ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53671

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 2, 8, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.029, 0.070, 0.110, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.070 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.039, 0.084, 0.129, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.084 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.060, 0.117, 0.174, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.117 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.062, 0.124, 0.185, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.124 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.040, 0.114, 0.188, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.114 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.090, 0.181, 0.271, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.181 std_dev=0.090
O5' A 0, 0.113, 0.213, 0.314, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.213 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.101, 0.203, 0.306, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.203 std_dev=0.103
OP2 A 0, 0.139, 0.272, 0.405, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.272 std_dev=0.133
P A 0, 0.119, 0.254, 0.388, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.254 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.113, 0.278, 0.443, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.278 std_dev=0.165
O4' B 0, 0.111, 0.279, 0.447, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.279 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.082, 0.251, 0.420, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.251 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.087, 0.262, 0.437, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.262 std_dev=0.175
O2 B 0, 0.087, 0.269, 0.452, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.269 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.064, 0.261, 0.459, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.261 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.073, 0.271, 0.469, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.271 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.086, 0.289, 0.492, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.289 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.093, 0.310, 0.528, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.310 std_dev=0.217
C3' B 0, 0.063, 0.296, 0.530, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.296 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.075, 0.323, 0.571, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.323 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.106, 0.355, 0.603, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.355 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.043, 0.292, 0.542, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.292 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.131, 0.428, 0.726, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.428 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.040, 0.345, 0.651, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.345 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.118, 0.440, 0.763, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.440 std_dev=0.322
OP1 B 0, 0.048, 0.373, 0.698, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.373 std_dev=0.325
P B 0, 0.017, 0.348, 0.679, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.348 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.134, 0.487, 0.840, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.487 std_dev=0.353
OP2 B 0, 0.037, 0.409, 0.781, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.409 std_dev=0.372
O4 B 0, 0.122, 0.500, 0.878, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.500 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.10 0.09 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.09 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.08 0.11 0.12 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.11 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.06 0.08 0.02 0.11 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.12 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06
C2 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.09 0.10 0.10 0.11 0.07 0.05 0.05 0.12 0.10 0.06 0.11 0.10 0.11 0.06 0.07
C2' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.07
C3' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.13 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.08
C4 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.09 0.10 0.06 0.07
C4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.11 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.05 0.06
C5 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.10 0.10 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.07 0.08
C5' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.06 0.07
C6 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.08 0.11 0.10 0.12 0.07 0.05 0.06 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.12 0.07 0.08
C8 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.10 0.06 0.07
N1 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.12 0.08 0.05 0.05 0.11 0.10 0.07 0.11 0.11 0.12 0.07 0.08
N3 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.10 0.06 0.07
N6 0.07 0.04 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.11 0.12 0.08 0.05 0.06 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.08 0.09
N7 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.10 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.07 0.08
N9 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.06 0.07
O2' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07 0.08
O3' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.11 0.07 0.08
O4' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06
O5' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.07 0.09
OP1 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.09 0.11
OP2 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.09 0.14 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.13 0.16 0.11 0.12
P 0.08 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.07 0.10 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.14 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.07 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.11 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.11 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.09 0.12 0.09
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.06 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.11 0.13 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.11 0.04 0.11 0.04 0.08 0.05 0.09 0.05 0.04 0.07 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.05 0.05 0.14 0.03 0.13 0.01 0.09 0.08 0.12 0.09 0.05 0.07 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.05 0.09 0.05 0.03 0.05 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00