ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.024, 0.050, 0.076, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.050 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.032, 0.060, 0.087, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.060 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.035, 0.065, 0.096, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.065 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.042, 0.077, 0.112, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.077 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.034, 0.070, 0.106, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.070 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.043, 0.080, 0.117, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.080 std_dev=0.037
C2' B 0, 0.342, 0.713, 1.085, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.713 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.426, 0.837, 1.247, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.837 std_dev=0.410
O4' A 0, -0.164, 0.620, 1.405, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.620 std_dev=0.785
C2' A 0, -0.200, 0.669, 1.539, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.669 std_dev=0.870
O2' A 0, -0.248, 0.811, 1.869, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.811 std_dev=1.059
C1' B 0, 1.069, 2.162, 3.255, 3.329 max_d=3.329 avg_d=2.162 std_dev=1.093
C4' A 0, -0.217, 0.899, 2.015, 3.320 max_d=3.320 avg_d=0.899 std_dev=1.116
C3' B 0, 1.107, 2.346, 3.585, 3.662 max_d=3.662 avg_d=2.346 std_dev=1.239
C3' A 0, -0.302, 1.024, 2.350, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.024 std_dev=1.326
O4' B 0, 1.725, 3.354, 4.984, 4.877 max_d=4.877 avg_d=3.354 std_dev=1.630
N1 B 0, 1.902, 3.548, 5.193, 4.851 max_d=4.851 avg_d=3.548 std_dev=1.646
C4' B 0, 1.867, 3.562, 5.257, 4.858 max_d=4.858 avg_d=3.562 std_dev=1.695
O3' B 0, 1.306, 3.062, 4.817, 5.159 max_d=5.159 avg_d=3.062 std_dev=1.755
O3' A 0, -0.257, 1.589, 3.435, 5.610 max_d=5.610 avg_d=1.589 std_dev=1.846
C2 B 0, 2.229, 4.163, 6.097, 5.929 max_d=5.929 avg_d=4.163 std_dev=1.934
C5' A 0, -0.422, 1.575, 3.572, 5.931 max_d=5.931 avg_d=1.575 std_dev=1.997
O2 B 0, 2.199, 4.200, 6.201, 5.829 max_d=5.829 avg_d=4.200 std_dev=2.001
O5' A 0, -0.417, 1.778, 3.972, 6.600 max_d=6.600 avg_d=1.778 std_dev=2.195
C6 B 0, 2.558, 4.861, 7.163, 7.069 max_d=7.069 avg_d=4.861 std_dev=2.302
N3 B 0, 2.879, 5.520, 8.161, 8.572 max_d=8.572 avg_d=5.520 std_dev=2.641
C5' B 0, 2.902, 5.576, 8.250, 7.711 max_d=7.711 avg_d=5.576 std_dev=2.674
OP1 A 0, -0.573, 2.163, 4.898, 8.086 max_d=8.086 avg_d=2.163 std_dev=2.736
O5' B 0, 3.111, 6.054, 8.997, 8.668 max_d=8.668 avg_d=6.054 std_dev=2.943
C5 B 0, 3.105, 6.051, 8.997, 9.427 max_d=9.427 avg_d=6.051 std_dev=2.946
P A 0, -0.759, 2.270, 5.299, 8.952 max_d=8.952 avg_d=2.270 std_dev=3.029
C4 B 0, 3.159, 6.268, 9.377, 10.144 max_d=10.144 avg_d=6.268 std_dev=3.109
OP2 A 0, -1.007, 2.687, 6.382, 10.878 max_d=10.878 avg_d=2.687 std_dev=3.695
O4 B 0, 3.667, 7.446, 11.225, 12.445 max_d=12.445 avg_d=7.446 std_dev=3.779
P B 0, 4.351, 8.302, 12.253, 11.579 max_d=11.579 avg_d=8.302 std_dev=3.951
OP2 B 0, 4.476, 8.599, 12.723, 12.066 max_d=12.066 avg_d=8.599 std_dev=4.124
OP1 B 0, 4.914, 9.266, 13.618, 12.732 max_d=12.732 avg_d=9.266 std_dev=4.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.16 0.23 0.19
C2 0.02 0.00 0.17 0.63 0.00 0.66 0.01 1.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.25 0.63 0.42 0.59 0.59 0.35 0.49
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.07 0.14 0.17 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.26 0.11 0.15 0.17
C3' 0.01 0.63 0.00 0.00 0.27 0.00 0.09 0.02 0.22 0.34 0.46 0.62 0.13 0.22 0.04 0.01 0.01 0.01 0.34 0.17 0.16 0.22
C4 0.01 0.00 0.10 0.27 0.00 0.28 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.25 0.22 0.09 0.09 0.41 0.22
C4' 0.01 0.66 0.01 0.00 0.28 0.00 0.08 0.00 0.23 0.37 0.48 0.64 0.13 0.25 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.19 0.29 0.10
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.08 0.37 0.36 0.99 0.65
C5' 0.02 1.04 0.01 0.02 0.40 0.00 0.12 0.00 0.36 0.60 0.77 0.96 0.19 0.42 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.16 0.36 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.22 0.01 0.23 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.23 0.18 0.17 0.22 0.80 0.45
C8 0.01 0.01 0.07 0.34 0.00 0.37 0.00 0.60 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.30 0.25 1.00 0.83 1.55 1.24
N1 0.02 0.00 0.14 0.46 0.01 0.48 0.00 0.77 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.47 0.32 0.31 0.25 0.21 0.17
N3 0.02 0.00 0.17 0.62 0.00 0.64 0.01 0.96 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.58 0.43 0.55 0.60 0.35 0.46
N6 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.15 0.11 0.36 0.48 1.17 0.73
N7 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.25 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.21 0.14 0.90 0.88 1.68 1.26
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.40 0.20 0.71 0.53
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.03 0.04 0.03 0.09 0.13 0.18 0.25 0.06 0.10 0.02 0.00 0.06 0.05 0.11 0.37 0.19 0.08
O3' 0.03 0.63 0.03 0.01 0.25 0.02 0.10 0.04 0.23 0.30 0.47 0.58 0.15 0.21 0.02 0.06 0.00 0.02 0.31 0.23 0.37 0.19
O4' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.22 0.00 0.08 0.01 0.18 0.25 0.32 0.43 0.11 0.14 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.26 0.13 0.14
O5' 0.17 0.59 0.26 0.34 0.09 0.01 0.37 0.01 0.17 1.00 0.31 0.55 0.36 0.90 0.40 0.11 0.31 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.59 0.11 0.17 0.09 0.19 0.36 0.16 0.22 0.83 0.25 0.60 0.48 0.88 0.20 0.37 0.23 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.35 0.15 0.16 0.41 0.29 0.99 0.36 0.80 1.55 0.21 0.35 1.17 1.68 0.71 0.19 0.37 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.49 0.17 0.22 0.22 0.10 0.65 0.01 0.45 1.24 0.17 0.46 0.73 1.26 0.53 0.08 0.19 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 1.22 0.14 0.40 1.64 0.76 1.37 0.96 1.09 0.95 1.59 1.16 0.30 0.82 1.93 0.93 0.77 1.12 0.98 0.96
C2 0.60 0.92 0.14 0.37 1.45 1.19 1.33 1.37 1.11 0.80 1.30 0.81 0.30 0.44 1.66 1.28 1.14 1.43 1.30 1.27
C2' 0.60 0.96 0.27 0.57 1.34 0.91 1.12 1.05 0.88 0.76 1.28 0.91 0.28 0.89 1.61 0.89 0.80 1.09 0.91 0.93
C3' 0.89 1.49 0.78 0.78 1.81 0.63 1.60 0.85 1.36 1.25 1.76 1.44 0.82 1.01 2.02 0.80 1.04 1.26 1.43 1.19
C4 0.60 1.20 0.16 0.31 1.81 0.99 1.55 1.19 1.21 0.95 1.69 1.04 0.30 0.48 2.13 1.10 1.01 1.33 1.26 1.19
C4' 1.29 1.94 1.10 1.08 2.17 0.84 1.93 0.99 1.69 1.65 2.18 1.97 1.16 1.37 2.36 1.14 1.25 1.45 1.62 1.40
C5 0.56 1.37 0.19 0.38 2.17 1.14 1.83 1.44 1.38 1.04 1.98 1.22 0.29 0.45 2.60 1.14 1.26 1.66 1.56 1.47
C5' 2.08 2.61 1.95 1.94 2.72 1.63 2.54 1.66 2.37 2.37 2.76 2.67 1.98 2.16 2.84 1.88 1.97 2.03 2.29 2.04
C6 0.52 1.39 0.21 0.50 2.25 1.32 1.93 1.71 1.44 1.04 2.02 1.33 0.27 0.57 2.69 1.22 1.49 1.96 1.79 1.72
C8 0.59 1.39 0.18 0.30 2.13 0.94 1.77 1.20 1.33 1.06 1.98 1.23 0.29 0.47 2.57 1.03 1.06 1.42 1.38 1.27
N1 0.51 1.19 0.18 0.52 1.88 1.39 1.68 1.72 1.31 0.91 1.69 1.20 0.27 0.59 2.19 1.30 1.48 1.88 1.69 1.65
N3 0.64 0.98 0.13 0.31 1.45 0.96 1.30 1.10 1.07 0.85 1.33 0.82 0.32 0.55 1.66 1.14 0.90 1.16 1.08 1.03
N6 0.49 1.55 0.23 0.60 2.54 1.43 2.16 1.93 1.57 1.12 2.24 1.56 0.25 0.75 3.11 1.21 1.72 2.32 2.07 2.00
N7 0.57 1.46 0.20 0.36 2.33 1.08 1.93 1.41 1.44 1.10 2.13 1.30 0.28 0.43 2.83 1.09 1.25 1.67 1.60 1.49
N9 0.61 1.26 0.16 0.31 1.85 0.87 1.55 1.08 1.20 0.98 1.74 1.13 0.30 0.58 2.19 1.02 0.91 1.24 1.18 1.10
O2' 0.86 1.01 0.65 1.00 1.19 1.31 0.98 1.48 0.86 0.84 1.21 1.09 0.59 1.36 1.42 1.16 1.12 1.44 0.95 1.22
O3' 0.83 1.35 0.76 0.85 1.62 0.73 1.43 0.96 1.22 1.13 1.59 1.34 0.80 1.09 1.82 0.76 1.08 1.33 1.42 1.24
O4' 1.13 1.88 0.80 0.73 2.18 0.70 1.90 0.91 1.62 1.55 2.19 1.89 0.86 1.06 2.41 1.11 1.06 1.32 1.43 1.25
O5' 1.94 2.54 1.73 1.75 2.60 1.52 2.38 1.53 2.20 2.23 2.68 2.66 1.69 1.97 2.72 1.79 1.80 1.80 2.06 1.83
OP1 2.04 2.56 1.84 1.95 2.63 1.74 2.41 1.72 2.25 2.28 2.71 2.69 1.77 2.24 2.75 1.95 1.94 1.93 2.15 1.95
OP2 2.11 2.41 2.06 2.25 2.35 1.95 2.22 1.92 2.15 2.22 2.44 2.55 2.02 2.61 2.40 2.02 2.09 2.10 2.20 2.06
P 2.14 2.59 1.96 2.08 2.59 1.86 2.41 1.83 2.28 2.34 2.67 2.73 1.90 2.38 2.67 2.05 2.03 2.02 2.20 2.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.02 0.01 0.20 0.17 0.28 0.21
C2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.02 0.08 0.09 0.14 0.18 0.20
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.16 0.12 0.02 0.11 0.25 0.00 0.02 0.03 0.01 0.37 0.42 0.49 0.39
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.30 0.00 0.33 0.02 0.29 0.18 0.25 0.18 0.02 0.00 0.31 0.01 0.09 0.15 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.30 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.00 0.03 0.11 0.20 0.11 0.24
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.06 0.06 0.23 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.00 0.16 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.27 0.01 0.09 0.16 0.21 0.12 0.23
C5' 0.09 0.04 0.16 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.07 0.03 0.02 0.09 0.08 0.17 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.23 0.01 0.11 0.14 0.17 0.19 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.04 0.01 0.01 0.12 0.14 0.22 0.20
N3 0.01 0.00 0.11 0.25 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.08 0.02 0.05 0.06 0.16 0.14 0.22
O2 0.02 0.00 0.25 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.29 0.03 0.14 0.12 0.15 0.21 0.21
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.26 0.23 0.25 0.08 0.20 0.14 0.22 0.18 0.00 0.08 0.30 0.15 0.24 0.30 0.49 0.29
O3' 0.19 0.12 0.02 0.00 0.16 0.02 0.27 0.17 0.23 0.04 0.08 0.29 0.08 0.00 0.19 0.15 0.23 0.30 0.25 0.22
O4 0.02 0.02 0.03 0.31 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.19 0.00 0.03 0.13 0.24 0.13 0.26
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.05 0.14 0.15 0.15 0.03 0.00 0.07 0.18 0.07 0.16
O5' 0.20 0.09 0.37 0.09 0.11 0.01 0.16 0.01 0.14 0.12 0.06 0.12 0.24 0.23 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.14 0.42 0.15 0.20 0.05 0.21 0.07 0.17 0.14 0.16 0.15 0.30 0.30 0.24 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.18 0.49 0.11 0.11 0.05 0.12 0.01 0.19 0.22 0.14 0.21 0.49 0.25 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.20 0.39 0.09 0.24 0.07 0.23 0.01 0.20 0.20 0.22 0.21 0.29 0.22 0.26 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00