ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C5' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
P B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.000, 0.676, 1.353, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.676 std_dev=0.676
OP1 B 0, 0.000, 0.684, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.684 std_dev=0.684
O4' A 0, 0.000, 0.862, 1.725, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.862 std_dev=0.862
C2' A 0, 0.000, 0.900, 1.800, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.900 std_dev=0.900
C3' A 0, 0.000, 1.156, 2.313, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.156 std_dev=1.156
OP2 B 0, 0.000, 1.166, 2.333, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.166 std_dev=1.166
O3' A 0, 0.000, 1.243, 2.485, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.243 std_dev=1.243
C4' B 0, 0.000, 1.251, 2.501, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.251 std_dev=1.251
C4' A 0, 0.000, 1.274, 2.547, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.274 std_dev=1.274
O2' A 0, 0.000, 1.385, 2.769, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.385 std_dev=1.385
O5' A 0, 0.000, 1.808, 3.615, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.808 std_dev=1.808
C5' A 0, 0.000, 1.925, 3.850, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.925 std_dev=1.925
C3' B 0, 0.000, 2.279, 4.558, 4.558 max_d=4.558 avg_d=2.279 std_dev=2.279
O3' B 0, 0.000, 2.335, 4.670, 4.670 max_d=4.670 avg_d=2.335 std_dev=2.335
O4' B 0, 0.000, 2.369, 4.738, 4.738 max_d=4.738 avg_d=2.369 std_dev=2.369
P A 0, 0.000, 2.500, 5.000, 5.000 max_d=5.000 avg_d=2.500 std_dev=2.500
OP1 A 0, 0.000, 2.704, 5.407, 5.407 max_d=5.407 avg_d=2.704 std_dev=2.704
C2' B 0, 0.000, 3.358, 6.716, 6.716 max_d=6.716 avg_d=3.358 std_dev=3.358
C1' B 0, 0.000, 3.380, 6.759, 6.759 max_d=6.759 avg_d=3.380 std_dev=3.380
OP2 A 0, 0.000, 3.557, 7.114, 7.114 max_d=7.114 avg_d=3.557 std_dev=3.557
C6 B 0, 0.000, 4.282, 8.564, 8.564 max_d=8.564 avg_d=4.282 std_dev=4.282
O2' B 0, 0.000, 4.389, 8.779, 8.779 max_d=8.779 avg_d=4.389 std_dev=4.389
N1 B 0, 0.000, 4.438, 8.875, 8.875 max_d=8.875 avg_d=4.438 std_dev=4.438
C5 B 0, 0.000, 5.270, 10.540, 10.540 max_d=10.540 avg_d=5.270 std_dev=5.270
C2 B 0, 0.000, 5.665, 11.329, 11.329 max_d=11.329 avg_d=5.665 std_dev=5.665
O2 B 0, 0.000, 5.879, 11.758, 11.758 max_d=11.758 avg_d=5.879 std_dev=5.879
C4 B 0, 0.000, 6.564, 13.129, 13.129 max_d=13.129 avg_d=6.564 std_dev=6.564
N3 B 0, 0.000, 6.662, 13.325, 13.325 max_d=13.325 avg_d=6.662 std_dev=6.662
O4 B 0, 0.000, 7.562, 15.124, 15.124 max_d=15.124 avg_d=7.562 std_dev=7.562

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.00 0.04 0.01 0.16 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.33 0.18 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.17 0.33 0.07 0.02 0.31 0.24 0.03
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.15 0.14 0.20 0.25 0.41 0.32 0.11 0.01 0.00 0.05 0.02 0.28 0.10 0.33 0.10 0.32
C3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.25 0.17 0.22 0.16 0.15 0.22 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.23 0.08 0.01
C4 0.00 0.00 0.16 0.18 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.17 0.02 0.00 0.29 0.36 0.06
C4' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.20 0.11 0.24 0.17 0.16 0.06 0.22 0.01 0.00 0.01 0.03 0.25 0.13 0.01
C5 0.01 0.00 0.07 0.23 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.03 0.07 0.13 0.01 0.32 0.59 0.18
C5' 0.03 0.22 0.15 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.02 0.23 0.14 0.30 0.21 0.19 0.04 0.05 0.16 0.02 0.00 0.04 0.33 0.29 0.00
C6 0.00 0.01 0.14 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.14 0.10 0.00 0.34 0.60 0.17
C8 0.01 0.00 0.20 0.17 0.00 0.20 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.00 0.19 0.26 0.03 0.26 0.67 0.26
N1 0.00 0.00 0.25 0.22 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.25 0.01 0.02 0.34 0.41 0.06
N2 0.01 0.00 0.41 0.16 0.00 0.24 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.43 0.21 0.39 0.12 0.03 0.31 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.32 0.15 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.20 0.32 0.08 0.01 0.28 0.18 0.05
N7 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.03 0.09 0.25 0.03 0.31 0.80 0.30
N9 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.11 0.00 0.07 0.02 0.24 0.37 0.08
O2' 0.02 0.27 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.05 0.07 0.41 0.11 0.43 0.28 0.37 0.16 0.00 0.06 0.17 0.20 0.14 0.32 0.09 0.28
O3' 0.27 0.17 0.05 0.01 0.12 0.01 0.03 0.16 0.03 0.00 0.09 0.21 0.20 0.03 0.11 0.06 0.00 0.18 0.15 0.02 0.62 0.22 0.24
O4' 0.00 0.33 0.02 0.00 0.17 0.00 0.07 0.02 0.14 0.19 0.25 0.39 0.32 0.09 0.00 0.17 0.18 0.00 0.04 0.09 0.04 0.01 0.05
O5' 0.04 0.07 0.28 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.10 0.26 0.01 0.12 0.08 0.25 0.07 0.20 0.15 0.04 0.00 0.17 0.03 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.10 0.27 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.14 0.02 0.09 0.17 0.00 0.33 0.74 0.25
OP1 0.16 0.31 0.33 0.23 0.29 0.25 0.32 0.33 0.34 0.26 0.34 0.31 0.28 0.31 0.24 0.32 0.62 0.04 0.03 0.33 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.24 0.10 0.08 0.36 0.13 0.59 0.29 0.60 0.67 0.41 0.12 0.18 0.80 0.37 0.09 0.22 0.01 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.32 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.17 0.26 0.06 0.08 0.05 0.30 0.08 0.28 0.24 0.05 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.99 3.12 1.38 0.78 3.77 0.79 3.28 0.12 2.72 2.66 3.64 2.99 1.51 0.62 4.10 1.62 0.04 0.24 0.65 0.27
C2 1.18 1.55 0.64 0.47 1.78 0.60 1.72 0.18 1.58 1.46 1.71 1.45 0.57 0.43 1.82 1.21 0.03 0.22 0.44 0.22
C2' 2.15 3.23 1.51 0.95 3.78 1.02 3.28 0.41 2.79 2.76 3.70 3.15 1.63 0.78 4.11 1.84 0.31 0.08 0.37 0.05
C3' 1.78 3.00 1.16 0.51 3.74 0.55 3.17 0.04 2.56 2.48 3.59 2.89 1.30 0.29 4.20 1.41 0.05 0.22 0.62 0.24
C4 1.67 2.39 1.15 0.76 2.88 0.75 2.72 0.16 2.33 2.16 2.72 2.25 1.17 0.65 3.03 1.47 0.10 0.28 0.55 0.25
C4' 1.50 2.85 0.95 0.22 3.66 0.16 2.99 0.49 2.31 2.25 3.51 2.75 1.15 0.01 4.21 1.02 0.45 0.68 1.09 0.69
C5 1.56 2.17 1.16 0.84 2.65 0.73 2.54 0.17 2.17 1.99 2.47 2.04 1.17 0.76 2.80 1.36 0.17 0.34 0.48 0.25
C5' 1.30 2.69 0.85 0.11 3.58 0.06 2.87 0.70 2.15 2.07 3.39 2.58 1.09 0.15 4.22 0.77 0.58 0.89 1.25 0.85
C6 1.23 1.61 0.90 0.74 1.91 0.64 1.88 0.17 1.68 1.52 1.79 1.50 0.86 0.72 1.98 1.14 0.19 0.36 0.36 0.23
C8 1.89 2.85 1.46 0.96 3.57 0.81 3.22 0.15 2.64 2.49 3.33 2.70 1.57 0.84 3.91 1.53 0.17 0.33 0.56 0.26
N1 1.04 1.31 0.64 0.56 1.51 0.58 1.50 0.18 1.39 1.26 1.44 1.22 0.56 0.55 1.54 1.07 0.12 0.30 0.34 0.21
N2 0.85 1.09 0.26 0.19 1.22 0.47 1.18 0.18 1.10 1.04 1.19 1.02 0.16 0.21 1.25 1.02 0.08 0.14 0.36 0.18
N3 1.51 2.12 0.91 0.57 2.46 0.69 2.32 0.16 2.06 1.94 2.37 1.99 0.90 0.48 2.55 1.42 0.03 0.22 0.54 0.24
N7 1.72 2.48 1.36 0.96 3.09 0.77 2.87 0.16 2.39 2.21 2.87 2.34 1.43 0.87 3.35 1.41 0.20 0.36 0.49 0.25
N9 1.89 2.85 1.36 0.85 3.50 0.80 3.17 0.15 2.64 2.49 3.30 2.70 1.45 0.71 3.77 1.57 0.11 0.28 0.60 0.26
O2' 2.47 3.55 1.75 1.21 3.92 1.36 3.37 0.73 2.95 3.03 3.96 3.53 1.89 1.09 4.19 2.17 0.49 0.28 0.25 0.20
O3' 1.40 2.65 0.71 0.05 3.39 0.17 2.80 0.39 2.18 2.10 3.25 2.55 0.84 0.19 3.88 1.06 0.45 0.52 0.92 0.57
O4' 1.58 2.90 1.04 0.34 3.72 0.25 3.06 0.45 2.39 2.33 3.54 2.77 1.25 0.15 4.21 1.10 0.44 0.73 1.13 0.74
O5' 1.44 2.71 1.04 0.36 3.60 0.15 2.98 0.49 2.28 2.17 3.37 2.58 1.26 0.14 4.21 0.93 0.34 0.73 1.03 0.66
O6 1.05 1.31 0.82 0.75 1.54 0.58 1.53 0.15 1.38 1.25 1.45 1.23 0.78 0.76 1.60 0.97 0.21 0.42 0.24 0.23
OP1 1.10 2.32 0.76 0.13 3.11 0.12 2.46 0.75 1.81 1.76 2.94 2.25 1.00 0.07 3.71 0.59 0.61 1.13 1.38 1.00
OP2 1.11 2.26 0.88 0.23 3.18 0.09 2.68 0.63 1.99 1.80 2.89 2.09 1.07 0.04 3.77 0.60 0.30 0.72 0.87 0.57
P 1.31 2.56 1.00 0.32 3.45 0.05 2.84 0.57 2.14 2.02 3.22 2.44 1.23 0.09 4.08 0.78 0.36 0.80 1.04 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.00 0.16 0.97 0.36 0.48
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.29 0.00 0.02 0.27 1.46 0.52 0.74
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.31 0.86 0.30 0.53
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.14 0.02 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.00 0.32 1.86 0.65 0.95
C4' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.10
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.00 0.02 0.31 1.89 0.66 0.95
C5' 0.05 0.07 0.16 0.00 0.17 0.01 0.22 0.00 0.20 0.12 0.11 0.02 0.08 0.17 0.18 0.00 0.00 0.07 0.30 0.00
C6 0.00 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.00 0.03 0.27 1.71 0.58 0.85
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.00 0.26 1.43 0.50 0.72
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.26 0.01 0.02 0.31 1.68 0.59 0.85
O2 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.38 0.00 0.02 0.25 1.26 0.46 0.64
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.08 0.02 0.04 0.08 0.12 0.00 0.04 0.06 0.02 0.30 0.83 0.29 0.53
O3' 0.24 0.29 0.06 0.00 0.18 0.02 0.11 0.17 0.11 0.21 0.26 0.38 0.04 0.00 0.18 0.16 0.24 0.30 0.26 0.26
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.00 0.34 1.94 0.69 0.99
O4' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.00 0.00 0.00 0.72 0.31 0.29
O5' 0.16 0.27 0.31 0.01 0.32 0.01 0.31 0.00 0.27 0.26 0.31 0.25 0.30 0.24 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.97 1.46 0.86 0.14 1.86 0.21 1.89 0.07 1.71 1.43 1.68 1.26 0.83 0.30 1.94 0.72 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.52 0.30 0.02 0.65 0.23 0.66 0.30 0.58 0.50 0.59 0.46 0.29 0.26 0.69 0.31 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.48 0.74 0.53 0.05 0.95 0.10 0.95 0.00 0.85 0.72 0.85 0.64 0.53 0.26 0.99 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00