ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53688

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.001, 0.028, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.006, 0.039, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.002, 0.040, 0.077, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.040 std_dev=0.037
C1' A 0, -0.002, 0.038, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.040
N3 A 0, -0.003, 0.038, 0.078, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.020, 0.107, 0.194, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.107 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.025, 0.126, 0.226, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.126 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.041, 0.166, 0.292, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.166 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.032, 0.165, 0.299, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.165 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.019, 0.156, 0.294, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.156 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.023, 0.218, 0.414, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.218 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.068, 0.277, 0.487, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.277 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.006, 0.217, 0.428, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.217 std_dev=0.211
O4 B 0, 0.071, 0.293, 0.514, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.293 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.048, 0.277, 0.506, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.277 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.064, 0.335, 0.605, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.335 std_dev=0.270
P A 0, 0.058, 0.344, 0.630, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.344 std_dev=0.286
N1 B 0, 0.073, 0.366, 0.659, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.366 std_dev=0.293
O2 B 0, 0.046, 0.347, 0.648, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.347 std_dev=0.301
OP2 A 0, 0.067, 0.393, 0.719, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.393 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.063, 0.402, 0.740, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.402 std_dev=0.338
O5' B 0, 0.085, 0.443, 0.800, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.443 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.081, 0.447, 0.814, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.447 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.115, 0.483, 0.850, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.483 std_dev=0.367
C6 B 0, 0.071, 0.445, 0.820, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.445 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.068, 0.470, 0.872, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.470 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.024, 0.443, 0.861, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.443 std_dev=0.419
C5' B 0, 0.099, 0.530, 0.961, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.530 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.101, 0.546, 0.991, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.546 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.155, 0.601, 1.047, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.601 std_dev=0.446
C3' B 0, 0.124, 0.580, 1.037, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.580 std_dev=0.456
O5' A 0, 0.099, 0.633, 1.167, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.633 std_dev=0.534
P B 0, 0.028, 0.567, 1.107, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.567 std_dev=0.540
O3' B 0, 0.152, 0.721, 1.289, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.721 std_dev=0.569
OP2 B 0, 0.040, 0.617, 1.194, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.617 std_dev=0.577
OP1 B 0, 0.046, 0.662, 1.279, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.662 std_dev=0.617

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.40 0.13 0.09
C2 0.07 0.00 0.08 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.05 0.10 0.37 0.10 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.33 0.19 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.23 0.24 0.07
C4 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.09 0.41 0.08 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.26 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.15 0.37 0.06 0.04
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09 0.06 0.11 0.10 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.16 0.08 0.03
C6 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.14 0.32 0.05 0.03
C8 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.26 0.42 0.13 0.12
N1 0.05 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03 0.11 0.33 0.09 0.06
N3 0.08 0.00 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.05 0.06 0.07 0.40 0.09 0.07
N6 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.17 0.26 0.04 0.03
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.24 0.37 0.09 0.07
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.43 0.12 0.10
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.10 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.32 0.20 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.13 0.14 0.32 0.09
O4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.39 0.12 0.11
O5' 0.08 0.10 0.04 0.09 0.09 0.01 0.15 0.01 0.14 0.26 0.11 0.07 0.17 0.24 0.13 0.03 0.13 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.37 0.33 0.23 0.41 0.26 0.37 0.16 0.32 0.42 0.33 0.40 0.26 0.37 0.43 0.32 0.14 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.10 0.19 0.24 0.08 0.12 0.06 0.08 0.05 0.13 0.09 0.09 0.04 0.09 0.12 0.20 0.32 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.12 0.06 0.07 0.03 0.07 0.10 0.06 0.09 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.17 0.12 0.11 0.05 0.12 0.06 0.12 0.10 0.09 0.06 0.31 0.20 0.12 0.08 0.04 0.11 0.02 0.04
C2 0.12 0.10 0.17 0.14 0.16 0.02 0.16 0.06 0.14 0.11 0.13 0.05 0.30 0.24 0.17 0.08 0.05 0.10 0.02 0.04
C2' 0.09 0.04 0.15 0.12 0.07 0.02 0.09 0.04 0.08 0.07 0.05 0.03 0.28 0.23 0.08 0.04 0.04 0.13 0.03 0.05
C3' 0.08 0.03 0.14 0.11 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.00 0.27 0.22 0.07 0.03 0.07 0.17 0.06 0.08
C4 0.10 0.10 0.14 0.08 0.14 0.07 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.06 0.27 0.15 0.15 0.12 0.09 0.13 0.05 0.08
C4' 0.07 0.06 0.14 0.11 0.09 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.28 0.20 0.10 0.06 0.06 0.15 0.04 0.07
C5 0.06 0.07 0.10 0.03 0.12 0.06 0.12 0.09 0.11 0.08 0.09 0.05 0.23 0.07 0.13 0.10 0.07 0.12 0.02 0.06
C5' 0.07 0.11 0.11 0.07 0.13 0.05 0.11 0.10 0.09 0.09 0.13 0.11 0.24 0.17 0.13 0.10 0.11 0.18 0.07 0.11
C6 0.04 0.05 0.10 0.07 0.10 0.05 0.11 0.07 0.08 0.05 0.07 0.05 0.23 0.11 0.12 0.06 0.07 0.11 0.03 0.04
C8 0.09 0.09 0.12 0.06 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12 0.10 0.10 0.07 0.24 0.09 0.13 0.13 0.10 0.15 0.06 0.09
N1 0.08 0.06 0.14 0.12 0.13 0.06 0.13 0.06 0.10 0.07 0.10 0.02 0.27 0.18 0.14 0.04 0.06 0.10 0.03 0.04
N3 0.13 0.11 0.17 0.12 0.16 0.06 0.17 0.10 0.16 0.13 0.13 0.07 0.30 0.23 0.17 0.13 0.09 0.12 0.06 0.08
N6 0.05 0.02 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.02 0.03 0.09 0.21 0.13 0.11 0.06 0.08 0.11 0.07 0.06
N7 0.06 0.07 0.09 0.02 0.11 0.07 0.12 0.10 0.10 0.08 0.08 0.07 0.21 0.04 0.12 0.11 0.08 0.13 0.03 0.06
N9 0.11 0.10 0.15 0.09 0.13 0.09 0.15 0.12 0.14 0.11 0.11 0.06 0.27 0.14 0.14 0.13 0.09 0.14 0.06 0.09
O2' 0.11 0.06 0.17 0.15 0.07 0.05 0.08 0.03 0.08 0.08 0.06 0.07 0.31 0.26 0.08 0.04 0.04 0.13 0.05 0.05
O3' 0.10 0.04 0.14 0.13 0.08 0.05 0.09 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.27 0.24 0.09 0.03 0.07 0.17 0.07 0.08
O4' 0.09 0.07 0.16 0.11 0.10 0.05 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.05 0.30 0.19 0.11 0.09 0.05 0.12 0.03 0.06
O5' 0.09 0.13 0.12 0.07 0.15 0.09 0.14 0.16 0.11 0.11 0.15 0.13 0.26 0.17 0.15 0.13 0.17 0.24 0.12 0.17
OP1 0.29 0.29 0.30 0.34 0.19 0.35 0.18 0.36 0.22 0.26 0.24 0.34 0.34 0.34 0.15 0.32 0.38 0.44 0.33 0.36
OP2 0.17 0.09 0.22 0.21 0.16 0.17 0.20 0.15 0.19 0.14 0.11 0.06 0.32 0.29 0.17 0.15 0.10 0.07 0.14 0.12
P 0.04 0.07 0.10 0.09 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.08 0.11 0.24 0.17 0.07 0.05 0.11 0.16 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.05
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.08 0.01 0.02 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.09 0.09 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.04 0.01 0.05 0.09 0.04 0.02 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.04
O2 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.11 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.11 0.04 0.04 0.19 0.00 0.03 0.08 0.02 0.05 0.14 0.16 0.11
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.08 0.06
O5' 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.10 0.00 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.03 0.09 0.08 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.06 0.14 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.09 0.09 0.06 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.11 0.16 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.11 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00