ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 3, 2, 3, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.006, 0.058, 0.109, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.058 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.027, 0.093, 0.159, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.093 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.086, 0.158, 0.230, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.158 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.021, 0.102, 0.182, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.102 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.029, 0.127, 0.224, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.127 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.055, 0.193, 0.330, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.193 std_dev=0.137
C5' A 0, 0.031, 0.180, 0.329, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.180 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.041, 0.238, 0.435, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.238 std_dev=0.197
OP2 A 0, 0.074, 0.286, 0.497, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.286 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.225, 0.459, 0.692, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.459 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.241, 0.476, 0.711, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.476 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.222, 0.458, 0.694, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.458 std_dev=0.236
P A 0, 0.050, 0.289, 0.528, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.289 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.203, 0.470, 0.736, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.470 std_dev=0.267
C4' B 0, 0.172, 0.444, 0.716, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.444 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.291, 0.566, 0.841, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.566 std_dev=0.275
C5' B 0, 0.168, 0.444, 0.720, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.444 std_dev=0.276
O5' B 0, 0.162, 0.445, 0.728, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.445 std_dev=0.283
P B 0, 0.159, 0.446, 0.734, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.446 std_dev=0.288
O2 B 0, 0.312, 0.602, 0.892, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.602 std_dev=0.290
OP1 A 0, 0.085, 0.376, 0.667, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.376 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.312, 0.605, 0.899, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.605 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.156, 0.462, 0.769, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.462 std_dev=0.306
OP2 B 0, 0.157, 0.464, 0.771, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.464 std_dev=0.307
OP1 B 0, 0.176, 0.484, 0.792, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.484 std_dev=0.308
C6 B 0, 0.348, 0.666, 0.984, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.666 std_dev=0.318
O3' B 0, 0.134, 0.458, 0.782, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.458 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.364, 0.707, 1.050, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.707 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.400, 0.758, 1.115, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.758 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.403, 0.771, 1.139, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.771 std_dev=0.368
O4 B 0, 0.443, 0.865, 1.287, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.865 std_dev=0.422

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.08 0.11 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.13 0.12 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05
C2 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.15 0.06 0.15 0.11 0.11 0.13 0.11 0.07 0.12 0.10 0.07 0.06 0.05 0.04
C2' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.11 0.11 0.08 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05
C3' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.12 0.11 0.08 0.11 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05
C4 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.06 0.11 0.07 0.08 0.12 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04
C4' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.13 0.12 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05
C5 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.13 0.06 0.13 0.07 0.09 0.12 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05
C5' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.14 0.12 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05
C6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.15 0.07 0.14 0.08 0.09 0.12 0.09 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06
C8 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.12 0.06 0.11 0.06 0.11 0.14 0.10 0.07 0.13 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05
N1 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.07 0.16 0.07 0.15 0.10 0.10 0.12 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05
N3 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.12 0.05 0.12 0.09 0.10 0.13 0.11 0.07 0.10 0.09 0.06 0.06 0.05 0.04
N6 0.07 0.09 0.07 0.07 0.13 0.07 0.17 0.08 0.15 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.14 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08
N7 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.14 0.06 0.12 0.07 0.11 0.14 0.10 0.07 0.14 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06
N9 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.13 0.11 0.08 0.11 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04
O2' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07
O3' 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.07 0.10 0.12 0.11 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06
O4' 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.15 0.12 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05
O5' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.15 0.13 0.09 0.11 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06
OP1 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.15 0.13 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07
OP2 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.16 0.12 0.16 0.11 0.11 0.15 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09
P 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.08 0.10 0.15 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.09 0.10 0.13 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.13 0.16 0.19 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.13 0.15 0.17 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.11 0.12 0.12 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.11 0.13 0.17 0.13
O2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.02 0.00 0.09 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.13 0.17 0.21 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.07 0.02 0.03 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.06 0.06 0.16 0.04 0.15 0.03 0.12 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07 0.17 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.05 0.04 0.19 0.02 0.17 0.01 0.12 0.10 0.17 0.12 0.04 0.05 0.21 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.03 0.15 0.01 0.15 0.01 0.12 0.08 0.13 0.08 0.03 0.04 0.17 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00