ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53678

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 5, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.019, 0.031, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.024, 0.043, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.027, 0.049, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.009, 0.013, 0.036, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.013 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.038, 0.097, 0.156, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.156, 0.236, 0.316, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.236 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.140, 0.229, 0.318, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.229 std_dev=0.089
C2' B 0, 0.158, 0.294, 0.431, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.294 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.205, 0.343, 0.480, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.343 std_dev=0.138
C3' A 0, 0.238, 0.393, 0.548, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.393 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.219, 0.376, 0.533, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.376 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.248, 0.411, 0.573, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.411 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.390, 0.602, 0.813, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.602 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.303, 0.523, 0.743, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.523 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.436, 0.688, 0.941, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.688 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.404, 0.697, 0.989, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.697 std_dev=0.293
O3' B 0, 0.411, 0.704, 0.997, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.704 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.592, 0.959, 1.326, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.959 std_dev=0.367
C4' B 0, 0.593, 0.973, 1.353, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.973 std_dev=0.380
N1 B 0, 0.633, 1.068, 1.503, 1.507 max_d=1.507 avg_d=1.068 std_dev=0.435
P A 0, 0.571, 1.029, 1.488, 1.499 max_d=1.499 avg_d=1.029 std_dev=0.458
OP1 A 0, 0.637, 1.117, 1.596, 1.527 max_d=1.527 avg_d=1.117 std_dev=0.479
O2 B 0, 0.608, 1.107, 1.605, 1.582 max_d=1.582 avg_d=1.107 std_dev=0.498
C6 B 0, 0.793, 1.345, 1.896, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.345 std_dev=0.551
C2 B 0, 0.717, 1.275, 1.834, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.275 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.855, 1.467, 2.078, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.467 std_dev=0.612
O5' B 0, 0.927, 1.581, 2.234, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.581 std_dev=0.653
C5 B 0, 1.012, 1.778, 2.544, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.778 std_dev=0.766
OP2 A 0, 0.830, 1.618, 2.407, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.618 std_dev=0.788
N3 B 0, 0.981, 1.778, 2.575, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.778 std_dev=0.797
P B 0, 1.198, 2.101, 3.003, 2.954 max_d=2.954 avg_d=2.101 std_dev=0.903
C4 B 0, 1.132, 2.036, 2.941, 2.872 max_d=2.872 avg_d=2.036 std_dev=0.904
OP2 B 0, 1.257, 2.210, 3.164, 3.230 max_d=3.230 avg_d=2.210 std_dev=0.954
OP1 B 0, 1.244, 2.204, 3.164, 3.004 max_d=3.004 avg_d=2.204 std_dev=0.960
O4 B 0, 1.382, 2.527, 3.671, 3.653 max_d=3.653 avg_d=2.527 std_dev=1.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.05
C2 0.04 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05 0.08 0.11 0.23 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.06 0.04
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.05 0.12 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.07 0.05
C4 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.09 0.19 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.07 0.12 0.21 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.03 0.08 0.13 0.23 0.12
C8 0.00 0.02 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.07 0.10 0.15 0.09
N1 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.08 0.12 0.24 0.12
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.07 0.09 0.20 0.10
N6 0.01 0.03 0.06 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.03 0.08 0.15 0.22 0.12
N7 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.08 0.13 0.18 0.11
N9 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.15 0.08
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.10 0.04 0.02
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.13 0.12 0.10 0.04 0.17 0.15 0.06 0.06 0.00 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.06
O5' 0.05 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.09 0.15 0.13 0.08 0.10 0.12 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.23 0.06 0.07 0.19 0.03 0.21 0.01 0.23 0.15 0.24 0.20 0.22 0.18 0.15 0.04 0.09 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.04 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.08 0.02 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.34 0.11 0.10 0.34 0.09 0.23 0.07 0.16 0.19 0.40 0.43 0.14 0.15 0.40 0.06 0.11 0.10 0.10 0.08
C2 0.16 0.34 0.10 0.07 0.36 0.06 0.31 0.07 0.26 0.25 0.37 0.38 0.16 0.09 0.39 0.11 0.12 0.08 0.18 0.13
C2' 0.07 0.29 0.09 0.09 0.29 0.08 0.18 0.08 0.12 0.15 0.35 0.39 0.12 0.16 0.34 0.05 0.09 0.10 0.09 0.07
C3' 0.07 0.30 0.08 0.08 0.30 0.07 0.18 0.08 0.11 0.15 0.36 0.39 0.10 0.14 0.36 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08
C4 0.14 0.34 0.10 0.09 0.34 0.10 0.27 0.11 0.22 0.22 0.38 0.41 0.14 0.11 0.38 0.11 0.15 0.14 0.18 0.16
C4' 0.10 0.34 0.10 0.09 0.37 0.08 0.24 0.08 0.16 0.19 0.42 0.42 0.12 0.15 0.44 0.06 0.11 0.11 0.10 0.08
C5 0.14 0.31 0.08 0.09 0.34 0.13 0.29 0.18 0.24 0.22 0.35 0.37 0.16 0.09 0.37 0.15 0.21 0.22 0.27 0.25
C5' 0.11 0.35 0.10 0.11 0.38 0.11 0.26 0.11 0.18 0.20 0.43 0.43 0.11 0.16 0.45 0.08 0.13 0.14 0.13 0.12
C6 0.15 0.29 0.07 0.07 0.34 0.12 0.32 0.19 0.27 0.23 0.33 0.33 0.20 0.09 0.37 0.17 0.25 0.24 0.33 0.30
C8 0.13 0.32 0.09 0.11 0.33 0.14 0.26 0.17 0.21 0.20 0.36 0.40 0.13 0.14 0.37 0.12 0.19 0.21 0.23 0.22
N1 0.15 0.30 0.08 0.07 0.35 0.08 0.33 0.13 0.28 0.24 0.34 0.33 0.20 0.11 0.38 0.17 0.20 0.16 0.29 0.24
N3 0.14 0.36 0.10 0.08 0.36 0.06 0.28 0.06 0.22 0.23 0.40 0.42 0.14 0.10 0.39 0.08 0.10 0.07 0.13 0.09
N6 0.14 0.27 0.08 0.07 0.34 0.13 0.33 0.24 0.28 0.22 0.31 0.30 0.23 0.11 0.37 0.20 0.31 0.33 0.42 0.40
N7 0.14 0.31 0.08 0.10 0.33 0.15 0.28 0.21 0.23 0.21 0.35 0.38 0.14 0.11 0.37 0.15 0.23 0.26 0.29 0.28
N9 0.12 0.33 0.10 0.10 0.33 0.11 0.25 0.12 0.19 0.20 0.38 0.41 0.12 0.14 0.38 0.09 0.14 0.14 0.16 0.14
O2' 0.09 0.31 0.13 0.13 0.33 0.10 0.21 0.08 0.13 0.17 0.39 0.40 0.17 0.20 0.39 0.05 0.10 0.10 0.10 0.08
O3' 0.07 0.30 0.08 0.08 0.32 0.08 0.20 0.08 0.12 0.15 0.38 0.38 0.10 0.14 0.38 0.06 0.09 0.11 0.08 0.08
O4' 0.12 0.36 0.12 0.11 0.39 0.09 0.27 0.08 0.19 0.21 0.44 0.44 0.13 0.15 0.45 0.07 0.12 0.11 0.11 0.09
O5' 0.15 0.37 0.13 0.14 0.39 0.15 0.28 0.16 0.21 0.23 0.44 0.45 0.13 0.19 0.45 0.12 0.18 0.19 0.18 0.17
OP1 0.16 0.40 0.15 0.15 0.41 0.15 0.28 0.14 0.21 0.24 0.46 0.48 0.15 0.20 0.47 0.12 0.17 0.16 0.15 0.15
OP2 0.15 0.34 0.16 0.15 0.28 0.14 0.16 0.11 0.12 0.19 0.37 0.45 0.17 0.19 0.33 0.13 0.13 0.13 0.11 0.10
P 0.14 0.35 0.14 0.14 0.34 0.13 0.22 0.12 0.16 0.20 0.40 0.44 0.14 0.18 0.40 0.10 0.14 0.15 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
C2 0.05 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.05 0.10 0.10 0.15 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.14 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.17 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C4 0.01 0.02 0.03 0.15 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.17 0.01 0.04 0.20 0.24 0.29 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.05 0.05 0.08 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.03 0.06 0.22 0.25 0.27 0.24
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.15 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.20 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.15 0.03 0.05 0.17 0.17 0.18 0.16
N1 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11
N3 0.03 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.10 0.01 0.03 0.14 0.17 0.22 0.17
O2 0.09 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.18 0.07 0.02 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.10 0.18 0.00 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.03
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.17 0.01 0.19 0.02 0.15 0.07 0.10 0.07 0.05 0.00 0.20 0.02 0.06 0.09 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.13 0.03 0.20 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.20 0.00 0.06 0.23 0.30 0.35 0.28
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.11 0.05 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.09 0.07
O5' 0.06 0.10 0.02 0.02 0.20 0.01 0.22 0.01 0.17 0.10 0.14 0.10 0.03 0.06 0.23 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.06 0.06 0.24 0.06 0.25 0.07 0.17 0.11 0.17 0.10 0.07 0.09 0.30 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.15 0.06 0.04 0.29 0.02 0.27 0.02 0.18 0.13 0.22 0.13 0.03 0.07 0.35 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.03 0.02 0.23 0.01 0.24 0.01 0.16 0.11 0.17 0.10 0.03 0.06 0.28 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00