ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53684

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.015, 0.042, 0.069, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.017, 0.048, 0.078, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.048 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.015, 0.047, 0.078, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.009, 0.041, 0.073, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.041 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.009, 0.042, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.017, 0.061, 0.104, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.061 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.066, 0.216, 0.366, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.216 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.113, 0.276, 0.440, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.276 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.256, 0.594, 0.932, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.594 std_dev=0.338
C4' A 0, 0.260, 0.606, 0.952, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.606 std_dev=0.346
O2' B 0, 0.251, 0.623, 0.995, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.623 std_dev=0.372
O2' A 0, 0.554, 1.001, 1.447, 1.372 max_d=1.372 avg_d=1.001 std_dev=0.446
O5' A 0, 0.579, 1.127, 1.674, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.127 std_dev=0.547
C3' A 0, 0.732, 1.284, 1.836, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.284 std_dev=0.552
C2' B 0, 0.289, 0.843, 1.398, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.843 std_dev=0.555
P A 0, 1.301, 2.320, 3.338, 3.244 max_d=3.244 avg_d=2.320 std_dev=1.018
O3' A 0, 1.404, 2.432, 3.459, 3.235 max_d=3.235 avg_d=2.432 std_dev=1.028
C1' B 0, 1.015, 2.143, 3.271, 3.240 max_d=3.240 avg_d=2.143 std_dev=1.128
C3' B 0, 1.383, 2.543, 3.703, 3.982 max_d=3.982 avg_d=2.543 std_dev=1.160
OP2 A 0, 1.474, 2.890, 4.306, 4.963 max_d=4.963 avg_d=2.890 std_dev=1.416
OP1 A 0, 1.068, 2.502, 3.936, 4.165 max_d=4.165 avg_d=2.502 std_dev=1.434
N1 B 0, 1.021, 2.539, 4.057, 3.988 max_d=3.988 avg_d=2.539 std_dev=1.518
O4' B 0, 2.062, 3.590, 5.118, 4.907 max_d=4.907 avg_d=3.590 std_dev=1.528
C4' B 0, 2.182, 3.759, 5.336, 4.856 max_d=4.856 avg_d=3.759 std_dev=1.577
C6 B 0, 1.240, 2.831, 4.422, 5.156 max_d=5.156 avg_d=2.831 std_dev=1.591
O3' B 0, 1.934, 3.799, 5.664, 5.639 max_d=5.639 avg_d=3.799 std_dev=1.865
C5 B 0, 1.310, 3.190, 5.070, 6.050 max_d=6.050 avg_d=3.190 std_dev=1.880
C2 B 0, 1.806, 3.823, 5.841, 5.735 max_d=5.735 avg_d=3.823 std_dev=2.018
C4 B 0, 2.056, 4.165, 6.274, 6.241 max_d=6.241 avg_d=4.165 std_dev=2.109
N3 B 0, 2.304, 4.658, 7.011, 6.931 max_d=6.931 avg_d=4.658 std_dev=2.354
O5' B 0, 3.270, 5.632, 7.994, 7.765 max_d=7.765 avg_d=5.632 std_dev=2.362
O4 B 0, 2.635, 5.071, 7.506, 7.467 max_d=7.467 avg_d=5.071 std_dev=2.436
C5' B 0, 3.336, 5.805, 8.274, 7.622 max_d=7.622 avg_d=5.805 std_dev=2.469
O2 B 0, 1.826, 4.485, 7.143, 6.859 max_d=6.859 avg_d=4.485 std_dev=2.659
OP2 B 0, 4.006, 7.074, 10.142, 10.425 max_d=10.425 avg_d=7.074 std_dev=3.068
P B 0, 4.417, 7.623, 10.828, 10.567 max_d=10.567 avg_d=7.623 std_dev=3.206
OP1 B 0, 5.146, 9.050, 12.954, 12.623 max_d=12.623 avg_d=9.050 std_dev=3.904

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.40 0.24 0.48 0.34
C2 0.06 0.00 0.15 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.23 0.22 0.04 0.63 0.37 1.05 0.77
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04 0.08 0.07 0.12 0.15 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.23 0.31 0.30 0.18
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.18 0.18 0.19 0.18 0.21 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.11 0.22 0.24 0.13
C4 0.03 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.01 0.63 0.40 1.05 0.78
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.14 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.38 0.14 0.14
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.02 0.69 0.62 1.33 0.98
C5' 0.02 0.14 0.04 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.18 0.11 0.24 0.24 0.11 0.07 0.05 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.19 0.03 0.70 0.66 1.41 1.03
C8 0.02 0.03 0.07 0.18 0.01 0.13 0.02 0.20 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.18 0.05 0.65 0.62 1.23 0.93
N1 0.04 0.00 0.12 0.19 0.02 0.10 0.01 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.20 0.02 0.67 0.53 1.26 0.92
N3 0.06 0.00 0.15 0.18 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.20 0.04 0.58 0.29 0.90 0.67
N6 0.03 0.02 0.09 0.21 0.01 0.13 0.02 0.24 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.16 0.23 0.04 0.72 0.81 1.60 1.15
N7 0.01 0.02 0.07 0.19 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.21 0.04 0.69 0.76 1.46 1.08
N9 0.01 0.03 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.58 0.36 0.92 0.69
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.11 0.13 0.07 0.16 0.06 0.20 0.21 0.16 0.09 0.06 0.00 0.04 0.10 0.11 0.71 0.40 0.32
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.12 0.01 0.16 0.05 0.19 0.18 0.20 0.20 0.23 0.21 0.08 0.04 0.00 0.03 0.36 0.53 0.65 0.49
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.10 0.03 0.00 0.38 0.29 0.39 0.29
O5' 0.40 0.63 0.23 0.11 0.63 0.01 0.69 0.01 0.70 0.65 0.67 0.58 0.72 0.69 0.58 0.11 0.36 0.38 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.24 0.37 0.31 0.22 0.40 0.38 0.62 0.08 0.66 0.62 0.53 0.29 0.81 0.76 0.36 0.71 0.53 0.29 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 1.05 0.30 0.24 1.05 0.14 1.33 0.09 1.41 1.23 1.26 0.90 1.60 1.46 0.92 0.40 0.65 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.77 0.18 0.13 0.78 0.14 0.98 0.01 1.03 0.93 0.92 0.67 1.15 1.08 0.69 0.32 0.49 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.70 0.21 0.51 0.65 0.53 0.50 0.82 0.43 0.49 0.75 0.85 0.15 0.77 0.70 0.37 0.77 1.30 0.88 0.96
C2 0.38 0.40 0.25 0.48 0.38 0.46 0.39 0.53 0.39 0.39 0.39 0.42 0.14 0.72 0.38 0.42 0.50 0.64 0.57 0.55
C2' 0.33 0.70 0.26 0.46 0.54 0.62 0.33 0.98 0.30 0.41 0.73 0.92 0.31 0.66 0.60 0.43 0.89 1.43 0.96 1.12
C3' 0.31 0.64 0.27 0.41 0.46 0.58 0.25 0.94 0.25 0.35 0.66 0.88 0.37 0.60 0.51 0.45 0.86 1.39 0.95 1.11
C4 0.41 0.50 0.24 0.47 0.49 0.44 0.47 0.56 0.45 0.45 0.52 0.55 0.13 0.74 0.50 0.43 0.53 0.77 0.62 0.61
C4' 0.33 0.70 0.24 0.49 0.58 0.59 0.39 0.95 0.34 0.42 0.75 0.90 0.25 0.71 0.65 0.39 0.90 1.51 1.03 1.16
C5 0.42 0.40 0.27 0.57 0.43 0.59 0.48 0.73 0.48 0.43 0.41 0.42 0.15 0.84 0.42 0.54 0.68 0.88 0.77 0.77
C5' 0.34 0.65 0.24 0.43 0.53 0.49 0.36 0.80 0.32 0.40 0.69 0.84 0.27 0.66 0.58 0.36 0.77 1.33 0.91 1.01
C6 0.41 0.36 0.29 0.66 0.37 0.76 0.46 0.97 0.48 0.39 0.36 0.42 0.19 0.94 0.36 0.61 0.89 1.12 0.95 1.00
C8 0.42 0.50 0.25 0.50 0.52 0.47 0.51 0.60 0.49 0.46 0.53 0.54 0.13 0.78 0.53 0.47 0.57 0.84 0.69 0.67
N1 0.39 0.32 0.29 0.64 0.33 0.72 0.41 0.88 0.43 0.36 0.31 0.36 0.19 0.89 0.31 0.56 0.80 0.97 0.84 0.88
N3 0.39 0.55 0.22 0.44 0.50 0.42 0.43 0.57 0.40 0.44 0.56 0.63 0.14 0.69 0.51 0.37 0.52 0.80 0.60 0.61
N6 0.42 0.44 0.31 0.78 0.41 0.94 0.49 1.29 0.52 0.41 0.45 0.60 0.24 1.08 0.41 0.70 1.18 1.57 1.26 1.37
N7 0.43 0.42 0.27 0.57 0.46 0.59 0.51 0.75 0.51 0.44 0.43 0.44 0.15 0.85 0.45 0.55 0.70 0.93 0.81 0.81
N9 0.41 0.58 0.22 0.46 0.56 0.43 0.49 0.60 0.45 0.47 0.61 0.65 0.13 0.73 0.58 0.41 0.56 0.91 0.67 0.68
O2' 0.34 0.88 0.34 0.61 0.73 0.78 0.46 1.27 0.38 0.49 0.95 1.16 0.35 0.81 0.82 0.45 1.17 1.86 1.27 1.47
O3' 0.26 0.66 0.31 0.41 0.42 0.68 0.18 1.12 0.23 0.29 0.69 0.96 0.46 0.57 0.49 0.54 1.06 1.64 1.18 1.37
O4' 0.38 0.71 0.21 0.52 0.67 0.53 0.52 0.84 0.45 0.49 0.77 0.85 0.14 0.78 0.73 0.37 0.80 1.37 0.95 1.02
O5' 0.58 0.83 0.68 0.71 0.71 0.53 0.54 0.63 0.51 0.63 0.85 0.99 0.73 0.98 0.74 0.41 0.57 0.98 0.66 0.71
OP1 0.48 0.71 0.32 0.19 0.59 0.37 0.42 0.59 0.40 0.52 0.74 0.87 0.41 0.36 0.62 0.47 0.56 1.00 0.66 0.78
OP2 0.73 0.92 0.98 0.95 0.75 0.65 0.56 0.55 0.55 0.72 0.91 1.09 1.09 1.28 0.78 0.50 0.46 0.66 0.43 0.47
P 0.69 0.91 0.76 0.73 0.78 0.54 0.61 0.52 0.58 0.72 0.92 1.06 0.82 0.97 0.81 0.51 0.45 0.75 0.48 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.03 0.12 0.13 0.15 0.12
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.10 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.13 0.08
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.13 0.01 0.18 0.03 0.18 0.09 0.10 0.09 0.01 0.01 0.13 0.02 0.07 0.07 0.11 0.07
C4 0.03 0.01 0.03 0.13 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.06 0.21 0.23 0.25 0.23
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.00 0.03 0.08 0.06 0.03
C5 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.07 0.24 0.25 0.25 0.24
C5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.06 0.09 0.04 0.07 0.05 0.14 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.20 0.02 0.07 0.21 0.21 0.18 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03 0.02 0.13 0.13 0.13 0.12
N3 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.03 0.16 0.17 0.20 0.18
O2 0.05 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.02 0.07 0.09 0.11 0.15 0.10
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.08 0.15 0.00 0.05 0.06 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.17 0.02 0.22 0.05 0.20 0.09 0.11 0.12 0.05 0.00 0.17 0.02 0.08 0.07 0.11 0.07
O4 0.04 0.02 0.03 0.13 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.17 0.00 0.07 0.22 0.25 0.28 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.06 0.02 0.07 0.00 0.11 0.11 0.09 0.08
O5' 0.08 0.12 0.06 0.07 0.21 0.03 0.24 0.01 0.21 0.13 0.16 0.09 0.04 0.08 0.22 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.13 0.07 0.07 0.23 0.08 0.25 0.09 0.21 0.13 0.17 0.11 0.09 0.07 0.25 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.15 0.13 0.11 0.25 0.06 0.25 0.04 0.18 0.13 0.20 0.15 0.10 0.11 0.28 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.08 0.07 0.23 0.03 0.24 0.02 0.19 0.12 0.18 0.10 0.06 0.07 0.25 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00