ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53693

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.007, 0.042, 0.077, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.002, 0.038, 0.074, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.038 std_dev=0.036
C4 A 0, 0.006, 0.046, 0.086, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C2 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.007, 0.051, 0.094, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.051 std_dev=0.043
N3 A 0, 0.007, 0.050, 0.093, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.050 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.024, 0.073, 0.123, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.073 std_dev=0.049
N1 A 0, 0.004, 0.054, 0.105, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.054 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.011, 0.072, 0.132, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.072 std_dev=0.061
C1' A 0, 0.004, 0.078, 0.151, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.078 std_dev=0.074
C2' B 0, 0.204, 0.601, 0.998, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.601 std_dev=0.397
C1' B 0, 0.231, 0.669, 1.107, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.669 std_dev=0.438
O2' B 0, 0.226, 0.870, 1.514, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.870 std_dev=0.644
O4' B 0, 0.270, 0.937, 1.603, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.937 std_dev=0.666
C3' B 0, 0.257, 1.116, 1.975, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.116 std_dev=0.859
C2' A 0, 0.127, 1.097, 2.067, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.097 std_dev=0.970
N1 B 0, 0.205, 1.180, 2.154, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.180 std_dev=0.975
C4' B 0, 0.277, 1.356, 2.436, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.356 std_dev=1.080
O4' A 0, 0.118, 1.213, 2.308, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.213 std_dev=1.095
O3' B 0, 0.310, 1.512, 2.714, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.512 std_dev=1.202
O3' A 0, 0.358, 1.617, 2.876, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.617 std_dev=1.259
O2' A 0, 0.223, 1.538, 2.854, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.538 std_dev=1.316
C6 B 0, 0.263, 1.580, 2.897, 2.968 max_d=2.968 avg_d=1.580 std_dev=1.317
C3' A 0, 0.220, 1.570, 2.919, 2.929 max_d=2.929 avg_d=1.570 std_dev=1.350
O2 B 0, 0.136, 1.504, 2.871, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.504 std_dev=1.367
C2 B 0, 0.131, 1.525, 2.918, 2.961 max_d=2.961 avg_d=1.525 std_dev=1.393
C4' A 0, 0.178, 1.788, 3.398, 3.414 max_d=3.414 avg_d=1.788 std_dev=1.610
C5' B 0, 0.253, 2.001, 3.750, 3.906 max_d=3.906 avg_d=2.001 std_dev=1.748
C5 B 0, 0.212, 2.134, 4.057, 4.111 max_d=4.111 avg_d=2.134 std_dev=1.922
N3 B 0, 0.156, 2.145, 4.133, 4.181 max_d=4.181 avg_d=2.145 std_dev=1.989
O5' B 0, 0.216, 2.209, 4.202, 4.374 max_d=4.374 avg_d=2.209 std_dev=1.993
C4 B 0, 0.144, 2.416, 4.687, 4.739 max_d=4.739 avg_d=2.416 std_dev=2.272
C5' A 0, 0.317, 2.846, 5.374, 5.388 max_d=5.388 avg_d=2.846 std_dev=2.528
P B 0, 0.216, 2.907, 5.598, 5.769 max_d=5.769 avg_d=2.907 std_dev=2.691
OP2 B 0, 0.272, 3.013, 5.754, 5.931 max_d=5.931 avg_d=3.013 std_dev=2.741
O4 B 0, 0.191, 3.005, 5.819, 5.831 max_d=5.831 avg_d=3.005 std_dev=2.814
OP1 B 0, 0.217, 3.260, 6.304, 6.525 max_d=6.525 avg_d=3.260 std_dev=3.043
O5' A 0, 0.242, 3.758, 7.275, 7.327 max_d=7.327 avg_d=3.758 std_dev=3.516
P A 0, 0.246, 4.887, 9.528, 9.575 max_d=9.575 avg_d=4.887 std_dev=4.641
OP2 A 0, 0.307, 5.335, 10.363, 10.361 max_d=10.361 avg_d=5.335 std_dev=5.028
OP1 A 0, 0.281, 5.443, 10.605, 10.652 max_d=10.652 avg_d=5.443 std_dev=5.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.08 0.03 0.11 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.27 0.01 0.34 0.52 0.05 0.34
C2 0.11 0.00 0.41 0.14 0.02 0.49 0.02 0.65 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.44 0.14 0.68 0.07 0.10 0.10 0.07
C2' 0.00 0.41 0.00 0.01 0.20 0.01 0.08 0.16 0.16 0.25 0.30 0.40 0.11 0.14 0.02 0.00 0.04 0.01 0.18 0.18 0.20 0.09
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.22 0.21 0.18 0.10 0.26 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.06 0.11
C4 0.06 0.02 0.20 0.17 0.00 0.18 0.02 0.27 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.08 0.10 0.35 0.46 0.61 0.26 0.51
C4' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.18 0.00 0.05 0.02 0.17 0.34 0.37 0.46 0.10 0.24 0.06 0.23 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.02
C5 0.05 0.02 0.08 0.23 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.15 0.06 0.17 0.78 1.01 0.61 0.90
C5' 0.06 0.65 0.16 0.01 0.27 0.02 0.09 0.00 0.24 0.42 0.50 0.61 0.14 0.32 0.05 0.06 0.16 0.02 0.02 0.42 0.33 0.03
C6 0.08 0.01 0.16 0.22 0.04 0.17 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.33 0.63 0.83 0.55 0.75
C8 0.03 0.02 0.25 0.21 0.01 0.34 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.56 0.08 0.35 1.17 1.47 0.81 1.32
N1 0.11 0.01 0.30 0.18 0.03 0.37 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.23 0.09 0.55 0.30 0.40 0.26 0.36
N3 0.10 0.01 0.40 0.10 0.00 0.46 0.02 0.61 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.45 0.17 0.68 0.05 0.10 0.12 0.05
N6 0.07 0.02 0.11 0.26 0.04 0.10 0.03 0.14 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.15 0.05 0.24 0.80 1.08 0.78 0.99
N7 0.02 0.02 0.14 0.26 0.02 0.24 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.46 0.08 0.18 1.17 1.52 0.96 1.38
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.19 0.12 0.00 0.67 0.85 0.34 0.71
O2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.08 0.23 0.15 0.06 0.04 0.56 0.23 0.45 0.15 0.46 0.19 0.00 0.06 0.16 0.21 0.24 0.20 0.12
O3' 0.27 0.14 0.04 0.01 0.10 0.01 0.06 0.16 0.05 0.08 0.09 0.17 0.05 0.08 0.12 0.06 0.00 0.18 0.16 0.17 0.19 0.16
O4' 0.01 0.68 0.01 0.01 0.35 0.01 0.17 0.02 0.33 0.35 0.55 0.68 0.24 0.18 0.00 0.16 0.18 0.00 0.27 0.58 0.10 0.29
O5' 0.34 0.07 0.18 0.17 0.46 0.01 0.78 0.02 0.63 1.17 0.30 0.05 0.80 1.17 0.67 0.21 0.16 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.52 0.10 0.18 0.15 0.61 0.25 1.01 0.42 0.83 1.47 0.40 0.10 1.08 1.52 0.85 0.24 0.17 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.20 0.06 0.26 0.23 0.61 0.33 0.55 0.81 0.26 0.12 0.78 0.96 0.34 0.20 0.19 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.07 0.09 0.11 0.51 0.02 0.90 0.03 0.75 1.32 0.36 0.05 0.99 1.38 0.71 0.12 0.16 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.23 0.14 0.38 0.67 0.07 0.76 0.49 0.61 0.34 0.43 0.06 0.37 0.87 0.75 0.17 0.63 0.87 1.18 1.08
C2 0.18 0.06 0.26 0.39 0.11 0.31 0.13 0.15 0.08 0.02 0.07 0.15 0.31 0.56 0.14 0.21 0.21 0.15 0.11 0.03
C2' 0.49 0.30 0.65 0.88 0.10 0.65 0.15 0.20 0.04 0.23 0.14 0.51 0.82 1.24 0.19 0.41 0.05 0.30 0.57 0.45
C3' 0.20 0.26 0.15 0.06 0.66 0.14 0.81 0.66 0.70 0.42 0.42 0.06 0.04 0.47 0.73 0.27 0.92 1.29 1.51 1.39
C4 0.17 0.07 0.27 0.43 0.23 0.22 0.30 0.14 0.21 0.04 0.09 0.25 0.43 0.75 0.27 0.09 0.14 0.30 0.52 0.44
C4' 1.00 0.99 0.98 0.80 1.40 1.05 1.59 1.66 1.51 1.20 1.13 0.68 0.73 0.30 1.44 1.12 1.88 2.20 2.36 2.31
C5 0.22 0.22 0.28 0.36 0.05 0.18 0.10 0.10 0.06 0.10 0.15 0.39 0.42 0.61 0.07 0.16 0.04 0.22 0.35 0.30
C5' 1.39 1.20 1.48 1.42 1.52 1.58 1.76 2.14 1.75 1.48 1.27 0.91 1.27 0.99 1.52 1.48 2.32 2.67 2.66 2.67
C6 0.25 0.31 0.27 0.30 0.20 0.19 0.13 0.03 0.13 0.20 0.29 0.42 0.35 0.44 0.21 0.23 0.16 0.06 0.09 0.04
C8 0.18 0.13 0.26 0.38 0.22 0.13 0.32 0.30 0.23 0.02 0.07 0.36 0.47 0.76 0.27 0.05 0.32 0.59 0.74 0.69
N1 0.24 0.26 0.27 0.31 0.19 0.25 0.15 0.16 0.16 0.19 0.24 0.32 0.30 0.40 0.20 0.27 0.30 0.21 0.10 0.14
N3 0.13 0.07 0.27 0.47 0.31 0.30 0.35 0.05 0.26 0.10 0.19 0.13 0.39 0.77 0.36 0.09 0.05 0.14 0.44 0.33
N6 0.28 0.44 0.27 0.24 0.41 0.16 0.31 0.05 0.27 0.31 0.48 0.51 0.32 0.32 0.45 0.26 0.23 0.10 0.09 0.08
N7 0.22 0.23 0.28 0.35 0.05 0.14 0.14 0.20 0.09 0.09 0.16 0.43 0.45 0.64 0.09 0.12 0.16 0.39 0.50 0.46
N9 0.13 0.04 0.24 0.42 0.35 0.15 0.44 0.30 0.33 0.11 0.16 0.24 0.45 0.82 0.42 0.01 0.35 0.57 0.80 0.73
O2' 0.93 0.51 1.23 1.58 0.11 1.25 0.12 0.83 0.33 0.55 0.27 0.69 1.43 1.96 0.16 0.82 0.60 0.41 0.15 0.15
O3' 0.45 0.63 0.35 0.07 1.11 0.24 1.22 0.72 1.05 0.75 0.84 0.36 0.17 0.39 1.21 0.49 1.07 1.36 1.79 1.58
O4' 0.96 0.99 0.87 0.67 1.40 1.01 1.57 1.59 1.48 1.19 1.14 0.68 0.59 0.17 1.45 1.13 1.71 1.90 2.14 2.10
O5' 1.07 0.73 1.33 1.33 1.07 1.35 1.39 1.95 1.42 1.09 0.77 0.40 1.17 0.93 1.03 1.10 2.24 2.87 2.65 2.66
OP1 1.32 0.87 1.73 1.80 1.25 1.69 1.65 2.33 1.70 1.31 0.89 0.48 1.59 1.37 1.20 1.33 2.73 3.59 3.22 3.21
OP2 1.14 0.62 1.48 1.62 0.76 1.51 1.11 1.93 1.24 1.01 0.54 0.36 1.41 1.41 0.65 1.13 2.12 2.68 2.37 2.40
P 1.25 0.76 1.62 1.72 1.04 1.63 1.42 2.19 1.50 1.18 0.74 0.43 1.49 1.38 0.96 1.26 2.47 3.16 2.82 2.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.18 0.18 0.07 0.10
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03 0.09 0.36 0.31 0.23 0.28
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.19 0.09 0.09
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.08 0.07 0.07
C4 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.01 0.04 0.45 0.39 0.35 0.40
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.08 0.08 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.10 0.06 0.04
C5 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.43 0.39 0.35 0.39
C5' 0.04 0.16 0.07 0.02 0.21 0.01 0.20 0.00 0.16 0.12 0.20 0.15 0.06 0.05 0.23 0.01 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.38 0.32 0.26 0.30
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.33 0.28 0.19 0.23
N3 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.03 0.13 0.02 0.03 0.08 0.42 0.36 0.30 0.35
O2 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.15 0.01 0.02 0.03 0.00 0.11 0.06 0.06 0.13 0.33 0.29 0.20 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.13 0.02 0.08 0.06 0.04 0.04 0.13 0.11 0.00 0.02 0.15 0.02 0.08 0.19 0.11 0.09
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.12 0.03 0.08 0.09
O4 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.23 0.01 0.01 0.03 0.06 0.15 0.02 0.00 0.04 0.46 0.42 0.39 0.43
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.13 0.02 0.06 0.04 0.00 0.10 0.10 0.07 0.04
O5' 0.18 0.36 0.10 0.10 0.45 0.02 0.43 0.01 0.38 0.33 0.42 0.33 0.08 0.12 0.46 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.31 0.19 0.08 0.39 0.10 0.39 0.12 0.32 0.28 0.36 0.29 0.19 0.03 0.42 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.23 0.09 0.07 0.35 0.06 0.35 0.04 0.26 0.19 0.30 0.20 0.11 0.08 0.39 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.28 0.09 0.07 0.40 0.04 0.39 0.02 0.30 0.23 0.35 0.24 0.09 0.09 0.43 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00