ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53679

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.023, 0.044, 0.065, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.044 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.035, 0.060, 0.085, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.060 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.029, 0.063, 0.098, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.063 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.031, 0.077, 0.122, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.077 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.099, 0.255, 0.411, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.255 std_dev=0.156
C2' A 0, 0.136, 0.319, 0.503, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.319 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.191, 0.401, 0.611, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.401 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.194, 0.404, 0.615, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.404 std_dev=0.211
O4' B 0, 0.265, 0.478, 0.690, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.478 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.247, 0.471, 0.695, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.471 std_dev=0.224
C3' A 0, 0.204, 0.477, 0.750, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.477 std_dev=0.273
N1 B 0, 0.399, 0.714, 1.030, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.714 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.365, 0.691, 1.016, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.691 std_dev=0.325
C2' B 0, 0.339, 0.700, 1.060, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.700 std_dev=0.361
O2 B 0, 0.344, 0.706, 1.068, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.706 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.468, 0.839, 1.210, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.839 std_dev=0.371
O2' B 0, 0.313, 0.710, 1.108, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.710 std_dev=0.398
C5' A 0, 0.316, 0.717, 1.117, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.717 std_dev=0.400
C6 B 0, 0.502, 0.920, 1.337, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.920 std_dev=0.418
C5' B 0, 0.451, 0.872, 1.294, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.872 std_dev=0.422
O3' A 0, 0.322, 0.748, 1.174, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.748 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.441, 0.870, 1.299, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.870 std_dev=0.429
O5' B 0, 0.539, 1.041, 1.543, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.041 std_dev=0.502
O5' A 0, 0.426, 0.939, 1.453, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.939 std_dev=0.514
N3 B 0, 0.660, 1.181, 1.701, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.181 std_dev=0.521
C5 B 0, 0.678, 1.240, 1.802, 1.865 max_d=1.865 avg_d=1.240 std_dev=0.562
O3' B 0, 0.457, 1.035, 1.613, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.035 std_dev=0.578
C4 B 0, 0.770, 1.395, 2.020, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.395 std_dev=0.625
P B 0, 0.648, 1.293, 1.938, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.293 std_dev=0.645
OP1 B 0, 0.733, 1.488, 2.242, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.488 std_dev=0.754
O4 B 0, 0.935, 1.723, 2.511, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.723 std_dev=0.788
OP2 B 0, 0.757, 1.549, 2.340, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.549 std_dev=0.791
P A 0, 0.598, 1.461, 2.325, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.461 std_dev=0.863
OP2 A 0, 0.613, 1.614, 2.615, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.614 std_dev=1.001
OP1 A 0, 0.719, 1.741, 2.762, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.741 std_dev=1.021

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.14 0.04 0.04 0.08 0.23 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.03
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.04 0.09 0.23 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.12 0.24 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.12 0.24 0.15
C8 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.06 0.12 0.21 0.13
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.04 0.11 0.24 0.15
N3 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.05 0.04 0.07 0.22 0.14
N6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.09 0.03 0.06 0.15 0.24 0.15
N7 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.06 0.15 0.24 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.20 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.08 0.08 0.05 0.02 0.00 0.07 0.04 0.06 0.12 0.06 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.08 0.12 0.13 0.09 0.08 0.03 0.07 0.00 0.02 0.05 0.15 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.14 0.09
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.11 0.07 0.15 0.15 0.08 0.12 0.15 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.23 0.08 0.05 0.23 0.04 0.24 0.01 0.24 0.21 0.24 0.22 0.24 0.24 0.20 0.06 0.09 0.14 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.03 0.04 0.14 0.02 0.15 0.02 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.15 0.12 0.05 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.45 0.21 0.25 0.68 0.29 0.53 0.26 0.35 0.28 0.65 0.39 0.44 0.40 0.82 0.15 0.13 0.17 0.25 0.11
C2 0.03 0.28 0.18 0.24 0.36 0.29 0.27 0.28 0.19 0.17 0.36 0.27 0.30 0.35 0.42 0.12 0.15 0.23 0.08 0.12
C2' 0.18 0.54 0.17 0.23 0.76 0.29 0.60 0.27 0.43 0.38 0.74 0.50 0.41 0.39 0.89 0.23 0.20 0.20 0.34 0.20
C3' 0.20 0.57 0.18 0.25 0.77 0.30 0.60 0.29 0.43 0.39 0.76 0.54 0.38 0.42 0.91 0.23 0.19 0.23 0.30 0.17
C4 0.05 0.37 0.21 0.29 0.50 0.33 0.37 0.32 0.24 0.22 0.49 0.35 0.39 0.44 0.59 0.13 0.16 0.28 0.10 0.13
C4' 0.12 0.50 0.17 0.24 0.75 0.29 0.58 0.26 0.39 0.33 0.72 0.45 0.40 0.41 0.92 0.17 0.14 0.19 0.27 0.12
C5 0.06 0.31 0.25 0.37 0.40 0.38 0.28 0.40 0.17 0.17 0.42 0.32 0.38 0.54 0.48 0.13 0.25 0.42 0.11 0.24
C5' 0.11 0.50 0.17 0.25 0.74 0.29 0.56 0.28 0.37 0.32 0.70 0.46 0.37 0.43 0.90 0.15 0.13 0.24 0.20 0.08
C6 0.08 0.25 0.26 0.39 0.29 0.40 0.18 0.44 0.11 0.13 0.31 0.27 0.34 0.55 0.35 0.13 0.31 0.49 0.21 0.32
C8 0.06 0.39 0.25 0.35 0.54 0.36 0.39 0.37 0.24 0.22 0.53 0.38 0.42 0.53 0.65 0.14 0.20 0.37 0.07 0.18
N1 0.07 0.22 0.22 0.33 0.26 0.36 0.17 0.39 0.11 0.12 0.28 0.24 0.29 0.46 0.30 0.12 0.26 0.39 0.16 0.26
N3 0.04 0.37 0.17 0.22 0.50 0.28 0.39 0.25 0.27 0.23 0.49 0.33 0.35 0.34 0.58 0.14 0.13 0.18 0.16 0.11
N6 0.11 0.20 0.29 0.45 0.22 0.44 0.14 0.52 0.11 0.11 0.25 0.24 0.32 0.63 0.27 0.15 0.42 0.65 0.35 0.46
N7 0.07 0.34 0.27 0.39 0.44 0.39 0.30 0.42 0.18 0.18 0.45 0.35 0.40 0.58 0.53 0.13 0.27 0.47 0.12 0.27
N9 0.06 0.41 0.22 0.29 0.58 0.33 0.44 0.31 0.29 0.25 0.57 0.39 0.42 0.46 0.69 0.14 0.15 0.26 0.14 0.12
O2' 0.18 0.51 0.22 0.24 0.79 0.30 0.63 0.27 0.44 0.35 0.74 0.42 0.49 0.39 0.94 0.25 0.23 0.20 0.41 0.25
O3' 0.29 0.66 0.21 0.25 0.86 0.30 0.69 0.29 0.51 0.48 0.85 0.64 0.37 0.41 1.01 0.30 0.25 0.23 0.39 0.24
O4' 0.06 0.44 0.21 0.25 0.70 0.30 0.54 0.26 0.35 0.27 0.65 0.38 0.43 0.41 0.85 0.14 0.11 0.18 0.23 0.07
O5' 0.09 0.49 0.16 0.27 0.67 0.32 0.49 0.33 0.32 0.30 0.66 0.48 0.34 0.47 0.81 0.13 0.17 0.35 0.11 0.15
OP1 0.10 0.50 0.17 0.30 0.67 0.35 0.48 0.39 0.30 0.29 0.68 0.51 0.33 0.50 0.83 0.12 0.22 0.47 0.11 0.25
OP2 0.12 0.37 0.25 0.41 0.47 0.46 0.31 0.55 0.20 0.19 0.50 0.40 0.35 0.59 0.60 0.21 0.42 0.70 0.35 0.49
P 0.06 0.43 0.19 0.32 0.59 0.37 0.41 0.42 0.25 0.24 0.59 0.44 0.34 0.51 0.73 0.13 0.26 0.50 0.17 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.07 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.12 0.14 0.18 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.10 0.14 0.19 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.04 0.10 0.14 0.19 0.14
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.11 0.13 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.11 0.12 0.16 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.11 0.14 0.19 0.13
O2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.13 0.14 0.19 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.11 0.08
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.09 0.08 0.00 0.07 0.02 0.06 0.10 0.10 0.08
O4 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.05 0.09 0.14 0.19 0.14
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.07 0.12 0.06 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.11 0.13 0.07 0.06 0.09 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.14 0.07 0.07 0.14 0.03 0.14 0.03 0.13 0.12 0.14 0.14 0.08 0.10 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.11 0.09 0.19 0.04 0.19 0.02 0.17 0.16 0.19 0.19 0.11 0.10 0.19 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.07 0.06 0.14 0.02 0.14 0.01 0.13 0.12 0.13 0.14 0.08 0.08 0.14 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00