ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53668

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 4, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N6 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N7 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.019 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.023, 0.062, 0.101, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.062 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.029, 0.073, 0.116, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.073 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.043, 0.099, 0.154, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.099 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.052, 0.112, 0.173, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.112 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.045, 0.111, 0.176, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.111 std_dev=0.066
C5' A 0, 0.070, 0.161, 0.252, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.161 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.070, 0.170, 0.271, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.170 std_dev=0.100
O5' A 0, 0.071, 0.173, 0.274, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.173 std_dev=0.101
P A 0, 0.086, 0.221, 0.355, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.221 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.132, 0.278, 0.423, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.278 std_dev=0.146
OP2 A 0, 0.144, 0.313, 0.482, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.313 std_dev=0.169
O2 B 0, 0.059, 0.260, 0.461, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.260 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.089, 0.310, 0.532, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.310 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.085, 0.320, 0.554, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.320 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.049, 0.287, 0.524, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.287 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.037, 0.281, 0.525, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.281 std_dev=0.244
C4' B 0, 0.097, 0.347, 0.597, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.347 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.079, 0.344, 0.609, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.344 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.034, 0.302, 0.569, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.302 std_dev=0.268
O2' B 0, 0.047, 0.316, 0.584, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.316 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.051, 0.328, 0.605, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.328 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.045, 0.326, 0.606, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.326 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.100, 0.408, 0.717, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.408 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.049, 0.369, 0.690, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.369 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.049, 0.383, 0.717, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.383 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.050, 0.404, 0.758, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.404 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.096, 0.461, 0.827, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.461 std_dev=0.365
O4 B 0, 0.078, 0.446, 0.815, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.446 std_dev=0.368
P B 0, 0.085, 0.506, 0.927, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.506 std_dev=0.421
OP1 B 0, 0.108, 0.544, 0.981, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.544 std_dev=0.437
OP2 B 0, 0.042, 0.493, 0.944, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.493 std_dev=0.451

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.10 0.07 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.09 0.08 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.07 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.09 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.10 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.05 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.04 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C2 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.05 0.07 0.09 0.10 0.13 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08
C2' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.12 0.11 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
C3' 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.11 0.10 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
C4 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.08 0.08 0.10 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.13 0.12 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08
C5 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07
C5' 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.12 0.11 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
C6 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09
C8 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05
N1 0.10 0.07 0.11 0.12 0.06 0.12 0.07 0.12 0.08 0.07 0.06 0.10 0.11 0.13 0.06 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10
N3 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06
N6 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11
N7 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06
N9 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.14 0.14 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09
O3' 0.06 0.07 0.08 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.11 0.11 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
O4' 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.13 0.12 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
O5' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
OP1 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.11 0.10 0.07 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05
OP2 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.11 0.13 0.09 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06
P 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.08 0.06
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.06 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00