ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53674

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 4, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.028, 0.050, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.050 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.035, 0.060, 0.086, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.060 std_dev=0.026
O4' A 0, -0.002, 0.065, 0.132, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.065 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.019, 0.110, 0.201, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.110 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.023, 0.121, 0.220, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.121 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.048, 0.164, 0.279, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.164 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.037, 0.159, 0.281, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.159 std_dev=0.122
O2' B 0, 0.217, 0.359, 0.502, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.359 std_dev=0.143
C2' B 0, 0.246, 0.400, 0.553, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.400 std_dev=0.154
O4' B 0, 0.262, 0.421, 0.579, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.421 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.266, 0.431, 0.597, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.431 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.212, 0.381, 0.550, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.381 std_dev=0.169
C3' B 0, 0.224, 0.398, 0.571, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.398 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.107, 0.281, 0.455, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.281 std_dev=0.174
C5' A 0, 0.033, 0.209, 0.385, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.209 std_dev=0.176
O3' A 0, 0.051, 0.237, 0.423, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.237 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.295, 0.496, 0.697, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.496 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.175, 0.387, 0.598, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.387 std_dev=0.211
OP1 A 0, 0.197, 0.414, 0.630, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.414 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.299, 0.525, 0.750, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.525 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.317, 0.547, 0.778, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.547 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.273, 0.510, 0.747, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.510 std_dev=0.237
O2 B 0, 0.271, 0.511, 0.751, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.511 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.328, 0.594, 0.860, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.594 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.152, 0.430, 0.707, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.430 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.330, 0.614, 0.898, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.614 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.342, 0.644, 0.946, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.644 std_dev=0.302
P B 0, 0.215, 0.555, 0.894, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.555 std_dev=0.340
O4 B 0, 0.374, 0.736, 1.099, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.736 std_dev=0.363
P A 0, 0.041, 0.453, 0.865, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.453 std_dev=0.412
OP1 B 0, 0.124, 0.625, 1.126, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.625 std_dev=0.501
OP2 B 0, 0.109, 0.645, 1.182, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.645 std_dev=0.537
OP2 A 0, -0.128, 0.659, 1.446, 3.680 max_d=3.680 avg_d=0.659 std_dev=0.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.08 0.22 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.19 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.25 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.08 0.23 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.10 0.31 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.09 0.11 0.32 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.34 0.13
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.08 0.09 0.27 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.07 0.19 0.07
N6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.13 0.37 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.39 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.22 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.21 0.06
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.37 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.10 0.05
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.03 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.10 0.09 0.07 0.13 0.12 0.07 0.04 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.22 0.19 0.25 0.23 0.14 0.31 0.13 0.32 0.34 0.27 0.19 0.37 0.39 0.22 0.21 0.37 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.10 0.07 0.13 0.14 0.08 0.06 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.08 0.08 0.19 0.16 0.16 0.22 0.14 0.13 0.20 0.20 0.10 0.13 0.22 0.14 0.13 0.50 0.11 0.20
C2 0.13 0.16 0.12 0.08 0.14 0.14 0.13 0.24 0.12 0.13 0.16 0.18 0.16 0.10 0.15 0.11 0.13 0.50 0.15 0.21
C2' 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.22 0.07 0.26 0.07 0.07 0.11 0.14 0.13 0.18 0.11 0.17 0.12 0.42 0.10 0.11
C3' 0.11 0.08 0.13 0.18 0.08 0.25 0.06 0.30 0.08 0.07 0.09 0.12 0.18 0.25 0.10 0.18 0.13 0.42 0.10 0.11
C4 0.10 0.16 0.09 0.08 0.16 0.16 0.14 0.25 0.13 0.13 0.18 0.19 0.12 0.13 0.18 0.12 0.13 0.55 0.18 0.24
C4' 0.08 0.13 0.08 0.12 0.16 0.20 0.13 0.25 0.10 0.09 0.16 0.15 0.13 0.20 0.19 0.15 0.11 0.49 0.10 0.18
C5 0.11 0.16 0.09 0.09 0.16 0.16 0.14 0.27 0.13 0.13 0.17 0.18 0.12 0.15 0.17 0.11 0.15 0.60 0.27 0.30
C5' 0.08 0.12 0.09 0.13 0.16 0.20 0.13 0.25 0.11 0.09 0.16 0.14 0.14 0.22 0.19 0.14 0.11 0.52 0.12 0.21
C6 0.12 0.15 0.10 0.10 0.15 0.15 0.14 0.28 0.13 0.13 0.16 0.17 0.14 0.14 0.15 0.10 0.16 0.62 0.32 0.33
C8 0.10 0.17 0.08 0.09 0.18 0.16 0.15 0.26 0.13 0.13 0.19 0.19 0.10 0.16 0.20 0.12 0.14 0.59 0.23 0.28
N1 0.13 0.15 0.12 0.10 0.14 0.14 0.13 0.27 0.12 0.13 0.15 0.17 0.16 0.12 0.14 0.10 0.15 0.58 0.27 0.29
N3 0.11 0.17 0.10 0.07 0.16 0.15 0.14 0.22 0.13 0.13 0.18 0.19 0.13 0.10 0.17 0.12 0.13 0.49 0.12 0.20
N6 0.13 0.15 0.11 0.11 0.14 0.14 0.14 0.29 0.13 0.13 0.15 0.17 0.15 0.16 0.15 0.11 0.19 0.66 0.43 0.39
N7 0.10 0.16 0.08 0.10 0.17 0.16 0.15 0.28 0.13 0.13 0.18 0.18 0.11 0.16 0.18 0.11 0.15 0.62 0.29 0.32
N9 0.10 0.17 0.08 0.08 0.18 0.16 0.15 0.24 0.13 0.13 0.19 0.19 0.10 0.13 0.20 0.12 0.13 0.55 0.17 0.24
O2' 0.09 0.13 0.08 0.08 0.12 0.17 0.09 0.21 0.09 0.09 0.15 0.17 0.10 0.11 0.14 0.16 0.13 0.39 0.15 0.11
O3' 0.17 0.11 0.18 0.22 0.08 0.29 0.10 0.32 0.12 0.13 0.10 0.13 0.23 0.29 0.08 0.22 0.17 0.36 0.15 0.09
O4' 0.10 0.19 0.08 0.08 0.22 0.16 0.19 0.22 0.16 0.14 0.22 0.20 0.10 0.14 0.25 0.14 0.15 0.54 0.14 0.23
O5' 0.08 0.12 0.10 0.16 0.14 0.22 0.12 0.28 0.09 0.09 0.15 0.14 0.15 0.25 0.17 0.13 0.09 0.53 0.15 0.21
OP1 0.08 0.12 0.12 0.17 0.13 0.22 0.10 0.29 0.09 0.08 0.14 0.15 0.16 0.26 0.16 0.14 0.09 0.55 0.16 0.23
OP2 0.23 0.27 0.28 0.30 0.25 0.26 0.23 0.27 0.22 0.24 0.27 0.31 0.31 0.39 0.26 0.22 0.26 0.77 0.41 0.46
P 0.11 0.16 0.16 0.20 0.18 0.22 0.15 0.27 0.13 0.13 0.18 0.18 0.20 0.31 0.21 0.13 0.12 0.60 0.23 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.21 0.16 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.10 0.11 0.36 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00 0.11 0.19 0.13 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.06 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.16 0.11 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.15 0.17 0.56 0.28
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.21 0.10 0.08
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.16 0.20 0.57 0.30
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.16 0.00 0.17 0.00 0.15 0.09 0.13 0.06 0.04 0.02 0.17 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.14 0.12 0.44 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.10 0.33 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.13 0.11 0.47 0.21
O2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.08 0.17 0.29 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.35 0.06 0.11
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.13 0.16 0.11 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.16 0.22 0.62 0.32
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.24 0.09 0.07
O5' 0.05 0.10 0.11 0.16 0.15 0.01 0.16 0.01 0.14 0.10 0.13 0.08 0.04 0.13 0.16 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.11 0.19 0.11 0.17 0.21 0.20 0.05 0.12 0.10 0.11 0.17 0.35 0.16 0.22 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.36 0.13 0.10 0.56 0.10 0.57 0.15 0.44 0.33 0.47 0.29 0.06 0.11 0.62 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.05 0.09 0.28 0.08 0.30 0.01 0.22 0.13 0.21 0.09 0.11 0.08 0.32 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00