ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53692

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.013, 0.035, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.015, 0.046, 0.077, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.056 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.018, 0.053, 0.088, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.028, 0.071, 0.115, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.071 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.032, 0.091, 0.149, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.091 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.055, 0.227, 0.399, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.227 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.099, 0.278, 0.457, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.278 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.059, 0.245, 0.431, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.245 std_dev=0.186
C4' A 0, 0.147, 0.378, 0.608, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.378 std_dev=0.231
C3' A 0, 0.187, 0.445, 0.703, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.445 std_dev=0.258
O2' A 0, 0.126, 0.429, 0.733, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.190, 0.511, 0.832, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.511 std_dev=0.321
C5' A 0, 0.120, 0.457, 0.794, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.457 std_dev=0.337
O4' B 0, 0.239, 0.578, 0.916, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.578 std_dev=0.338
O2' B 0, 0.244, 0.598, 0.953, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.598 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.222, 0.583, 0.945, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.583 std_dev=0.362
P A 0, 0.110, 0.503, 0.896, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.503 std_dev=0.393
C3' B 0, 0.273, 0.671, 1.069, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.671 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.252, 0.657, 1.062, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.657 std_dev=0.405
O3' A 0, 0.300, 0.735, 1.169, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.735 std_dev=0.435
C5' B 0, 0.194, 0.649, 1.104, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.649 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.305, 0.777, 1.248, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.777 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.313, 0.805, 1.298, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.805 std_dev=0.493
N1 B 0, 0.280, 0.854, 1.428, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.854 std_dev=0.574
OP1 B 0, 0.213, 0.801, 1.390, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.801 std_dev=0.589
P B 0, 0.314, 0.920, 1.527, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.920 std_dev=0.607
O2 B 0, 0.190, 0.843, 1.495, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.843 std_dev=0.652
C6 B 0, 0.329, 1.016, 1.703, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.016 std_dev=0.687
C2 B 0, 0.263, 0.951, 1.638, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.951 std_dev=0.687
OP2 B 0, 0.408, 1.110, 1.811, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.110 std_dev=0.702
C5 B 0, 0.381, 1.244, 2.107, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.244 std_dev=0.863
N3 B 0, 0.318, 1.189, 2.060, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.189 std_dev=0.871
C4 B 0, 0.386, 1.341, 2.296, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.341 std_dev=0.955
O4 B 0, 0.410, 1.559, 2.708, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.559 std_dev=1.149
OP2 A 0, 0.173, 1.476, 2.779, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.476 std_dev=1.303
OP1 A 0, 0.163, 1.898, 3.632, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.898 std_dev=1.734

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.07 0.08 0.10
C2 0.01 0.00 0.18 0.27 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.28 0.06 0.07 0.10 0.47 0.05
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.10 0.11 0.07 0.15 0.16 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.26 0.29 0.28 0.21
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.22 0.00 0.24 0.03 0.29 0.12 0.29 0.23 0.30 0.18 0.14 0.02 0.01 0.02 0.12 0.52 0.27 0.08
C4 0.00 0.00 0.10 0.22 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.21 0.03 0.08 0.10 0.41 0.07
C4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.02 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.26 0.24 0.04
C5 0.00 0.00 0.07 0.24 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.28 0.02 0.06 0.22 0.61 0.07
C5' 0.09 0.08 0.10 0.03 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.17 0.10 0.08 0.11 0.16 0.12 0.10 0.11 0.02 0.00 0.07 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.29 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.34 0.02 0.05 0.18 0.71 0.06
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.10 0.38 0.45 0.14
N1 0.01 0.00 0.15 0.29 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.33 0.05 0.06 0.09 0.62 0.05
N3 0.01 0.00 0.16 0.23 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.06 0.08 0.10 0.34 0.06
N6 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.38 0.01 0.03 0.26 0.84 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.18 0.01 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.23 0.02 0.07 0.41 0.66 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.10 0.14 0.29 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.16 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.06 0.00 0.11 0.08 0.16 0.45 0.32 0.13
O3' 0.04 0.28 0.01 0.01 0.21 0.02 0.28 0.11 0.34 0.14 0.33 0.21 0.38 0.23 0.12 0.11 0.00 0.04 0.06 0.98 0.29 0.22
O4' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O5' 0.12 0.07 0.26 0.12 0.08 0.01 0.06 0.00 0.05 0.10 0.06 0.08 0.03 0.07 0.10 0.16 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.29 0.52 0.10 0.26 0.22 0.07 0.18 0.38 0.09 0.10 0.26 0.41 0.14 0.45 0.98 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.47 0.28 0.27 0.41 0.24 0.61 0.29 0.71 0.45 0.62 0.34 0.84 0.66 0.29 0.32 0.29 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.05 0.21 0.08 0.07 0.04 0.07 0.01 0.06 0.14 0.05 0.06 0.05 0.11 0.10 0.13 0.22 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.12 0.12 0.19 0.11 0.20 0.15 0.20 0.16 0.16 0.11 0.17 0.30 0.20 0.23 0.21 0.21 0.25 0.26
C2 0.21 0.25 0.12 0.05 0.29 0.06 0.27 0.08 0.25 0.24 0.27 0.23 0.12 0.13 0.31 0.17 0.18 0.10 0.21 0.16
C2' 0.09 0.08 0.26 0.34 0.06 0.16 0.05 0.12 0.05 0.07 0.07 0.11 0.30 0.55 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08
C3' 0.09 0.09 0.22 0.28 0.06 0.15 0.06 0.12 0.06 0.08 0.07 0.11 0.25 0.45 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08
C4 0.18 0.20 0.11 0.05 0.25 0.06 0.25 0.09 0.23 0.20 0.22 0.17 0.16 0.21 0.27 0.20 0.20 0.15 0.24 0.21
C4' 0.12 0.12 0.13 0.16 0.15 0.08 0.14 0.07 0.13 0.12 0.13 0.12 0.16 0.32 0.15 0.15 0.11 0.07 0.13 0.13
C5 0.20 0.24 0.14 0.05 0.29 0.05 0.27 0.08 0.25 0.23 0.27 0.23 0.17 0.17 0.32 0.18 0.19 0.12 0.23 0.19
C5' 0.23 0.24 0.16 0.12 0.26 0.12 0.24 0.10 0.23 0.23 0.26 0.25 0.21 0.27 0.27 0.24 0.16 0.09 0.18 0.17
C6 0.21 0.30 0.17 0.07 0.34 0.06 0.30 0.09 0.27 0.26 0.33 0.30 0.17 0.13 0.37 0.15 0.17 0.10 0.21 0.15
C8 0.18 0.19 0.12 0.07 0.25 0.08 0.25 0.11 0.24 0.20 0.22 0.17 0.17 0.23 0.27 0.21 0.21 0.17 0.26 0.24
N1 0.22 0.31 0.17 0.08 0.34 0.07 0.30 0.09 0.27 0.27 0.34 0.31 0.15 0.10 0.37 0.14 0.16 0.09 0.20 0.13
N3 0.17 0.18 0.09 0.05 0.24 0.06 0.23 0.09 0.22 0.19 0.21 0.15 0.14 0.20 0.25 0.20 0.19 0.14 0.23 0.20
N6 0.22 0.35 0.19 0.09 0.38 0.07 0.32 0.10 0.28 0.28 0.38 0.36 0.18 0.11 0.42 0.13 0.16 0.09 0.20 0.14
N7 0.20 0.24 0.14 0.05 0.29 0.06 0.27 0.09 0.25 0.23 0.27 0.22 0.18 0.18 0.31 0.19 0.20 0.14 0.25 0.21
N9 0.17 0.17 0.11 0.08 0.23 0.08 0.23 0.12 0.22 0.18 0.19 0.14 0.17 0.25 0.24 0.22 0.21 0.18 0.25 0.24
O2' 0.11 0.11 0.18 0.25 0.18 0.07 0.20 0.12 0.18 0.13 0.13 0.09 0.22 0.51 0.18 0.22 0.18 0.21 0.24 0.27
O3' 0.10 0.10 0.18 0.24 0.09 0.14 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.21 0.37 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09
O4' 0.24 0.23 0.18 0.12 0.27 0.20 0.27 0.22 0.27 0.24 0.24 0.21 0.20 0.20 0.27 0.29 0.26 0.23 0.29 0.29
O5' 0.25 0.26 0.15 0.09 0.32 0.14 0.31 0.16 0.30 0.26 0.28 0.23 0.19 0.23 0.33 0.28 0.25 0.22 0.30 0.29
OP1 0.15 0.19 0.19 0.37 0.17 0.35 0.17 0.48 0.18 0.15 0.19 0.25 0.19 0.55 0.19 0.19 0.39 0.62 0.42 0.46
OP2 0.22 0.24 0.29 0.26 0.18 0.17 0.16 0.11 0.16 0.20 0.22 0.30 0.35 0.35 0.17 0.16 0.13 0.18 0.17 0.17
P 0.20 0.24 0.14 0.13 0.28 0.10 0.26 0.10 0.25 0.22 0.26 0.23 0.18 0.30 0.30 0.20 0.17 0.10 0.20 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.03 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.09 0.07 0.12 0.12 0.02 0.01 0.12 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03
C4 0.03 0.03 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.15 0.01 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03
N1 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
N3 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04
O2 0.02 0.01 0.10 0.12 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.13 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.04
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.10 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.15 0.03 0.13 0.05 0.11 0.08 0.14 0.13 0.05 0.00 0.15 0.03 0.02 0.04 0.10 0.02
O4 0.04 0.03 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.15 0.00 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05
O4' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.10 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00