ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.002, 0.035, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.001, 0.039, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.039 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.002, 0.045, 0.088, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.045 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.008, 0.057, 0.107, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.057 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.007, 0.067, 0.126, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.067 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.017, 0.095, 0.172, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.095 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.001, 0.093, 0.185, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.093 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.017, 0.113, 0.210, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.113 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.039, 0.164, 0.289, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.164 std_dev=0.125
O3' A 0, 0.004, 0.137, 0.269, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.137 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.081, 0.216, 0.351, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.216 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.017, 0.152, 0.288, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.152 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.032, 0.170, 0.308, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.170 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.077, 0.222, 0.366, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.222 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.076, 0.224, 0.371, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.224 std_dev=0.147
C3' B 0, 0.053, 0.201, 0.348, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.201 std_dev=0.147
C5' B 0, 0.094, 0.244, 0.394, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.244 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.100, 0.255, 0.411, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.255 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.091, 0.248, 0.405, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.248 std_dev=0.157
O5' B 0, 0.071, 0.228, 0.386, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.228 std_dev=0.157
P A 0, -0.001, 0.168, 0.338, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.168 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.014, 0.184, 0.354, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.184 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.093, 0.269, 0.445, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.269 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.095, 0.288, 0.482, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.288 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.087, 0.281, 0.475, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.281 std_dev=0.194
O2 B 0, 0.111, 0.310, 0.508, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.310 std_dev=0.198
OP1 A 0, -0.039, 0.161, 0.361, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.161 std_dev=0.200
P B 0, 0.035, 0.241, 0.448, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.241 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.079, 0.300, 0.522, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.300 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.062, 0.286, 0.511, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.286 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.072, 0.297, 0.523, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.297 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.064, 0.304, 0.543, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.304 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.012, 0.262, 0.511, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.262 std_dev=0.250
O4 B 0, 0.051, 0.330, 0.608, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.330 std_dev=0.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.14 0.13 0.18 0.15 0.20 0.15 0.19 0.15 0.14 0.10 0.16 0.11 0.18 0.14 0.14 0.20 0.18 0.15
C2 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.18 0.10 0.17 0.14 0.13 0.09 0.16 0.11 0.16 0.12 0.11 0.19 0.15 0.12
C2' 0.15 0.15 0.15 0.14 0.20 0.16 0.22 0.16 0.21 0.17 0.17 0.12 0.16 0.12 0.21 0.16 0.14 0.22 0.19 0.17
C3' 0.15 0.15 0.15 0.14 0.20 0.16 0.22 0.16 0.21 0.17 0.17 0.13 0.16 0.12 0.21 0.16 0.15 0.23 0.20 0.18
C4 0.14 0.12 0.14 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.17 0.14 0.13 0.10 0.16 0.10 0.16 0.13 0.12 0.19 0.15 0.13
C4' 0.15 0.14 0.14 0.14 0.19 0.15 0.21 0.16 0.20 0.16 0.16 0.11 0.16 0.11 0.20 0.15 0.14 0.23 0.19 0.17
C5 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.15 0.17 0.13 0.17 0.15 0.14 0.11 0.18 0.10 0.16 0.14 0.13 0.19 0.14 0.13
C5' 0.15 0.14 0.14 0.14 0.19 0.16 0.21 0.16 0.20 0.16 0.15 0.11 0.17 0.11 0.20 0.16 0.14 0.23 0.19 0.17
C6 0.15 0.14 0.16 0.13 0.16 0.14 0.17 0.12 0.17 0.16 0.14 0.12 0.19 0.10 0.16 0.14 0.13 0.18 0.14 0.12
C8 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.15 0.18 0.14 0.17 0.15 0.13 0.11 0.17 0.10 0.16 0.14 0.13 0.19 0.15 0.13
N1 0.14 0.13 0.16 0.13 0.15 0.13 0.17 0.11 0.17 0.15 0.14 0.11 0.18 0.10 0.16 0.13 0.11 0.18 0.13 0.11
N3 0.12 0.11 0.13 0.12 0.15 0.13 0.18 0.11 0.17 0.14 0.12 0.08 0.15 0.10 0.16 0.12 0.11 0.19 0.15 0.13
N6 0.16 0.15 0.17 0.13 0.16 0.15 0.17 0.13 0.18 0.16 0.15 0.14 0.19 0.10 0.16 0.15 0.13 0.18 0.13 0.12
N7 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.15 0.17 0.14 0.17 0.15 0.14 0.12 0.18 0.10 0.16 0.15 0.13 0.19 0.14 0.13
N9 0.14 0.12 0.14 0.13 0.16 0.14 0.18 0.14 0.18 0.15 0.13 0.10 0.16 0.10 0.17 0.14 0.13 0.19 0.16 0.14
O2' 0.15 0.16 0.15 0.15 0.21 0.16 0.24 0.15 0.22 0.18 0.18 0.13 0.16 0.14 0.22 0.16 0.13 0.23 0.21 0.18
O3' 0.16 0.17 0.16 0.15 0.22 0.17 0.24 0.17 0.22 0.19 0.19 0.14 0.16 0.13 0.24 0.17 0.16 0.25 0.22 0.20
O4' 0.14 0.13 0.14 0.13 0.17 0.15 0.20 0.15 0.19 0.15 0.14 0.10 0.16 0.11 0.18 0.14 0.14 0.21 0.18 0.16
O5' 0.14 0.14 0.15 0.14 0.17 0.15 0.19 0.14 0.18 0.15 0.15 0.12 0.17 0.11 0.18 0.14 0.13 0.20 0.16 0.14
OP1 0.15 0.14 0.15 0.13 0.17 0.15 0.19 0.15 0.18 0.16 0.15 0.12 0.17 0.11 0.18 0.15 0.14 0.21 0.16 0.15
OP2 0.19 0.18 0.18 0.17 0.21 0.19 0.23 0.19 0.22 0.19 0.18 0.16 0.20 0.13 0.21 0.19 0.18 0.25 0.19 0.19
P 0.15 0.14 0.15 0.14 0.17 0.15 0.19 0.15 0.19 0.16 0.15 0.12 0.17 0.11 0.18 0.15 0.13 0.21 0.16 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04 0.10 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.11 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.12 0.08 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.12 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.09 0.06 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.08 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.12 0.07 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.11 0.07 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.04
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.08 0.08 0.05 0.03 0.02 0.11 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.04 0.09 0.12 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.06 0.05 0.11 0.04 0.11 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.06 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00