ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53680

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.030, 0.080, 0.129, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.080 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.016, 0.066, 0.116, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.066 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.017, 0.092, 0.167, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.092 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.028, 0.105, 0.182, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.105 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.044, 0.160, 0.276, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.160 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.015, 0.148, 0.280, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.148 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.028, 0.171, 0.313, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.171 std_dev=0.142
OP1 A 0, 0.041, 0.202, 0.362, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.202 std_dev=0.160
P A 0, 0.036, 0.204, 0.372, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.204 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.009, 0.200, 0.390, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.200 std_dev=0.190
OP1 B 0, 0.104, 0.299, 0.494, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.299 std_dev=0.195
C4' B 0, -0.015, 0.191, 0.398, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.191 std_dev=0.207
O2 B 0, 0.137, 0.363, 0.588, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.363 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.051, 0.279, 0.506, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.279 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.014, 0.245, 0.475, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.245 std_dev=0.231
O4' B 0, -0.028, 0.205, 0.437, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.205 std_dev=0.233
C3' B 0, -0.005, 0.229, 0.463, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.229 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.009, 0.243, 0.478, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.243 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.053, 0.288, 0.523, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.288 std_dev=0.235
O5' B 0, -0.010, 0.228, 0.465, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.228 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.028, 0.267, 0.505, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.267 std_dev=0.239
P B 0, 0.015, 0.258, 0.501, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.258 std_dev=0.243
C2 B 0, 0.089, 0.340, 0.591, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.340 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.027, 0.282, 0.537, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.282 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.015, 0.293, 0.571, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.293 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.100, 0.385, 0.669, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.385 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.063, 0.361, 0.660, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.361 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.032, 0.344, 0.657, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.344 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.066, 0.387, 0.709, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.387 std_dev=0.322
O4 B 0, 0.099, 0.455, 0.812, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.455 std_dev=0.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.06 0.08 0.07 0.04 0.05 0.05 0.03 0.09 0.03 0.05 0.07 0.10 0.13 0.06 0.05 0.03 0.07 0.08 0.09 0.09
C2' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04
C3' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04
C4 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.04 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05
C4' 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04
C5 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.09 0.10 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05
C5' 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05
C6 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.09 0.12 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06
C8 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.08 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04
N1 0.07 0.08 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.10 0.14 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08
N3 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.04 0.06 0.09 0.10 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07
N6 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.13 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05
N7 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.09 0.10 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05
N9 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04
O2' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05
O3' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04
O4' 0.02 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
OP1 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06
OP2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.04 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
P 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03
O4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.02 0.09 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.06 0.03 0.03 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00