ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53667

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 3, 6, 2, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.023, 0.044, 0.066, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.020, 0.044, 0.069, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.017, 0.045, 0.072, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.045 std_dev=0.028
O4' A 0, -0.026, 0.104, 0.234, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.104 std_dev=0.130
C2' A 0, -0.021, 0.126, 0.273, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.126 std_dev=0.147
C4' B 0, 0.081, 0.247, 0.413, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.247 std_dev=0.166
O4' B 0, 0.088, 0.268, 0.448, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.268 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.136, 0.361, 0.586, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.361 std_dev=0.225
O2' A 0, -0.025, 0.222, 0.468, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.222 std_dev=0.247
C3' B 0, 0.086, 0.333, 0.580, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.333 std_dev=0.247
C4' A 0, -0.032, 0.216, 0.465, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.216 std_dev=0.249
C3' A 0, -0.037, 0.212, 0.461, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.212 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.034, 0.298, 0.561, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.298 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.102, 0.374, 0.647, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.374 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.093, 0.369, 0.645, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.369 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.124, 0.403, 0.682, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.403 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.049, 0.350, 0.651, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.350 std_dev=0.301
P A 0, 0.054, 0.376, 0.698, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.376 std_dev=0.322
OP2 A 0, 0.085, 0.420, 0.755, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.420 std_dev=0.335
O3' A 0, -0.019, 0.354, 0.727, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.354 std_dev=0.373
N1 B 0, 0.111, 0.493, 0.875, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.493 std_dev=0.382
P B 0, 0.030, 0.427, 0.824, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.427 std_dev=0.397
C6 B 0, 0.071, 0.514, 0.958, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.514 std_dev=0.444
C5' A 0, -0.048, 0.397, 0.843, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.397 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.022, 0.517, 1.011, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.517 std_dev=0.495
OP1 B 0, -0.016, 0.483, 0.982, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.483 std_dev=0.499
O5' A 0, -0.026, 0.476, 0.978, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.476 std_dev=0.502
C2 B 0, 0.133, 0.676, 1.219, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.676 std_dev=0.543
O2 B 0, 0.196, 0.760, 1.324, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.760 std_dev=0.564
OP1 A 0, -0.108, 0.477, 1.062, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.477 std_dev=0.585
C5 B 0, 0.056, 0.691, 1.326, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.691 std_dev=0.635
N3 B 0, 0.079, 0.809, 1.539, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.809 std_dev=0.730
C4 B 0, 0.047, 0.829, 1.611, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.829 std_dev=0.782
O4 B 0, 0.033, 0.994, 1.955, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.994 std_dev=0.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.22 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.14 0.03 0.18 0.24 0.18 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.27 0.13 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.16 0.10 0.11 0.12 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.18 0.33 0.19 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.23 0.23 0.18 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.07 0.04 0.13 0.16 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.28 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.28 0.23 0.20 0.08
C5' 0.05 0.14 0.02 0.02 0.17 0.01 0.25 0.00 0.24 0.29 0.19 0.11 0.28 0.31 0.17 0.04 0.07 0.02 0.01 0.37 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.12 0.03 0.27 0.24 0.20 0.09
C8 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.32 0.22 0.19 0.09
N1 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.12 0.03 0.22 0.24 0.19 0.07
N3 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.03 0.18 0.23 0.18 0.07
N6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.14 0.03 0.30 0.24 0.22 0.11
N7 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.33 0.23 0.21 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.25 0.23 0.17 0.06
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.13 0.15 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.26 0.10 0.10
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.02 0.12 0.07 0.12 0.17 0.12 0.13 0.14 0.17 0.07 0.04 0.00 0.01 0.36 0.40 0.25 0.22
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.32 0.23 0.20 0.14
O5' 0.21 0.18 0.04 0.18 0.23 0.01 0.28 0.01 0.27 0.32 0.22 0.18 0.30 0.33 0.25 0.08 0.36 0.32 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.24 0.27 0.33 0.23 0.28 0.23 0.37 0.24 0.22 0.24 0.23 0.24 0.23 0.23 0.26 0.40 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.18 0.13 0.19 0.18 0.13 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19 0.18 0.22 0.21 0.17 0.10 0.25 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.04 0.12 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.11 0.06 0.10 0.22 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.52 0.22 0.14 0.50 0.12 0.38 0.18 0.31 0.36 0.57 0.59 0.28 0.14 0.54 0.20 0.17 0.22 0.20 0.16
C2 0.22 0.34 0.17 0.13 0.28 0.13 0.22 0.17 0.20 0.25 0.34 0.41 0.21 0.12 0.29 0.18 0.14 0.19 0.14 0.12
C2' 0.17 0.43 0.17 0.09 0.42 0.08 0.29 0.17 0.22 0.27 0.48 0.52 0.25 0.13 0.46 0.15 0.16 0.23 0.11 0.13
C3' 0.16 0.39 0.12 0.07 0.38 0.14 0.28 0.22 0.21 0.25 0.44 0.46 0.19 0.08 0.43 0.20 0.20 0.28 0.13 0.17
C4 0.24 0.42 0.18 0.13 0.37 0.13 0.28 0.19 0.24 0.30 0.43 0.50 0.25 0.12 0.39 0.19 0.17 0.24 0.16 0.15
C4' 0.20 0.44 0.15 0.09 0.45 0.12 0.33 0.20 0.26 0.30 0.50 0.51 0.21 0.10 0.49 0.18 0.18 0.24 0.19 0.17
C5 0.21 0.35 0.16 0.11 0.30 0.12 0.23 0.19 0.20 0.25 0.36 0.44 0.24 0.12 0.31 0.18 0.17 0.28 0.14 0.17
C5' 0.24 0.45 0.15 0.16 0.46 0.22 0.37 0.29 0.31 0.33 0.50 0.50 0.18 0.13 0.50 0.26 0.26 0.32 0.30 0.28
C6 0.19 0.28 0.14 0.11 0.22 0.11 0.17 0.18 0.15 0.20 0.27 0.36 0.22 0.11 0.22 0.16 0.16 0.29 0.13 0.17
C8 0.24 0.43 0.18 0.12 0.39 0.12 0.29 0.19 0.24 0.30 0.45 0.52 0.26 0.13 0.41 0.19 0.18 0.28 0.16 0.18
N1 0.19 0.26 0.14 0.11 0.20 0.12 0.16 0.17 0.15 0.19 0.25 0.34 0.20 0.11 0.20 0.16 0.15 0.24 0.11 0.13
N3 0.25 0.43 0.19 0.13 0.38 0.13 0.30 0.18 0.25 0.31 0.44 0.50 0.23 0.12 0.39 0.19 0.16 0.20 0.17 0.14
N6 0.16 0.23 0.13 0.11 0.17 0.11 0.16 0.18 0.14 0.16 0.21 0.31 0.20 0.12 0.17 0.14 0.17 0.34 0.17 0.20
N7 0.22 0.37 0.17 0.11 0.32 0.12 0.24 0.19 0.20 0.26 0.38 0.46 0.25 0.12 0.33 0.18 0.18 0.31 0.15 0.19
N9 0.25 0.46 0.20 0.13 0.43 0.13 0.33 0.19 0.27 0.33 0.49 0.54 0.26 0.13 0.46 0.20 0.18 0.25 0.17 0.17
O2' 0.19 0.44 0.24 0.16 0.43 0.10 0.29 0.14 0.21 0.27 0.50 0.53 0.33 0.21 0.48 0.10 0.15 0.20 0.12 0.11
O3' 0.15 0.35 0.14 0.11 0.36 0.16 0.25 0.23 0.19 0.22 0.41 0.43 0.19 0.10 0.40 0.21 0.21 0.29 0.10 0.16
O4' 0.27 0.53 0.21 0.14 0.53 0.14 0.41 0.20 0.33 0.38 0.59 0.59 0.26 0.13 0.58 0.21 0.18 0.23 0.24 0.19
O5' 0.17 0.41 0.13 0.14 0.36 0.23 0.23 0.35 0.18 0.24 0.46 0.53 0.19 0.14 0.41 0.21 0.30 0.46 0.29 0.34
OP1 0.19 0.34 0.22 0.26 0.36 0.30 0.25 0.35 0.20 0.22 0.42 0.41 0.30 0.29 0.43 0.25 0.29 0.37 0.26 0.28
OP2 0.31 0.53 0.29 0.22 0.50 0.17 0.38 0.19 0.32 0.38 0.57 0.62 0.34 0.24 0.55 0.24 0.20 0.25 0.14 0.15
P 0.20 0.45 0.16 0.10 0.44 0.11 0.31 0.19 0.24 0.29 0.51 0.54 0.21 0.12 0.49 0.16 0.16 0.25 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.03 0.09 0.10 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.09 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.07 0.11 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.03 0.19 0.18 0.21 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.04 0.21 0.18 0.19 0.17
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.12 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.04 0.17 0.13 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.09 0.09 0.13 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.03 0.14 0.14 0.17 0.12
O2 0.04 0.01 0.12 0.11 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.06 0.06 0.08 0.14 0.07
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.14 0.00 0.06 0.08 0.05 0.04 0.14 0.08 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.02 0.14 0.03 0.13 0.05 0.08 0.13 0.06 0.00 0.11 0.01 0.08 0.21 0.17 0.12
O4 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.03 0.21 0.21 0.24 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.16 0.10
O5' 0.04 0.09 0.04 0.06 0.19 0.01 0.21 0.01 0.17 0.09 0.14 0.06 0.04 0.08 0.21 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.11 0.14 0.18 0.09 0.18 0.08 0.13 0.09 0.14 0.08 0.14 0.21 0.21 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.09 0.11 0.21 0.05 0.19 0.02 0.14 0.13 0.17 0.14 0.08 0.17 0.24 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.06 0.08 0.17 0.03 0.17 0.01 0.11 0.07 0.12 0.07 0.05 0.12 0.20 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00