ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53665

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 6, 5, 1, 1, 9, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.338, 0.555, 0.772, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.555 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.332, 0.667, 1.002, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.667 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.188, 0.625, 1.061, 2.835 max_d=2.835 avg_d=0.625 std_dev=0.436
C3' B 0, 0.145, 0.593, 1.041, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.593 std_dev=0.448
N1 B 0, 0.190, 0.793, 1.396, 3.882 max_d=3.882 avg_d=0.793 std_dev=0.603
O4' B 0, -0.099, 0.612, 1.324, 4.612 max_d=4.612 avg_d=0.612 std_dev=0.712
C6 B 0, 0.053, 0.768, 1.484, 4.619 max_d=4.619 avg_d=0.768 std_dev=0.716
C4' B 0, -0.161, 0.581, 1.323, 4.774 max_d=4.774 avg_d=0.581 std_dev=0.742
O3' B 0, 0.013, 0.838, 1.662, 5.140 max_d=5.140 avg_d=0.838 std_dev=0.824
C5 B 0, 0.073, 0.930, 1.787, 5.537 max_d=5.537 avg_d=0.930 std_dev=0.857
C2' A 0, 0.124, 0.992, 1.859, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.992 std_dev=0.867
C2 B 0, 0.283, 1.154, 2.026, 5.282 max_d=5.282 avg_d=1.154 std_dev=0.871
O4' A 0, 0.100, 1.018, 1.935, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.018 std_dev=0.918
O5' B 0, -0.172, 0.856, 1.883, 6.518 max_d=6.518 avg_d=0.856 std_dev=1.028
O2 B 0, 0.331, 1.366, 2.401, 5.786 max_d=5.786 avg_d=1.366 std_dev=1.035
C4 B 0, 0.143, 1.184, 2.224, 6.702 max_d=6.702 avg_d=1.184 std_dev=1.040
N3 B 0, 0.232, 1.325, 2.417, 6.809 max_d=6.809 avg_d=1.325 std_dev=1.092
OP2 B 0, -0.105, 1.028, 2.162, 7.041 max_d=7.041 avg_d=1.028 std_dev=1.134
C5' B 0, -0.320, 0.824, 1.968, 7.213 max_d=7.213 avg_d=0.824 std_dev=1.144
C3' A 0, 0.219, 1.424, 2.629, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.424 std_dev=1.205
O2' A 0, 0.177, 1.383, 2.589, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.383 std_dev=1.206
O4 B 0, 0.105, 1.374, 2.644, 8.169 max_d=8.169 avg_d=1.374 std_dev=1.269
O3' A 0, 0.294, 1.569, 2.845, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.569 std_dev=1.276
P B 0, -0.277, 1.068, 2.413, 8.322 max_d=8.322 avg_d=1.068 std_dev=1.345
C4' A 0, 0.282, 1.657, 3.032, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.657 std_dev=1.375
O5' A 0, 0.369, 1.979, 3.589, 4.059 max_d=4.059 avg_d=1.979 std_dev=1.610
OP1 B 0, -0.508, 1.235, 2.977, 10.710 max_d=10.710 avg_d=1.235 std_dev=1.742
C5' A 0, 0.658, 2.747, 4.836, 5.257 max_d=5.257 avg_d=2.747 std_dev=2.089
P A 0, -0.004, 2.373, 4.750, 5.496 max_d=5.496 avg_d=2.373 std_dev=2.377
OP2 A 0, 0.256, 2.736, 5.216, 6.058 max_d=6.058 avg_d=2.736 std_dev=2.480
OP1 A 0, 0.123, 2.849, 5.576, 6.490 max_d=6.490 avg_d=2.849 std_dev=2.726

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.01 0.11 0.10 0.30 0.14
C2 0.04 0.00 0.55 0.49 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.16 0.39 0.23 0.35 0.70 0.48
C2' 0.00 0.55 0.00 0.00 0.29 0.01 0.13 0.17 0.25 0.27 0.43 0.55 0.17 0.14 0.01 0.00 0.04 0.02 0.54 0.62 0.44 0.39
C3' 0.01 0.49 0.00 0.00 0.42 0.01 0.47 0.04 0.53 0.31 0.54 0.43 0.54 0.41 0.28 0.01 0.00 0.02 0.30 0.45 0.39 0.12
C4 0.02 0.00 0.29 0.42 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.21 0.24 0.42 0.60 0.51
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.11 0.30 0.05 0.12 0.16 0.28 0.13 0.32 0.03 0.00 0.01 0.21 0.41 0.07
C5 0.01 0.00 0.13 0.47 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.15 0.09 0.38 0.71 0.74 0.74
C5' 0.04 0.11 0.17 0.04 0.10 0.00 0.23 0.00 0.20 0.39 0.11 0.12 0.28 0.40 0.15 0.13 0.25 0.02 0.01 0.25 0.44 0.01
C6 0.02 0.00 0.25 0.53 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.20 0.18 0.39 0.74 0.84 0.77
C8 0.01 0.00 0.27 0.31 0.00 0.30 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.56 0.12 0.24 0.41 0.72 0.50 0.72
N1 0.03 0.00 0.43 0.54 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.31 0.31 0.57 0.81 0.64
N3 0.04 0.00 0.55 0.43 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.15 0.39 0.19 0.24 0.58 0.38
N6 0.02 0.01 0.17 0.54 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.26 0.12 0.46 0.94 0.94 0.91
N7 0.01 0.00 0.14 0.41 0.00 0.28 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.53 0.19 0.13 0.48 0.91 0.72 0.89
N9 0.00 0.01 0.01 0.28 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.07 0.01 0.21 0.37 0.44 0.44
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.09 0.32 0.28 0.13 0.20 0.56 0.11 0.29 0.31 0.53 0.25 0.00 0.08 0.24 0.33 0.50 0.50 0.31
O3' 0.35 0.16 0.04 0.00 0.07 0.03 0.15 0.25 0.20 0.12 0.18 0.15 0.26 0.19 0.07 0.08 0.00 0.24 0.30 0.31 0.66 0.25
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.21 0.00 0.09 0.02 0.18 0.24 0.31 0.39 0.12 0.13 0.01 0.24 0.24 0.00 0.19 0.21 0.41 0.28
O5' 0.11 0.23 0.54 0.30 0.24 0.01 0.38 0.01 0.39 0.41 0.31 0.19 0.46 0.48 0.21 0.33 0.30 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.35 0.62 0.45 0.42 0.21 0.71 0.25 0.74 0.72 0.57 0.24 0.94 0.91 0.37 0.50 0.31 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.70 0.44 0.39 0.60 0.41 0.74 0.44 0.84 0.50 0.81 0.58 0.94 0.72 0.44 0.50 0.66 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.48 0.39 0.12 0.51 0.07 0.74 0.01 0.77 0.72 0.64 0.38 0.91 0.89 0.44 0.31 0.25 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.32 0.26 0.23 0.30 0.29 0.34 0.31 0.35 0.32 0.30 0.37 0.32 0.33 0.28 0.40 0.24 0.32 0.24 0.29
C2 0.30 0.18 0.20 0.25 0.15 0.45 0.22 0.51 0.27 0.23 0.17 0.25 0.18 0.21 0.13 0.47 0.41 0.51 0.36 0.44
C2' 0.65 0.66 0.56 0.52 0.73 0.50 0.75 0.48 0.73 0.69 0.69 0.60 0.52 0.51 0.74 0.64 0.52 0.48 0.50 0.48
C3' 0.30 0.18 0.34 0.39 0.21 0.37 0.27 0.39 0.30 0.26 0.18 0.15 0.37 0.50 0.20 0.35 0.36 0.44 0.28 0.33
C4 0.30 0.20 0.20 0.24 0.17 0.43 0.25 0.50 0.29 0.25 0.18 0.27 0.21 0.23 0.14 0.46 0.40 0.53 0.37 0.45
C4' 0.51 0.72 0.38 0.32 0.73 0.32 0.63 0.29 0.57 0.60 0.77 0.78 0.34 0.32 0.76 0.46 0.34 0.25 0.45 0.38
C5 0.28 0.22 0.18 0.29 0.16 0.53 0.20 0.65 0.26 0.21 0.23 0.34 0.15 0.25 0.18 0.49 0.53 0.71 0.49 0.59
C5' 0.56 0.83 0.35 0.28 0.90 0.34 0.79 0.34 0.69 0.70 0.92 0.86 0.25 0.22 0.95 0.54 0.42 0.33 0.57 0.48
C6 0.26 0.29 0.16 0.33 0.23 0.60 0.20 0.75 0.25 0.20 0.33 0.43 0.10 0.31 0.28 0.51 0.62 0.81 0.56 0.68
C8 0.29 0.21 0.20 0.26 0.16 0.45 0.24 0.55 0.29 0.24 0.19 0.29 0.19 0.23 0.14 0.47 0.46 0.62 0.43 0.53
N1 0.27 0.26 0.17 0.32 0.21 0.59 0.20 0.70 0.25 0.20 0.29 0.40 0.10 0.29 0.24 0.51 0.57 0.72 0.50 0.60
N3 0.31 0.22 0.21 0.22 0.20 0.37 0.28 0.40 0.31 0.27 0.19 0.26 0.24 0.24 0.17 0.44 0.32 0.41 0.30 0.36
N6 0.24 0.40 0.15 0.38 0.35 0.66 0.23 0.87 0.25 0.22 0.47 0.56 0.09 0.41 0.42 0.52 0.73 0.99 0.67 0.81
N7 0.28 0.23 0.18 0.29 0.17 0.53 0.21 0.66 0.27 0.21 0.24 0.34 0.15 0.26 0.19 0.49 0.55 0.75 0.51 0.63
N9 0.31 0.23 0.21 0.23 0.20 0.38 0.28 0.45 0.32 0.27 0.20 0.29 0.24 0.24 0.17 0.44 0.36 0.48 0.34 0.42
O2' 0.63 0.84 0.39 0.34 0.98 0.31 0.93 0.30 0.84 0.79 0.94 0.79 0.28 0.47 1.04 0.59 0.40 0.29 0.46 0.38
O3' 0.21 0.41 0.20 0.26 0.41 0.19 0.31 0.21 0.25 0.29 0.46 0.47 0.20 0.39 0.44 0.14 0.23 0.23 0.27 0.22
O4' 0.79 0.93 0.71 0.64 0.88 0.64 0.81 0.60 0.79 0.84 0.94 1.01 0.69 0.60 0.89 0.75 0.63 0.56 0.69 0.64
O5' 0.37 0.57 0.29 0.26 0.59 0.28 0.49 0.30 0.43 0.45 0.63 0.62 0.30 0.32 0.63 0.37 0.29 0.33 0.37 0.34
OP1 0.23 0.58 0.11 0.22 0.63 0.27 0.46 0.38 0.35 0.38 0.69 0.66 0.20 0.43 0.72 0.25 0.27 0.54 0.25 0.33
OP2 0.39 0.28 0.64 0.70 0.24 0.59 0.23 0.60 0.28 0.29 0.28 0.33 0.77 0.91 0.26 0.40 0.51 0.70 0.39 0.48
P 0.14 0.31 0.26 0.37 0.38 0.38 0.27 0.46 0.21 0.18 0.41 0.37 0.38 0.58 0.45 0.27 0.36 0.59 0.29 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.05 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.07 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.08 0.12 0.14 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.10 0.13 0.17 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.10 0.11 0.16 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.08 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.11 0.13 0.12
O2 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.04 0.08 0.11 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.11 0.05 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.13 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.18 0.09 0.08
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.01 0.09 0.13 0.14 0.13
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.13 0.09
O5' 0.05 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.09 0.07 0.10 0.12 0.05 0.13 0.04 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.18 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.12 0.07 0.05 0.14 0.04 0.17 0.02 0.16 0.12 0.13 0.11 0.05 0.09 0.14 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.05 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.11 0.10 0.12 0.10 0.04 0.08 0.13 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00