ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53673

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 8, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.014, 0.021, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.020, 0.028, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.028 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.033, 0.045, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.045 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.029, 0.041, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.038, 0.051, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.051 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.027, 0.042, 0.057, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.034, 0.049, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.049 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.044, 0.061, 0.079, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.061 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.047, 0.069, 0.091, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.069 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.068, 0.093, 0.118, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.093 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.059, 0.087, 0.116, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.087 std_dev=0.028
O4' B 0, 0.231, 0.448, 0.665, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.448 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.605, 0.824, 1.042, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.824 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.543, 0.815, 1.087, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.815 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.722, 1.079, 1.437, 1.433 max_d=1.433 avg_d=1.079 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.757, 1.150, 1.544, 1.586 max_d=1.586 avg_d=1.150 std_dev=0.394
C3' A 0, 1.321, 1.928, 2.535, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.928 std_dev=0.607
C2' A 0, 1.561, 2.333, 3.105, 2.642 max_d=2.642 avg_d=2.333 std_dev=0.772
O4' A 0, 1.572, 2.351, 3.130, 2.677 max_d=2.677 avg_d=2.351 std_dev=0.779
C4' B 0, 1.827, 2.680, 3.532, 3.442 max_d=3.442 avg_d=2.680 std_dev=0.853
C4' A 0, 1.933, 2.870, 3.807, 3.279 max_d=3.279 avg_d=2.870 std_dev=0.937
C3' B 0, 2.208, 3.311, 4.413, 4.080 max_d=4.080 avg_d=3.311 std_dev=1.103
N1 B 0, 2.182, 3.291, 4.401, 3.882 max_d=3.882 avg_d=3.291 std_dev=1.110
C5' B 0, 2.778, 4.084, 5.390, 4.987 max_d=4.987 avg_d=4.084 std_dev=1.306
O2' A 0, 2.634, 3.960, 5.286, 4.476 max_d=4.476 avg_d=3.960 std_dev=1.326
C6 B 0, 3.196, 4.563, 5.929, 5.214 max_d=5.214 avg_d=4.563 std_dev=1.367
O3' B 0, 3.082, 4.633, 6.184, 5.543 max_d=5.543 avg_d=4.633 std_dev=1.551
O5' B 0, 3.349, 4.905, 6.462, 5.702 max_d=5.702 avg_d=4.905 std_dev=1.556
C2 B 0, 3.629, 5.256, 6.884, 5.977 max_d=5.977 avg_d=5.256 std_dev=1.628
O2 B 0, 4.175, 5.832, 7.489, 6.582 max_d=6.582 avg_d=5.832 std_dev=1.657
C5' A 0, 3.479, 5.228, 6.977, 5.895 max_d=5.895 avg_d=5.228 std_dev=1.749
C5 B 0, 4.796, 6.924, 9.052, 7.834 max_d=7.834 avg_d=6.924 std_dev=2.128
O5' A 0, 4.373, 6.537, 8.700, 7.376 max_d=7.376 avg_d=6.537 std_dev=2.163
N3 B 0, 4.948, 7.330, 9.712, 8.326 max_d=8.326 avg_d=7.330 std_dev=2.382
P B 0, 5.106, 7.592, 10.078, 8.716 max_d=8.716 avg_d=7.592 std_dev=2.486
C4 B 0, 5.450, 8.177, 10.904, 9.312 max_d=9.312 avg_d=8.177 std_dev=2.727
OP1 B 0, 5.908, 8.766, 11.625, 9.993 max_d=9.993 avg_d=8.766 std_dev=2.858
OP2 B 0, 5.849, 8.801, 11.753, 10.119 max_d=10.119 avg_d=8.801 std_dev=2.952
P A 0, 6.110, 9.198, 12.285, 10.353 max_d=10.353 avg_d=9.198 std_dev=3.087
OP2 A 0, 6.668, 10.028, 13.389, 11.294 max_d=11.294 avg_d=10.028 std_dev=3.360
OP1 A 0, 6.739, 10.157, 13.575, 11.493 max_d=11.493 avg_d=10.157 std_dev=3.418
O4 B 0, 6.922, 10.386, 13.850, 11.768 max_d=11.768 avg_d=10.386 std_dev=3.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.23 0.30 0.19 0.19
C2 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.38 0.00 0.71 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.09 0.32 0.38 0.52 0.53 0.60
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.39 0.19 0.22
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.11 0.14 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.28 0.04 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.18 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.05 0.16 0.07 0.08 0.09 0.09
C4' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.18 0.00 0.07 0.01 0.16 0.18 0.29 0.37 0.11 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.07 0.27 0.24 0.28 0.19
C5' 0.03 0.71 0.03 0.01 0.32 0.01 0.16 0.00 0.31 0.28 0.55 0.66 0.22 0.16 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.12 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.16 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.13 0.12 0.08 0.12 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.18 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.14 0.04 0.16 0.70 0.72 0.75 0.69
N1 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.29 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.08 0.24 0.19 0.32 0.31 0.39
N3 0.02 0.00 0.05 0.14 0.00 0.37 0.01 0.66 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.33 0.33 0.40 0.44 0.50
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.04 0.09 0.23 0.18 0.26 0.15
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.10 0.61 0.63 0.70 0.60
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.33 0.35 0.32 0.28
O2' 0.02 0.32 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.03 0.16 0.14 0.26 0.30 0.12 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.19 0.42 0.22 0.24
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.20 0.05 0.04
O4' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.02 0.13 0.16 0.24 0.33 0.09 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.10 0.10
O5' 0.23 0.38 0.21 0.04 0.07 0.01 0.27 0.01 0.12 0.70 0.19 0.33 0.23 0.61 0.33 0.19 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.30 0.52 0.39 0.28 0.08 0.14 0.24 0.15 0.08 0.72 0.32 0.40 0.18 0.63 0.35 0.42 0.20 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.53 0.19 0.04 0.09 0.06 0.28 0.12 0.12 0.75 0.31 0.44 0.26 0.70 0.32 0.22 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.60 0.22 0.08 0.09 0.02 0.19 0.02 0.07 0.69 0.39 0.50 0.15 0.60 0.28 0.24 0.04 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.83 0.23 0.68 1.33 0.51 1.09 0.67 0.77 0.60 1.21 0.68 0.14 0.69 1.57 0.07 0.60 1.10 0.48 0.88
C2 0.15 0.27 0.25 0.36 0.31 0.31 0.28 0.59 0.24 0.21 0.32 0.29 0.10 0.07 0.34 0.11 0.80 1.39 0.76 1.10
C2' 0.08 0.67 0.36 0.88 1.20 0.79 0.95 0.95 0.61 0.43 1.07 0.53 0.20 0.92 1.47 0.32 0.81 1.22 0.69 1.07
C3' 0.22 0.57 0.53 1.09 1.24 0.96 0.96 1.02 0.54 0.32 1.04 0.39 0.43 1.26 1.58 0.47 0.79 1.09 0.54 0.96
C4 0.16 0.59 0.27 0.56 0.79 0.45 0.64 0.72 0.46 0.40 0.78 0.56 0.11 0.35 0.91 0.09 0.83 1.48 0.83 1.20
C4' 0.49 0.33 0.87 1.38 1.02 1.17 0.71 1.19 0.27 0.06 0.83 0.18 0.83 1.54 1.39 0.68 0.99 1.30 0.69 1.12
C5 0.17 0.50 0.27 0.49 0.62 0.42 0.48 0.77 0.35 0.33 0.64 0.53 0.10 0.21 0.71 0.10 0.96 1.75 1.08 1.41
C5' 1.11 0.24 1.48 2.02 0.44 1.82 0.10 1.83 0.37 0.56 0.30 0.39 1.37 2.16 0.84 1.32 1.62 1.84 1.28 1.70
C6 0.17 0.32 0.25 0.37 0.31 0.34 0.25 0.73 0.21 0.21 0.36 0.40 0.11 0.07 0.35 0.11 1.00 1.85 1.17 1.46
C8 0.18 0.71 0.27 0.62 1.01 0.51 0.79 0.81 0.55 0.48 0.98 0.66 0.11 0.45 1.20 0.09 0.88 1.61 0.97 1.31
N1 0.16 0.20 0.24 0.29 0.17 0.28 0.17 0.64 0.16 0.15 0.20 0.27 0.12 0.14 0.17 0.12 0.93 1.69 1.02 1.32
N3 0.15 0.50 0.26 0.52 0.68 0.40 0.57 0.63 0.43 0.36 0.66 0.46 0.11 0.32 0.76 0.09 0.72 1.26 0.63 1.01
N6 0.18 0.26 0.24 0.31 0.20 0.31 0.17 0.74 0.16 0.17 0.26 0.37 0.13 0.15 0.21 0.12 1.06 1.99 1.33 1.57
N7 0.18 0.59 0.27 0.55 0.77 0.47 0.59 0.82 0.42 0.39 0.78 0.60 0.10 0.29 0.91 0.10 0.98 1.80 1.14 1.46
N9 0.17 0.73 0.27 0.63 1.06 0.50 0.85 0.75 0.60 0.50 1.02 0.65 0.12 0.52 1.25 0.08 0.78 1.41 0.76 1.14
O2' 0.38 0.97 0.15 0.45 1.46 0.42 1.28 0.60 0.97 0.79 1.32 0.81 0.33 0.50 1.69 0.14 0.45 0.87 0.39 0.74
O3' 0.22 0.94 0.13 0.64 1.69 0.49 1.46 0.50 1.03 0.75 1.42 0.67 0.13 0.87 2.03 0.07 0.25 0.54 0.12 0.38
O4' 0.22 0.52 0.65 1.08 1.11 0.84 0.83 0.93 0.46 0.27 0.97 0.36 0.63 1.14 1.42 0.38 0.83 1.27 0.60 1.03
O5' 1.17 0.26 1.44 2.04 0.32 1.94 0.09 1.95 0.50 0.62 0.24 0.35 1.26 2.25 0.69 1.44 1.66 1.79 1.36 1.73
OP1 1.75 0.78 1.84 2.42 0.22 2.47 0.64 2.36 1.09 1.20 0.32 0.82 1.63 2.75 0.22 2.06 1.96 1.92 1.54 1.90
OP2 1.76 0.80 1.91 2.56 0.40 2.72 0.84 2.80 1.24 1.26 0.40 0.75 1.52 2.61 0.10 2.20 2.42 2.42 2.19 2.47
P 1.75 0.77 1.93 2.55 0.25 2.55 0.67 2.51 1.11 1.20 0.32 0.79 1.66 2.79 0.16 2.08 2.16 2.18 1.81 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.19 0.07
C2 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.02 0.01 0.06 0.07 0.35 0.20 0.07
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.03 0.16 0.01 0.08 0.26 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.11 0.23 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.05 0.15 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.10 0.06 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.13 0.15 0.49 0.22
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.09 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.00 0.05 0.29 0.17 0.67 0.43
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.13 0.03 0.05 0.11 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.20 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.16 0.10 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.07 0.31 0.21 0.60 0.41
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.10 0.33 0.13
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.04 0.04 0.34 0.29 0.04
O2 0.03 0.00 0.26 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.03 0.01 0.11 0.20 0.53 0.07 0.25
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.03 0.15 0.03 0.10 0.34 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.15 0.28 0.09
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.07 0.09
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.13 0.18 0.52 0.22
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
O5' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.13 0.01 0.29 0.01 0.31 0.10 0.04 0.20 0.06 0.03 0.13 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.35 0.11 0.10 0.15 0.14 0.17 0.20 0.21 0.10 0.34 0.53 0.15 0.12 0.18 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.20 0.23 0.06 0.49 0.08 0.67 0.18 0.60 0.33 0.29 0.07 0.28 0.07 0.52 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.07 0.08 0.22 0.02 0.43 0.01 0.41 0.13 0.04 0.25 0.09 0.09 0.22 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00