ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53682

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.016, 0.045, 0.073, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.045 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.030, 0.076, 0.121, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.076 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.011, 0.074, 0.138, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.074 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.051, 0.116, 0.180, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.116 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.006, 0.088, 0.169, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.088 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.011, 0.123, 0.234, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.123 std_dev=0.112
O2' A 0, -0.006, 0.138, 0.282, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.138 std_dev=0.144
C5' A 0, 0.030, 0.204, 0.378, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.204 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.026, 0.264, 0.501, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.264 std_dev=0.237
P A 0, 0.058, 0.322, 0.586, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.322 std_dev=0.264
O3' B 0, 0.114, 0.380, 0.647, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.380 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.148, 0.426, 0.705, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.426 std_dev=0.278
C3' B 0, 0.160, 0.442, 0.723, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.442 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.097, 0.378, 0.660, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.378 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.159, 0.441, 0.723, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.441 std_dev=0.282
OP2 A 0, 0.049, 0.348, 0.646, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.348 std_dev=0.299
OP1 A 0, 0.040, 0.345, 0.650, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.345 std_dev=0.305
C4' B 0, 0.167, 0.475, 0.783, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.475 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.097, 0.410, 0.722, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.410 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.196, 0.516, 0.837, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.516 std_dev=0.320
O2 B 0, 0.091, 0.413, 0.734, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.413 std_dev=0.321
O2' B 0, 0.136, 0.462, 0.788, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.462 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.059, 0.416, 0.773, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.416 std_dev=0.357
O5' B 0, 0.212, 0.588, 0.964, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.588 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.188, 0.570, 0.951, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.570 std_dev=0.382
C5' B 0, 0.181, 0.564, 0.948, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.564 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.088, 0.521, 0.954, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.521 std_dev=0.433
P B 0, 0.229, 0.675, 1.120, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.675 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.267, 0.721, 1.176, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.721 std_dev=0.454
C4 B 0, 0.110, 0.571, 1.032, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.571 std_dev=0.461
O4 B 0, 0.131, 0.702, 1.273, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.702 std_dev=0.571
OP1 B 0, 0.212, 0.810, 1.409, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.810 std_dev=0.599

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.10 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.08 0.22 0.13 0.22 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.14 0.09 0.14 0.10
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.14 0.09 0.14 0.11
C5' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.16 0.15 0.12 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.18 0.09 0.17 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.14 0.09 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.22 0.12 0.21 0.18
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.19 0.10 0.18 0.14
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.18 0.09 0.18 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.12 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.11 0.09 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.07 0.06
O5' 0.05 0.22 0.02 0.01 0.14 0.01 0.14 0.00 0.18 0.07 0.22 0.19 0.18 0.10 0.09 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.13 0.08 0.04 0.09 0.04 0.09 0.02 0.09 0.14 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.07 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.22 0.05 0.06 0.14 0.06 0.14 0.06 0.17 0.09 0.21 0.18 0.18 0.11 0.09 0.04 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.01 0.14 0.09 0.18 0.14 0.14 0.09 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.11 0.13 0.15 0.10 0.24 0.12 0.25 0.14 0.13 0.09 0.10 0.15 0.13 0.09 0.24 0.22 0.27 0.20 0.23
C2 0.15 0.15 0.17 0.14 0.12 0.18 0.11 0.23 0.12 0.14 0.13 0.17 0.27 0.15 0.13 0.15 0.18 0.25 0.16 0.21
C2' 0.21 0.17 0.14 0.17 0.16 0.26 0.18 0.27 0.20 0.20 0.16 0.17 0.13 0.14 0.15 0.29 0.25 0.28 0.24 0.25
C3' 0.19 0.17 0.11 0.12 0.16 0.20 0.17 0.20 0.18 0.18 0.16 0.17 0.10 0.11 0.16 0.24 0.19 0.21 0.19 0.20
C4 0.10 0.08 0.13 0.14 0.09 0.23 0.08 0.27 0.09 0.09 0.09 0.09 0.21 0.11 0.10 0.19 0.22 0.30 0.18 0.24
C4' 0.14 0.11 0.08 0.09 0.10 0.16 0.12 0.15 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.19 0.15 0.18 0.15 0.15
C5 0.12 0.13 0.15 0.15 0.15 0.22 0.13 0.28 0.12 0.12 0.15 0.14 0.22 0.12 0.18 0.16 0.22 0.32 0.19 0.25
C5' 0.12 0.09 0.06 0.08 0.08 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.08 0.16 0.12 0.16 0.13 0.13
C6 0.17 0.20 0.18 0.16 0.21 0.20 0.19 0.26 0.17 0.18 0.21 0.19 0.25 0.14 0.24 0.15 0.21 0.32 0.19 0.25
C8 0.11 0.08 0.14 0.17 0.10 0.25 0.09 0.29 0.10 0.09 0.10 0.08 0.19 0.14 0.12 0.20 0.24 0.34 0.20 0.26
N1 0.20 0.21 0.20 0.16 0.20 0.18 0.19 0.24 0.19 0.20 0.21 0.22 0.27 0.17 0.22 0.14 0.20 0.29 0.18 0.23
N3 0.10 0.07 0.13 0.12 0.07 0.21 0.08 0.25 0.09 0.09 0.07 0.08 0.22 0.10 0.07 0.21 0.20 0.26 0.17 0.22
N6 0.20 0.24 0.20 0.17 0.27 0.20 0.24 0.27 0.22 0.22 0.26 0.22 0.26 0.16 0.31 0.16 0.23 0.35 0.22 0.27
N7 0.11 0.12 0.14 0.16 0.14 0.23 0.12 0.29 0.11 0.11 0.15 0.12 0.20 0.13 0.18 0.17 0.24 0.35 0.20 0.26
N9 0.12 0.07 0.13 0.16 0.08 0.24 0.09 0.28 0.10 0.10 0.07 0.07 0.18 0.13 0.08 0.22 0.23 0.31 0.20 0.25
O2' 0.24 0.24 0.16 0.18 0.23 0.29 0.24 0.30 0.25 0.24 0.23 0.24 0.12 0.14 0.22 0.33 0.28 0.30 0.28 0.29
O3' 0.19 0.19 0.10 0.11 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19 0.19 0.18 0.19 0.09 0.10 0.19 0.24 0.18 0.20 0.18 0.18
O4' 0.12 0.07 0.11 0.13 0.07 0.19 0.09 0.20 0.11 0.10 0.07 0.07 0.15 0.11 0.07 0.19 0.18 0.24 0.16 0.19
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.10 0.08 0.01 0.04 0.05 0.06 0.12 0.08 0.07
OP1 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.08 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.12 0.08 0.06
OP2 0.04 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.05 0.08 0.13 0.06 0.02 0.10 0.03 0.07 0.14 0.11 0.09
P 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.10 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.12 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.07 0.08 0.13 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.11 0.08 0.09
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.18 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.10 0.13 0.17 0.12
C5' 0.02 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.09 0.11 0.14 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.10 0.16 0.10
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.05 0.06 0.06 0.11 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.07 0.01 0.10 0.15 0.13 0.12
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.10 0.06 0.05
O4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.10 0.13 0.19 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04
O5' 0.04 0.07 0.08 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.04 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.11 0.09 0.12 0.05 0.13 0.05 0.11 0.08 0.10 0.06 0.15 0.10 0.13 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.08 0.06 0.18 0.02 0.17 0.01 0.14 0.11 0.16 0.11 0.13 0.06 0.19 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.09 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.05 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00