ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.005, 0.019, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.037 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.004, 0.039, 0.074, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.011, 0.050, 0.089, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.050 std_dev=0.039
C1' B 0, 0.184, 0.498, 0.813, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.498 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.314, 0.757, 1.201, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.757 std_dev=0.443
C2' B 0, 0.277, 0.744, 1.212, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.744 std_dev=0.468
O4' B 0, 0.264, 0.787, 1.310, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.787 std_dev=0.523
C6 B 0, 0.457, 1.093, 1.729, 1.539 max_d=1.539 avg_d=1.093 std_dev=0.636
O2' B 0, 0.248, 0.901, 1.554, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.901 std_dev=0.653
C2 B 0, 0.376, 1.048, 1.720, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.048 std_dev=0.672
C3' B 0, 0.207, 0.966, 1.724, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.966 std_dev=0.758
C5 B 0, 0.571, 1.367, 2.162, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.367 std_dev=0.795
C4 B 0, 0.560, 1.430, 2.300, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.430 std_dev=0.870
C4' B 0, 0.147, 1.019, 1.890, 1.904 max_d=1.904 avg_d=1.019 std_dev=0.871
N3 B 0, 0.458, 1.338, 2.217, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.338 std_dev=0.880
O2 B 0, 0.300, 1.222, 2.145, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.222 std_dev=0.922
O4' A 0, 0.087, 1.075, 2.064, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.075 std_dev=0.989
O3' A 0, 0.264, 1.304, 2.344, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.304 std_dev=1.040
C2' A 0, 0.095, 1.166, 2.237, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.166 std_dev=1.071
O4 B 0, 0.590, 1.693, 2.797, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.693 std_dev=1.103
O3' B 0, 0.256, 1.452, 2.649, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.452 std_dev=1.197
C3' A 0, 0.144, 1.365, 2.587, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.365 std_dev=1.221
O5' B 0, 0.233, 1.489, 2.744, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.489 std_dev=1.256
C5' B 0, 0.198, 1.534, 2.869, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.534 std_dev=1.336
C4' A 0, 0.141, 1.480, 2.819, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.480 std_dev=1.339
O2' A 0, 0.155, 1.800, 3.445, 3.442 max_d=3.442 avg_d=1.800 std_dev=1.645
OP2 B 0, 0.434, 2.098, 3.761, 3.889 max_d=3.889 avg_d=2.098 std_dev=1.663
P B 0, 0.325, 2.095, 3.865, 3.937 max_d=3.937 avg_d=2.095 std_dev=1.770
OP1 B 0, 0.227, 2.446, 4.665, 4.767 max_d=4.767 avg_d=2.446 std_dev=2.219
C5' A 0, 0.215, 2.551, 4.887, 4.896 max_d=4.896 avg_d=2.551 std_dev=2.336
O5' A 0, 0.279, 2.901, 5.524, 5.530 max_d=5.530 avg_d=2.901 std_dev=2.622
P A 0, 0.324, 3.941, 7.559, 7.563 max_d=7.563 avg_d=3.941 std_dev=3.618
OP2 A 0, 0.330, 4.608, 8.886, 8.986 max_d=8.986 avg_d=4.608 std_dev=4.278
OP1 A 0, 0.345, 4.897, 9.450, 9.505 max_d=9.505 avg_d=4.897 std_dev=4.552

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.30 0.01 0.10 0.20 0.19 0.07
C2 0.04 0.00 0.49 0.27 0.02 0.29 0.02 0.38 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.46 0.07 0.46 0.13 0.67 0.51 0.15
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.25 0.01 0.11 0.13 0.21 0.26 0.38 0.49 0.13 0.14 0.02 0.01 0.05 0.04 0.28 0.23 0.23 0.32
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.33 0.24 0.31 0.23 0.35 0.31 0.19 0.03 0.02 0.01 0.04 0.14 0.09 0.03
C4 0.01 0.02 0.25 0.25 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.23 0.26 0.28 0.67 0.16
C4' 0.03 0.29 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.02 0.33 0.18 0.28 0.05 0.27 0.08 0.25 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02
C5 0.01 0.02 0.11 0.31 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.06 0.09 0.49 0.10 1.06 0.44
C5' 0.04 0.38 0.13 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.04 0.52 0.21 0.37 0.14 0.46 0.13 0.12 0.14 0.01 0.00 0.06 0.14 0.02
C6 0.02 0.02 0.21 0.33 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.06 0.20 0.42 0.19 1.07 0.36
C8 0.02 0.01 0.26 0.24 0.01 0.33 0.00 0.52 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.68 0.07 0.28 0.73 0.44 1.15 0.71
N1 0.04 0.01 0.38 0.31 0.03 0.18 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.23 0.06 0.35 0.23 0.47 0.80 0.13
N3 0.03 0.02 0.49 0.23 0.00 0.28 0.02 0.37 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.49 0.10 0.45 0.14 0.62 0.39 0.18
N6 0.02 0.03 0.13 0.35 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.25 0.08 0.13 0.55 0.11 1.31 0.53
N7 0.03 0.02 0.14 0.31 0.03 0.27 0.01 0.46 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.59 0.07 0.16 0.76 0.41 1.37 0.77
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.23 0.12 0.01 0.33 0.10 0.64 0.24
O2' 0.01 0.46 0.01 0.03 0.07 0.25 0.23 0.12 0.11 0.68 0.23 0.49 0.25 0.59 0.23 0.00 0.08 0.17 0.18 0.06 0.29 0.24
O3' 0.30 0.07 0.05 0.02 0.09 0.03 0.06 0.14 0.06 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.00 0.16 0.14 0.49 0.17 0.22
O4' 0.01 0.46 0.04 0.01 0.23 0.00 0.09 0.01 0.20 0.28 0.35 0.45 0.13 0.16 0.01 0.17 0.16 0.00 0.11 0.23 0.15 0.03
O5' 0.10 0.13 0.28 0.04 0.26 0.01 0.49 0.00 0.42 0.73 0.23 0.14 0.55 0.76 0.33 0.18 0.14 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.67 0.23 0.14 0.28 0.07 0.10 0.06 0.19 0.44 0.47 0.62 0.11 0.41 0.10 0.06 0.49 0.23 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.19 0.51 0.23 0.09 0.67 0.08 1.06 0.14 1.07 1.15 0.80 0.39 1.31 1.37 0.64 0.29 0.17 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.32 0.03 0.16 0.02 0.44 0.02 0.36 0.71 0.13 0.18 0.53 0.77 0.24 0.24 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.29 0.32 0.47 0.28 0.49 0.17 0.53 0.09 0.11 0.36 0.39 0.43 0.61 0.32 0.28 0.44 0.63 0.31 0.45
C2 0.13 0.13 0.11 0.07 0.17 0.10 0.17 0.18 0.16 0.15 0.15 0.12 0.13 0.11 0.19 0.20 0.21 0.24 0.21 0.23
C2' 0.39 0.65 0.29 0.19 0.61 0.14 0.52 0.09 0.45 0.50 0.68 0.73 0.26 0.13 0.64 0.27 0.16 0.04 0.25 0.13
C3' 0.28 0.07 0.47 0.54 0.12 0.45 0.20 0.48 0.25 0.21 0.06 0.06 0.45 0.63 0.10 0.33 0.48 0.62 0.43 0.49
C4 0.14 0.14 0.18 0.25 0.15 0.31 0.15 0.36 0.14 0.13 0.16 0.16 0.22 0.26 0.14 0.24 0.32 0.43 0.24 0.33
C4' 0.95 0.69 1.19 1.24 0.69 1.12 0.80 1.13 0.86 0.84 0.62 0.60 1.17 1.31 0.65 0.97 1.14 1.25 1.08 1.13
C5 0.15 0.14 0.15 0.18 0.16 0.23 0.19 0.28 0.18 0.16 0.15 0.11 0.18 0.17 0.15 0.20 0.26 0.34 0.19 0.25
C5' 1.30 1.28 1.51 1.48 1.26 1.29 1.27 1.28 1.28 1.30 1.25 1.27 1.39 1.47 1.26 1.22 1.37 1.41 1.36 1.35
C6 0.15 0.15 0.10 0.08 0.17 0.11 0.19 0.16 0.19 0.17 0.16 0.14 0.09 0.04 0.17 0.16 0.18 0.19 0.15 0.16
C8 0.14 0.18 0.25 0.34 0.24 0.36 0.22 0.41 0.17 0.14 0.24 0.17 0.34 0.42 0.25 0.24 0.35 0.49 0.24 0.34
N1 0.14 0.17 0.12 0.11 0.20 0.09 0.18 0.11 0.17 0.16 0.19 0.15 0.12 0.17 0.23 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14
N3 0.14 0.12 0.13 0.20 0.11 0.30 0.13 0.36 0.14 0.12 0.12 0.16 0.12 0.16 0.11 0.28 0.33 0.41 0.27 0.34
N6 0.16 0.18 0.11 0.10 0.19 0.12 0.22 0.14 0.22 0.18 0.19 0.17 0.08 0.10 0.20 0.16 0.15 0.11 0.12 0.11
N7 0.15 0.15 0.20 0.24 0.20 0.28 0.22 0.33 0.20 0.16 0.18 0.11 0.26 0.28 0.20 0.21 0.29 0.39 0.20 0.28
N9 0.14 0.19 0.26 0.36 0.21 0.39 0.17 0.44 0.13 0.12 0.24 0.22 0.35 0.44 0.22 0.26 0.37 0.51 0.26 0.37
O2' 0.92 1.43 0.90 0.65 1.37 0.43 1.16 0.30 1.03 1.14 1.50 1.60 0.82 0.49 1.43 0.63 0.50 0.20 0.65 0.43
O3' 0.51 0.16 0.69 0.84 0.27 0.80 0.44 0.87 0.52 0.41 0.13 0.04 0.65 0.97 0.22 0.63 0.84 1.05 0.80 0.88
O4' 0.90 0.55 1.11 1.17 0.51 1.12 0.62 1.12 0.72 0.73 0.45 0.48 1.19 1.23 0.45 0.97 1.10 1.20 0.98 1.07
O5' 0.96 1.07 1.14 1.06 1.05 0.86 0.98 0.82 0.95 1.00 1.08 1.12 1.04 1.05 1.08 0.84 0.93 0.93 0.94 0.89
OP1 1.84 2.26 1.87 1.73 2.31 1.53 2.14 1.49 2.01 2.05 2.36 2.34 1.59 1.55 2.41 1.65 1.71 1.62 1.84 1.70
OP2 0.79 1.22 0.99 0.82 1.24 0.49 1.01 0.41 0.88 0.97 1.33 1.34 0.83 0.78 1.36 0.53 0.61 0.52 0.69 0.55
P 1.21 1.52 1.35 1.23 1.51 0.99 1.35 0.93 1.27 1.34 1.58 1.61 1.19 1.15 1.59 1.03 1.10 1.04 1.16 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C2 0.04 0.00 0.17 0.12 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.14 0.27 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.10 0.24 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.09 0.08 0.04
C4 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.13 0.11 0.11 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.03 0.13 0.08 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.02 0.22 0.20 0.18 0.18
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.05 0.03 0.09 0.08 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.02 0.22 0.19 0.14 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.05 0.05
N3 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.14 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
O2 0.06 0.01 0.27 0.24 0.02 0.13 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.34 0.33 0.03 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.11 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.20 0.34 0.00 0.02 0.13 0.07 0.04 0.13 0.03 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.03 0.17 0.01 0.14 0.33 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.17 0.13 0.09
O4 0.03 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03 0.13 0.05 0.00 0.03 0.11 0.10 0.11 0.10
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.10 0.08
O5' 0.03 0.02 0.02 0.02 0.13 0.01 0.22 0.01 0.22 0.08 0.05 0.08 0.04 0.02 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.06 0.20 0.04 0.19 0.07 0.05 0.08 0.13 0.17 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.07 0.08 0.11 0.02 0.18 0.01 0.14 0.05 0.07 0.11 0.03 0.13 0.11 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.01 0.04 0.11 0.02 0.18 0.02 0.16 0.05 0.05 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00