ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53653

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O5' A 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O3' A 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C5' A 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
OP2 A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
P A 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C4 B 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
O4 B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
N3 B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C5 B 0, 0.000, 0.477, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.477
OP1 A 0, 0.000, 0.496, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.496
OP1 B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C2 B 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
O2 B 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
C6 B 0, 0.000, 0.606, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.606 std_dev=0.606
P B 0, 0.000, 0.625, 1.250, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.625 std_dev=0.625
N1 B 0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708
OP2 B 0, 0.000, 0.711, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.711
C1' B 0, 0.000, 0.917, 1.834, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.917 std_dev=0.917
C4' B 0, 0.000, 0.935, 1.871, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.935 std_dev=0.935
C5' B 0, 0.000, 0.998, 1.997, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.998 std_dev=0.998
O5' B 0, 0.000, 1.029, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.029 std_dev=1.029
C3' B 0, 0.000, 1.083, 2.166, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.083 std_dev=1.083
O3' B 0, 0.000, 1.237, 2.474, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.237 std_dev=1.237
C2' B 0, 0.000, 1.251, 2.503, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.251 std_dev=1.251
O2' B 0, 0.000, 1.813, 3.625, 3.625 max_d=3.625 avg_d=1.813 std_dev=1.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.00 0.08 0.07 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.00 0.08 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.08 0.08 0.05
N2 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.04 0.01 0.09 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03 0.00 0.07 0.07 0.04
N7 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01
O5' 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.08 0.07 0.05
OP1 0.04 0.08 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.10 0.04 0.01 0.22 0.01 0.03 0.15 0.13 0.02 0.09 0.08 0.01 0.49 0.09 0.01 0.16
C2 0.14 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.13 0.18 0.16 0.10 0.03 0.02 0.11 0.01 0.04 0.11 0.41 0.08 0.06 0.11
C2' 0.05 0.10 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.20 0.02 0.01 0.15 0.13 0.09 0.07 0.07 0.00 0.48 0.04 0.00 0.17
C3' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.11 0.04 0.03 0.23 0.00 0.03 0.15 0.13 0.05 0.08 0.09 0.01 0.52 0.01 0.04 0.22
C4 0.04 0.09 0.09 0.03 0.11 0.05 0.01 0.24 0.02 0.01 0.14 0.11 0.03 0.08 0.09 0.03 0.50 0.03 0.01 0.19
C4' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.08 0.04 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.11 0.02 0.08 0.06 0.01 0.50 0.06 0.03 0.17
C5 0.02 0.12 0.18 0.10 0.16 0.10 0.08 0.29 0.04 0.06 0.17 0.13 0.15 0.13 0.15 0.01 0.53 0.06 0.05 0.26
C5' 0.00 0.09 0.08 0.04 0.09 0.06 0.03 0.25 0.02 0.04 0.12 0.12 0.05 0.11 0.08 0.02 0.52 0.04 0.05 0.20
C6 0.00 0.10 0.19 0.10 0.13 0.10 0.06 0.29 0.02 0.04 0.14 0.11 0.15 0.11 0.11 0.03 0.50 0.11 0.04 0.27
C8 0.05 0.16 0.19 0.12 0.19 0.11 0.11 0.30 0.08 0.10 0.21 0.17 0.17 0.16 0.20 0.02 0.56 0.03 0.07 0.25
N1 0.07 0.04 0.09 0.02 0.05 0.04 0.04 0.24 0.08 0.03 0.08 0.06 0.03 0.04 0.03 0.08 0.45 0.05 0.02 0.20
N2 0.26 0.10 0.17 0.16 0.11 0.11 0.23 0.08 0.29 0.22 0.06 0.06 0.27 0.11 0.12 0.19 0.29 0.18 0.14 0.00
N3 0.11 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.10 0.19 0.12 0.07 0.06 0.05 0.10 0.01 0.03 0.07 0.44 0.09 0.04 0.12
N7 0.06 0.16 0.24 0.15 0.21 0.13 0.14 0.32 0.09 0.11 0.21 0.17 0.23 0.17 0.21 0.02 0.56 0.08 0.09 0.29
N9 0.01 0.12 0.11 0.05 0.14 0.07 0.05 0.25 0.02 0.05 0.17 0.14 0.06 0.11 0.13 0.00 0.52 0.04 0.03 0.20
O2' 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.02 0.02 0.14 0.05 0.01 0.13 0.11 0.19 0.03 0.04 0.01 0.43 0.11 0.04 0.11
O3' 0.08 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.20 0.02 0.01 0.11 0.08 0.13 0.04 0.06 0.01 0.49 0.02 0.03 0.21
O4' 0.01 0.10 0.06 0.02 0.08 0.05 0.00 0.23 0.00 0.03 0.13 0.13 0.03 0.10 0.06 0.01 0.49 0.11 0.02 0.15
O5' 0.06 0.16 0.18 0.12 0.17 0.12 0.10 0.31 0.08 0.10 0.19 0.17 0.16 0.17 0.17 0.05 0.57 0.03 0.10 0.26
O6 0.03 0.11 0.25 0.15 0.14 0.13 0.10 0.32 0.05 0.07 0.15 0.12 0.23 0.14 0.13 0.03 0.49 0.20 0.08 0.32
OP1 0.06 0.15 0.18 0.12 0.16 0.13 0.11 0.33 0.09 0.10 0.18 0.16 0.15 0.18 0.16 0.06 0.60 0.10 0.14 0.31
OP2 0.11 0.19 0.27 0.19 0.21 0.17 0.16 0.38 0.14 0.15 0.22 0.20 0.27 0.23 0.22 0.08 0.62 0.15 0.17 0.35
P 0.07 0.15 0.20 0.14 0.17 0.14 0.12 0.34 0.10 0.11 0.19 0.17 0.20 0.19 0.17 0.06 0.59 0.08 0.13 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.20 0.46 0.01 0.16
C2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.01 0.06 0.34 0.33 0.03 0.03
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.12 0.15 0.01 0.06 0.23 0.01 0.01 0.05 0.00 0.23 0.29 0.23 0.00
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.13 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.32 0.13 0.14
C4 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.47 0.22 0.09 0.09
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.01 0.30 0.05 0.14
C5 0.00 0.01 0.13 0.04 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.09 0.00 0.04 0.47 0.26 0.08 0.08
C5' 0.06 0.14 0.12 0.02 0.24 0.00 0.25 0.00 0.21 0.14 0.19 0.09 0.01 0.12 0.24 0.01 0.00 0.06 0.14 0.01
C6 0.00 0.01 0.15 0.05 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.10 0.00 0.06 0.42 0.37 0.04 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.33 0.40 0.02 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.41 0.26 0.06 0.04
O2 0.03 0.00 0.23 0.13 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.01 0.01 0.09 0.27 0.33 0.02 0.06
O2' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.06 0.09 0.17 0.01 0.17 0.02 0.07 0.33 0.00 0.04 0.07 0.05 0.17 0.36 0.22 0.03
O3' 0.11 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.12 0.10 0.07 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.08 0.17 0.33 0.04 0.21
O4 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00 0.01 0.48 0.19 0.09 0.12
O4' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08 0.01 0.00 0.09 0.50 0.14 0.26
O5' 0.20 0.34 0.23 0.02 0.47 0.01 0.47 0.00 0.42 0.33 0.41 0.27 0.17 0.17 0.48 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.46 0.33 0.29 0.32 0.22 0.30 0.26 0.06 0.37 0.40 0.26 0.33 0.36 0.33 0.19 0.50 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.23 0.13 0.09 0.05 0.08 0.14 0.04 0.02 0.06 0.02 0.22 0.04 0.09 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.03 0.00 0.14 0.09 0.14 0.08 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.03 0.21 0.12 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00