ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53677

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 3, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C2' B 0, 0.266, 0.696, 1.126, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.696 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.632, 1.104, 1.577, 1.608 max_d=1.608 avg_d=1.104 std_dev=0.472
C2' A 0, -0.226, 0.520, 1.266, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.520 std_dev=0.746
O4' A 0, -0.276, 0.488, 1.252, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.488 std_dev=0.764
C3' A 0, 0.444, 1.258, 2.073, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.258 std_dev=0.815
C4' A 0, 0.004, 0.833, 1.662, 3.202 max_d=3.202 avg_d=0.833 std_dev=0.829
C1' B 0, 0.821, 1.695, 2.569, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.695 std_dev=0.874
O2' A 0, 0.407, 1.423, 2.439, 4.396 max_d=4.396 avg_d=1.423 std_dev=1.016
O3' A 0, 0.941, 2.139, 3.336, 3.335 max_d=3.335 avg_d=2.139 std_dev=1.198
N1 B 0, 1.095, 2.293, 3.492, 3.418 max_d=3.418 avg_d=2.293 std_dev=1.198
C3' B 0, 0.788, 2.043, 3.299, 4.586 max_d=4.586 avg_d=2.043 std_dev=1.255
O4' B 0, 1.053, 2.543, 4.032, 5.577 max_d=5.577 avg_d=2.543 std_dev=1.490
C6 B 0, 1.037, 2.631, 4.225, 4.973 max_d=4.973 avg_d=2.631 std_dev=1.594
C4' B 0, 1.054, 2.747, 4.441, 5.860 max_d=5.860 avg_d=2.747 std_dev=1.694
C5' A 0, -0.201, 1.523, 3.247, 6.094 max_d=6.094 avg_d=1.523 std_dev=1.724
O5' A 0, 0.886, 2.746, 4.606, 6.876 max_d=6.876 avg_d=2.746 std_dev=1.860
C2 B 0, 1.103, 3.076, 5.049, 5.548 max_d=5.548 avg_d=3.076 std_dev=1.973
C5 B 0, 1.554, 3.605, 5.656, 5.899 max_d=5.899 avg_d=3.605 std_dev=2.051
O2 B 0, 0.908, 3.133, 5.358, 5.836 max_d=5.836 avg_d=3.133 std_dev=2.225
O3' B 0, 0.697, 2.929, 5.162, 5.923 max_d=5.923 avg_d=2.929 std_dev=2.233
P A 0, 1.067, 3.400, 5.734, 7.986 max_d=7.986 avg_d=3.400 std_dev=2.334
C5' B 0, 1.305, 3.834, 6.364, 8.774 max_d=8.774 avg_d=3.834 std_dev=2.529
O5' B 0, 1.086, 3.784, 6.481, 9.448 max_d=9.448 avg_d=3.784 std_dev=2.698
C4 B 0, 1.714, 4.419, 7.124, 7.445 max_d=7.445 avg_d=4.419 std_dev=2.705
OP1 A 0, 0.062, 2.768, 5.473, 10.227 max_d=10.227 avg_d=2.768 std_dev=2.706
N3 B 0, 1.406, 4.138, 6.871, 7.499 max_d=7.499 avg_d=4.138 std_dev=2.732
OP2 A 0, 1.868, 4.616, 7.363, 7.266 max_d=7.266 avg_d=4.616 std_dev=2.748
P B 0, 1.105, 4.574, 8.043, 12.452 max_d=12.452 avg_d=4.574 std_dev=3.469
O4 B 0, 1.961, 5.469, 8.977, 9.462 max_d=9.462 avg_d=5.469 std_dev=3.508
OP2 B 0, 0.860, 4.498, 8.135, 12.692 max_d=12.692 avg_d=4.498 std_dev=3.638
OP1 B 0, 1.689, 5.641, 9.594, 14.125 max_d=14.125 avg_d=5.641 std_dev=3.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.26 0.00 0.31 0.34 0.69 0.27
C2 0.05 0.00 0.28 0.31 0.01 0.39 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.54 0.31 0.46 0.66 1.28 1.23 0.90
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.20 0.12 0.15 0.21 0.28 0.09 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.23 0.25 0.41 0.21
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.33 0.33 0.33 0.28 0.37 0.35 0.21 0.03 0.02 0.02 0.24 0.34 0.32 0.17
C4 0.03 0.01 0.15 0.25 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.22 0.23 0.57 0.68 1.06 0.58
C4' 0.01 0.39 0.03 0.01 0.17 0.00 0.13 0.01 0.17 0.32 0.29 0.39 0.17 0.27 0.10 0.25 0.04 0.01 0.02 0.20 0.52 0.19
C5 0.02 0.01 0.08 0.31 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.29 0.24 0.08 0.80 0.54 1.31 0.72
C5' 0.08 0.63 0.20 0.02 0.23 0.01 0.23 0.00 0.26 0.57 0.45 0.59 0.28 0.50 0.19 0.13 0.19 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.33 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.27 0.18 0.76 0.73 1.41 0.76
C8 0.02 0.01 0.15 0.33 0.01 0.32 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.24 0.27 1.08 0.48 1.22 0.87
N1 0.05 0.01 0.21 0.33 0.02 0.29 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.46 0.28 0.34 0.66 1.06 1.32 0.80
N3 0.05 0.01 0.28 0.28 0.00 0.39 0.01 0.59 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.51 0.30 0.47 0.59 1.16 1.14 0.83
N6 0.04 0.02 0.09 0.37 0.02 0.17 0.02 0.28 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.34 0.31 0.12 0.89 0.69 1.63 0.89
N7 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.27 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.30 0.28 0.16 1.10 0.54 1.51 0.98
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.17 0.01 0.63 0.33 0.88 0.46
O2' 0.02 0.54 0.00 0.03 0.32 0.25 0.29 0.13 0.36 0.30 0.46 0.51 0.34 0.30 0.17 0.00 0.09 0.19 0.13 0.26 0.58 0.22
O3' 0.26 0.31 0.04 0.02 0.22 0.04 0.24 0.19 0.27 0.24 0.28 0.30 0.31 0.28 0.17 0.09 0.00 0.20 0.21 0.56 0.49 0.25
O4' 0.00 0.46 0.02 0.02 0.23 0.01 0.08 0.02 0.18 0.27 0.34 0.47 0.12 0.16 0.01 0.19 0.20 0.00 0.31 0.41 0.75 0.38
O5' 0.31 0.66 0.23 0.24 0.57 0.02 0.80 0.01 0.76 1.08 0.66 0.59 0.89 1.10 0.63 0.13 0.21 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.34 1.28 0.25 0.34 0.68 0.20 0.54 0.12 0.73 0.48 1.06 1.16 0.69 0.54 0.33 0.26 0.56 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.69 1.23 0.41 0.32 1.06 0.52 1.31 0.27 1.41 1.22 1.32 1.14 1.63 1.51 0.88 0.58 0.49 0.75 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.90 0.21 0.17 0.58 0.19 0.72 0.01 0.76 0.87 0.80 0.83 0.89 0.98 0.46 0.22 0.25 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 0.44 0.19 0.58 0.54 1.16 0.78 1.65 0.84 0.56 0.48 0.61 0.29 0.52 0.56 1.16 1.60 2.16 1.78 1.96
C2 0.51 0.78 0.26 0.55 0.69 1.08 0.58 1.30 0.59 0.53 0.85 1.07 0.14 0.68 0.75 0.96 1.11 1.38 1.00 1.17
C2' 0.65 0.64 0.50 0.72 0.81 1.16 0.94 1.63 0.94 0.66 0.76 0.77 0.56 0.69 0.89 1.15 1.64 2.12 1.88 2.01
C3' 0.61 0.30 0.44 0.71 0.64 1.20 0.86 1.65 0.88 0.51 0.51 0.46 0.58 0.72 0.74 1.21 1.73 2.20 2.06 2.13
C4 0.54 0.61 0.21 0.52 0.52 1.09 0.57 1.44 0.64 0.49 0.65 0.88 0.20 0.58 0.55 1.03 1.31 1.70 1.30 1.49
C4' 0.96 0.62 0.67 0.87 0.82 1.40 1.10 1.84 1.15 0.86 0.66 0.64 0.80 0.81 0.83 1.47 1.92 2.48 2.27 2.34
C5 0.54 0.94 0.24 0.59 0.84 1.14 0.67 1.51 0.66 0.61 1.04 1.25 0.16 0.81 0.94 0.99 1.35 1.78 1.25 1.49
C5' 1.39 1.06 1.17 1.22 1.14 1.64 1.40 1.98 1.48 1.28 1.02 1.05 1.28 1.13 1.11 1.79 2.10 2.57 2.49 2.48
C6 0.53 1.24 0.29 0.71 1.16 1.23 0.85 1.62 0.74 0.75 1.40 1.60 0.15 1.04 1.32 0.96 1.39 1.83 1.20 1.47
C8 0.56 0.66 0.19 0.52 0.56 1.10 0.62 1.53 0.69 0.52 0.70 0.94 0.22 0.61 0.60 1.06 1.44 1.94 1.49 1.70
N1 0.52 1.21 0.31 0.72 1.12 1.23 0.83 1.55 0.72 0.74 1.35 1.58 0.14 1.02 1.26 0.96 1.30 1.66 1.10 1.33
N3 0.53 0.48 0.21 0.51 0.41 1.06 0.52 1.36 0.61 0.45 0.50 0.73 0.21 0.51 0.42 1.01 1.21 1.52 1.19 1.36
N6 0.56 1.53 0.33 0.84 1.51 1.35 1.08 1.83 0.87 0.91 1.78 1.91 0.17 1.27 1.73 0.95 1.56 2.13 1.33 1.66
N7 0.55 0.91 0.22 0.58 0.82 1.13 0.68 1.55 0.68 0.61 1.02 1.23 0.18 0.79 0.92 1.01 1.42 1.91 1.36 1.61
N9 0.57 0.49 0.18 0.52 0.43 1.10 0.61 1.52 0.70 0.49 0.50 0.74 0.24 0.51 0.43 1.08 1.43 1.90 1.51 1.70
O2' 0.88 1.27 0.83 0.93 1.45 1.18 1.42 1.72 1.30 1.10 1.44 1.38 0.72 0.89 1.58 1.15 1.75 2.37 2.08 2.22
O3' 0.54 0.80 0.47 0.70 1.11 1.11 1.12 1.60 1.01 0.68 1.05 0.92 0.49 0.72 1.28 1.10 1.71 2.23 2.13 2.17
O4' 1.03 0.68 0.71 0.92 0.82 1.45 1.12 1.88 1.19 0.93 0.67 0.68 0.79 0.86 0.78 1.51 1.89 2.45 2.14 2.26
O5' 1.38 1.00 1.17 1.15 0.94 1.58 1.21 1.88 1.33 1.20 0.89 1.06 1.33 1.05 0.85 1.74 1.90 2.32 2.23 2.25
OP1 2.21 2.01 2.20 2.10 1.93 2.22 2.08 2.37 2.16 2.11 1.92 2.06 2.28 2.05 1.86 2.36 2.42 2.74 2.79 2.70
OP2 1.55 1.28 1.50 1.42 1.06 1.69 1.20 1.87 1.36 1.35 1.16 1.42 1.67 1.44 0.98 1.80 1.81 2.11 2.00 2.04
P 1.62 1.37 1.56 1.49 1.24 1.73 1.41 1.95 1.53 1.48 1.26 1.46 1.69 1.47 1.16 1.87 1.97 2.35 2.28 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.16 0.30 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.02 0.17 0.28 0.31 0.26
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.17 0.11 0.21 0.17
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.12 0.07 0.10 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.26 0.17 0.21 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.03 0.20 0.44 0.27 0.30
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.09 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.04 0.19 0.46 0.23 0.27
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.22 0.13 0.18 0.09 0.06 0.04 0.24 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.04 0.18 0.37 0.24 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.15 0.27 0.28 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02 0.02 0.19 0.36 0.30 0.29
O2 0.03 0.01 0.11 0.12 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.14 0.03 0.03 0.17 0.23 0.33 0.25
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.14 0.00 0.04 0.08 0.07 0.07 0.11 0.25 0.12
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.04 0.14 0.07 0.12 0.14 0.04 0.00 0.15 0.02 0.28 0.30 0.27 0.23
O4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.15 0.00 0.04 0.21 0.48 0.28 0.32
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.00 0.10 0.17 0.35 0.15
O5' 0.09 0.17 0.17 0.26 0.20 0.01 0.19 0.01 0.18 0.15 0.19 0.17 0.07 0.28 0.21 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.28 0.11 0.17 0.44 0.09 0.46 0.10 0.37 0.27 0.36 0.23 0.11 0.30 0.48 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.31 0.21 0.21 0.27 0.19 0.23 0.13 0.24 0.28 0.30 0.33 0.25 0.27 0.28 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.26 0.17 0.21 0.30 0.06 0.27 0.01 0.23 0.22 0.29 0.25 0.12 0.23 0.32 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00