ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53675

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 3, 0, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.024, 0.045, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.020, 0.042, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.035, 0.062, 0.090, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.062 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.027, 0.060, 0.092, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.060 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.030, 0.068, 0.107, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.068 std_dev=0.039
C1' B 0, 0.253, 0.458, 0.663, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.458 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.259, 0.464, 0.669, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.464 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.287, 0.513, 0.738, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.513 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.250, 0.475, 0.701, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.475 std_dev=0.226
C5' B 0, 0.380, 0.613, 0.845, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.613 std_dev=0.233
C3' B 0, 0.318, 0.579, 0.840, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.579 std_dev=0.261
N1 B 0, 0.308, 0.591, 0.874, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.591 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.402, 0.699, 0.996, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.699 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.227, 0.568, 0.909, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.568 std_dev=0.341
C2' A 0, -0.021, 0.327, 0.675, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.327 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.293, 0.658, 1.024, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.658 std_dev=0.366
O4' A 0, -0.093, 0.298, 0.689, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.298 std_dev=0.391
O2' A 0, 0.039, 0.441, 0.843, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.441 std_dev=0.402
O2 B 0, 0.239, 0.642, 1.045, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.642 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.342, 0.751, 1.159, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.751 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.291, 0.770, 1.248, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.770 std_dev=0.479
N3 B 0, 0.330, 0.845, 1.361, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.845 std_dev=0.516
P B 0, 0.386, 0.938, 1.491, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.938 std_dev=0.552
C3' A 0, -0.070, 0.511, 1.093, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.511 std_dev=0.581
C5 B 0, 0.371, 0.973, 1.574, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.973 std_dev=0.602
C4' A 0, -0.144, 0.498, 1.141, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.498 std_dev=0.642
C4 B 0, 0.369, 1.018, 1.668, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.018 std_dev=0.650
OP1 B 0, 0.381, 1.059, 1.737, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.059 std_dev=0.678
O3' A 0, -0.035, 0.690, 1.415, 2.432 max_d=2.432 avg_d=0.690 std_dev=0.725
OP2 B 0, 0.385, 1.186, 1.988, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.186 std_dev=0.802
O4 B 0, 0.415, 1.248, 2.081, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.248 std_dev=0.833
C5' A 0, -0.292, 0.842, 1.976, 3.685 max_d=3.685 avg_d=0.842 std_dev=1.134
O5' A 0, -0.184, 1.200, 2.584, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.200 std_dev=1.384
P A 0, -0.089, 1.754, 3.598, 5.587 max_d=5.587 avg_d=1.754 std_dev=1.843
OP2 A 0, 0.016, 1.922, 3.829, 5.820 max_d=5.820 avg_d=1.922 std_dev=1.906
OP1 A 0, -0.129, 2.079, 4.286, 6.643 max_d=6.643 avg_d=2.079 std_dev=2.208

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.10 0.18 0.13
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.11 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.24 0.20 0.17 0.19 0.45 0.24
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.13 0.03 0.08 0.02 0.12 0.07 0.17 0.21 0.10 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.16 0.23 0.11 0.14
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.20 0.01 0.26 0.02 0.28 0.21 0.25 0.18 0.30 0.26 0.16 0.03 0.02 0.02 0.22 0.31 0.13 0.20
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.21 0.10 0.27 0.29 0.46 0.33
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.08 0.24 0.05 0.12 0.13 0.23 0.08 0.14 0.04 0.01 0.02 0.13 0.14 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.26 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.28 0.03 0.45 0.51 0.69 0.54
C5' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.07 0.01 0.21 0.00 0.17 0.38 0.07 0.13 0.25 0.38 0.14 0.13 0.07 0.02 0.01 0.14 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.28 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.31 0.07 0.43 0.51 0.74 0.54
C8 0.02 0.02 0.07 0.21 0.01 0.24 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.22 0.15 0.58 0.60 0.63 0.62
N1 0.04 0.01 0.17 0.25 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.29 0.15 0.30 0.34 0.61 0.39
N3 0.04 0.01 0.21 0.18 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.20 0.20 0.13 0.14 0.35 0.19
N6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.01 0.13 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.34 0.05 0.54 0.67 0.90 0.67
N7 0.03 0.01 0.05 0.26 0.01 0.23 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.16 0.28 0.10 0.63 0.71 0.83 0.73
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.15 0.01 0.29 0.29 0.38 0.33
O2' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.08 0.14 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12 0.11 0.15 0.16 0.08 0.00 0.06 0.12 0.12 0.22 0.08 0.11
O3' 0.03 0.24 0.03 0.02 0.21 0.04 0.28 0.07 0.31 0.22 0.29 0.20 0.34 0.28 0.15 0.06 0.00 0.03 0.22 0.39 0.22 0.25
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.03 0.02 0.07 0.15 0.15 0.20 0.05 0.10 0.01 0.12 0.03 0.00 0.07 0.08 0.24 0.14
O5' 0.08 0.17 0.16 0.22 0.27 0.02 0.45 0.01 0.43 0.58 0.30 0.13 0.54 0.63 0.29 0.12 0.22 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.19 0.23 0.31 0.29 0.13 0.51 0.14 0.51 0.60 0.34 0.14 0.67 0.71 0.29 0.22 0.39 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.45 0.11 0.13 0.46 0.14 0.69 0.21 0.74 0.63 0.61 0.35 0.90 0.83 0.38 0.08 0.22 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.14 0.20 0.33 0.03 0.54 0.02 0.54 0.62 0.39 0.19 0.67 0.73 0.33 0.11 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.39 0.17 0.22 0.55 0.21 0.51 0.22 0.41 0.34 0.50 0.34 0.33 0.41 0.62 0.25 0.19 0.21 0.36 0.27
C2 0.17 0.22 0.21 0.25 0.31 0.23 0.32 0.23 0.29 0.23 0.27 0.18 0.32 0.38 0.33 0.22 0.18 0.21 0.28 0.24
C2' 0.52 0.77 0.32 0.26 0.88 0.30 0.81 0.33 0.71 0.68 0.86 0.74 0.25 0.23 0.95 0.50 0.39 0.31 0.58 0.47
C3' 0.47 0.65 0.33 0.28 0.74 0.32 0.68 0.34 0.61 0.58 0.73 0.64 0.26 0.21 0.80 0.45 0.37 0.33 0.52 0.44
C4 0.18 0.30 0.18 0.24 0.40 0.23 0.38 0.24 0.33 0.27 0.36 0.26 0.29 0.41 0.44 0.23 0.18 0.24 0.29 0.24
C4' 0.17 0.32 0.14 0.19 0.47 0.21 0.42 0.23 0.33 0.27 0.42 0.27 0.24 0.33 0.54 0.21 0.18 0.23 0.30 0.23
C5 0.16 0.25 0.19 0.29 0.32 0.26 0.31 0.28 0.27 0.22 0.30 0.23 0.26 0.46 0.35 0.21 0.22 0.31 0.25 0.25
C5' 0.18 0.30 0.13 0.18 0.43 0.22 0.39 0.25 0.32 0.26 0.39 0.26 0.18 0.28 0.49 0.22 0.21 0.27 0.27 0.23
C6 0.18 0.20 0.23 0.33 0.26 0.30 0.27 0.32 0.25 0.20 0.23 0.19 0.25 0.47 0.27 0.22 0.27 0.36 0.27 0.28
C8 0.18 0.33 0.17 0.26 0.43 0.24 0.39 0.26 0.32 0.28 0.40 0.31 0.26 0.45 0.48 0.22 0.20 0.29 0.27 0.24
N1 0.18 0.20 0.23 0.31 0.25 0.28 0.27 0.28 0.25 0.21 0.22 0.18 0.27 0.43 0.26 0.22 0.23 0.28 0.25 0.25
N3 0.18 0.29 0.19 0.22 0.41 0.22 0.40 0.23 0.35 0.28 0.36 0.24 0.33 0.37 0.44 0.24 0.18 0.21 0.32 0.26
N6 0.21 0.20 0.26 0.38 0.25 0.35 0.28 0.40 0.27 0.22 0.22 0.19 0.23 0.51 0.26 0.25 0.37 0.48 0.35 0.38
N7 0.17 0.27 0.19 0.29 0.34 0.26 0.32 0.29 0.27 0.23 0.32 0.26 0.25 0.48 0.38 0.21 0.23 0.34 0.26 0.26
N9 0.20 0.36 0.16 0.23 0.48 0.22 0.44 0.23 0.37 0.31 0.44 0.32 0.29 0.42 0.53 0.24 0.18 0.24 0.32 0.25
O2' 0.35 0.65 0.19 0.20 0.83 0.19 0.73 0.20 0.60 0.54 0.80 0.61 0.33 0.43 0.93 0.34 0.25 0.19 0.46 0.33
O3' 0.54 0.73 0.40 0.34 0.82 0.37 0.75 0.39 0.67 0.65 0.81 0.72 0.32 0.23 0.88 0.50 0.42 0.36 0.57 0.49
O4' 0.17 0.23 0.26 0.32 0.39 0.30 0.36 0.29 0.28 0.20 0.33 0.17 0.39 0.48 0.46 0.23 0.22 0.26 0.26 0.21
O5' 0.25 0.32 0.21 0.23 0.39 0.27 0.36 0.32 0.33 0.29 0.37 0.32 0.21 0.24 0.43 0.28 0.25 0.36 0.32 0.32
OP1 0.24 0.31 0.23 0.26 0.37 0.30 0.33 0.36 0.29 0.27 0.37 0.33 0.25 0.27 0.42 0.27 0.28 0.45 0.29 0.34
OP2 0.51 0.47 0.52 0.56 0.46 0.59 0.50 0.66 0.52 0.50 0.46 0.48 0.51 0.54 0.45 0.56 0.60 0.76 0.63 0.68
P 0.28 0.28 0.27 0.32 0.31 0.36 0.31 0.43 0.30 0.28 0.30 0.28 0.28 0.32 0.33 0.33 0.34 0.50 0.36 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.12 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.03 0.17 0.18 0.18 0.15
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.13 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.13 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.05 0.14 0.08 0.06
C4 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.03 0.23 0.25 0.26 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.11 0.04 0.02
C5 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04 0.25 0.25 0.25 0.24
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.08 0.04 0.03 0.15 0.03 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.04 0.21 0.20 0.17 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.16 0.17 0.15 0.13
N3 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.01 0.02 0.21 0.22 0.22 0.20
O2 0.06 0.01 0.13 0.12 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.14 0.14 0.03 0.05 0.16 0.17 0.16 0.13
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.14 0.00 0.07 0.05 0.04 0.04 0.13 0.07 0.05
O3' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.09 0.04 0.08 0.14 0.07 0.00 0.10 0.03 0.12 0.17 0.12 0.11
O4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.10 0.00 0.04 0.25 0.27 0.29 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.11 0.10 0.14 0.10
O5' 0.10 0.17 0.04 0.05 0.23 0.02 0.25 0.01 0.21 0.16 0.21 0.16 0.04 0.12 0.25 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.12 0.18 0.13 0.14 0.25 0.11 0.25 0.10 0.20 0.17 0.22 0.17 0.13 0.17 0.27 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.18 0.08 0.08 0.26 0.04 0.25 0.02 0.17 0.15 0.22 0.16 0.07 0.12 0.29 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.05 0.06 0.23 0.02 0.24 0.02 0.18 0.13 0.20 0.13 0.05 0.11 0.26 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00