ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53687

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.010, 0.061, 0.112, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.061 std_dev=0.051
C2' A 0, -0.001, 0.060, 0.121, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.060 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.037, 0.117, 0.196, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.117 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.052, 0.140, 0.228, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.140 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.018, 0.110, 0.201, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.110 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.087, 0.193, 0.298, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.193 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.122, 0.236, 0.351, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.236 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.015, 0.158, 0.301, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.158 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.117, 0.267, 0.416, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.267 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.160, 0.318, 0.476, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.318 std_dev=0.158
C4' B 0, 0.077, 0.244, 0.410, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.244 std_dev=0.167
C3' B 0, 0.116, 0.287, 0.458, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.287 std_dev=0.171
O3' B 0, 0.128, 0.303, 0.478, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.303 std_dev=0.175
O2 B 0, 0.210, 0.393, 0.576, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.393 std_dev=0.183
O5' B 0, 0.161, 0.346, 0.530, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.346 std_dev=0.184
C2' B 0, 0.154, 0.339, 0.524, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.339 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.212, 0.401, 0.589, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.401 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.194, 0.385, 0.575, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.385 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.196, 0.387, 0.578, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.387 std_dev=0.191
C5' B 0, 0.093, 0.297, 0.501, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.297 std_dev=0.204
P A 0, 0.085, 0.288, 0.492, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.288 std_dev=0.204
P B 0, 0.169, 0.391, 0.612, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.391 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.187, 0.421, 0.656, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.421 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.267, 0.525, 0.784, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.525 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.240, 0.505, 0.771, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.505 std_dev=0.266
OP1 B 0, 0.265, 0.537, 0.809, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.537 std_dev=0.272
C6 B 0, 0.313, 0.595, 0.877, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.595 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.354, 0.670, 0.986, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.670 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.378, 0.718, 1.057, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.718 std_dev=0.340
O4 B 0, 0.413, 0.806, 1.199, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.806 std_dev=0.393
OP1 A 0, -0.012, 0.443, 0.899, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.443 std_dev=0.455

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.11 0.08 0.08
C2 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.05 0.03 0.13 0.08 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.16 0.11 0.13
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.14 0.12 0.14
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.04 0.14 0.08 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.07 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04 0.06 0.17 0.10 0.12
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.07 0.18 0.10 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.08 0.19 0.12 0.14
N1 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05 0.05 0.16 0.09 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.12 0.08 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.06 0.05 0.07 0.20 0.10 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.08 0.21 0.12 0.14
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.14 0.09 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.06 0.09 0.05 0.11 0.08 0.04 0.00 0.09 0.02 0.11 0.18 0.13 0.15
O3' 0.06 0.06 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.09 0.00 0.05 0.06 0.11 0.16 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.10 0.05 0.04
O5' 0.02 0.03 0.07 0.08 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.13 0.16 0.14 0.14 0.08 0.17 0.10 0.18 0.19 0.16 0.12 0.20 0.21 0.14 0.18 0.11 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.08 0.11 0.12 0.08 0.07 0.10 0.01 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.13 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.13 0.14 0.09 0.06 0.12 0.01 0.11 0.14 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.15 0.15 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.04 0.05 0.07 0.12 0.07 0.28 0.15 0.29 0.13 0.05 0.16 0.08 0.08 0.11 0.07 0.12 0.22 0.09 0.10
C2 0.10 0.05 0.07 0.08 0.12 0.11 0.23 0.18 0.25 0.12 0.06 0.16 0.11 0.07 0.12 0.07 0.12 0.20 0.07 0.09
C2' 0.10 0.07 0.04 0.05 0.12 0.05 0.29 0.12 0.29 0.14 0.06 0.17 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.16 0.14 0.05
C3' 0.09 0.07 0.04 0.06 0.10 0.05 0.27 0.13 0.27 0.12 0.05 0.17 0.05 0.06 0.06 0.06 0.11 0.21 0.11 0.09
C4 0.09 0.05 0.06 0.08 0.12 0.10 0.25 0.18 0.26 0.12 0.06 0.17 0.10 0.08 0.12 0.06 0.12 0.21 0.07 0.09
C4' 0.10 0.06 0.07 0.10 0.11 0.09 0.27 0.17 0.28 0.12 0.05 0.16 0.08 0.10 0.08 0.09 0.16 0.28 0.08 0.14
C5 0.09 0.06 0.06 0.08 0.11 0.11 0.24 0.18 0.25 0.11 0.06 0.19 0.11 0.08 0.12 0.06 0.11 0.20 0.09 0.08
C5' 0.11 0.04 0.08 0.12 0.12 0.11 0.28 0.18 0.29 0.13 0.05 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10 0.16 0.29 0.08 0.15
C6 0.09 0.06 0.07 0.08 0.12 0.11 0.22 0.18 0.23 0.11 0.07 0.18 0.13 0.08 0.12 0.07 0.10 0.18 0.09 0.07
C8 0.09 0.06 0.06 0.08 0.11 0.10 0.26 0.17 0.26 0.11 0.07 0.19 0.10 0.08 0.11 0.06 0.12 0.21 0.10 0.09
N1 0.10 0.05 0.08 0.08 0.12 0.12 0.21 0.17 0.23 0.12 0.06 0.16 0.13 0.07 0.12 0.07 0.10 0.18 0.08 0.07
N3 0.10 0.06 0.06 0.08 0.12 0.10 0.25 0.18 0.26 0.12 0.07 0.16 0.09 0.07 0.13 0.07 0.13 0.22 0.06 0.10
N6 0.09 0.07 0.09 0.08 0.12 0.11 0.21 0.17 0.21 0.11 0.08 0.17 0.15 0.08 0.14 0.07 0.08 0.17 0.11 0.05
N7 0.08 0.07 0.06 0.08 0.11 0.11 0.25 0.18 0.25 0.11 0.07 0.19 0.11 0.08 0.11 0.06 0.11 0.20 0.10 0.08
N9 0.10 0.05 0.06 0.08 0.12 0.09 0.27 0.17 0.28 0.12 0.06 0.17 0.09 0.08 0.11 0.06 0.12 0.22 0.09 0.10
O2' 0.11 0.12 0.05 0.05 0.14 0.06 0.30 0.13 0.29 0.15 0.10 0.20 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.15 0.16 0.06
O3' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.10 0.24 0.16 0.25 0.12 0.09 0.21 0.11 0.09 0.05 0.09 0.16 0.22 0.12 0.13
O4' 0.13 0.06 0.10 0.12 0.13 0.12 0.29 0.19 0.29 0.14 0.07 0.15 0.12 0.13 0.12 0.11 0.17 0.29 0.08 0.16
O5' 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.25 0.16 0.26 0.11 0.08 0.17 0.08 0.10 0.08 0.08 0.17 0.30 0.12 0.17
OP1 0.15 0.13 0.16 0.21 0.22 0.20 0.33 0.27 0.30 0.16 0.16 0.19 0.16 0.20 0.25 0.15 0.24 0.38 0.11 0.22
OP2 0.13 0.06 0.07 0.10 0.20 0.09 0.34 0.13 0.33 0.17 0.10 0.11 0.09 0.12 0.20 0.12 0.12 0.24 0.09 0.10
P 0.14 0.08 0.08 0.11 0.22 0.10 0.35 0.14 0.34 0.17 0.12 0.12 0.11 0.12 0.22 0.12 0.13 0.25 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.15 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04 0.10 0.01 0.05 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.10 0.05
C4 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.05 0.08 0.15 0.26 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.05 0.01 0.05 0.11 0.19 0.26 0.19
C5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.08 0.13 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.05 0.02 0.08 0.11 0.15 0.19 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.07 0.13 0.10
N3 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.01 0.09 0.05 0.09 0.21 0.11
O2 0.08 0.00 0.13 0.11 0.01 0.13 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.25 0.18 0.01 0.17 0.07 0.07 0.13 0.07
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.14 0.04 0.16 0.03 0.12 0.25 0.00 0.04 0.11 0.01 0.07 0.13 0.10 0.09
O3' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.09 0.18 0.04 0.00 0.07 0.02 0.03 0.11 0.10 0.06
O4 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.00 0.08 0.09 0.17 0.28 0.16
O4' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.17 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.04 0.08 0.06
O5' 0.04 0.04 0.05 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.06 0.05 0.07 0.07 0.03 0.09 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.05 0.08 0.09 0.15 0.06 0.19 0.05 0.15 0.07 0.09 0.07 0.13 0.11 0.17 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.15 0.07 0.10 0.26 0.03 0.26 0.01 0.19 0.13 0.21 0.13 0.10 0.10 0.28 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.05 0.05 0.16 0.01 0.19 0.01 0.17 0.10 0.11 0.07 0.09 0.06 0.16 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00