ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.015, 0.038, 0.060, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.037, 0.120, 0.204, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.120 std_dev=0.083
P A 0, 0.067, 0.160, 0.253, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.160 std_dev=0.093
OP2 A 0, 0.058, 0.156, 0.253, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.156 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.030, 0.133, 0.235, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.133 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.050, 0.162, 0.273, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.162 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.044, 0.160, 0.276, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.160 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.033, 0.157, 0.282, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.157 std_dev=0.125
OP1 A 0, 0.063, 0.195, 0.327, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.195 std_dev=0.132
C6 B 0, 0.101, 0.250, 0.400, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.250 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.047, 0.197, 0.347, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.197 std_dev=0.150
N1 B 0, 0.119, 0.282, 0.445, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.282 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.075, 0.245, 0.415, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.245 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.127, 0.304, 0.481, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.304 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.098, 0.281, 0.463, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.281 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.063, 0.253, 0.443, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.253 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.063, 0.255, 0.446, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.255 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.134, 0.333, 0.532, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.333 std_dev=0.199
O2 B 0, 0.151, 0.360, 0.570, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.360 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.104, 0.314, 0.524, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.314 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.114, 0.330, 0.546, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.330 std_dev=0.216
C4' B 0, 0.092, 0.314, 0.535, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.314 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.129, 0.354, 0.578, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.354 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.095, 0.324, 0.552, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.324 std_dev=0.228
O4 B 0, 0.062, 0.291, 0.519, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.291 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.123, 0.352, 0.580, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.352 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.099, 0.336, 0.572, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.336 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.082, 0.319, 0.556, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.319 std_dev=0.237
P B 0, 0.091, 0.340, 0.589, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.340 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.094, 0.356, 0.618, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.356 std_dev=0.262
O3' A 0, 0.071, 0.357, 0.642, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.357 std_dev=0.285
OP1 B 0, 0.116, 0.552, 0.987, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.552 std_dev=0.435

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.13 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.24 0.19 0.18
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02
C4' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.11 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
C5' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.11 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
C8 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02
N1 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03
N6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.20 0.12 0.11
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.11 0.02 0.10 0.05 0.07 0.03 0.09 0.04 0.03 0.00 0.03 0.24 0.40 0.29 0.30
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
O5' 0.05 0.04 0.11 0.16 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.11 0.24 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.08 0.06 0.19 0.24 0.06 0.11 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.20 0.40 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00
OP2 0.05 0.03 0.13 0.19 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.12 0.29 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.11 0.18 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.11 0.30 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.09 0.05 0.13 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.02 0.05 0.13 0.12 0.13 0.06 0.04
C2 0.09 0.10 0.08 0.02 0.04 0.03 0.05 0.11 0.04 0.07 0.08 0.14 0.11 0.04 0.04 0.05 0.10 0.10 0.05 0.03
C2' 0.15 0.06 0.14 0.18 0.08 0.20 0.13 0.23 0.15 0.11 0.04 0.03 0.15 0.12 0.06 0.25 0.22 0.26 0.07 0.16
C3' 0.15 0.07 0.17 0.20 0.08 0.20 0.12 0.22 0.14 0.11 0.05 0.05 0.18 0.15 0.06 0.24 0.21 0.25 0.05 0.14
C4 0.05 0.08 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.10 0.05 0.05 0.07 0.12 0.08 0.04 0.04 0.08 0.09 0.10 0.06 0.03
C4' 0.07 0.04 0.09 0.12 0.04 0.13 0.04 0.16 0.06 0.03 0.06 0.05 0.11 0.09 0.06 0.17 0.14 0.17 0.04 0.06
C5 0.10 0.11 0.10 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.08 0.15 0.12 0.09 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01
C5' 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.11 0.04 0.13 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.08 0.08 0.14 0.11 0.13 0.07 0.03
C6 0.15 0.13 0.14 0.09 0.05 0.09 0.04 0.01 0.05 0.11 0.10 0.18 0.17 0.12 0.04 0.08 0.01 0.02 0.09 0.04
C8 0.04 0.08 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.02
N1 0.15 0.13 0.14 0.08 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.11 0.09 0.17 0.16 0.10 0.04 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01
N3 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.08 0.05 0.14 0.05 0.04 0.06 0.10 0.08 0.03 0.04 0.11 0.13 0.12 0.04 0.05
N6 0.19 0.16 0.19 0.15 0.06 0.15 0.04 0.09 0.07 0.14 0.11 0.20 0.20 0.17 0.04 0.13 0.07 0.06 0.12 0.08
N7 0.09 0.10 0.09 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.07 0.08 0.14 0.11 0.09 0.04 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01
N9 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.11 0.06 0.04 0.06 0.09 0.06 0.02 0.04 0.11 0.10 0.12 0.05 0.04
O2' 0.19 0.09 0.17 0.20 0.09 0.22 0.14 0.25 0.17 0.14 0.06 0.06 0.17 0.13 0.07 0.28 0.24 0.28 0.08 0.18
O3' 0.27 0.17 0.30 0.32 0.17 0.31 0.22 0.31 0.24 0.22 0.15 0.16 0.32 0.28 0.14 0.35 0.30 0.37 0.16 0.25
O4' 0.03 0.08 0.03 0.06 0.08 0.08 0.05 0.11 0.04 0.05 0.10 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.01
O5' 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.09 0.03 0.05 0.09 0.11 0.07 0.04 0.07 0.10 0.08 0.11 0.07 0.02
OP1 0.07 0.13 0.08 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.14 0.16 0.11 0.09 0.11 0.08 0.04 0.08 0.09 0.02
OP2 0.06 0.11 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.10 0.14 0.09 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.08 0.11 0.07 0.04 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.02 0.08 0.10 0.06 0.03
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.16 0.03 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.17 0.13 0.03 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.02 0.10 0.07 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.19 0.12 0.02 0.09
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.10 0.04 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.16 0.10 0.06 0.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.08 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.13 0.12 0.03 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.02 0.05 0.09 0.07 0.03
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.09 0.00 0.06 0.05 0.06 0.03 0.15 0.06 0.04
O3' 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.26 0.07 0.11
O4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.18 0.13 0.06 0.11
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.19 0.11
O5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.17 0.02 0.19 0.00 0.16 0.09 0.13 0.05 0.03 0.02 0.18 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.10 0.13 0.16 0.13 0.10 0.12 0.06 0.10 0.09 0.12 0.09 0.15 0.26 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.06 0.07 0.03 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.08 0.03 0.07 0.06 0.07 0.06 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02
P 0.05 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.09 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.11 0.11 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00