avg_d=3.324 std_dev=4.301
C2	B	0, -1.000, 3.325, 7.649, 9.433 max_d=9.433 avg_d=3.325 std_dev=4.325
O3'	B	0, -1.014, 4.046, 9.106, 11.180 max_d=11.180 avg_d=4.046 std_dev=5.060
O2'	B	0, -1.092, 4.119, 9.330, 11.471 max_d=11.471 avg_d=4.119 std_dev=5.211
O2	B	0, -1.287, 4.009, 9.304, 11.492 max_d=11.492 avg_d=4.009 std_dev=5.296

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.00	0.02	0.25	0.00	0.29	0.02	0.12	0.99	0.24
C2	0.02	0.00	0.40	0.27	0.00	0.11	0.00	0.23	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.34	0.08	0.29	0.21	0.00	0.16	1.10	0.15
C2'	0.00	0.40	0.00	0.00	0.21	0.00	0.09	0.18	0.17	0.20	0.31	0.49	0.40	0.10	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.12	0.23	0.61	0.04
C3'	0.01	0.27	0.00	0.00	0.25	0.01	0.28	0.03	0.31	0.22	0.30	0.25	0.23	0.27	0.19	0.01	0.01	0.02	0.15	0.32	0.29	0.42	0.13
C4	0.01	0.00	0.21	0.25	0.00	0.04	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.04	0.16	0.35	0.00	0.27	1.35	0.44
C4'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.14	0.08	0.14	0.10	0.11	0.05	0.24	0.01	0.00	0.01	0.05	0.36	0.26	0.20
C5	0.01	0.00	0.09	0.28	0.00	0.04	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.07	0.08	0.47	0.00	0.64	1.67	0.73
C5'	0.08	0.23	0.18	0.03	0.16	0.01	0.16	0.00	0.19	0.15	0.22	0.25	0.20	0.16	0.11	0.04	0.27	0.01	0.01	0.19	0.24	0.16	0.01
C6	0.02	0.00	0.17	0.31	0.00	0.05	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.08	0.13	0.43	0.00	0.58	1.62	0.66
C8	0.00	0.01	0.20	0.22	0.00	0.14	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.40	0.10	0.16	0.63	0.01	0.97	1.89	1.02
N1	0.02	0.00	0.31	0.30	0.00	0.08	0.00	0.22	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.17	0.03	0.23	0.30	0.00	0.23	1.34	0.39
N2	0.03	0.01	0.49	0.25	0.01	0.14	0.01	0.25	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.51	0.13	0.33	0.12	0.00	0.40	0.90	0.05
N3	0.02	0.00	0.40	0.23	0.00	0.10	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.35	0.12	0.28	0.20	0.00	0.19	1.04	0.13
N7	0.00	0.00	0.10	0.27	0.00	0.11	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.36	0.14	0.07	0.62	0.01	1.06	1.98	1.06
N9	0.00	0.01	0.01	0.19	0.01	0.05	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.14	0.04	0.01	0.43	0.01	0.40	1.42	0.57
O2'	0.02	0.34	0.00	0.01	0.06	0.24	0.13	0.04	0.05	0.40	0.17	0.51	0.35	0.36	0.14	0.00	0.06	0.17	0.10	0.13	0.23	0.66	0.06
O3'	0.25	0.08	0.02	0.01	0.04	0.01	0.07	0.27	0.08	0.10	0.03	0.13	0.12	0.14	0.04	0.06	0.00	0.20	0.13	0.12	0.49	0.22	0.27
O4'	0.00	0.29	0.01	0.02	0.16	0.00	0.08	0.01	0.13	0.16	0.23	0.33	0.28	0.07	0.01	0.17	0.20	0.00	0.43	0.10	0.14	0.85	0.22
O5'	0.29	0.21	0.08	0.15	0.35	0.01	0.47	0.01	0.43	0.63	0.30	0.12	0.20	0.62	0.43	0.10	0.13	0.43	0.00	0.48	0.01	0.01	0.00
O6	0.02	0.00	0.12	0.32	0.00	0.05	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.12	0.10	0.48	0.00	0.79	1.76	0.81
OP1	0.12	0.16	0.23	0.29	0.27	0.36	0.64	0.24	0.58	0.97	0.23	0.40	0.19	1.06	0.40	0.23	0.49	0.14	0.01	0.79	0.00	0.01	0.00
OP2	0.99	1.10	0.61	0.42	1.35	0.26	1.67	0.16	1.62	1.89	1.34	0.90	1.04	1.98	1.42	0.66	0.22	0.85	0.01	1.76	0.01	0.00	0.00
P	0.24	0.15	0.04	0.13	0.44	0.20	0.73	0.01	0.66	1.02	0.39	0.05	0.13	1.06	0.57	0.06	0.27	0.22	0.00	0.81	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.08	0.22	0.37	0.13	0.48	0.41	0.66	0.41	0.26	0.03	0.05	0.11	0.24	0.03	0.39	0.40	0.20	0.15	0.17
C2	0.68	1.16	0.64	0.33	0.77	0.23	0.32	0.12	0.34	0.79	1.13	1.33	0.74	0.37	0.72	0.53	0.19	0.12	0.22	0.15
C2'	0.51	0.23	0.36	0.58	0.10	0.82	0.35	1.03	0.48	0.42	0.09	0.19	0.16	0.45	0.33	0.74	0.86	0.25	0.67	0.67
C3'	0.48	0.36	0.28	0.47	0.22	0.70	0.32	0.85	0.42	0.42	0.26	0.36	0.11	0.36	0.06	0.67	0.62	0.11	0.38	0.37
C4	0.55	1.11	0.44	0.21	0.79	0.15	0.17	0.22	0.18	0.65	1.20	1.31	0.60	0.35	0.81	0.42	0.22	0.13	0.20	0.16
C4'	0.56	0.58	0.42	0.49	0.63	0.57	0.62	0.61	0.60	0.58	0.59	0.55	0.34	0.41	0.63	0.56	0.31	0.45	0.14	0.07
C5	1.06	1.76	0.77	0.55	1.11	0.59	0.36	0.15	0.46	1.13	1.78	2.11	0.91	0.74	1.05	0.98	0.25	0.11	0.25	0.16
C5'	0.37	0.34	0.32	0.35	0.48	0.35	0.54	0.41	0.48	0.39	0.37	0.27	0.28	0.26	0.51	0.31	0.24	0.52	0.28	0.22
C6	1.43	2.13	1.06	0.84	1.23	0.95	0.51	0.44	0.67	1.46	2.00	2.60	1.16	1.02	1.09	1.41	0.37	0.16	0.28	0.16
C8	0.64	1.20	0.44	0.26	0.78	0.26	0.12	0.16	0.19	0.69	1.30	1.50	0.61	0.48	0.85	0.56	0.22	0.12	0.21	0.16
N1	1.27	1.83	1.01	0.75	1.08	0.81	0.49	0.36	0.62	1.31	1.69	2.18	1.09	0.84	0.95	1.24	0.33	0.14	0.29	0.16
N2	0.42	0.77	0.55	0.20	0.55	0.05	0.27	0.29	0.24	0.52	0.76	0.89	0.64	0.15	0.54	0.21	0.20	0.16	0.19	0.14
N3	0.27	0.72	0.31	0.05	0.56	0.12	0.11	0.40	0.05	0.38	0.79	0.84	0.46	0.11	0.59	0.09	0.27	0.17	0.18	0.15
N7	1.04	1.74	0.73	0.54	1.08	0.60	0.31	0.15	0.42	1.09	1.78	2.15	0.89	0.78	1.06	0.98	0.25	0.11	0.24	0.16
N9	0.30	0.75	0.23	0.06	0.53	0.06	0.04	0.36	0.03	0.36	0.86	0.93	0.39	0.20	0.64	0.18	0.26	0.15	0.19	0.16
O2'	0.69	0.50	0.44	0.69	0.11	0.99	0.28	1.17	0.50	0.58	0.28	0.55	0.19	0.55	0.40	0.99	0.97	0.32	0.74	0.76
O3'	0.28	0.31	0.09	0.13	0.01	0.45	0.09	0.55	0.05	0.21	0.22	0.42	0.32	0.07	0.15	0.51	0.28	0.60	0.02	0.02
O4'	0.36	0.33	0.30	0.35	0.54	0.36	0.61	0.43	0.52	0.40	0.37	0.24	0.24	0.25	0.60	0.31	0.16	0.57	0.33	0.26
O5'	0.84	0.83	0.83	0.85	1.00	0.80	1.03	0.85	0.96	0.88	0.88	0.75	0.79	0.74	1.06	0.74	0.50	0.19	0.06	0.14
O6	1.75	2.45	1.28	1.10	1.33	1.29	0.58	0.72	0.80	1.70	2.23	3.10	1.38	1.33	1.17	1.79	0.50	0.22	0.30	0.17
OP1	0.27	0.36	0.18	0.20	0.49	0.22	0.43	0.26	0.36	0.32	0.43	0.33	0.17	0.15	0.58	0.21	0.24	0.99	0.55	0.55
OP2	1.35	1.20	1.41	1.46	1.48	1.38	1.68	1.47	1.60	1.38	1.23	1.02	1.36	1.35	1.50	1.25	1.11	0.52	0.74	0.79
P	0.64	0.64	0.63	0.65	0.86	0.59	0.91	0.63	0.81	0.69	0.71	0.54	0.61	0.55	0.95	0.52	0.25	0.48	0.19	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.01	0.00	0.24	0.17	0.32	0.24
C2	0.01	0.00	0.14	0.02	0.00	0.15	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.17	0.01	0.23	0.36	0.37	0.57	0.43
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.02	0.01	0.10	0.01	0.15	0.01	0.11	0.23	0.00	0.08	0.03	0.02	0.58	0.42	0.49	0.54
C3'	0.02	0.02	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.07	0.03	0.04	0.04	0.01	0.01	0.08	0.00	0.40	0.17	0.25	0.28
C4	0.00	0.00	0.02	0.07	0.00	0.09	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.14	0.00	0.01	0.16	0.43	0.30	0.28
C4'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.09	0.00	0.26	0.00	0.29	0.05	0.07	0.34	0.00	0.01	0.09	0.00	0.02	0.41	0.12	0.06
C5	0.00	0.00	0.10	0.09	0.00	0.26	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.35	0.12	0.00	0.19	0.02	0.34	0.10	0.12
C5'	0.03	0.12	0.01	0.01	0.25	0.00	0.50	0.00	0.50	0.14	0.03	0.37	0.01	0.03	0.26	0.01	0.00	0.39	0.13	0.00
C6	0.00	0.00	0.15	0.07	0.00	0.29	0.00	0.50	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	0.12	0.00	0.25	0.02	0.25	0.10	0.10
N1	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.16	0.01	0.01	0.22	0.27	0.34	0.27
N3	0.01	0.00	0.11	0.04	0.00	0.07	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.16	0.00	0.15	0.30	0.43	0.53	0.41
O2	0.01	0.00	0.23	0.04	0.01	0.34	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.50	0.19	0.01	0.42	0.47	0.39	0.75	0.54
O2'	0.01	0.23	0.00	0.01	0.10	0.00	0.35	0.01	0.41	0.07	0.14	0.50	0.00	0.09	0.09	0.00	0.59	0.49	0.51	0.57
O3'	0.18	0.17	0.08	0.01	0.14	0.01	0.12	0.03	0.12	0.16	0.16	0.19	0.09	0.00	0.13	0.08	0.15	0.48	0.06	0.05
O4	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.09	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.13	0.00	0.00	0.16	0.48	0.31	0.29
O4'	0.00	0.23	0.02	0.00	0.01	0.00	0.19	0.01	0.25	0.01	0.15	0.42	0.00	0.08	0.00	0.00	0.07	0.21	0.21	0.03
O5'	0.24	0.36	0.58	0.40	0.16	0.02	0.02	0.00	0.02	0.22	0.30	0.47	0.59	0.15	0.16	0.07	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.17	0.37	0.42	0.17	0.43	0.41	0.34	0.39	0.25	0.27	0.43	0.39	0.49	0.48	0.48	0.21	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.32	0.57	0.49	0.25	0.30	0.12	0.10	0.13	0.10	0.34	0.53	0.75	0.51	0.06	0.31	0.21	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.24	0.43	0.54	0.28	0.28	0.06	0.12	0.00	0.10	0.27	0.41	0.54	0.57	0.05	0.29	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00