ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53659

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.000, 0.188, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O5' A 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
P B 0, 0.000, 0.314, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.314 std_dev=0.314
P A 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C5' B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O3' A 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C5' A 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP1 A 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.540 std_dev=0.540
O4' B 0, 0.000, 0.574, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.000, 0.643, 1.286, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.643 std_dev=0.643
O3' B 0, 0.000, 0.714, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.714 std_dev=0.714
C1' B 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
N1 B 0, 0.000, 0.738, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.738 std_dev=0.738
C2' B 0, 0.000, 0.784, 1.568, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.784 std_dev=0.784
O5' B 0, 0.000, 0.802, 1.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.802 std_dev=0.802
OP2 B 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842
C4 B 0, 0.000, 0.880, 1.759, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.880 std_dev=0.880
O2' B 0, 0.000, 0.886, 1.772, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.886 std_dev=0.886
O4 B 0, 0.000, 0.916, 1.832, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.916 std_dev=0.916
N3 B 0, 0.000, 1.025, 2.050, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.025 std_dev=1.025
C2 B 0, 0.000, 1.211, 2.421, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.211 std_dev=1.210
C6 B 0, 0.000, 1.588, 3.176, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.588 std_dev=1.588
C5 B 0, 0.000, 1.776, 3.553, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.776 std_dev=1.776
O2 B 0, 0.000, 2.221, 4.443, 4.443 max_d=4.443 avg_d=2.221 std_dev=2.221

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.01 0.06 0.09 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.10 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.07
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
C8 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.07
N2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.08 0.01 0.07 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.07
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.06
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00
O3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.14 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.12 0.12 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05
O5' 0.02 0.07 0.03 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.00 0.08 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.02 0.06 0.05 0.08 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.02 0.12 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.06 0.08 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.03 0.12 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.00 0.10 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.52 0.13 0.10 0.29 0.06 1.00 0.01 0.92 0.19 0.43 1.17 0.11 0.08 0.28 0.11 0.06 0.31 0.35 0.00
C2 0.11 0.64 0.09 0.07 0.21 0.05 0.99 0.01 0.94 0.15 0.55 1.36 0.08 0.05 0.18 0.09 0.03 0.32 0.43 0.02
C2' 0.11 0.49 0.09 0.06 0.27 0.02 0.94 0.03 0.84 0.16 0.41 1.10 0.08 0.04 0.27 0.08 0.10 0.24 0.34 0.04
C3' 0.08 0.53 0.06 0.03 0.23 0.01 0.89 0.06 0.80 0.12 0.46 1.13 0.05 0.02 0.22 0.04 0.11 0.19 0.37 0.07
C4 0.15 0.58 0.13 0.10 0.29 0.06 1.07 0.02 0.98 0.19 0.49 1.29 0.11 0.07 0.27 0.11 0.00 0.29 0.40 0.01
C4' 0.12 0.52 0.10 0.08 0.25 0.04 0.93 0.01 0.85 0.16 0.44 1.14 0.09 0.06 0.24 0.08 0.08 0.27 0.34 0.03
C5 0.16 0.58 0.13 0.10 0.33 0.06 1.13 0.01 1.04 0.21 0.49 1.32 0.12 0.07 0.31 0.12 0.07 0.25 0.43 0.01
C5' 0.10 0.55 0.09 0.07 0.23 0.03 0.93 0.02 0.85 0.14 0.48 1.18 0.08 0.06 0.22 0.07 0.06 0.25 0.36 0.04
C6 0.14 0.62 0.12 0.08 0.30 0.05 1.13 0.00 1.04 0.20 0.52 1.38 0.10 0.05 0.28 0.11 0.10 0.20 0.45 0.03
C8 0.17 0.53 0.15 0.12 0.36 0.07 1.13 0.02 1.03 0.23 0.43 1.24 0.13 0.08 0.35 0.13 0.05 0.26 0.40 0.00
N1 0.12 0.66 0.09 0.07 0.25 0.04 1.06 0.00 1.00 0.16 0.56 1.41 0.08 0.04 0.22 0.09 0.06 0.25 0.46 0.04
N2 0.08 0.67 0.06 0.05 0.14 0.04 0.89 0.01 0.87 0.10 0.58 1.37 0.06 0.04 0.11 0.07 0.10 0.36 0.43 0.03
N3 0.12 0.60 0.11 0.09 0.24 0.06 0.99 0.02 0.93 0.16 0.51 1.29 0.09 0.06 0.21 0.10 0.05 0.33 0.39 0.01
N7 0.18 0.55 0.15 0.11 0.37 0.07 1.16 0.01 1.06 0.24 0.45 1.28 0.13 0.07 0.36 0.14 0.09 0.23 0.42 0.01
N9 0.15 0.55 0.13 0.10 0.31 0.06 1.06 0.02 0.98 0.20 0.46 1.24 0.12 0.08 0.30 0.12 0.01 0.29 0.39 0.01
O2' 0.18 0.38 0.16 0.13 0.34 0.09 0.95 0.03 0.86 0.23 0.30 0.94 0.14 0.10 0.33 0.14 0.10 0.31 0.23 0.02
O3' 0.06 0.50 0.04 0.01 0.19 0.03 0.80 0.09 0.71 0.10 0.44 1.05 0.03 0.00 0.19 0.02 0.14 0.15 0.34 0.09
O4' 0.15 0.52 0.13 0.11 0.29 0.07 1.00 0.02 0.92 0.19 0.44 1.17 0.11 0.09 0.27 0.11 0.05 0.32 0.34 0.00
O5' 0.10 0.56 0.09 0.05 0.26 0.01 0.98 0.05 0.88 0.15 0.48 1.22 0.07 0.03 0.25 0.06 0.05 0.19 0.42 0.07
O6 0.14 0.62 0.11 0.08 0.32 0.04 1.15 0.01 1.06 0.20 0.52 1.39 0.10 0.03 0.30 0.11 0.16 0.13 0.45 0.04
OP1 0.11 0.53 0.10 0.07 0.28 0.01 0.99 0.05 0.89 0.17 0.45 1.18 0.09 0.05 0.27 0.07 0.03 0.18 0.41 0.06
OP2 0.10 0.58 0.08 0.04 0.29 0.02 1.03 0.08 0.92 0.16 0.48 1.26 0.07 0.01 0.29 0.05 0.00 0.12 0.47 0.09
P 0.10 0.57 0.08 0.05 0.27 0.00 1.00 0.06 0.90 0.15 0.49 1.24 0.07 0.02 0.27 0.05 0.03 0.17 0.45 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.17 0.45 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.25 0.00 0.38 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.19 0.00 0.32 0.45 0.97 0.29 0.62
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.11 0.51 0.12
C3' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.02 0.00 0.22 0.01 0.26 0.01 0.17 0.46 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.51 0.11
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.28 0.12 0.36 0.17
C4' 0.00 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.00 0.36 0.00 0.28 0.71 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.40 0.07
C5 0.01 0.00 0.04 0.22 0.00 0.29 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.20 0.00 0.23 0.87 0.63 1.01 0.86
C5' 0.00 0.62 0.00 0.01 0.02 0.00 0.47 0.00 0.56 0.02 0.48 1.17 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.18 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.26 0.00 0.36 0.00 0.56 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.22 0.00 0.31 0.93 0.65 1.08 0.90
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.16 0.43 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.28 0.00 0.48 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.14 0.00 0.22 0.29 0.84 0.22 0.50
O2 0.05 0.00 0.14 0.46 0.00 0.71 0.00 1.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.38 0.01 0.56 1.10 1.73 0.93 1.33
O2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.03 0.19 0.00 0.15 0.41 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.51 0.11
O3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.14 0.38 0.00 0.00 0.03 0.00 0.28 0.02 0.50 0.08
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.15 0.29 0.12
O4' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.00 0.31 0.00 0.22 0.56 0.02 0.00 0.01 0.00 0.21 0.20 0.39 0.11
O5' 0.15 0.45 0.02 0.13 0.28 0.00 0.87 0.00 0.93 0.22 0.29 1.10 0.04 0.28 0.25 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.17 0.97 0.11 0.07 0.12 0.16 0.63 0.18 0.65 0.16 0.84 1.73 0.10 0.02 0.15 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.29 0.51 0.51 0.36 0.40 1.01 0.26 1.08 0.43 0.22 0.93 0.51 0.50 0.29 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.62 0.12 0.11 0.17 0.07 0.86 0.01 0.90 0.15 0.50 1.33 0.11 0.08 0.12 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00