ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53676

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 5, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.028, 0.045, 0.062, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.045 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.023, 0.040, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.031, 0.053, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.053 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.037, 0.060, 0.082, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.060 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.048, 0.077, 0.105, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.077 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.043, 0.077, 0.112, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.077 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.053, 0.097, 0.141, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.097 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.528, 0.802, 1.077, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.802 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.626, 0.952, 1.279, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.952 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.517, 0.863, 1.209, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.863 std_dev=0.346
C2' A 0, -0.027, 0.319, 0.666, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.319 std_dev=0.346
O4' A 0, -0.047, 0.306, 0.659, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.306 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.664, 1.073, 1.483, 1.858 max_d=1.858 avg_d=1.073 std_dev=0.409
C3' B 0, 0.781, 1.209, 1.637, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.209 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.166, 0.627, 1.088, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.627 std_dev=0.461
C4' B 0, 0.717, 1.292, 1.868, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.292 std_dev=0.576
C3' A 0, -0.295, 0.287, 0.868, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.287 std_dev=0.582
C4' A 0, -0.305, 0.291, 0.888, 2.418 max_d=2.418 avg_d=0.291 std_dev=0.596
O3' B 0, 0.704, 1.331, 1.958, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.331 std_dev=0.627
N1 B 0, 0.029, 0.771, 1.513, 3.341 max_d=3.341 avg_d=0.771 std_dev=0.742
C5' A 0, -0.274, 0.485, 1.245, 3.180 max_d=3.180 avg_d=0.485 std_dev=0.760
O3' A 0, -0.323, 0.437, 1.197, 3.156 max_d=3.156 avg_d=0.437 std_dev=0.760
O5' A 0, 0.016, 0.861, 1.706, 3.819 max_d=3.819 avg_d=0.861 std_dev=0.845
C5' B 0, 0.521, 1.455, 2.389, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.455 std_dev=0.934
O5' B 0, 0.356, 1.293, 2.231, 4.423 max_d=4.423 avg_d=1.293 std_dev=0.937
C6 B 0, -0.225, 0.808, 1.841, 4.467 max_d=4.467 avg_d=0.808 std_dev=1.033
C2 B 0, -0.376, 0.790, 1.956, 4.943 max_d=4.943 avg_d=0.790 std_dev=1.166
P A 0, -0.223, 0.972, 2.166, 5.201 max_d=5.201 avg_d=0.972 std_dev=1.194
O2 B 0, -0.381, 0.922, 2.226, 5.560 max_d=5.560 avg_d=0.922 std_dev=1.303
OP1 A 0, -0.227, 1.091, 2.409, 5.730 max_d=5.730 avg_d=1.091 std_dev=1.318
C5 B 0, -0.722, 0.832, 2.387, 6.404 max_d=6.404 avg_d=0.832 std_dev=1.554
P B 0, -0.109, 1.449, 3.007, 6.920 max_d=6.920 avg_d=1.449 std_dev=1.558
N3 B 0, -0.791, 0.825, 2.442, 6.634 max_d=6.634 avg_d=0.825 std_dev=1.617
OP2 B 0, -0.319, 1.474, 3.266, 7.828 max_d=7.828 avg_d=1.474 std_dev=1.793
C4 B 0, -0.984, 0.820, 2.625, 7.312 max_d=7.312 avg_d=0.820 std_dev=1.804
OP1 B 0, -0.204, 1.640, 3.483, 8.120 max_d=8.120 avg_d=1.640 std_dev=1.843
OP2 A 0, -0.738, 1.169, 3.077, 7.986 max_d=7.986 avg_d=1.169 std_dev=1.908
O4 B 0, -1.327, 0.941, 3.210, 9.113 max_d=9.113 avg_d=0.941 std_dev=2.269

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.31 0.11 0.52 0.26
C2 0.04 0.00 0.22 0.21 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.15 0.33 0.38 0.81 0.46
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.11 0.12 0.09 0.18 0.21 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.36 0.17 0.37 0.29
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.20 0.00 0.25 0.01 0.27 0.19 0.25 0.17 0.30 0.24 0.15 0.02 0.01 0.01 0.07 0.17 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.08 0.36 0.44 0.82 0.49
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.04 0.05 0.09 0.12 0.05 0.19 0.02 0.00 0.02 0.38 0.15 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.25 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11 0.05 0.38 0.65 0.97 0.61
C5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.06 0.10 0.11 0.03 0.08 0.12 0.01 0.01 0.20 0.22 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.27 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.08 0.37 0.67 1.01 0.62
C8 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.09 0.08 0.42 0.68 0.93 0.63
N1 0.03 0.00 0.18 0.25 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.13 0.35 0.54 0.93 0.55
N3 0.04 0.00 0.21 0.17 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.15 0.33 0.30 0.73 0.41
N6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.18 0.06 0.37 0.80 1.09 0.68
N7 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.15 0.04 0.41 0.81 1.04 0.69
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.04 0.01 0.38 0.40 0.77 0.47
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.10 0.19 0.16 0.08 0.15 0.22 0.10 0.07 0.17 0.23 0.13 0.00 0.03 0.13 0.13 0.21 0.08 0.07
O3' 0.18 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.11 0.12 0.13 0.09 0.09 0.11 0.18 0.15 0.04 0.03 0.00 0.14 0.29 0.53 0.41 0.40
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.08 0.13 0.15 0.06 0.04 0.01 0.13 0.14 0.00 0.20 0.20 0.48 0.15
O5' 0.31 0.33 0.36 0.07 0.36 0.02 0.38 0.01 0.37 0.42 0.35 0.33 0.37 0.41 0.38 0.13 0.29 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.38 0.17 0.17 0.44 0.38 0.65 0.20 0.67 0.68 0.54 0.30 0.80 0.81 0.40 0.21 0.53 0.20 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.81 0.37 0.07 0.82 0.15 0.97 0.22 1.01 0.93 0.93 0.73 1.09 1.04 0.77 0.08 0.41 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.46 0.29 0.05 0.49 0.11 0.61 0.01 0.62 0.63 0.55 0.41 0.68 0.69 0.47 0.07 0.40 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 1.02 0.14 0.18 1.13 0.52 0.75 0.76 0.48 0.58 1.27 1.17 0.13 0.14 1.33 0.26 0.52 0.94 0.34 0.65
C2 0.19 0.86 0.12 0.13 1.03 0.41 0.82 0.45 0.60 0.58 1.06 0.85 0.12 0.10 1.15 0.19 0.17 0.36 0.20 0.18
C2' 0.21 0.76 0.30 0.47 0.81 0.83 0.40 1.12 0.19 0.29 1.00 0.97 0.32 0.27 1.02 0.57 0.93 1.38 0.77 1.09
C3' 0.23 0.65 0.27 0.39 0.67 0.79 0.29 1.08 0.16 0.23 0.85 0.86 0.26 0.20 0.87 0.59 0.93 1.36 0.81 1.10
C4 0.23 1.03 0.13 0.14 1.26 0.43 0.93 0.54 0.65 0.65 1.32 1.08 0.12 0.11 1.45 0.19 0.26 0.54 0.14 0.30
C4' 0.15 0.87 0.13 0.20 0.96 0.60 0.57 0.89 0.32 0.44 1.11 1.04 0.12 0.17 1.18 0.39 0.69 1.14 0.54 0.86
C5 0.25 1.07 0.14 0.12 1.46 0.34 1.14 0.38 0.81 0.72 1.44 1.00 0.12 0.12 1.70 0.14 0.10 0.30 0.34 0.11
C5' 0.14 0.89 0.12 0.19 1.05 0.58 0.64 0.86 0.37 0.45 1.16 1.02 0.11 0.16 1.29 0.38 0.64 1.08 0.46 0.80
C6 0.24 1.00 0.15 0.11 1.48 0.27 1.23 0.25 0.90 0.74 1.40 0.83 0.12 0.12 1.70 0.11 0.13 0.10 0.53 0.20
C8 0.25 1.11 0.14 0.14 1.45 0.40 1.07 0.52 0.73 0.71 1.48 1.13 0.12 0.12 1.72 0.17 0.24 0.54 0.17 0.28
N1 0.22 0.89 0.14 0.10 1.25 0.29 1.07 0.26 0.80 0.67 1.19 0.73 0.12 0.11 1.40 0.12 0.11 0.10 0.47 0.17
N3 0.20 0.92 0.13 0.16 1.03 0.48 0.75 0.61 0.52 0.56 1.13 1.01 0.13 0.11 1.18 0.23 0.33 0.61 0.15 0.38
N6 0.26 0.96 0.17 0.12 1.65 0.19 1.42 0.14 1.03 0.77 1.44 0.67 0.12 0.13 1.93 0.13 0.30 0.22 0.79 0.41
N7 0.26 1.11 0.15 0.12 1.56 0.33 1.21 0.39 0.84 0.75 1.53 1.04 0.12 0.12 1.85 0.13 0.10 0.33 0.35 0.12
N9 0.23 1.06 0.14 0.16 1.28 0.46 0.91 0.62 0.62 0.65 1.36 1.14 0.12 0.13 1.50 0.21 0.35 0.69 0.15 0.42
O2' 0.26 1.05 0.21 0.32 1.01 0.63 0.57 0.97 0.35 0.53 1.25 1.31 0.21 0.21 1.20 0.35 0.80 1.35 0.71 1.01
O3' 0.19 0.72 0.19 0.24 0.64 0.61 0.28 0.95 0.18 0.30 0.86 0.98 0.18 0.31 0.78 0.47 0.86 1.31 0.82 1.08
O4' 0.28 1.06 0.20 0.11 1.21 0.43 0.83 0.68 0.56 0.64 1.32 1.19 0.19 0.21 1.42 0.20 0.43 0.86 0.26 0.57
O5' 0.33 1.19 0.28 0.13 1.36 0.40 0.91 0.69 0.61 0.71 1.49 1.33 0.28 0.30 1.63 0.19 0.48 0.96 0.30 0.66
OP1 0.46 1.45 0.36 0.22 1.74 0.46 1.23 0.76 0.85 0.92 1.84 1.56 0.33 0.24 2.09 0.23 0.50 1.08 0.33 0.69
OP2 0.67 1.57 0.67 0.40 1.81 0.18 1.35 0.46 1.01 1.09 1.91 1.68 0.72 0.57 2.12 0.20 0.22 0.75 0.13 0.41
P 0.45 1.37 0.40 0.19 1.62 0.37 1.14 0.66 0.80 0.88 1.72 1.49 0.40 0.32 1.93 0.17 0.42 0.95 0.25 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.01 0.00 0.07 0.09 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.12 0.01 0.08 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01 0.26 0.25 0.31 0.27
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.21 0.00 0.19 0.02 0.16 0.13 0.18 0.09 0.02 0.00 0.23 0.02 0.07 0.08 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.01 0.02 0.17 0.15 0.14 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.03 0.08 0.18 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.01 0.07 0.20 0.16 0.14 0.16
C5' 0.03 0.05 0.10 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.10 0.02 0.03 0.10 0.08 0.13 0.09 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.06 0.01 0.09 0.16 0.12 0.10 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.01 0.09 0.09 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.04 0.01 0.06 0.12 0.11 0.11 0.09
O2 0.03 0.00 0.20 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.16 0.08 0.09 0.10 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.22 0.18 0.28 0.08 0.25 0.12 0.13 0.13 0.00 0.07 0.23 0.12 0.17 0.16 0.33 0.20
O3' 0.19 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.10 0.13 0.06 0.06 0.04 0.19 0.07 0.00 0.09 0.12 0.09 0.24 0.21 0.16
O4 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.09 0.00 0.02 0.19 0.17 0.17 0.16
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.06 0.16 0.12 0.12 0.02 0.00 0.10 0.11 0.06 0.06
O5' 0.07 0.08 0.26 0.07 0.17 0.01 0.20 0.01 0.16 0.09 0.12 0.08 0.17 0.09 0.19 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.08 0.25 0.08 0.15 0.09 0.16 0.11 0.12 0.09 0.11 0.09 0.16 0.24 0.17 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.10 0.31 0.07 0.14 0.03 0.14 0.03 0.10 0.10 0.11 0.10 0.33 0.21 0.17 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.27 0.04 0.14 0.01 0.16 0.01 0.11 0.07 0.09 0.08 0.20 0.16 0.16 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00