ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53685

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.020, 0.042, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.009, 0.036, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.025, 0.074, 0.123, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.074 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.017, 0.069, 0.121, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.034, 0.112, 0.190, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.112 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.064, 0.142, 0.221, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.142 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.020, 0.101, 0.182, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.101 std_dev=0.081
N6 A 0, 0.019, 0.105, 0.191, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.105 std_dev=0.086
C5' A 0, 0.052, 0.178, 0.304, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.178 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.054, 0.193, 0.333, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.193 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.037, 0.205, 0.373, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.205 std_dev=0.168
P A 0, 0.063, 0.235, 0.406, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.235 std_dev=0.172
O5' B 0, 0.118, 0.314, 0.510, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.314 std_dev=0.196
P B 0, 0.102, 0.308, 0.515, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.308 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.081, 0.289, 0.498, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.289 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.094, 0.336, 0.577, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.336 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.071, 0.313, 0.554, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.313 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.077, 0.322, 0.567, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.322 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.038, 0.290, 0.542, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.290 std_dev=0.252
OP2 A 0, 0.060, 0.324, 0.587, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.324 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.101, 0.404, 0.706, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.404 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.122, 0.447, 0.771, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.447 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.007, 0.343, 0.678, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.343 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.002, 0.353, 0.705, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.353 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.073, 0.428, 0.782, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.428 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.170, 0.550, 0.930, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.550 std_dev=0.380
N1 B 0, 0.161, 0.542, 0.922, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.542 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.079, 0.462, 0.845, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.462 std_dev=0.383
C5 B 0, 0.202, 0.680, 1.158, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.680 std_dev=0.478
C2 B 0, 0.207, 0.728, 1.249, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.728 std_dev=0.521
C4 B 0, 0.203, 0.784, 1.365, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.784 std_dev=0.581
N3 B 0, 0.220, 0.815, 1.410, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.815 std_dev=0.595
O2 B 0, 0.249, 0.861, 1.474, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.861 std_dev=0.613
O4 B 0, 0.212, 0.878, 1.543, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.878 std_dev=0.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.08 0.08 0.04
C2 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.13 0.13 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.15 0.10
C4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.06 0.08 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.08 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.11 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.08 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03
N1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.06
N3 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04
N6 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.11 0.01 0.08 0.02 0.03 0.00 0.08 0.06 0.06 0.04 0.09 0.12 0.15 0.17 0.14
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.07 0.03
O2' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.12 0.11 0.06
O3' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.24 0.21 0.15
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.09 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06
O5' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.08 0.05 0.07 0.07 0.12 0.05 0.06 0.05 0.08 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.08 0.07 0.13 0.16 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.07 0.08 0.15 0.06 0.06 0.12 0.24 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.09 0.13 0.15 0.08 0.05 0.09 0.02 0.11 0.06 0.10 0.08 0.17 0.08 0.07 0.11 0.21 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.07 0.10 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.06 0.04 0.14 0.05 0.03 0.06 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.23 0.14 0.13 0.22 0.13 0.21 0.15 0.19 0.17 0.22 0.30 0.14 0.18 0.22 0.09 0.05 0.08 0.10 0.07
C2 0.17 0.19 0.14 0.13 0.19 0.13 0.20 0.15 0.19 0.16 0.19 0.23 0.13 0.17 0.19 0.10 0.04 0.04 0.11 0.07
C2' 0.19 0.29 0.18 0.13 0.27 0.10 0.24 0.10 0.22 0.22 0.29 0.36 0.18 0.17 0.28 0.09 0.04 0.07 0.08 0.04
C3' 0.21 0.30 0.20 0.15 0.27 0.10 0.24 0.07 0.22 0.23 0.30 0.37 0.22 0.18 0.27 0.09 0.04 0.05 0.08 0.05
C4 0.18 0.22 0.16 0.14 0.19 0.12 0.20 0.12 0.19 0.17 0.20 0.28 0.16 0.18 0.19 0.09 0.03 0.05 0.09 0.05
C4' 0.16 0.24 0.16 0.13 0.22 0.11 0.21 0.11 0.19 0.18 0.23 0.31 0.16 0.17 0.22 0.09 0.04 0.06 0.09 0.05
C5 0.18 0.21 0.16 0.14 0.18 0.12 0.19 0.10 0.18 0.17 0.19 0.26 0.17 0.18 0.18 0.10 0.02 0.05 0.08 0.05
C5' 0.16 0.23 0.16 0.12 0.21 0.08 0.21 0.07 0.19 0.17 0.22 0.30 0.17 0.16 0.21 0.07 0.02 0.06 0.09 0.06
C6 0.17 0.19 0.14 0.12 0.17 0.11 0.18 0.11 0.17 0.15 0.18 0.23 0.15 0.17 0.17 0.11 0.02 0.05 0.09 0.06
C8 0.19 0.23 0.18 0.15 0.20 0.12 0.20 0.10 0.19 0.18 0.21 0.29 0.19 0.19 0.20 0.10 0.03 0.07 0.07 0.04
N1 0.16 0.18 0.13 0.12 0.17 0.12 0.18 0.13 0.17 0.15 0.18 0.21 0.13 0.17 0.17 0.10 0.02 0.05 0.09 0.06
N3 0.18 0.22 0.15 0.14 0.20 0.13 0.21 0.14 0.20 0.18 0.21 0.27 0.15 0.18 0.21 0.10 0.04 0.04 0.11 0.07
N6 0.16 0.16 0.13 0.12 0.15 0.11 0.17 0.11 0.15 0.13 0.15 0.20 0.14 0.17 0.15 0.10 0.04 0.09 0.13 0.10
N7 0.19 0.22 0.17 0.14 0.18 0.12 0.19 0.09 0.18 0.17 0.20 0.28 0.19 0.19 0.18 0.10 0.03 0.07 0.07 0.05
N9 0.18 0.23 0.16 0.14 0.21 0.12 0.21 0.11 0.20 0.18 0.22 0.30 0.17 0.18 0.21 0.09 0.03 0.05 0.08 0.04
O2' 0.15 0.27 0.15 0.14 0.25 0.15 0.21 0.16 0.18 0.19 0.28 0.35 0.14 0.20 0.27 0.12 0.08 0.13 0.07 0.07
O3' 0.25 0.36 0.25 0.19 0.32 0.13 0.27 0.07 0.25 0.27 0.36 0.43 0.27 0.22 0.33 0.13 0.08 0.06 0.10 0.05
O4' 0.14 0.21 0.13 0.12 0.21 0.12 0.21 0.14 0.19 0.16 0.20 0.28 0.13 0.17 0.21 0.09 0.05 0.07 0.11 0.06
O5' 0.15 0.20 0.15 0.10 0.16 0.07 0.17 0.07 0.16 0.15 0.18 0.28 0.17 0.14 0.17 0.06 0.06 0.13 0.08 0.08
OP1 0.11 0.17 0.10 0.08 0.15 0.07 0.17 0.10 0.15 0.12 0.16 0.24 0.12 0.11 0.16 0.05 0.10 0.19 0.11 0.12
OP2 0.16 0.20 0.14 0.12 0.19 0.11 0.21 0.12 0.20 0.17 0.19 0.25 0.16 0.13 0.20 0.11 0.15 0.22 0.16 0.17
P 0.16 0.22 0.15 0.11 0.18 0.08 0.19 0.06 0.18 0.16 0.20 0.29 0.17 0.13 0.18 0.08 0.08 0.15 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02 0.09 0.12 0.13 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.11 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.12 0.07 0.05
C4 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.05 0.10 0.15 0.16 0.13
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.10 0.15 0.16 0.13
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.07 0.10 0.14 0.13 0.12
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.11 0.11 0.10
N3 0.03 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.03 0.10 0.14 0.15 0.13
O2 0.04 0.01 0.12 0.10 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.13 0.12 0.04 0.06 0.09 0.12 0.12 0.10
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.13 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03 0.10 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.06 0.12 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.15 0.11 0.08
O4 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.00 0.05 0.09 0.15 0.17 0.13
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.08 0.11 0.10
O5' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.03 0.06 0.09 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.12 0.11 0.12 0.15 0.05 0.15 0.06 0.14 0.11 0.14 0.12 0.10 0.15 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.07 0.07 0.16 0.04 0.16 0.03 0.13 0.11 0.15 0.12 0.06 0.11 0.17 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.05 0.05 0.13 0.03 0.13 0.02 0.12 0.10 0.13 0.10 0.04 0.08 0.13 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00